拉藏汗假意退兵，一方面是顾忌拉萨是桑杰嘉措多年经营的地盘儿，动起手来胜负难料；另一方面，他也担心手里军队不足，要有必胜的把握，他才不会放虎归山呢。
两方表面上都离开了，其实暗自里开始调兵。过了没多久，双方主力开始在拉萨北面决战，桑杰嘉措虽好不容易凑足了三路人马，可藏军无论如何也打不过精锐的蒙古大军，很快败北，桑杰嘉措也被活捉。
在牢狱中的桑杰嘉措此时才安下心来，细细思量这一生走过的足迹，他突然感到很轻松，这副担子，终于卸下来了，虽然没有成功，但自己已经尽力了。从认识五世达赖喇嘛的第一天起，他就打算用这一生去追随他，至死不渝。五世达赖喇嘛给了他太多智慧、勇气、他从来没有想过自己还能活着，也从来没有指望会有人来救自己。可是他也感觉到了一丝悲哀，他一生背负着欺君的罪名，专制强权的恶名，冷酷无情的骂名……
他一生是伴随着五世达赖喇嘛和六世达赖喇嘛度过的，他们就是自己生命中的一切，此生唯有以死相报，这是他的宿命，也是他的骄傲。
他现在只是放不下年轻的活佛仓央嘉措，他教这个孩子知识和经典，扶持他坐上活佛的位置，可是这个孩子不领情，还闹出了很多违反教规的事。
现在，一切尘埃落定，只剩下静静地等待着命运的判决了。他回想自己的这一生，像一个孤独的苍鹰，一次一次地向蓝天冲击，直到精疲力竭。他不需要别人来理解，他也没有任何的要求，他生来就是一个遗世孤立的男子，独自行走在广阔的大草原上，不为任何人停留。他所遗憾的，是这世道早已沧桑，转瞬巨变，一下子变得让他不认识了。
没多久，桑杰嘉措就被处决，传说是被拉藏汗的王妃砍了头。
那么，桑杰嘉措是不是被拉藏汗的王妃杀害的呢？这就不得而知了，一个妃子，能有权力做出这样的决定吗？莫非，他们之间有着耐人寻味的隐情？
有民间传说，桑杰嘉措和拉藏汗同时喜欢上了一个女人。
桑杰嘉措遇到这个女人的时候，她还很小，出落得出水芙蓉一般，让桑杰嘉措一见倾心，两个人相爱了，每天流连在拉萨的街头，郎才女貌，很让人羡慕。
接着桑杰嘉措就任了摄政王第巴，开始变得忙碌起来，相约的时间越来越少了。女子感到很明显自己不能和情郎在一起了，就嫁给了暗恋自己多年的拉藏王子，也就是现在的拉藏汗。到了娶亲的当天，拉藏王子发现这个女子不洁，只不过是桑杰嘉措遗弃的残花一朵，于是他如鲠在喉，每天想着要扬眉吐气，除掉桑杰嘉措。
于是后来有人说，杀掉桑杰嘉措的就是这个女子。到底是不是呢？如果是，是因为由爱生恨吗？那么这个女人的心肠也太毒了。求之不得的爱情，真的会让一个柔情似水的女人，变成一个杀人不眨眼的恶魔吗？古语有云：“青竹蛇儿口，黄蜂尾上针，两般皆尤可，最毒妇人心。”
在这里，有必要澄清一下桑杰嘉措这个人，有人认为他是一个利欲熏心的人，一直把仓央嘉措当作自己的傀儡，有人认为他所做的这一切都是为了他自己的权利欲望。有人认为，他是一个近似于曹操的枭雄，“挟天子以令诸侯”。几乎所有的书籍介绍中，都让人感觉他是一个政治投机者，甚至有的学者还把他当作卖国贼，只是因为他结交了噶尔丹。
周公恐惧流言日，
王莽谦恭未篡时。
若使当时身便死，
千古忠佞有谁知？
周公，姓姬，名旦，是周文王少子。有圣德，辅其兄武王伐商，定了周家八百年天下。武王病，周公为册文告天，愿以身代。藏其册于金匮，无人知之。以后武王崩，太子成王年幼，周公抱成王于膝，以朝诸侯。有庶兄管叔、蔡叔将谋不轨，心忌周公，反布散流言，说周公欺侮幼主，不久篡位，成王疑之。周公辞了相位，避居东国，心怀恐惧。一日，天降大风疾雷，击开金匮，成王见了册文，方知周公之忠，迎归相位，诛了管叔、蔡叔，周室危而复安。假如管叔、蔡叔流言方起，说周公有反叛之心，周公一病而亡，金匾之文未开，成王之疑未释，谁人与他分辨？后世不就会把好人当作恶人？
王莽字巨君，乃西汉平帝之舅。为人奸诈。自恃椒房宠势，相国威权，阴有篡汉之意。恐人心不服，乃折节谦恭，尊礼贤士，假行公道，虚张功业。天下郡县称莽功德者，共四十八万七千五百七十二人。莽知人心归己，乃眈平帝，迁太后，自立为君。改国号曰新，一十八年。直至南阳刘文叔起兵复汉，被诛。假如王莽早死了十八年，不就是一个完名全节贤宰相，垂之史册？不就会把恶人当作好人么？
俗话说：“日久见人心”，又道：“盖棺论始定。”桑杰嘉措不是王莽，也不是周公，他虽然死了，是忠是佞，还是有很大的争议。从桑杰嘉措的生平可以看出，他所做的一切，没有一件事是为了自己的。
1653年，清顺治十年，桑杰嘉措出生在拉萨一个大贵族家庭。这个家族与五世达赖喇嘛家族的关系极为密切，曾为早期格鲁派政权的创建立下了汗马功劳。桑杰嘉措的叔叔赤烈嘉措很早就开始随侍五世达赖喇嘛，深得五世达赖信任。赤烈嘉措是西藏的第二任第巴，居功甚伟。
在桑杰嘉措8岁的时候，他便被送到布达拉宫生活。五世达赖喇嘛非常喜欢这个聪慧的孩子，他亲自教桑杰嘉措多种学问，从小培养他从政的能力。他从小就学习佛典，梵文、诗学、文学、史学、医学、历算诸科，博览群书。因为五世达赖对他过分的喜爱，甚至让学者考证桑杰嘉措是五世达赖喇嘛的私生子，并在史籍中找到了有关的记载。
在桑杰嘉措23岁的时候，时任第巴一职的洛桑图道辞职，五世达赖喇嘛就想任命他为第巴。他说按照神的指使，桑杰嘉措最适合担当第巴，他反复派人劝说，但是桑杰嘉措还是以自己年龄不大、威望不高拒绝了。不仅如此，他还给五世达赖推荐了一个人，这个人叫罗桑金巴，就是第四任第巴。
没多久，罗桑金巴很快就患病不起，3年任期之后，罗桑金巴辞职。
这时候，五世达赖喇嘛坚决要任命桑杰嘉措为第巴，但是桑杰嘉措还是拒绝。五世达赖喇嘛多次派人劝说不行，最后自己亲自去劝说桑杰嘉措担任第巴。
即便这样，桑杰嘉措还是拒绝。桑杰嘉措真的是不想担任第巴，他只想潜心研究佛法。但是这一次罗桑嘉措没有妥协，他直接颁发了文告，并且将文告公布于众。在文告中这样写道：“桑杰嘉措于达赖喇嘛无异”。这句话，便可以充分体现桑杰嘉措在他心目中的地位。为了树立桑杰嘉措的威望，罗桑嘉措又以按手印的方式使众人听命于桑杰嘉措。他对桑杰嘉措的爱赞之心十分明显。
从此，桑杰嘉措开始走上了执政西藏的道路。这一年是公元1679年，清圣祖康熙八年，藏历第十一饶迥土头羊年。
1682年，五世达赖喇嘛病入膏肓，这时正巧桑杰嘉措也生病了。五世达赖喇嘛不顾自己的安危，托口信给桑杰嘉措，让他保重身体。
第二天，他带病还朝礼神像，为桑杰嘉措祈福消灾。这时候，离五世达赖喇嘛的圆寂，仅隔两天。
两天后，五世达赖喇嘛罗桑嘉措形神渐枯，自知即将圆寂，于是招来桑杰嘉措，将最后的遗愿一一袒露。这是情同父子的两个人之间最为真挚最为坦诚的倾心交谈。
最后，五世达赖喇嘛交给桑杰嘉措一卷鲜血写就的羊皮纸，随后安然离去。
那卷羊皮纸中，就是写了自己的转世仓央嘉措的情况。这，已然是五世达赖的临终托孤了。
这一天，桑杰嘉措站在五世达赖喇嘛的身旁，看着天边的落日，感觉到了夕阳西下的寒意。他看着这个慈善得如同父亲一样的老人，心里充满了各种感情。
从自己8岁开始，这个老人就开始教自己各种知识，对于自己既像老师又像父亲，就在这个老人临终前的两天，竟然还在为他祈福。
这一切，都融入了桑杰嘉措的身体里面，让他们结合为一体。无论经过多少的轮回、穿越、生死，都不能消散。
他要担负的，是一个族群的安稳，一方水土的兴旺。西藏的这块土地，格鲁派的命运，都和他紧紧地连在一起。他要完成五世达赖喇嘛的遗愿，秘密培养一个接班人、培植本土势力，建立一个以五世达赖喇嘛为模板的政治格局。
从此，直到桑杰嘉措死，他一直都向着这一目标前进，而这，也是他为之奋斗一生的事业，他跟西藏这块土地，跟达赖喇嘛，同生共死。
虽然有人说他篡权，虽然有人暗中对他下黑手，虽然有人对他不解。他不争辩，也不需要争辩，让时间来证明这一切吧。
终于有一天，一切都尘埃落定。桑杰嘉措在朗孜村被斩首，时年52岁。
后世的学者无论怎么评价他，都肯定了他作为一位政治家的历史贡献，还有他的文化贡献。他也是西藏的著名学者，其著作包含《布达拉宫志》、《六世达赖传》、《五世达赖诗笺》、《医方明仙人喜宴》、《浦派历书白琉璃》等。
