通常来讲，政府会计的基础有权责发生制、收付实现制以及介于这两者之间的修正的权责发生制和修正的收付实现制。采取何种会计基础，将对政府会计的核算内容和信息提供具有较大的影响。中国长期以来政府会计采用收付实现制。收付实现制会计只确认实际收到现金或付出现金的交易事项，并计量某一期间的现金收支差额的财务成果，符合一般人的习惯，会计核算程序比较简便；同时，会计确认数是实际入库的预算资金，便于安排预算拨款和预算支出的进度，并如实反映预算收支结果。
但长期的政府会计实践表明，收付实现制存在明显的不足，不能反映政府成本。一是所有非现金交易不作为收入、支出即时纳入核算，相应的债权与债务也不确认，不能及时完整地反映政府预算管理业绩和政府工作效率；二是收付实现制是一种面向过去的确认基础，并不能提供未来现金流动的信息；三是不能真实地评价和考核政府单位的财务受托责任。正因为如此，收付实现制受到挑战，我们必须重新审视政府会计确认基础，客观分析政府会计环境，选择合适的会计确认基础是当前政府会计理论研究需要解决的问题之一。
预算会计是国家财政预算管理的重要组成部分，服务于国家预算。当前，以政府会计代替预算会计更符合中国目前预算会计的改革方向，预算会计不应该只是单纯的反映预算执行情况的报告，从政府层面上看，会计应当反映各级政府的一切财务、财政活动情况及其结果。所以，从反映政府成本支出、政府财务状况、提供公共服务与服务活动的绩效和结果角度来讲，政府会计更能全面的反映这一会计分支的内容和作用，而不像预算会计只局限于政府及政府单位的预算资金活动。总而言之，预算会计只能是政府会计的一个侧面，其目的只是为了加强预算管理和控制，而不是为了反映政府的财务状况和运行效率。
从20世纪90年代后，随着各国公共财政管理的改革，权责发生制（也称应计制）逐步引入政府预算和会计核算中。目前，经济合作与发展组织（简称OECD）中，已有半数以上的国家在政府预算和会计中不同程度地采用了权责发生制，更多的国家也正在计划进行这一方面的改革。随着政府职能的转变，政府债务总额的增加，政府需要以权责发生制为基础编制资产负债表和债务收入支出表等报表，以体现政府如何提供公共服务与服务、管理公共债务、计量发生的成本和获得的收益。在各国实践中，往往在公共部门中采用某种主导性的会计基础的同时，也采用某种形式的修正会计基础，由此形成了几种会计基础并存的局面。
（第二节当前中国政府成本会计核算制度存在的问题）
政府会计制度对于政府成本的控制可以起到很好的制约作用，但是现行政府会计体系存在明显的缺陷，难以满足信息使用者有效评估政府成本，管理财政风险，制定良好决策以及评估受托责任这类关键职能的需要。当前中国的政府会计制度作用有限，其问题主要有：
一、现行预算会计体系无法反映政府成本，需全面整合
1998年改革以后，中国的预算会计体系使用不同的会计科目，由3类组织机构来记录政府财政交易和事项，包括3个相互独立的财政总预算会计、行政单位会计和事业单位会计，以及代理国库业务的银行部门使用的国库会计共同组成。它们使用不同的会计科目来记录不同的财务交易与事项。其中，行政单位会计和事业单位会计只是在分散的基础上加以记录，只记录本单位发生的财务交易与事项，这些记录既不实时提供给财政部门，也无法向这些机构提供及时、全面和可靠的财务报告以及预算执行情况。另外，行政单位会计和事业单位会计只是记录支出周期的部分阶段，而不是所有阶段上发生的预算与财务营运事项，因此对支出周期的会计控制也是不完整的。与单位会计相对应的是财政总预算会计，它使用不同于单位的科目，由财政部门代表政府整体来记录支出周期的上游阶段，即拨款阶段发生的预算与财务营运，而对规模更大、更为复杂和重要的中下游阶段发生的预算与财务营运事项，则没有任何正式的记录。因此，作为财政管理核心机构的财政部门只能依赖支出机构和代理国库业务的银行部门事后提供的报告，来了解预算执行情况和财务状况。由于各种原因，这些报告往往滞后，而且既不全面也不可靠，因此财政部门无法根据这些数据来对预算执行情况和财务状况进行详细而充分的分析；核心的财政管理部门只能在财务违规和腐败行为事后检查与处理。如此一来，财政部门以及其他的核心部门在监控预算执行、妥善管理政府财务资源以及预算评估这些至关重要的管理功能方面，几乎完全成为空谈。因此，在目前的管理框架下，财政部门除了分配拨款外，基本上没有其他作用可以发挥。财政总预算会计与单位会计之间呈现“两张皮”现象，使得中国的政府会计体系显得有些支离破碎，需要重新进行整合。
现行财政总预算会计和行政单位会计只能反映预算收支执行情况，它只是政府会计的一个侧面，不能提供整个一级政府的营运业绩和财务受托责任的会计信息，不利于会计信息使用者做出准确的评判，不能真实反映政府成本原貌。目前，总预算会计没有规定核算和反映政府的固定资产，行政、事业单位的固定资产不计提折1日，因此，从报表上无法反映固定资产净值情况，固定资产的账面价值与实际价值随着时间的推移两者背离越来越远，虚增了资产和净资产，不利于准确地反映行政单位提供公共服务的成本耗费情况，造成成本核算不完整、结余不真实。现行总预算会计核算制度，只将政府参股反映为当期的财政支出而没有对国有股权和有价证券进行会计确认、计量、记录和报告，这部分政府资产状况反映还不全面。目前社会保险基金和基本建设资金是按照《社会保险基金会计制度》和《国有建设单位会计制度》进行会计核算，它独立于预算会计制度之外，导致社保基金和基本建设资金一直游离于政府会计的监督体系之外。
预算会计不能从财务的角度全面反映政府的财务状况，现行财政总预算会计和行政单位会计只能反映预算收支执行情况，它只是政府会计的一个侧面，不能提供整个一级政府的营运业绩和财务受托责任的会计信息，不利于正确度量和反映政府成本的大小，会计信息使用者无法据此做出正确的判断。
一、政府财政透明度不够，不能全面披露政府成本
财政透明度（fiscaltransparency）是透明度问题在公共财政领域中的延伸，近几年来，世界上许多国家都把公共治理的重点转移到加强公共财政建设、提高公共财政透明度方面，并通过专门的立法规定政府必须披露公众所需要的财政信息。因此，提高政府的财政透明度也是中国构建和谐社会的重要基础之一。
自1998年以来，全国人大加大了对财政的监督，政府预算及相关信息也引起了社会的广泛关注，社会公众对政府会计信息的完整性和透明度提出了新要求。虽然中国的财政总预算会计、行政单位会计和事业单位会计制度中均规定了相应的一套会计报表，但各套报表自成体系，分别编报，没有一套能够完整地反映各级政府的资源、负债和净资产全貌的合并会计报表。目前的预算会计报表不能全面反映政府的资产和负债情况，会计报告信息不完整，透明度不高。比如总预算会计报表中不包括固定资产的信息，社保基金等隐性负债没有在报表中如实反映等等，从而造成财政内部管理者难以对政府财务状况进行系统的分析，使财政政策的选择和预算编制缺乏充分的依据。对外部管理来说，会造成政府财务状况透明度不高，不利于立法机关和公众对政府资金分配与运行的监督和管理。因此，中国现行的政府会计核算和报告系统远不能满足各类信息使用者的需要，尤其是不能满足立法机关详细审查预算的需要、一般公众的关注和监督的需要和评估政府全面财政绩效的需要。
中国长期以来只强调预算会计为预算管理服务，预算会计是预算管理的工具，因而造成预算会计仅侧重预算资金的收入、支出及结存的核算，财政部每年提交的财政预决算报告也主要是针对财政收支及预算执行情况，对于使用财政资金所形成的庞大的固定资产及其使用情况、政府的成本支出情况、政府举借的债务以及还本付息情况、预算资金的使用效果等缺乏有关的信息披露，不仅立法机关和社会公众难以进行有效监督，财政部门自己也缺少了宏观决策所需的重要咨询。
三、收付实现制会计基础无法真实反映政府成本
我国除事业单位经营性收支业务核算可采用权责发生制外，总预算会计与行政单位会计都实行收付实现制会计基础，造成资产、负债、净资产、支出等偏离实际数值，在真实、准确、全面和彻底方面，与公众期望和经济发展需要有较大差距。
收付实现制会计基础无法真实反映政府资产。一是缺少对政府固定资产的核算和反映。总预算会计还没有核算和反映政府的固定资产；行政、事业单位的固定资产也不计提折旧，从报表上无法反映固定资产净值情况，使固定资产的账面价值与实际价值偏离。中国的预算会计主要侧重于财政收支的核算，固定资产的累积不在行政、事业单位的账簿中登记和反映。因而，行政、事业单位因基建形成的固定资产存在登记不及时、甚至不入账等情况。二是没有对国有股权和有价证券的政府资产进行会计确认和核算。现行总预算会计核算制度，只将政府参股反映为当期财政支出，没有对国有股权和有价证券进行会计确认、计量、评估和报告，这部分政府资产状况反映还不全面。
收付实现制会计基础无法全面反映政府负债。我国政府发行的国债和借入的外债，一直没有完整地纳人财政部会计核算，也没有在政府预算决算报告中完整的反映出来。我国部分地区，地方政府欠发职工工资的问题还没有彻底解决，这些应付未付的工资，也没有在预算会计中反映出来。一些地方政府对企业提供担保等事项时有发生。
这些或有事项形成的或有负债也没有充分披露。四是没有全面反映保险基金，目前社会保险基金是按照《社会保险基金会计制度》进行会计核算的，这一制度独立于预算会计制度之外。这种分离的会计核算制度缺少社会保险基金和财政预算资金运行之间的信息联系通道。
收付实现制会计基础导致政府净资产虚增。财政年度预算执行过程中，各级财政部门经常会遇到预算已经安排，但由于各种原因当年无法支出而不得不作为年终结余处理，从而使年终结余出现虚增现象。行政、事业单位净资产中固定资产是按原值反映，没有按某种折旧方法计提折旧，虚增了净资产。
收付实现制会计基础导致政府支出不能准确计量。收付实现制以现金是否收付为标准来确认收入、支出、资产、负债和净资产，按此标准，固定资产无须计提折旧，具有递延性质的费用不在以后的若干期内分摊，中国行政、事业单位支出没有包括固定资产在使用期内进行分摊余额，以至政府的支出不准确，减少了政府支出，不利于提高效率和绩效考核。项目支出费用会重复核算，虚增了政府的支出。如专项业务费中培训费用，包括吃、住、资料等费用，而其中的住宿费用包含进去是不合理的，因财政已专门拨款建房和维修费用，不利于进行准确的成本费用核算。国家向国外政府和机构的借款和未来应付退休金等无须反映，从而以收付实现制为基础的预算会计不能反映政府单位的经济业务全貌，提供的会计信息不能用来评价政府的成本大小、政府及其负责人的业绩、政府控制的资源等。特别是在当今政府职能转变，注重绩效考核时期，改革中国现行以收付实现制为基础的预算会计核算体系，以提供真实、完整、全面的会计信息，真实记录政府成本，就显得特别重要。
四、政府会计信息失真，无法真实反映政府成本
会计信息的真实有效是管理和决策的关键，也是控制政府成本的基础。首先，信息不对称引起政府会计信息失真。根据委托代理理论，政府的所有者是整个国家的公民，而政府官员只是行使管理的职能，他们只有能够提供尽可能多的公共服务，才能够得到公众的信任。
政府的目标就是以最小的成本提供最多的公共服务。但是，政府官员也符合经济人假设，他们除了应得到的报酬外，也还想通过会计手段谋取小部分人的利益。虽然这种做法长期来说会影响政府形象，但是短期内，小部分人可以受益，这也同样导致了会计信息失真。
其次，内部控制制度不健全导致政府会计信息失真。内部控制制度不健全主要表现为会计基础工作薄弱，财务制度不健全或者有章不循；会计处理技术混乱，单据运转不及时甚至无单据人账，缺乏内部牵制和复核，未建立、健全相应的内部控制制度。还有不重视内部审计工作，有些单位根本没设立内部审计机构，或虽设有内部审计，但形同虚设，不能充分发挥内部审计的作用。再由于会计人员的任免均由单位领导决定，这就使得会计人员进行账务处理时必然要顺从领导的意愿，内部控制制度形同虚设，致使会计信息失真。
再者，会计人员的素质欠缺导致会计信息失真。会计人员的素质是指会计人员所具备的会计职业道德和专业知识水平等因素的总和。
虽然中国会计人员从业必须通过资格认定，但个别单位的会计人员实际操作能力低下，面对往来频繁的业务以及错综复杂的经济关系，因无法理解或理解不透而无法应对，这就很难做到管好账、理好财，从而会直接影响会计信息的真实可靠。另外，某些会计人员缺乏必要的职业道德，也是影响会计信息失真的一个重要方面。如会计人员只唯上、不唯实，把会计制度、法规、准则全部置之不理，任意进行所谓“技术处理”，这种顺应领导意志，违背客观实际的做法都是职业道德问题。因此，只有会计人员遵守会计职业道德，才能保证会计信息的真实可靠。
五、缺乏健全的法律体系，政府会计转型存在困难
