通常决策权（议事权）采取委员会制，执行权（行政权）采取首长负责制。由于中国普遍存在党政不分、以党代政的现象，党委定位于“议行合一”的机关，集决策权、执行权于一身，何时用民主集中制去研究党内立法、决策问题，何时用首长负责制去决定党的方针、政策的执行问题，这个决定权自然而然落在“一把手”身上。在实际操作过程中却存在两种不同的权力运作方式的混用，这就给各个层级的“一把手”大量的行政自主裁量权。
（四）制度设计缺乏科学性，导致成本升高
当前，中国正处在从传统社会向现代化社会的转型时期，政治经济和文化、社会运行机制、价值观念体系都产生重大变革，整个社会处于一种特殊的社会运行状态，呈现出过渡性、不稳定性和多变性。在这种全方位、剧烈和迅速的变化面前，由于市场经济体制不健全，政府干预无序，不合理的旧制度的大量存在，腐败也以令人难以想像的速度蔓延开来，腐败案件总体数量增速惊人，大案要案日益增多，涉及腐败行为的公职人员职务越来越高，法人犯罪、集团性违法案件上升，顶风作案问题突出，行业性、部门性的不正之风愈演愈烈。这些现象深刻表明，现行的政府管理制度设计和制度安排存在着重大缺陷，也导致了政府制度性成本居高不下，具体表现为：对政府管理制度设计的重要性认识不够。由于中国存在重人治、轻法治，重思想、轻制度的传统，长期以来，人们多从伦理道德方面思考权力的运用，而很少从制度层面思考对权力的制约。近年来，我们虽然开始重视制度建设，特别是“依法治国”的提出，标志着从“人治”走向“法治”，还未能清晰地认识到制度设计是实现依法治国的首要环节；政府管理制度设计缺乏总体的规划，协调配套不够。由于中国实行的是一种渐进式的改革，改革措施的出台是在实践的探索中渐次推出，在打破旧体制、建构新体制的过程中，不少政府管理制度带有临时性、应急性，没有经过深思熟虑、周密规划，政出多门，出现了头痛医头、脚痛医脚的现象，甚至出现相互矛盾、令人无所适从的严重问题；政府管理制度设计缺乏可预见性。改革是一项前所未有的伟大探索，特别是建设有中国特色社会主义这一重要的基本国情，使中国的改革长期以来是摸着石头过河，受此影响，政府管理制度设计也是在本国国情的基础上探索前进，囿于理论上的局限，加上受教条主义影响，对政府管理的一般规律和普遍意义认识不清，制度设计明显滞后；政府管理制度设计可操作性不强。
由于我们对制度建设及其设计不够重视，制度设计的宗旨不突出，在政府管理制度设计中，不少制度规范与实际相距较远，弹性较大，往往造成制度执行者的误解或无所适从；政府管理制度设计的随意性较大。由于现行制度设计缺乏科学的理论指导和总体的战略指导，人治现象依然十分严重，制度设计往往根据个别领导人的意见进行，由于各个领导人的思想、理念和工作思路并不完全一致，以至于领导人的更迭导致制度的经常变化，制度设计不但缺乏稳定性和连续性，也缺乏权威性。结果导致有法不依，执法不严，对腐败分子打击不力。
一、采取措施，科学化中国政府管理制度设计
（一）影响制度创新的一个主要的制度环境因素是文化变迁文化帮助个人对他和其他人在劳动分工、收入分配和现行制度结构中的作用做出道德评判。文化伦理本身就是一种非正式的制度安排，它通过价值观、态度、观念、习惯等，影响人们对制度创新行为以及显规则的判断、理解和支持。经过20多年的改革开放实践，中国的文化和伦理也发生了很大的变化，集中表现在：在思想观念上，开放、自主、创新、务实、竞争、效率等观念取代封闭、依附、守旧、务虚、安分守己等观念；在对待领导干部的道德评价标准上，从“无过就是功”、“不求有功但求无过”转为“无功就是过”，人们推崇的是既脚踏实地又敢于开拓创新的领导干部。正是上述制度环境的变化，使中国政府作为制度创新主体的地位得以真正确立，并在实践中发挥出越来越重要的作用。当然，从现实的情况看，不同地区的地方政府在推动制度创新方面所发挥出来的作用是有所不同的，这主要是由于不同地区的地方政府的创新观念、创新能力不同，以及各自的微观制度环境有别所致。
一般而言，越是发达的地区，其地方政府发挥制度创新主体的作用越大。
（二）构建公共预算体系，保证经济的宪政运行，严格控制政府成本
政府通过公共预算筹集资金，安排支出，其目的在于提高社会福利水平。根据福利经济学的基本原理，自由竞争会使资源在效用可能性曲线上产生某种配置，但这种配置不一定满足社会福利最大化的要求。市场失灵为公共部门的存在提供了理由。作为政府弥补市场缺陷的重要制度手段，公共预算主要通过公共预算收入的组织和公共预算支出的安排对经济产生影响。
公共预算是公共部门配置资源的机制。预算首先决定整个资源在公共部门和民间部门之间分配的比例，即各自的规模，然后决定被分配在公共部门的资源规模的内部配置，即配置结构。在现代市场经济国家，政府配置资源的机制是预算，市场配置资源的机制是价格。
公共预算是公共财政的运行机制或基本制度框架，公共财政是与近现代的民主政治和市场经济相适应的财政制度。预算是公共财政的“道路规则”，有了这个规则，财政就由专制驶进了民主与法治的轨道。
公共预算是控制行政成本的总阀门，行政成本是公共部门在提供公共服务，生产公共服务的活动过程中投入的人力、财力和物力资源。
按照美国经济学家加里·贝克尔的理解，人类一切行为其实都蕴含着效用最大化的经济性动机，都拥有尽量小的成本换取尽量大的收益要求。因此，有效降低行政成本必须引入规范的公共预算管理制度。
国际货币基金组织在1998年公布了财政透明度优化策略章程。
建议各国在自愿的基础上致力于实现财政透明度的一般要求和最低要求。在中国公共预算管理制度的改革中，也应遵循财政透明度原则，应定期将国家的各项财政政策法规、各部门在财政管理方面的职责权限、财政收支预算的编制和执行及其结果等向全社会公布。
逐步建立并推行绩效预算，严格控制政府成本。绩效预算关注的不是预算的执行过程，而是执行结果，因此绩效的衡量是实行绩效预算的基础，也是实施中的最大的困难。绩效预算是从最终目标出发，即是否为纳税人创造出最大的货币价值，这是制定绩效指标所要遵循的最重要原则。从最终目标出发，也就是说绩效目标是工作的“最终成果”，而不是支出部门的“产出”。“成果”与“产出”是有区别的。“产出”是指政府部门生产多少公共服务，而“成果”则是指政府部门实现了某种目标，产出再多而没有达到预期目标，都是无效率的。因此，在制定绩效指标的时候，应强调成果与产出的区别，避免官僚主义和形式主义。
二、构建专业化制衡的政府管理架构，保证社会廉政运行新的历史时期，政治体制改革，已成为一项突出的任务。这其中重要的内容就是关于完善权力的制约和监督机制的问题。党的《十六大报告》中指出，要“加强对权力的制约和监督，建立结构合理，配置科学，程序严密，制约有效的权力运行机制，从决策和执行等环节加强对权力的监督，保证把人民赋予的权力真正用来为人民谋利益”。构建专业化制衡的政府管理架构，可以保证社会廉政运行，同时也可降低政府制度性成本。
过去，政府职能部门的内部权限上权力又过分集中。政府每个职能部门融决策、执行、监督为一体，自定规则、自己执行、自我监督。这必然会形成事实上的“权力垄断”，造成“弱政府、强部门”的格局。因此，重新配置政府职能、调整机构设置、合理划分权限，以建立和谐一致的行政组织体系是地方机构改革的主要目标。行政职权三分实际上就是要实行政府职能的重新组合、职权的重新配置和结构的重新调整，将政府的管理职能合理地分配到各相关的职能机构。寻求行政内部制约机制，约束强大的行政权；它总的思路是通过行政权的再分工、再划分，从而把行政权分解到若干不同的部门行使，使得行政权不过分集中在某一具体部门，行政权显得不那么强大，实现分权的效果，实现监督和制约权力的效果。这一方面使职能划分简化、不至于分得过细，另一方面使得权力从过分集中走向分散，改变了权力运作的传统规则。因此此次改革更具有符号意义。改革从“权力重分”开始，在事务分析、职能分析的基础上，将各部门的“三权”分开，从集权到分权，彻底打破沿用半个世纪的权力集中模式。
三权专业化分工，相互制衡强化了政府权力的公共服务性质，重新定位了政府的职能。使政府从“全知全能”转变为“有限责任”，从权威命令转变为科学决策，从人治管理转变为依法行政，从“传统部门利益型政府”转变为“现代服务型政府”。只有从制度上保证权力与利益脱钩，尽可能消除行政机关谋取部门私利的可能和积极性，才能进一步降低行政成本，大力推进公共财政改革，规范公务员队伍的待遇和收入分配，防止公共权力利益化、政府资产部门化、部门收益个人化的现象。服务型政府是在新公共管理理念下的全新的政府管理机制，政府不必把一摊子事情都包下来，而是把服务委托给社会，政府权力中心将逐步让位于社会中心、居民中心。要通过下放权力，由社区组织、社区中介、民营机构完成部分政府职能。
三、压缩政府层级、科学行政区划
中国现行的行政区划产生于农业社会中，适合大一统的中央集权国家在交通和通讯都不发达的情况下，管理单一且以自然经济为主的农业社会。与一些先发国家相比，中国政府的层级确实过多。
因为层级过多，负面作用也就增多。它不仅造成机构臃肿，人员冗多，增加公众的负担，助长官僚主义现象，而且更重要的是增加了各级政府之间的信息传输和反馈的环节，导致信息传递的速度十分缓慢，特别是容易导致信息失真，严重影响各个上级政府政策、决议、法令等的贯彻执行以及人民政府的良好形象，从而大大降低了中国政府的行政管理效率。
实践证明，如果管理层次超过三级，则中间协调层次过多，信息上传下达必然有困难，很可能会出现信息失真、运作效率低、中央负担过重、地方积极性降低的问题。为了命令能够更好地下达，并对下级政府进行控制，往往需要很多纵向的条条进行控制；而为了更好地下情上达，并给地方以积极性，就给横向的块块以较多的权力，放松条条控制。其结果在条条垂直管理和块块横向协调之间形成两难的境地。
条块分割，中央对地方控制相对困难，地方要争取积极性和活动空间，也相对困难，由此也导致了政府成本居高不下。
四、确立政府裁判私法关系的职能，弥补司法机制的不足
在市场经济条件下，财政权、劳动就业和保障权等的界定，以及产生界定不明确或侵权后的救济，一般是依靠私法的事先规定和司法机制的事后保障机制的。但是，由于现代市场经济的繁杂性，单纯依靠民商法事先的有限规定和司法机制事后的繁琐程序，已经难以应付人们的需求。在现代国家中，政府的职能已向界定财产权、规定劳动保险、裁决民事纠纷方面扩大，行政法遂加强了对这些方面行政权的规范，规范政府与企业的关系，限制政府直接进行经营活动。
政府管理与企业经营的关系，类似裁判员与运动员的关系，裁判员的职能和运动员的职能绝不能混淆，政府的管理和企业的经营必须分离，即政企必须分开，否则将导致政府权力的无限性和任意性，导致社会的不公平，破坏市场竞争中的公平法则。现代行政法的原则与政企不分格格不入，它严格限制政府介入和经营企业活动，并规定了一系列规则。
五、鼓励与促进NGO的发展，形成多元制衡的社会文化
NGO的存在及其相关制度发达是当今宪政国家的显著特征之一。NGO是由一定利益的代表自发组成的，以某特定利益为追求目标，在宪法法律规范下进行活动的社会组织。NGO的目标的不一性，促进政治文化多元性的产生。NGO的民间自发性与受法律规范性，能够保障政治文化的多元制衡。多元制衡的政治文化创造了民主深化的可能性，有助于宪政的发展。
近年来，中国的NGO有所发展，但发展缓慢而且有其天生不足。
由于受多种社会因素的影响，通过NGO来追求与实现自身利益还没有受到社会公众的普遍察觉与认可，NGO还经常受到某些政府部门的无理由干涉或者苛刻的限制，中国NGO的发展，还很艰难。另外，从近年的发展来，国内NGO多以学术研究型为主，只在一定程度上从事于有限的与研究有关的实践探索。NGO应该在宪法法律的规范下，获得更大的发展空间，在多元制衡的政治文化的发展方面发挥巨大的积极作用。
