敏珠林寺位于扎囊县城东南的扎期区，寺院坐西朝东，四面群山环抱，山清水秀，环境十分优美。敏珠林寺是西藏宁玛派的主寺，建于清康熙十五年（1676），由宁玛派的一位伏藏大师创建。
“伏藏”就是埋在地下或者山洞里的经典，后来被人挖出来。这个挖经典的人被称为“伏藏师”。经典为什么要埋在地下呢？因为佛教在西藏的传播经历了很长时间，其中有高潮也有低谷。在遭遇“灭佛”灾难时，一些佛教徒就把佛经藏起来，埋在地下或藏进人迹罕至的山洞。大约从12世纪开始，宁玛派中出现了一些挖掘“伏藏”的人．经过几个世纪的不断发现，挖出来的经典被汇集到一起刻印出来。这些失传后又被重新发现并刻印流传的经典称为“南藏”。敏珠林寺就是属于藏传佛教宁玛派“南藏”传承的寺院。
敏珠林寺面积约10万余平方米，主殿是祖拉康。经堂有20根柱子，四壁上绘有无量寿佛、绿度母、莲花生像。北偏殿是护法神殿，门框、门楣上绘有很多人头，护法神面目狰狞，多头多臂，手持武器或法器，骑着走兽，足踏鬼怪。这是宁玛派寺院的一大特点。按藏传佛教的解释，这些忿怒的护法神灵是寺院防御敌人和恶魔的守卫者。这种造型粗放、夸张的神灵形象，也是西藏密宗艺术的代表。南偏殿有银质灵塔。正中墙上绘着文殊菩萨像，骑着狮子，右手高举宝剑，梳着高耸的发髻，象征大日如来的五种智慧。
拉康内有10座大铜塔，高低不等，有的是灵塔。墙上绘有释迦牟尼成佛以前的一些故事。
佛殿高6米，主供将近4米高的释迦牟尼塑像，他结跏趺坐在莲座上，背光绘有大鹏展翅、海龙翻滚、狮子跳跃等图画。他的两边是八大弟子，衣着华丽，体态俊美。殿门两边各有一座3米多高的护法神像，龇牙咧嘴，长蛇缠身，十分恐怖。殿外有转经廊。
祖拉康二层有五间小佛殿，供着一些佛塔、灵塔，还有十六罗汉、佛经等。三层有两个佛殿，其中一个喇嘛拉康内，绘有历代著名宁玛派喇嘛像。金色的殿顶有法轮、鹿等，雄伟壮观。
除祖拉康外，敏珠林寺还有其他大殿，城堡似的环绕在四周，并且有一座高13层的佛塔，顶上覆盖镀金的“十三天”。整座寺院规模宏伟，不愧是宁玛派的主寺。
敏珠林寺注重研习天文历算、医学，并以书法优美著称。依以往惯例，由敏珠林寺选派高僧，一部分担任设在布达拉宫内的僧官学院的教师，另一部分人则到门孜康（医学历算局）负责研究历算和编写修订《藏历年表》。
宁玛派是藏传佛教各教派中历史最久的一派，敏珠林寺在研究宁玛派的历史、教义等方面，具有十分重要的地位。寺里的僧人可以娶妻生子，在寺主的继承上是以父子或翁婿传承，并不完全限定在父子血统关系上。
敏珠林寺是传承宁玛派“南藏”的主要寺院，宁玛派“北藏”也是由伏藏师发掘的，不过比较晚，在16世纪。传承“北藏”经典的主要寺院叫多吉扎寺，在贡嘎县城雅鲁藏布江对岸。“北藏”中有很多经籍都是原来经典和伏藏中所没有的，这些伏藏中，有讲宁玛派传承的，有讲医学的，有讲吐蕃王朝时期历史的，其中较著名的有《五部遗教》、《莲花生遗教》等，对研究吐蕃历史有一定的参考价值。
宁玛派作为一个教派，它不像萨迦、噶举等其它教派，一直有一个中心寺院，也不像其它教派那样和地方势力有比较密切的关系。它是分散发展的。宁玛派在元朝虽然和中央政权建立了联系，但由于组织涣散，单线传承，故始终未形成一个稳定的寺庙集团势力。直到16世纪，在前藏才出现了较有规模的宁玛派寺院。宁玛派三大寺院中还有一个琼结县的白日寺。如今多吉扎寺和白日寺仅余废墟，只有敏珠林寺保存完好，因此更为珍贵。
