张义安牺牲后，董振武接其支队司令职。胡景翼又写信给邓宝珊等，要他们火速回兵泾、原。邓宝珊领衔与弓富魁、董振武、冯毓东、李云龙、刘佩蓉等回信胡景翼，陈述刘、陈“和议”之说不可信，进攻部队不可撤的理由。第一封信说：“陈逆豺狼成性，心术险诈，名为议和，实则用计……不计利害，冒昧退兵，其为人愚而不辞，破坏大局而不计。即云两相议和，停战可也，何至遽行退兵，又何必退至泾原。”第二封信意甚愤激，措词执著，内中迭言不可退兵之十大理由，然后表示“有此种种理由，弟等互相协商，大局未解决之前，弟等决不忍退兵以泄士气。”
延至4月，董振武、邓宝珊在胡景翼一再要求下方才退兵三原。
同月，陈树藩亲领精锐会同镇嵩军进攻郭坚所据之羌白镇。陈、刘又分兵猛攻关山、相桥一带靖国军阵地。时曹世英部的杨虎城迎战陈军于关山附近之界坊，战斗激烈。杨部渐难支持，幸邓宝珊、董振武、李云龙等率部援杨，经六天六夜的苦战，迫使陈树藩军撤退。
5月，靖国军内部共同商定迎于右任由上海返陕。在王玉堂等人的陪同下，于右任化装为传教士，经豫西渡黄河，假道晋南、陕北，到达三原。8月9日，陕西靖国军总司令部正式建立，于右任为总司令，张钫任副总司令。各部陕西靖国军改编为六路：第一路郭坚，第二路樊钟秀，第三路曹世英，第四路胡景翼，第五路高峻，第六路卢占魁。各路又分编若干支队。邓宝珊隶属胡景翼的第四路之下。
于右任的来到，曾使陕西靖国军的斗争一时充满了希望。于右任的崇高威望，使他一时之间得到了靖国军将领的拥戴，在团结的气氛中，胡景翼还促成了于右任大女儿于芝秀和屈武的婚事。屈武是陕西进步学生的领袖，五四运动中，曾带头为民请命，血溅总统府，谒见孙中山；同年，由孙中山亲自指派于右任、邵元冲介绍加入国民党。他虽早已是于府常客，和于芝秀相互已有好感，但对这位名门闺秀还存有不敢高攀的心理，胡景翼看出了这一点，便约同刘守中、岳维峻、邓宝珊、王树森、李瑞峰一同去见于右任。于右任听说他们为之保媒的人是屈武，颇为满意，但又故作镇静地说：“这事我不管，你们问大……大婆去！”于右任说的大婆即指其夫人高仲林。高仲林见刘守中和一伙靖国军将领来保媒，幽默地说：“你们这样兴师动众的，是说媒呢，还是打仗哩？不看僧面看佛面，我怎么敢不答应？”这桩婚事就这样顺利地定下了。这件事从侧面反映了当时于、胡之间和谐的关系。
靖国军失败过程中的苦闷思索
陕西靖国军并没有因为总司令部的建立而走向胜利，由于内部实力派各自为政，使总司令部有令难行；全国护法运动的失败，也使陕西靖国军失去了明确的斗争方向。从这时起到1921年胡景翼接受直军改编的三年中，陕西靖国军的民主进步色彩日益减退，政治上的不纯越来越显露。这也反映了护法运动失败后，资产阶级领导的中国旧民主主义革命运动的走向结束。陕西靖国军各路力量，逐渐变成了为个人或小团体权利集团作战的武装。虽然不少真诚的旧民主主义革命者在彷徨和苦闷的思索中仍坚持着战斗，但扭转不了失败的结局。
1918年9月，胡景翼单骑至固市镇会见陈树藩的团长姜宏模，遂被掳至西安。陈树藩感到军事上尚不能消灭靖国军，因此不敢贸然杀胡，加之胡部士兵扬言要杀外国传教士引起外交争端，令陈树藩作难，陈只好软禁胡景翼于督署北院。又派原羁西安的井勿幕至三原，欲借井的声望，收拢胡景翼部下，达到使靖国军解体的目的。井勿幕是陕西最早的民主革命活动家，在西安羁居时，佯装不赞成胡景翼等反陈，实际上一直与三原靖国军总部有秘密联系。井勿幕到了三原，即被推为陕西靖国军总指挥。但井在同年12月被郭坚部下李栋材杀害，李以此作为复投陈树藩的进见礼。
胡景翼在囚楼中写信给邓宝珊等六将领，内云：“我誓效关、岳、文、史，绝不能与陈贼妥协，望兄等要做起、翦、颇、牧，誓灭陈贼。”秘密送往三原。邓宝珊等接信后练兵更加勤奋，并多次发动攻势，迫陈释胡。
1919年1月，陈树藩向直、奉军阀求援，许兰洲率奉军入陕。直系与晋、甘、皖各省军阀也相继派兵入陕助陈。自关山却敌后，岳维峻、邓宝珊等节节前进，先后攻克大小舍、权家各堡寨，与陈树藩军刘世珑旅战于上涨渡，大破之。此时，靖国军与入陕之北洋军在扶风、武功、周至一带展开大战，历时两月。其间，邓宝珊、董振武、冯毓东与杨虎城（第三路第一支队司令）奉总司令于右任命令驰援西路，邓宝珊为第四路军前线部队总指挥。时靖国军副总司令张钫行营驻周至樊钟秀处，同被围困，情甚危急。邓宝珊、董振武与奉军许兰洲部相遇于武功东北之大王村。他们了解到敌军恃众骄傲，乃使部队伪装为许军，整队直入敌军一阵地，许军毫无觉察，卫兵还向董振武敬礼。结果，不费一弹，缴敌两连武器。1月21日，敌人三面环攻，邓宝珊、董振武命令士兵等敌人至五十步内再行射击。敌军以为靖国军怯战，毫无顾忌地猛进，结果死伤甚众。当战斗正酣之时，董振武打算出奇兵包抄敌后路，为重新调整部署，他亲赴前沿观察敌情，突然被敌人打来的冷枪击中，壮烈牺牲。邓宝珊在这种情况下“旋代统其众”。在接下来的战斗中，因整个战场形势不利，邓宝珊遂与冯毓东、杨虎城等东退。
2月，陈树藩与他的各路援军及镇嵩军向靖国军西路继续进攻，攻陷武功、岐山、周至，陕西靖国军第二路樊钟秀退凤翔，云南靖国军叶荃部退耀县。3月，樊钟秀、郭坚和奉军许兰洲通往来后，接受改编为奉军第一、第二支队。4月，新的“南北议和”在上海开会时，北洋政府坚持对陕西靖国军用兵，经争执后决定南方派续桐溪，北方派张瑞璣来陕划界停战。划界中，张一味袒护陈树藩，停战一事终未实现。
1920年7月，直皖军阀矛盾激化，陈树藩感到依赖他们武力支持已不可靠，欲缓和与靖国军的对立，遂释放胡景翼回三原。同月，直皖战争爆发，皖系失败，段祺瑞下台，北京组成了直奉两系军阀的政府。这样一来，投靠皖系军阀的地方军阀失去了靠山。这时，于右任住耀县药王山，陕西靖国军各将领请他回三原，并推胡景翼为总指挥。1921年7月下旬，直军阎相文、冯玉祥等率部人陕，陈树藩败逃南山。
段祺瑞和陈树藩的失败，使陕西靖国军数年来所揭橥的“反段倒陈”的政治目标完全失去了现实意义。但陕西靖国军又不能提出新的反军阀统治的口号，于是继郭坚、樊钟秀之后，一些实力军人为保存部队，酝酿着接受改编，胡景翼是其中影响最大的人物。他认为，直军的军事压力越来越大，“为了团体，为了个人”，都只有走所谓“假途直军”“曲线革命”的道路。他自诩“余之受编，是依人也，非降人也”。还以刘备依曹操、刘表自况。1921年9月21日，胡景翼在三原开会取消陕西靖国军名义。10月，胡景翼在三原接受直军改编为陕西陆军暂编第一师；曹世英部改编为陕西陆军第一混成旅；高峻也接受刘镇华改编，为第二混成旅长。
在靖国军各部酝酿接受改编的过程中，总司令于右任陷入了痛苦的境地。他感于“满目新人是旧人”的景况，叹道：“茫茫何处欲为家？”只好退居民治小学和三原城外之半耕园，在忧愤孤寂中生活了一段时间。9月21日戏剧性地召开“国民大会”后，“总司令部”被缴械解散。这位“力穷西北泪纵横”的总司令不得不迁往淳化县之方里镇，在于鸣冈处暂住。次年1月，于右任赴仍坚持靖国军旗帜的杨虎城部队驻地武功。4月，杨虎城败退陕北。5月，于右任辗转往甘肃，6月入川，复经重庆到上海。
胡景翼接受直军改编，是陕西靖国军失败的标志。邓宝珊在胡部酝酿改编的过程中，思想极为苦闷。他既同情于右任，又不能违拗胡景翼，在与岳维峻、李云龙等向胡劝谏无效后，只好沉默。胡景翼部本是陕西靖国军中力量最强的一支队伍，在陕西靖国军解体过程中，由于种种原因，胡部人马已达到了前所未有的壮大。胡部的接受改编，是陕西靖国军历史的终结。
初，邓宝珊对接受改编有所异议，这一情况被人报告给广东的孙中山。孙中山十分重视陕西靖国军的情况，曾于1921年10月给时任胡部第六支队司令的邓宝珊带来一封信，信中鼓励他为在中国建立真正的民主共和制度而奋斗。全文如下：
宝珊仁兄惠鉴：
陕西靖国军起义以来，血战历年，苦心孤诣，中外共仰。乃闻立生忽受奸人蒙蔽，招集少数无赖之徒，托名国民大会，变更靖国军名义。以堂堂护法之师，受伪廷督军之改编，不但败坏纲纪，为西南各省所不容，即于其个人操节，亦有大亏。如执迷不悟，恐此后身家之安全亦不能保，郭司令坚附伪督被害，即其前车之鉴。闻于总司令及靖国军各统兵长官咸明大义，誓不附和，为之欣慰。尚望足下坚持初志，百折不挠。
现正式政府已决定出师援鄂，文魁日出巡以作士气。连日接蜀电，川中刘总司令仗义救邻，有进无退；现复大举增援，陆续进发，声威大振，肃清武汉，为期不远。陕靖国诸君万不可稍自暴弃，功亏一篑。语云：有志者事竟成。惟足下勉之。兹因有便人赴陕，特修寸楮，藉问劳苦并以为勖，诸惟
为国珍重
孙文
邓宝珊把信呈送胡景翼阅看，胡慨叹说：“关山阻绝，先生不了解我们的苦衷！”乃请刘守中赴广州，向孙中山面陈“换旗”原委：“在目前陕局对我们极为不利的情况下，‘换旗’意在保存实力，以图后举。将来形势的发展，将证明我们的初衷，请先生鉴谅！”孙中山复派马伯援来陕西了解情况，胡景翼又向马伯援再三解释，并托马将一本密电码捎给孙中山。
胡景翼的“换旗”除了他自己主观上的考虑外，还受到孙岳的影响。“换旗”前，何遂曾以曹锟、吴佩孚的代表名义前来陕西，实际上负有孙岳的秘密委托，以“华山聚义”的老关系，说服胡景翼等与冯玉祥在陕西合作，等待时机，再图发展。何遂的到来，当然影响了邓宝珊对胡景翼“换旗”一举的态度。
孙中山对参与陕西靖国军诸人仍抱殷切希望，1924年7月，他在给续西峰的信中，又提到了邓宝珊：
觉民刘君南来，藉审近况，至慰眷眷。吾兄好义，努力不懈，尤佩忠诚。今吾国祸乱至矣，人民之受苦深矣！奋不顾身出而救国救民者，能有几人？
伪廷群寇，窃据北方，只图一己之私，不顾天下之大。妖气弥漫，久而未靖，良用痛心！振臂高呼，协力讨贼，吾兄其图之。
宝珊邓君、虎臣李君勇于赴义，策划一切，当能为兄助。与邓、李二君相晤，幸望为致意。
北望无任驰系。惟勇猛前进，以副厚期。
陕西靖国军的活动，是辛亥革命后资产阶级民主革命运动在西北地区的余绪。尽管这一斗争有着严重的缺点，例如成分复杂、阵线不十分清晰、斗争的政治目标日益模糊、军队纪律不严等，但仍不失为反对北洋军阀统治的有进步历史意义的一场斗争。这一活动，是往后国民军陕军集团形成的前奏。其骨干人员后来都是国民军第二军的重要将领。
靖国军时期，邓宝珊个人生活发生的一个重要变化是，1918年秋，在胡景翼的撮合下，他与张玉燕在三原结婚。张玉燕是三原一读书世家闺秀，幼承庭训，多读诗书，为人贤淑，律己甚严。婚后，张玉燕为邓宝珊尽内助之力甚著。后来，冯玉祥对国民军官兵讲话时，每举张玉燕生活朴素、持家有方之例，宣传他提倡的平民生活作风。张玉燕夫人生有四女一男，依次为邓惠霖、邓友梅、邓引引、邓成城（男）、邓文文。
