咸丰在逃往热河途中，命令曾国藩速派湘军大将鲍超带兵北援。曾国藩一时举棋不定，因为北援事关“勤王”，无可推诿，但又想留下鲍超所部对抗太平军。他召集文武参佐讨论对策，要求每人提出一种方案，结果多数人主张派兵入卫，只有李鸿章力排众议，说“敌人已打进来，保卫京城其实是空话，而且湘军是天下的根本，不能轻动。”李鸿章认为英法联军业已逼近北京，入卫实属空言”，英法联军之役必将以“金帛议和”而告终。危及大清社稷的不是英法联军，而是造反的太平军。湘军“关天下安危”，应把刀锋对准太平军。至于北援，应“按兵请旨”，静待时局之变。曾国藩深受启发，一面上疏冠冕堂皇地表示：“鲍超人地生疏，断不能至，请于胡（林翼）、曾（国藩）二人考虑派一得力之人进京护卫根本”；一面在实际行动上采取拖延观变战术。结果不出所料，十月便接到“和议”已成、毋庸北援的廷寄。而同时接到率勇北上谕旨的河南、陕西等省巡抚闻命即行，结果却空跑一趟，劳民伤财。相比之下，则显出曾胡二人的高明，而他们二人之所以高明，则由于接受了当时正在曾国藩幕中充任幕僚的李鸿章的意见。事后，胡林翼选择李鸿章、陈鼐、李榕三人的献议附于曾、胡二人的书面意见之后，编为《北援集议》一书，刊行于世。大概由于内部议论，过于直露，不宜公开发表，在刊刻时删去一些内容。故李鸿章的条陈中已不见“按兵请旨”的字句。
这时，曾国藩军中又发生了另一件事，使李鸿章暂时离开了曾国藩幕府，但也使曾国藩更加了解了李鸿章性格中可贵的一面。当曾国藩的大本营驻扎在祁门时，曾将徽州方面的军务委任皖南道李元度。李元度，字次青，湖南平江人，与曾国藩同时办团练，招募八千人成立了“安越军”，转战于安徽、浙江一带，后来隶属于曾国藩部下。应当说，李元度与曾国藩既有同乡之谊，又是患难之交。李元度其人，虽非进士出身，但博通群书，长于文辞，晚年著述甚多，实在算得上一个才子。但他对兵书虽有涉猎，至于临阵作战、独当一面，实在非其所长。曾国藩委任他主持徽州方面的军务时曾再三叮嘱，要坚壁自守，不得轻易出战。咸丰十年（公元1860年）八月，太平军进军安徽，李世贤、杨辅清攻克宁国府（府治在宣城），连下数县。李元度自以为以逸待劳，可获大胜，便违背曾国藩的告诫，出城应战，结果全军覆没，其所属近万人被太平军全部消灭。时曾国藩被围于祁门，对此事一无所知，还指望突出重围，去徽州安身，但徽州兵败之后，李元度却不知下落，过了好久方才逃回曾国藩大营。对其兵败失地，曾国藩本来已十分恼怒，而兵败后不等待处分，反而私自回家，更使曾火冒三丈。曾国藩一怒之下，上疏奏劾，请斩李元度以明军法，并自劾用人不当，请求朝廷处分。李鸿章得知后，便拉上曾国藩的另一个幕僚陈鼐去劝说，认为患难之交，不可不留情面，并对曾国藩说：
“老师如果一定要劾奏李次青（李元度），门生不能拟稿。”
曾国藩更加生气，说：“我自己拟稿！”
李鸿章又说：“这样的话，门生只得告辞自家，不能留下侍奉老师了。”
曾国藩怒气冲冲地说：“听你自便！”
九月三十日，曾国藩在日记中写道：“日内因徽州之败，深恶次青，而又见同人多不明大义，不达事理，抑郁不平，遂不能作一事。”从曾国藩手书日记原稿看，曾国藩在“而”与“又见”之间，圈掉“少荃”两字，他的原意可能要写“少荃不明大义，不达事理”。
这自然只是两人间小小的分歧。两人争执后并未弄僵，所谓李鸿章当场拂袖而去的情节实属杜撰。李鸿章是告假离营，一年间决非断绝来往。告假期间，李鸿章与曾国藩信函频通，别后不到一个月李鸿章就给曾国藩写信，不到两个月曾国藩即函劝李鸿章出任南昌城守事。还有一个重要事实：告假前，李鸿章除了有福建延津邵道的实缺，还是湘军老营中仅次于曾国藩的第二号人物，省级大吏都知悉李鸿章在湘军总部总理文案，曾国藩的大事往往得李鸿章数言而决。 李鸿章的出走，从心理上说，是其雄心壮志久久不得舒展的情绪冲动。他追求青史留名，要的是封一路诸侯，而不是屈居人后。他在诗中抱怨“昨梦封侯今已非”，做梦都想踞有一块地盘，对寄人篱下的状况感到不满。曾国藩为此曾安慰他：“观察阁下精明强悍的神色流露在眉宇之间，写字则筋骨胜于皮肉，象不会长期置身于玉堂，带玉器优游。假若要当四方诸侯，按图索骥，不是南方的两粤，就是东方的三吴。”曾国藩果然看得准，同治元年（公元1862年）李鸿章得以去抢三吴这块地盘。但在此前，李鸿章却常因此而郁郁寡欢，或是吟“愁弹短铗成何事，力挽狂澜定有人”；或是叹“郁郁松楸望不开”，“空将双泪寄泉台”；或是发牢骚“蛰伏幕府之中，徒党都星散了”！当时湘军内部门户之见极深，李鸿章作为皖人虽居高位，却被占据要位的绝大部分湘人所排挤。那种克制忍让、忍辱负重的生活，令他感到极不舒畅。为此，他常有“戈马飘零何处家？”“四海无家行路难。”之叹。
李鸿章离开祁门，打算返回南昌哥哥家中，途中走访了胡林翼，并告知离开曾幕的缘由。胡林翼素知李鸿章有才略，就说：“君一定会发达，但希望不要离开涤生（曾国藩），若没有涤生，你不会被提升。”李鸿章听后，不以为然，愤愤地说：“我初以为你是豪杰之士，不需要别人而可以发展，今天才知我看错人了。”言毕，拂袖而去。归到下榻之地，整装将行。胡林翼派人挽留，李鸿章脾气又来了，仍执意要走。后经胡林翼强留，李鸿章才放下了行装。过后，两人又每日饮酒畅谈，只是不提曾之事。尽欢多日，李鸿章方才离去。
送别李鸿章后，胡林翼即写信劝说曾国藩：“李某终将发达，不若引之前进，对我军有利。”曾国藩经过冷静思考，认为胡林翼的看法很有道理，便于1861年二三月间写信给李鸿章，请他出任南昌城守事宜，以抗拒南路西征太平军。李鸿章也未割断与曾国藩的联系，直接写信劝说或请胡林翼代劝曾国藩从祁门“及早移军”先清江西内地。胡林翼支持李鸿章的主张，特地写信给曾国藩说：李鸿章之议“颇识时务”，左宗棠移驻九江之策“亦握形势”，“然丈未必采纳。能于湖口、东流驻使节、联络南北两岸之兵气，乃合使节之休裁，且功效必大。”他甚至委婉地批评曾国藩因小失大，不顾战略全局。曾国藩随即移节东流。
李鸿章滞留南昌期间，曾给丁未同年沈葆桢（字幼丹）去信询问福建情况，有意去闽任道员之缺。沈葆桢回信劝阻：“福建现在很乱，你去实在是屈才。”另一位丁未同年郭嵩焘（字筠仙）也致函李鸿章，“现在天下大乱，只有曾国藩才是靠山，应投他才对。”李鸿章“读之怦然有动于心”。同治元年（公元1861）年五月三十日，曾国藩乘机写信给李鸿章，情词恳切地请他回营相助：
阁下久不来营，颇不可解。以公事论，业与淮扬水师各营官有堂属之名，岂能无故奔去，起灭不测。以私情论，去年出幕时并无不来之约。今春祁门危险，疑君有曾子避越之情。夏间东流稍安，又疑有穆生去楚之意。鄙人遍身热毒，内外交病，诸事废阁，不奏事者五十日矣。如无醴酒之嫌，则请台旆速来相助为理。
曾国藩敦促李鸿章出山，意在为自己罗致建功立业的助手。李鸿章环顾左右，也确信当今可资“因依”而“赖以立功名”者只有曾国藩，因此捐弃前嫌，于六月六日赶至东流，重新投身曾幕。李鸿章第二次入幕曾府，曾国藩对其“礼貌有加于前，军国要务，皆与筹商。”吴汝纶撰《李鸿章江苏建祠事略》中说：“曾国藩前后幕僚，多知名之士，其能争议是非者，李鸿章一人而已。”虽不全是事实，但李鸿章“认真”的品格确为老师所欣赏。
李鸿章进曾国藩幕府等于进一个高级研究班。在军事上，他得以独当一面地招练骑兵、组建淮扬水师，复习他以前自学的步兵战术，故出幕时三大主要兵种的大部队指挥已相当娴熟。同治二年（公元1863年）上海官员惊奇地发现，李鸿章亲自动手绘图描型，改建了上海水师战船、战艇式样，十分在行。以前，李鸿章能浪战而不耐战，不善防守，在曾国藩身边，他学到了深沟高垒的“站墙子”防御之术，学到了保饷道、粮道而无后顾之忧的坚守之法。李鸿章曾说： “我以为湘军有异术，今天晓得，不是别的，只不过听到长毛来站在墙子前罢了。”正是这站在坚厚墙壁前的防守战术，使当年淮军在关键的虹桥之战、北新泾之战中未被太平军击败。
李鸿章在曾国藩身边变得成熟起来，从政事到立身处世均有长足进步。从李鸿章的身上常常可以看到曾国藩的影子：曾国藩早就使用洋炮，李鸿章来沪后更爱洋枪洋炮：曾国藩上马杀敌，下马讲学，幕府中供养“三圣七贤”十位名儒，李鸿章来沪后也效其技，并与上海势力中的商绅打成一片；曾国藩处理军政大事虽征询幕友，然决断善断一由己意，李鸿章更青出于蓝，来沪后不容他人与自己平起平坐。李鸿章终其有生之年感谢曾国藩的“积年训植”，他曾对人说：“我跟从的师辈多了，没有一位像这老翁善教的。他随时随地随事都有所指示。”李鸿章成名后朝野舆论也说他“果毅坚贞，克绍曾门衣钵”。他自己则说：别的弟子多不愿遵从师门成法，但“鸿章笃守”。无疑，李鸿章保持谨守师法的形象对自己最有利；而曾国藩授心传于李鸿章，也有其明哲保身的深意。 所以说，曾国藩和李鸿章虽然也有过不愉快的经历，但从总体上看，曾国藩无愧为李鸿章的老师，李鸿章从曾国藩身上得到以及学到的东西是不能用言语一一概括的，李鸿章所作给曾国藩的挽联应该是其内心真实的写照吧！
成功语录：功不可一人独享，势不可一人占全。
