然而，这项对中英两国都有好处的事情却在广东遇到了障碍，广东人的反对出人意料地激烈。
事实上，在鸦片战争之前，与世界交往最多的肯定是广东人。他们与外部世界通商的历史至少有三百年以上。广东人较内地中国人更多地知道外国和外国人的真实情形，在很长时间与外国人相安无事，说说鸟语，挣点外汇，赚点沟通中外商业往来的中介费，生活不土不洋不中不西，与内地相比，知道世界；与外国人相比，知道中国。这是近代中国历史上一批非常独特的人群。
及至五口通商，广东在沟通中外方面的地位迅即衰落。新开放的四个通商口岸有两个在江浙，如果从地理区位来说，先前贸易份额比较大的江浙地区肯定不会舍近求远，离开熟门熟路，或许还有多种关系的江浙口岸继续转赴广东。至于整个华东、华北，甚至华中许多地方，其实都面临这样的问题。于是，上海在五口通商后迅速崛起，渐渐取代广东在全国经济中的领先地位。广东慢慢没落，生意越来越萧条。
面对此情此景，先前专吃中外商业中介这碗饭的人心中充满愤怒，他们觉得这场战争的最大受害者不是被划出去的香港，也不是朝廷拿出来的那些银子，而是他们这些靠山吃山的人。他们当然不会理解中英谈判的主旨和意义，不理解中英贸易均衡的意义，不理解五口通商对中国未来的价值。他们所知道的非常简单，就是五口通商不仅使外国商人被无端分流到另外四口，而且使国内商人也因为五口通商不再来广东消费了。先前依附在十三行之下的地方官吏，不分大小都程度不同受到打击，滚滚财源就被这一纸文书而禁绝。他们不敢恨朝廷，但他们敢恨英国人。因此，等到《南京条约》达成，广东十三行生意明显萧条，原本最开通的广东人突然变成最激进的排外主义者，以为广东现在的不景气，都是这些洋人惹的祸。[?（美）马士：《中华帝国对外关系史》（1），415页，北京：商务印书馆1963年。
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广东人的排外情绪格外高涨还有一层原因，就是在战前，在广东的外国人趾高气扬不可一世，也在广东人心中留下了不愉快，甚至是仇恨。在那时，中国政府也给外国人一些比较特殊的优惠政策，素养高一点的外国人还能继续保持谦卑，彬彬有礼；素养差一点的外国人，利用这些政策优惠飞扬跋扈为所欲为。广东人特别是下层人不免有时感到郁闷感到可怜感到气愤，这是鸦片战争后广东排外情绪高涨的一个原因。
当然，也有相反的例证。外国人主要是英国人，也并不都觉得在广东就是座上宾，到处随时受到中国人恭维。相反，他们多年来感到在广东获得很多不公正的待遇，广东人以主人的姿态对他们指手画脚肆意妄为，广东人不尊重他们的文化和生活习惯，广东人始终将他们这些外国人当作“蛮夷”，多年来这些外国人“客场”生活，只能忍气吞声低三下四。
现在不一样了，大英帝国打败了中华帝国，这些英国人觉得自己终于成为战胜者。这些战胜者无法把持自己的激动，更不能理解中国人因为失败而产生的沮丧心理和排外情绪。胜利后的外国人对广东人颐指气使，以胜利者自居，无形加剧了中外之间的敌视、敌对与仇恨。
轻浮的外国人没有适可而止，没有顾忌广东人的沮丧情绪正无处发泄，因而在鸦片战争之后，在广东出现的一个比较特殊且不可思议的事情，就是无缘无故地杀害外国人。根据蒋廷黻研究，那时，一些外国人很乐意在休息日到郊区游玩，经常就莫名其妙出其不意地被中国老百姓杀害了。[?蒋廷黻《中国近代史》，21页。
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当时负责处理这些事务的耆英，应该是对外部世界了解比较多的中国人。1843年他再任钦差大臣，与英国人续谈并签订《中英五口通商章程》和《虎门条约》，稍后留在广州担任两广总督兼办通商事务，并在此期间与美国签订《望厦条约》，与法国签订《黄埔条约》，将《南京条约》诸多原则灵活运用，与美法诸国和平谈判，避开了战争，打开了国门，是真正将中国推向世界的人。
在广州期间，耆英看到英国人被无知无识的中国人无端杀害，非常痛心。他的良心、知识告诉他，这样下去肯定不行，无端杀人必须制止，否则必将引发更加严重的种族仇杀，甚至引发中英之间新的战争。为了防止这种最坏情况发生，耆英按照中国法律，对那些无端杀人者从重处罚，给予严惩，大约有杀一儆百以儆效尤的意思。平时，耆英利用官方资源加强对外国人的保护，竭力防止中国人仇杀外国人这种极端事件成为常态，尽最大可能让重新构建的中英以及整个中外关系维持均衡、和平和稳定。从大历史的眼光看，耆英的这些做法是一个负责任的督抚应该做的事。
然而，对于鸦片战争之后的广东人来说，耆英的做法似乎很不得人心。全国士大夫几乎众口一词骂他卖国，广东士大夫更是刻薄地骂他是洋奴，是英国人的跟班。
这些士大夫长时期误解儒家“华夷之辩”“夷夏之防”的真义，不理解儒家思想的本质从来不是一个排外体系，儒家之所以从齐鲁那个小地方成为影响全国甚至影响东亚的主流思想，主要不是因为儒家的排他性。恰恰相反，是因为儒家思想在本质上最具包容性，儒家能够汲取所遇到的一切思想精华，能够将任何思想体系中对我有用的东西拿过来。明代晚期徐光启、李之藻等大儒非常明白这些道理，因而当他们与来自西方的传教士利玛窦等人相遇时，相互钦佩，相互观摩，相互交流学问心得。晚明遗风才是真正的儒家传统，只是经过两百年满洲人异族统治，中国人已经弄不清儒家思想、中国文明的真正意义，狭隘的种族意识反而在这两百年慢慢养成。
文化的交流，新文化的养成，首要在于让文化的载体正面接触，如果没有中西人士的正面接触、和平接触，如果中国人见到西洋人就喊打喊杀，那么中西之间永远相互敌视。不管是中国政治的进步，还是文化的进步，首要的就是要有一种文化交流的雅量，要让中国人和西方人和平共处在同一块蓝天下。相互接触，才能取长补短，才能共同进步。隔离的制度，只会让仇恨延续，文明固化。耆英那一代面向世界的中国人或许没有如此理性的认识，但是毫无疑问，他们注意到了这些问题，因而他们竭力主张按照共识，让英国商人像中国人一样在广州生活，在潜移默化中相互影响。
五口通商后，因经济上的实际损失，向来与外国人相处比较融洽的广东出现极端严重的排外情绪和大规模自发排外运动。他们不仅利用一切机会冲击在广东的外国人，杀害外国人，而且极为坚定地拒绝外国人入城。
根据《南京条约》第二款规定，五口通商后，中国政府准许英国人连同他们的家眷，寄居在广州、福州、厦门、宁波和上海这五个通商口岸。这是一个纯粹的商业决定，因为中国已经允许五口通商了，允许外国商人常住在这几个口岸照顾常年生意了，不再像过去那样每年两次“广交会”了，外国人也就没有办法去澳门过冬，或动辄回国休假。生意毕竟就是生意。
条约还规定，英国政府可以在这五个通商口岸派驻领事、管事等官员。他们的职责，主要是照料自己的臣民，遇到什么事情，代表英国政府与中国方面进行交涉。
这些规定放在今天，根本不值一提。中国现在与任何国家建交，首先必须解决这些问题，而且是双边互惠，没有人会对这样的互惠提出任何异议。然而在那个时代则不然。清政府在条约签订之后又有一些反悔。
清政府一些官员认为，根据条约，外国人入住通商口岸是指可以住在“城邑”，并不是指必须或应该住在城里。城邑并不是城里。条约没有给外国人入住城里的权利。
中方官员盯住的这一点也不能说没有一点道理。因为《南京条约》的英译本把中文本中的“港口”“城邑”，一律翻译成了Cities and Towns。这显然有点小问题。
按照英国人的理解，Cities and Towns就是指城里，因此英国人按照条约当然有权入住城里，甚至有权在广州任何一个地方居住。换言之，中英两国对条约的这一条规定有理解上的分歧。
其实，《南京条约》的中英文文本都是英国人提供的。英国人在中文本中将城邑与港口做了区分，港口并不意味着是城邑，城邑并不必然是港口。这是肯定的，这也是中国人的通常理解，没有问题。问题在于，英国人在英文本中似乎并不认为这个区别有多大，这或许是英国人的岛国意识决定的。在英国，大约重要港口都是城邑，稍微重要的城邑一定是港口。城邑与港口在英国人的概念中区别不大，因而英国人就没有在中文中作更细致的分别。
面对这样的差异，中英之间的矛盾是否无法化解，是否必然要重借武力用军事冲突去解决呢？显然不应这样想。道理很简单，如果英国人刻意在文字上耍花样，凭借英国人的实力，他们完全可以在《南京条约》签订时就用一种表达方式，不用“城邑”或“港口”，那么中国在那个时候也必然接受。此一时彼一时，中国一些官员之所以到了木已成舟米已成饭的时候还来争这样的细节，主要还是内心深处不平衡，气不顺。
入城或者不入城，其实无关宏旨。中国人适当闹闹，也不是不可以，因此当英国人将入城的道理以及对双方的好处说明白了，中国政府并没有在这个枝节问题上无理纠缠，没完没了。中国政府实际上已经同意英国人入城，同意按照英国人的理解及解释执行条约。而且实事求是地说，英国人入城居住必然在城里消费，从纯粹的商业观点看，广州人没有不同意的道理。
然而，广州人就是死活不同意。当然，这里所说的广州人，也并不是一般意义上的广州人，而是广州城厢内外的士绅阶层。士绅阶层坚决不同意让英国人住到城里，甚至发誓不惜开战，不惜牺牲。[黄宇和：《两广总督叶名琛》，19页，上海书店2004年。
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广州士绅不同意英国人进城居住，并没有多少特别的理由，主要与传统与习惯有关。在五口通商前，广州一口通商，广州人是最早与外国人打交道的中国人，但是那个时候，广州延续明末清初以来的传统，并不让外国人在城里居住，而是让他们不参加贸易洽谈时，必须离开广州，退回澳门，或者回国。即便到了十三行时代，十三行在城外，外国人住在十三行，依然不能随便进入城里。
十三行时代，外国人在广州的数量并不少了，但他们不能随便进城，而是居住在城外的十三行。这究竟是什么意思呢，其真相究竟如何呢？
一方面，当然有广州人固步自封，将自己的城厢看成圣地的意思在，以为外国人随便进出，有伤大雅，不太合乎体统。其实，另一方面，广州人居住的内城缺少公共设施，缺少市政管理，缺少起码的卫生条件，而且缺少改造的可能。因为改造一个旧城，不如建造一个新城更简单、更便宜。由此理解十三行时代广州外国人集中居住在城外，应该顺理成章，是一个更好的选择。
然而时间久，许多事情的真实起因就不清楚了。等到五口通商，条约规定外国人可以进城居住，或者说，条约没有反对外国人入城居住。到了此时，先前的双方都弄不清各自所持立场的本来意义了。
由于先前那么多年外国人不进城里居住，外国人也对城里产生了一种神秘感，你们越不让我进来，我就越想进来。这是人类很正常的好奇心，此其一。其二，英国人此时毕竟是以胜利者姿态重回广州，莫名其妙地产生一种征服者的心情，但凡先前没有做，或者不便做的事情，总是有一种尝试的冲动。过去你们中国人将城厢视为圣地，不让我们英国人进入，好像我们英国人进去了有损你们中国人尊严，现在好了，我们可以光明正大冠冕堂皇地入住广州了。
对于广州人、英国人这种复杂的心理情结，两广总督耆英相当理解，他想尽一切办法去调解中外之间的冲突，希望广州人能正确理解五口通商后的好处与问题，不要将五口竞争视为广州末日。应该利用这个机会改善广州基础设施和服务，要坚定地相信，只要广州的服务、基础设施改善了，广州依然具有其他四口所不具备的区位优势，依然可以吸引更多外国商人和国内商家。
然而，耆英的这些认识无法成为中外共识，英国人不甚理睬，广州人更是不愿意听，中外之间的冲突在广州士绅阶层主导下愈演愈烈，最终一发不可收拾。
1843年6月26日，耆英与璞鼎查在香港互换《南京条约》批准书。7月22日，中英公布《五口通商章程》及《海关税则》。由此，《南京条约》规定的五口通商进入实施阶段，英国人外交官和商人也就应该根据这些约定入住广州。[《帝国主义侵华史》（1），17页，北京：人民出版社1973年。
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或许是因为宣传不够，或许因为毕竟是前无古人的事情，英国人入住广州引起了轩然大波。广州城厢民众在士绅领导下竟然坚定地拒绝英国人进城。英国人觉得这是个原则，中国人觉得这是面子。双方僵持不下，入城和反入城，成为中英关系史上的奇观，不为利只为名。耆英疲于奔命，两边调解，请英国人再给两年宽限时间，让中外情绪缓和下来再入城。
用今天的眼光看，耆英的做法并没有错误，然而那时朝野内外上下一片攻击、咒骂的声音。清廷只好委屈耆英，免去他的两广总督。
五口通商是鸦片战争之后中英两国的妥协。从后世眼光看，是一个双赢的结果。中英之间，其实是中国与世界之间过去很多年积累的贸易不平衡，如果按照《南京条约》及其相关文件规定认真执行，随着五口通商逐步实行，随着中国市场逐步开发，随着中国人消费习惯逐步改变，中国终究能够像西方先发国家一样，具有巨大的市场机会。中英之间、中国与世界之间的贸易不平衡终将打破，庞大的人口基数、广袤的国土，必将使中国成为世界称羡的新兴市场，必将使中国由农业文明的世界第一转变为工业化时代的世界第一，必将使中国成为世界市场的一个重要组成部分。
