桓玄听罢，哑口无言了。曹靖之的话道破了古今中外一条真理：越是举国上下，口径一致地为统治者唱赞歌，没有一个唱反调的人的时候，国家的实际情况可能越糟！不管大楚皇帝怎么想，从后来的情形看，他并没有反省自己的过错。现在要临时抱佛脚，肯定是来不及了。他做出的真正有意义的反应是命桓谦放弃主动攻击计划，收缩兵力于覆舟山，按自己原先设想的方案办。命桓谦和游击将军何澹之驻防东陵（覆舟山东北），后将军卞范之进驻覆舟山之西，合计兵力约两万余人。
覆舟山，今天的名字叫九华山或小九华山，位于南京城东北，玄武湖南岸。此山山形狭长，顶呈平行，两头渐低，形状就像一只被翻置的巨大木船，所以被称为覆舟山。东接京口至建康的大道，北临后湖，西近台城，周回不过三里，高不过百米，本是一座普通的小山，如放在云贵高原的崇山峻岭间，估计连名字都不会有。但谁让它处在古都建康城的边上呢，所处的地理位置太过重要，便成了战略要地。只要控制了覆舟山，即可俯瞰建康宫城，建康守军的一举一动尽收眼底。
三月二日，京口起事后的第四天早上，刘裕义军逼近建康。他先让士兵稍事休息，饱餐一顿，随后命令将剩余粮食全部抛入水中，意思很明确：要是打胜了，建康城里有我们的晚餐！如果打败了，我们一起死！别指望还有第三条路！然后全军怀着决死的信念，挺进至覆舟山以东。
与此同时，驻扎在覆舟山的桓谦大军虽然人数比刘裕义军多出十余倍，却军心浮动。本来也不是他们不能打仗，他们中很多人都是久经战阵的北府老兵，平日英勇果敢。但是他们凭什么给桓家人卖命？桓家人害死了北府多少人？而且将要到来的敌人正是北府的骄傲，百战百胜的刘裕啊。没错，桓谦就是带着大量北府老兵去覆舟山迎战刘裕的！不知道这个严重错误的主要责任人是桓玄还是桓谦，只能感叹：他们难道不知道，士兵并不是没有思想，并不是可以让人随意摆弄的机器？
决死不是送死，面对数量上有绝对优势的敌军，刘裕没有草率行事。他吩咐队伍中的老弱伤兵携带大量旗帜，攀登上覆舟山东边的蒋山（今南京钟山，因山上有蒋侯庙而得名），一路走一路插旗，不一会儿，蒋山和覆舟山的山谷间就布满了刘裕义军的旗帜。楚军的侦察兵不敢靠近，远远望见军旗遍野，回去报告说：“覆舟山东边到处布满了叛军，人数多得无法看清！”楚军众将更加惊慌，桓玄忙派武卫将军庾颐之率精锐预备队赶去支援。还未交战，不知刘裕将如何出招，便早早使用预备队，可见桓玄的慌乱。还未开战，楚军在气势上已败。
准备就绪，刘裕与刘毅等人分率军士，猛攻桓谦大营。一如既往，刘裕仍然一马当先，冒着楚军的刀枪箭矢，带头冲锋！义军将士们跟随在后，奋勇作战，无不以一当十，喊杀之声震天动地，连在建康宫城中的桓玄都能听得到！这时东北风正烈，刘裕命人顺风纵火，刹那间风助火势，烟雾弥天，向楚军方向席卷而去。本来就很不在状态的楚军，在刘裕义军的猛攻之下斗志尽失，稍作抵抗便全军崩溃，桓谦、卞范之等大将都转身而逃，楚军大败！
【楚帝遁逃】
皇帝桓玄早在命庾颐之前去增援桓谦之时，已经另命亲信领军将军殷仲文去石头城准备逃跑用的船只（和刘裕在覆舟山之战前抛弃余粮的做法可谓对比鲜明）。没过多久，桓谦战败的消息传来，大楚皇帝声称要亲自去前线督战，率数千名亲信卫士，带上最喜爱的儿子桓升、侄子桓浚出宫城南掖门，打算逃往石头城码头。
桓玄一行人还没走出太远，路遇相国参军胡藩。胡藩是位忠勇之士，发现皇上要逃跑，忙拦住他的马头，苦劝道：“现在禁卫军还有八百名弓箭手，全是忠勇可靠的荆州老兵，他们世代受桓家恩惠，都愿效死力！不带着他们与叛军决一死战，却抛弃京城逃亡，连都城都不守，天下虽大，又能逃得到哪儿去？”
桓玄此时已哽咽得说不出话来，只是举起马鞭，朝上指了指，意思是：天意如此啊！然后不再理会胡藩，挥鞭打马，带着一行人急奔石头城与殷仲文会合，上船西逃。逆江而上，船行得自然缓慢，而桓玄的心情，比他的座船更加沉重，整天吃不下东西。再加上出逃仓促，准备不足，左右献上的饭菜十分粗劣，让吃惯了山珍海味的桓玄更觉难以下咽。
桓玄五岁的儿子豫章王桓升，还没法理解大人的世界究竟发生了什么变化，一向和颜悦色的父亲为何看见自己不再笑了？乖巧的小男孩为了让爸爸高兴，使劲用小手为爸爸按摩胸口。桓玄见此情景，更加悲伤不能自制，终于不顾体面，放声痛哭……
此时，刘裕率讨桓义军已进入了都城建康。躲过了桓玄搜捕的王仲德，抱着哥哥王元德的幼子王方回，站在路边等候。刘裕一看见他，便上前慰勉，从马上抱过王方回。不过几天时间，与王元德等志士已是天人两隔，想到伤心处，刘裕与王仲德一起相对大哭，同洒英雄泪。哭罢，追赠王元德为给事中，任命王仲德为中军参军。
差不多同时，南中国命运的两位主宰者，不论胜利者还是失败者都在抱着一个男孩流泪，情景是何其相似，又何其不同！
三月三日，京口起事后的第五天，刘裕进驻石头城，晋帝国临时看守政府在建康城成立。刘裕只用了不到一周的时间（还可以照常双休），就在几乎一无所有的情况下，连败楚军，让晋朝复生了！只能用两个字来形容——奇迹！
当天，将大楚帝国皇家宗庙中的桓温牌位取出，在宣阳门外当众烧毁，制作新的司马家历代皇帝牌位送进祭庙。同时，新政府开始有条不紊地运作：一、分派将领追击西逃的大楚皇帝桓玄；二、派尚书王嘏（gǔ）前往寻阳迎接安帝司马德宗；三、凡未能逃走的桓楚宗室，全部诛杀！
这个新政府名义上的临时最高负责人是大楚帝国留在建康的最高官员司徒王谧。以他为首的楚朝高官们，不无惊恐地看着时局如天翻地覆般变化，苦思自保之策。共同商议一番后，决定联名推荐刘裕领扬州刺史。由于首都建康也在扬州，理论上扬州刺史的官位要大大高于其他州刺史。结果刘裕坚决辞让，反而推荐王谧担任侍中、司徒兼扬州刺史，主管朝廷机要。此时刘裕的推荐自然比朝廷百官的联名推荐效力高多了，于是多数服从少数，王谧顺利变换角色，成为晋朝新政府的最高官员。王谧当初的善举现在收到高额回报了。
和王谧相比，刘裕的另一个老相识，大楚帝国豫州刺史刁逵可就惨了！诸葛长民被捕以后，刁逵也不知出于什么原因，把他关押了几天，才决定用囚车押送建康，呈献给桓玄处置。谁知囚车才到离历阳十公里的当利浦，就传来了建康城已被刘裕攻破，楚帝桓玄已经逃亡的惊人消息！押送诸葛长民的卫兵反应可比刁刺史敏捷，立即砸烂囚车，放出诸葛参军。诸葛长民便带着这批刚才还押解自己的卫兵返身杀回历阳。
刁逵发现情况不妙，忙调动军队迎击，却发现已经没人听他这位刺史大人的命令了，只好弃城逃跑，可也没跑得了，被自己的部下抓获。这回轮到诸葛长民下令把刁刺史一家装进囚车押送建康了。到了建康城，刘裕毫不留情，将刁氏一门，无论男女老少，除了给事中刁骋一人外，全都绑赴石头城斩首！刁氏是丹徒有名的土豪劣绅，素有“京口之蠹”的“美誉”，有良田万顷，奴婢多达数千人，在当地封山占水，家中财富堆积如山。刁家被灭门后，刘裕玩了一次劫富济贫，抄没了刁家家产，分给京口的贫苦百姓，让老乡们尽力去拿，能拿多少拿多少，花了好几天工夫，财物才被百姓们搬完。
当然，王谧地位虽高，却只是刘裕推出的门面，此时在建康更有实际影响力的行政官员是刘穆之。刘裕进入建康以后，几乎把所有重要行动的决策和执行都交给刘穆之负责，将他当做最亲密的心腹，事事与之商量。刘穆之也对刘裕竭尽心力，毫无隐讳，充分发挥自己的才干，对各种繁杂问题都能拿出相应的处理办法，而且无不恰当。
当时，经过司马道子、司马元显、桓玄三位不称职首脑在建康的轮番掌权，国家政令废弛，法制败坏，豪门贵族横行不法，受难百姓申冤无路。各种法令多如牛毛，又常常自相矛盾，让人无法适从。面对这种情况，刘穆之根据具体问题，随时进行校正，以严刑约束不法，如同诸葛孔明治蜀。而刘裕本人也以身作则，严格遵守，对犯令者决不姑息！如出身太原王氏的尚书左仆射王愉和儿子王绥就被满门抄斩。不过十天，京城风气为之一变，文武百官都谨慎小心，尽职尽责地工作，不敢懈怠。尽管主要还是那批人，但在刘裕和刘穆之等人的领导下，已经脱胎换骨，一个高效的、较为清廉的、在民众中有威信的政府建立起来了。
【裂痕初现】
因晋安帝一时半会儿还回不了建康（也许永远都回不了），为了让己方的行动显得更名正言顺，刘裕突然宣称接到了晋安帝的密诏：为了国家大计，在自己回銮之前，可由晋元帝司马睿的孙子，也就是朕的堂叔武陵王司马遵代行皇帝执权（准确地说，是负责在刘裕及其同党拟好的文件上盖章）。于是给司马遵加侍中、大将军之职，除了桓氏一门外，大赦天下。司马德宗总能根据桓玄或刘裕的需要，迅速提升智商，不知道他的主治医师是谁？如此超越时代的伟大医学家竟未能在史书中留一笔，真令人遗憾。
还有一件大事也是不能不办的，那就是改年号。“永始”是伪楚年号，当然不能再用。之前的“大亨”也是由桓玄这位“大亨”制定的，属于“邪恶年号”，也不能用。最后决定恢复当初由司马元显制定的“元兴”年号，这一年（公元404年）变成了元兴三年。有细心的读者查一下正统的《中国历史纪年表》，就会发现这几年都是“元兴”，“大亨”和“永始”好像从来没存在过，而在实际上，真正不存在的是“元兴二年”。这也是历史上因政治需要而篡改史实的一个小例子。
刘裕此次在建康停留的时间并不长，政治稍上轨道后，他便和刘穆之一道返回了京口，把中央的行政权力实实在在地交给王谧。这样做一来固然是为了报恩，二来刘裕毕竟出身低微，向来为士族豪门所不屑，而他们此时在朝中仍然拥有相当大的影响力，对于这些人的反对，刘裕不能视而不见。再说，刘裕此次虽立下大功，但作为一个政治暴发户，资望还不足以完全压制朝野。不但在世家大族中，就是一同起义的同志中，也有很多人并不真心服他，如果他强行执政，极易成为众矢之的。
刘裕懂得，此时以退为进，不失为明智的选择，桓玄在这方面显然差远了，还没建下盖世声望，就急匆匆篡位称帝，弄得人心不服，终致失败。而且王谧原先就是刘裕的好友，又出身琅琊王氏这样的顶级豪门，非常符合当时官场习惯的三公条件。且王谧为人温和，此次更是感刘裕大恩，让他执政一方面绝不可能做对不起刘裕的事，和自己的代理人差不多，另一方面也能让刘裕在时机尚不成熟时免做出头鸟，一举两得。
当然，让王谧掌管朝政也不是没有阻力。王谧和刁逵都算得上是桓玄大楚朝的佐命元勋，而且王谧的官位还比刁逵高得多，曾亲夺安帝玉玺献给桓玄，如果以“附逆”论，王谧的罪显然比刁逵更大！可现在的结果是王谧高升三公，刁逵抄家灭门！这怎么看也不像是秉公执法吧？朝野舆论对此愤愤不平，认为王谧罪大恶极，也应诛杀！如果只是一般人这么私下说说，倒还不妨事，刘裕几次出面为王谧说话，也就大事化小，小事化无了。可树欲静而风不止，在持此论调的人中，有一个不容忽视的重要人物，便是反桓义兵的二把手刘毅。
刘毅和王谧过不去主要原因倒不是他正义感太强，而是出于人类一个最自然的情感反应——嫉妒，不是嫉妒王谧，而是嫉妒自己的战友刘裕。
刘毅为人心高气傲，只因形势所迫，反桓需要推刘裕为首，才可能成功，一旦大业将成，究其本心，是不愿意久居刘寄奴之下的。但要怎么做才能咸鱼翻身，跳到刘裕上头去？战功？那就别想了，他现在无法与刘裕相比，将来恐怕也希望不大！好在刘希乐虽然出身也不怎么高，却是位知识分子，诗赋清谈都很拿手，与多数士族豪门的交情远胜过大老粗刘寄奴，在朝中人脉很盛。只可惜当今这位宰相王谧偏偏是刘裕的人，和自己交情不厚。如果能把王谧搞掉，刘裕在士族中就没有了代言人，就能把和自己关系良好的其他士族扶上台，比如谢琰的儿子谢混，这样刘毅在中央的势力就能和刘寄奴分庭抗礼了！
于是，在一次朝会上，刘毅义正词严地喝问王谧：“皇帝的玉玺如今何在？！”直踩痛脚，让王谧大惊失色，以为大祸终于躲不过了，急忙出逃到曲阿。刘裕得知，立即让武陵王司马遵下制令让王谧回来，亲自写信安慰他：有我在这里，你怕什么？这样，王谧又回到建康，一切职务照旧，朝廷还给他增加了二十人的警卫，刘毅也不敢再有异议。
这件事就这样过去了，但是一道细细的裂纹，已悄然出现在刘裕与刘毅，这对看似亲密的战友之间，就像精美的景德镇瓷器，不管外形多么鲜亮美观，只要出现细小的裂纹，就绝不会自我弥合，只能随着时间的推移，越来越大。不久，这道裂痕随着刘敬宣的南归再次扩大。
再说刘牢之的儿子刘敬宣、女婿高雅之以及司马休之、刘轨等人逃到南燕后，南燕主慕容备德待他们还算不错，但刘敬宣等人并没因此安心当南燕的忠臣。在劝说南燕南征桓玄无效，又听到桓玄篡位的消息后，刘敬宣、高雅之与司马休之秘密制定了一个大胆程度堪比刘裕京口举兵的政变计划，打算刺杀慕容备德，拥护司马休之为主，在齐地复兴晋朝！
说实在的，这件事干得很不地道，挺忘恩负义的，而且成功的可能性几乎没有。他们中没有谁有刘裕的本事，慕容备德不论在战场还是政坛都是久经考验的老江湖，绝非桓玄可比。就算老马当真失了蹄，慕容备德突然犯糊涂，让他们刺杀成功了，也不代表密谋就能得逞。这里可不是京口，主要实力部门都在慕容家族的掌握之中，慕容备德是比较得人心的君主，无根无基的刘敬宣等人不可能接管南燕政权。
果然，接下来的程序是：密谋—泄漏—失败—逃亡，刘轨和高雅之被南燕逮捕，随后斩首，刘敬宣和司马休之成功逃出南燕，躲藏到淮水与泗水一带（大致相当于今天江苏、安徽北部，属于东晋、南燕、北魏、后秦四国交界地区）。刘裕京口起兵后，听到这个消息，便写了一封亲笔信找人送给刘敬宣，请他回来。信送到后，有人怀疑此信有诈，但刘敬宣很信任老朋友，坚持认为：刘裕不会骗我！便与司马休之一起回国。
不出刘敬宣所料，刘裕确实感激他最初对自己的推荐提拔，确是诚心相邀，要报答当年的恩情。刘敬宣一回到建康，立即被任命为辅国将军、晋陵太守，封武冈县男。
