9月5日，华中军区来电，命令朱云谦带16团经六合、天长、仪征向高邮转移；盱、来、嘉三县地方武装留下来就地坚持游击战。接到这个电令，朱云谦感到为难，他熟悉路东的地形和敌情，他觉得从当时所在的嘉山地区，经盱眙的河梢桥渡推河向淮北突围，距离比较近，又是丘陵地带，便于隐蔽前进，万一突不过去，可以就地转战；而军区指定的路线，路途既远，地势又平，途中敌人也多，必将连续作战，付出较大代价。朱云谦给淮南军区发急电，建议带16团向北转移到淮北。9月7日，淮南军区复电朱云谦，要他坚决按华中军区指定路线转移。朱云谦明知这样走困难多，风险大，但他决心服从上级命令，竭尽全力，力争圆满完成突围任务。
9月9日黄昏，朱云谦带16团向东转移。按上级规定留下来的各县武装，要求到高邮湖边休整一下，也跟朱云谦走，加上一些地方干部，整个队伍2000多人。16团政委王胜凯在突围前的黄寨战斗中身负重伤，双目失明，用担架抬着转移。“有部队在，就有政委在！”这是大家一致的决心。转移的第二天早上，王政委恳切要求留下来，以减轻部队负担。朱云谦再三安慰，请他安心随部队行动，保证把他带到苏中。可王胜凯政委坚决要求留下。朱云谦同团长彭济伍商量后，决定留卫生员和警卫员各一人陪王政委，并且给他们三人换上便衣，带上一笔钱和一些药品，委托来安县进步人士郑叔勤把他们三人隐蔽下来。
朱云谦带部队突围的路线，基本上是沿着来安、天长和六合三县之间，即是安徽、江苏两省交界的丘陵地带走。沿途要闯过敌人四条公路封锁线。路上遇到零星敌人他们就坚决消灭，大股敌人来了他们就且战且走，尽力把敌人甩掉。经过40天的游击战斗，干部战士普遍面黄肌瘦，体力极度下降，生病和负伤的同志疼痛难忍，咬紧牙关坚持下来。尽管指战员们疲惫不堪，在这40天中，只要一听到枪声，一发现敌人，所有的同志个个精神抖擞，奋不顾身地向前冲。9月10日中秋节这一天，他们闯过两条公路后，在四合墩附近同敌26军两个团遭遇，受到敌炮兵的轰击和步兵的阻击，战斗持续了三四个小时，因天降大雨，天色昏暗，敌人不知底细，不敢贸然进攻，朱云谦果断指挥部队夺路而走，经过大井赵、冶山，沿着金牛山东进，半夜12点到达横山附近。这时，敌人才觉察到他们遇到的是人数不少的新四军主力部队，于是下决心调集兵力“围歼”。
9月11日晨，敌军从几个方向向横山靠拢。16团1营首先同敌人交手。朱云谦正忙于指挥部队对付敌人的包围，突然接到淮南军区转来的华中军区的电报，电报指出，敌26军已集结于天扬公路，原定朱部渡高邮湖去苏中已不可能，要求朱云谦率16团迅速返回盱嘉渡淮河到淮北再转苏中。读了这份电报，朱云谦产生了激烈的思想斗争。渡淮河到淮北，本是他一星期前提出而未被上级采纳的建议。如今他按上级指定的路线走了一大半，部队吃尽千辛万苦，再返回去谈何容易！不执行这个指示，是违背上级命令；执行这个指示，部队很可能被敌人打垮或拖垮。朱云谦左思右想，反复权衡各种利弊，他得出结论：上级的根本目的，是要16团安全突围到苏中，而走哪一条路线，是个具体执行问题，需要从实际出发，不能机械地对待。他马上起草电报回报军区，内容大意是：目前东渡既困难，西返则困难更甚。部队疲劳不堪，再返盱嘉实难掌握，若淮北情况变化，则进退两难。向西绝非良策，决心于13日突围东渡，必要时牺牲一部在所不惜。希陈、艾准备配合。
朱云谦发出这份电报，就下了为这次行动独自负责的决心。他想到，如果突围不成，全军覆没，他不仅要负失败的责任，还要负违抗上级命令的责任。他自信继续东进比返回去更有利，但东进也并非没有失败的可能。有绝对把握的办法是没有的。此时此刻，他只能冒险东进，死里求生，置个人得失于度外。
电报发出后，1营方向枪声激烈，朱云谦和彭团长紧急商定，由彭团长到1营指挥并伺机脱离敌人，按计划东进。彭团长冒雨上路。当晚，朱云谦找来随行的嘉山、来安两县党政军负责同志，向他们传达了军区的电报指示和他复电的内容。大家都认为返回去实际上绝无可能，继续东进是惟一出路。这时得到报告，彭团长带电台人员在去1营途中失踪。大家吃了一惊，都把目光盯在朱云谦身上。朱云谦估计彭团长一行可能在雨中迷路，赶快派人外出寻找。派出的人找了两小时不见踪影，又估计彭团长一行亦可能按计划东进，亦可能遭到敌人杀害。情况险恶，夜间12点半，朱云谦带领部队按计划离开横山东进。
9月12日拂晓，部队接近草庙山，敌人也追了上来。朱云谦急忙命令部队上草庙山，抢占有利地形。很快，从樊集和金集赶来的敌人，在山下形成包围的阵势，不断向山上打炮，硝烟笼罩着南北两个山头。敌人妄图把这支新四军部队消灭在山上。从上午10点到12点，敌人连续发动攻击，都被朱云谦指挥部队打退。敌人没有攻上山，但也不后撤，显然是在等待援兵。草庙山上杂草丛生，树木很少，在太阳的暴晒下，战士们无食无水，饥渴难耐。午后，朱云谦从望远镜中看到敌人的援兵已到，包围草庙山的敌人已不少于四个团。朱云谦同各县领导同志商量后，决定下午3点冲下山去。他动员干部战士说：经过三天三夜的急行军和连续战斗，我们离高邮湖只有大半天的路程了，胜利已经在望！我们要趁敌人还没有做好攻山准备的时候，杀开一条血路冲下山去！他叫机要员烧掉密码本，叫连队把打坏的机枪丢掉。他自己作了牺牲的准备，脱下旧军衣，换上保存很久的一身草绿色新军衣，把两支驳壳枪都上满了子弹。同志们听了朱云谦斗志昂扬的讲话，看了他的战斗准备，也都抱定誓志，准备决一死战！
突围的时刻到了，部队分三路下山。前卫排都是各单位挑选出来的精壮小伙子，端着上了雪亮刺刀的枪支，像猛虎一样扑下山。朱云谦手提两支驳壳枪，向山下猛冲。虚弱胆小的敌人大吃一惊，不敢上前阻拦，忙用火力封锁，子弹雨点般泼过来。部队边还击边猛冲，一口气从草庙山顶冲到谕兴集外，把包围草庙山的敌人甩得远远的。
从草庙山向东，基本上是平原。前面天扬公路是敌人最后一道封锁线。朱云谦告诉部队，过公路要随时准备投入战斗，再打一次恶仗。令人高兴的是，太阳落山前，部队同东南支队派来的便衣队接上了头，晚间由他们带路，在敌人两个团中间静悄悄地越过了天扬公路。在12日夜12点前，到达了高邮湖边的送驾桥和长沟集一带。朱云谦同东南支队负责人艾明山、陈雨田等同志见了面。13日拂晓，朱云谦率领16团，乘坐东南支队筹集的船只渡过高邮湖，中午胜利到达高邮县城。
从7月30日到9月13日，朱云谦指挥16团，完成了敌后坚持游击战和突围转移的任务。9月13日，华中军区领导人邓子恢、张鼎丞同志发来贺电，对朱云谦表示嘉许。当同志们欢庆突围胜利的时候，朱云谦为失去彭团长和王政委而难过。据解放后调查，彭济伍团长等17个同志，带电台在找1营途中同敌人遭遇以后又迷了路，但他们仍按计划东进，于12日凌晨越天扬公路，到达仪征县千棵柳乡毛竹棵庄。叛徒向驻大仪镇敌整编25师某团告密。敌人派一个连和地主武装200多人前来搜捕。彭团长等17位同志同敌人战斗5个小时，彭团长壮烈牺牲。王胜凯政委由来安县进步人士郑叔勤隐藏在山区一户贫农家中。后来也由于叛徒告密，被敌人捉进来安县城，残酷的敌人把王政委、郑叔勤和卫生员给活埋了。随朱云谦突围到苏中的16团和路东各县的同志，回忆这一段严峻的战斗历程时，高度赞扬朱云谦在坚持敌后和果敢突围的战斗行动中所表现的大智大勇和他那种敢于斗争、敢于胜利、无私无畏的牺牲精神。感谢他为坚持敌后斗争和保存路东党政军领导骨干所作出的令人难忘的贡献。
1946年9月中旬，朱云谦调任苏中2分区司令员。当时，由粟裕指挥的华中人民解放军主力，在取得苏中战役七战七捷之后，已向北转移。9月19日敌占领淮阴。由陈丕显、吉洛（姬鹏飞）、管文蔚等同志领导的苏中军区，留在苏中敌后坚持游击斗争。2分区所辖的江都、高邮、溱潼等县大部分已沦入敌手。敌人还大肆造谣说：“新四军已撤到黄河以北，不可能再回来了。”不少干部战士流露出恐慌、急躁、悲观和埋怨情绪。朱云谦从淮南敌后又来到苏中敌后，任务十分艰巨。他根据陈丕显的指示，要求各县同志“做光荣的战士，不做可耻的逃兵”，坚定地依靠群众，开展游击斗争，做到“生根立足”，坚持“区不离区，县不离县”。经过三个月的整顿，2分区的情况逐步好转，干部战士心情稳定，斗志上升，朱云谦指挥各县武装，反复袭击敌人，挤占被敌人占领的地区，收复许多村镇。在何家桥遭遇战中，朱云谦手持三八枪，七枪撂倒五个敌人，在全分区传为佳话。
1947年4月，朱云谦调任战斗在苏中敌后的华东第11纵队31旅副旅长，当即参加李堡战斗。他亲赴前线指挥作战，31旅一天就攻下李堡。这一仗还收复李堡周围30多个据点，共歼敌近3000人。敌人急忙调集兵力从南通直奔李堡，企图同我11纵队决战。在苏中军区指挥下，31旅南下深入到南通附近，打击敌人后方。敌人发觉后，又慌忙调北上部队南下，企图南北夹击，把31旅“消灭”在大海和长江之间的海门、****三角地带。情况十分危急。朱云谦协助旅长指挥并带领部队，沿海堤以外的海滩急行军，夜以继日，既要涉渡涨潮时的海水，又要冲破敌人设在海堤上的几道封锁线，终于顺利地到达琼港，使敌人扑了空。
1947年8月，朱云谦参加盐城攻城战。盐城是华东敌人的重要补给基地。参加攻城作战的有苏中第11纵队、苏北第12纵队和各县地方武装。朱云谦在前线直接指挥31旅作战。这一仗共歼敌8000多人。31旅92团，最先攻入盐城，被命名为“叶挺团”。此后，31旅又在苏北淮阴到沭阳公路线上、苏中李堡等地发动进攻，收复许多据点，歼灭大量敌人。12月，朱云谦接任31旅旅长。
1948年3月，华东野战军第2纵队从山东南下，同11、12纵队组成苏北兵团，韦国清任司令员，陈丕显任政委。兵团在苏北连续发动益林战役和盐南战役，反攻敌人，扩大解放区。8月间，为配合解放济南，11纵队开赴陇海线警戒敌人。所有这些战役，朱云谦都亲自指挥31旅按上级部署奋勇作战，圆满完成任务。
11月间，11纵队扩编，补充了33旅，共辖3个旅。淮海战役第一阶段，11纵队奉命开到徐州和碾庄之间的山区，阻击由徐州东进的国民党援兵，配合兄弟部队消灭敌黄百韬兵团。朱云谦奉命带31旅作为先头部队，于11月12日抢占并展开于邓家楼、尖山、梁家山、牦山到榆山一线。13日拂晓，徐州守敌邱清泉兵团即以邓家楼为主要目标向我猛攻。炮弹密如飞蝗，炮声惊天动地，敌机又轮番低空轰炸扫射，敌步兵在坦克掩护下连续发动进攻，从清晨到黄昏，一次又一次被31旅击退，邓家楼成了一片火海，敌人遗尸遍野，没得到任何便宜。14、15两日，战斗仍然十分激烈，敌人反复冲杀，都被击退，31旅巍然屹立在阵地上，使敌人不能越雷池一步。16日晨，上级命令31旅把阻击任务交给32旅。20日，上级又命令朱云谦带31旅夺回了被敌人占领的小李庄阵地，并打退敌人多次反扑。22日晨，黄百韬的第7兵团全部被歼，31旅胜利完成阻击任务。
淮海战役第三阶段，第11纵队奉命开赴永城以东，堵截并参加包围由徐州南逃的杜聿明集团。1949年1月6日下午总攻发起后，朱云谦率31旅向李楼守敌猛冲，于当晚8时占领李楼，并攻击鲁楼。鲁楼靠近杜聿明指挥部的陈官庄，由敌人一个师防守，地形平坦开阔，敌火力严密封锁，我军不易开展进攻。朱云谦及时调整部署，指挥部队构筑进攻出发地。时值隆冬，天寒地冻，铁镐抡不动，战士们就用小包炸药炸开冻土，再用铁镐挖“地道”，一直挖到敌人阵地前。9日上午攻击开始，战士们从“地道”里跳出来，突然出现在敌人面前，连续炸掉敌碉堡，一举攻克鲁楼。乔庄之敌组织四次反扑，都被31旅击退。10日上午，杜聿明集团全部被歼，淮海战役胜利结束。
渡江战役前，第11纵队改编为第3野战军第10兵团第29军。31旅改编为85师，朱云谦任师长兼政委。1949年4月21日晚，85师作为29军左翼第一梯队，也是我百万渡江大军最东端的部队，在江阴要塞以东突破长江天险，22日中午占领张家港等地，23日同兄弟部队一起解放无锡。25日夜，85师奉命沿京沪铁路东进攻击苏州，击败苏州外围守敌，27日下午6时解放苏州。随后担任苏州城防任务。
1949年5月淞沪战役中，29军担任攻占吴淞、宝山和封锁黄浦江截断敌人逃路的任务。85师两个团留守苏州，253团配合87师作战。激战两天，5月14日攻占了宝山外围敌人重兵把守、工事坚固的月浦镇。22日，因兄弟部队进攻受阻，上级调254团由苏州来沪参战。朱云谦指挥两个团由月浦向东攻击，连克敌人设有永久性工事的重重阵地。26日3时，253团攻入宝山县城时，254团同兄弟部队一起攻下吴淞。当日12时，大上海全部解放。
淞沪战役胜利结束，85师回苏州休整。7月3日向福建进军，25日抵达福建省尤溪县。8月上旬，福州战役发起后，85师担任迂回作战任务，由尤溪向福清进击，截断福州守敌南逃之路，并阻击由莆田北上之援敌。85师15日攻占宏路，16日攻占福清，截断福厦公路。17日福州解放，福州守敌一部向南逃窜，19日晨被85师堵截于金翅山、黄金岭、姚阳一带。在围歼战斗中，朱云谦接到一名国民党中校军官送来的名片。名片的主人是国民党陆军第5军副军长兼陆军第50师师长、福州戒严副司令陆军中将李以勖。主人在名片背后写道：“本师及福州绥署及第6兵团现有官兵8000余员……极感战争痛苦，志愿局部和平。请即派员来部商洽。兹派中校副团长吴天发等人来贵部请示，请予照办……”对方不愿再战，当然是好事。朱云谦当即命令部队接受对方投降。因这位中校在路上耽搁了，这股敌军被我军击溃和俘虏了一些，19日下午受降者约5000人。建国后李以勖当了全国政协委员。他这张名片，朱云谦一直保存着。
1949年8月下旬，85师同兄弟部队一道解放了莆田地区，随后进军泉州，9月20日到达同安，23日解放集美。集美镇是南洋爱国华侨领袖陈嘉庚先生故乡。他在这里办有集美学校，驰名中外。当时陈嘉庚已到北平出席中国人民政治协商会议，参加筹建中华人民共和国。进入集美后，朱云谦当即根据******副主席的电报指示，派兵保护集美学校，并由朱云谦和师部其他领导同志联名贴出布告，要求各部队严密保护该校安全。这张布告由集美学校珍重保存，至今还陈列在陈嘉庚纪念堂中。
在集美，85师为渡海解放厦门岛进行紧张的海上训练。朱云谦同干部战士一起努力学习操纵木船和抢滩登陆等战术技术。在集美，朱云谦和全师同志欢庆了中华人民共和国的成立，提出了“解放厦门，向新中国献礼”的战斗口号。85师解放厦门的作战任务是，在厦门岛北部西起神山东到陈厝沿海突破，占领高崎要塞和厦门机场，直奔全岛最高的云顶岩制高点，然后再扑向岛南部的前村、黄厝、曾厝按等地，把厦门全岛从中央劈成两半，封闭厦门港以东海岸。10月15日夜，朱云谦指挥254、255两个团共六个营，战胜敌火力封锁，冲过海峡天险，突破敌海岸防线，一举登陆成功，把新中国的五星红旗插上厦门岛北部的制高点神山。16日天亮前，又攻下殿前、高崎要塞和飞机场。当时兄弟部队三个师登陆不够顺利，完整登陆的只有85师这两个团。15日深夜，第10兵团叶飞司令员打电话给朱云谦，叫他过海统一指挥所有各师登陆部队。朱云谦乘小船登陆受阻，叶飞司令员16日中午又命令在岛上的85师吴森亚参谋长，指挥各师已登陆的部队向厦门市区突击。16日夜间，85师按预定作战方案攻占厦门岛南部各要点。17日上午，同兄弟部队一起解放厦门全岛，取得了我军首次大规模渡海作战的胜利。守敌3万余人大部被歼，仅汤恩伯、刘汝明等少数头头乘船逃窜。
厦门解放后，兵团命令朱云谦带29军85师的253团和87师的259团，由28军首长统一指挥，参加了解放金门之战。当时金门守敌兵力较多，敌胡琏兵团又从广东汕头乘船撤到金门岛的料罗湾，有增援金门之势。而我军渡海船只不足，一次只能运送三个团。朱云谦听到各种反映后，认为打金门不能轻敌冒失，应向上级建议进一步做好准备，要筹集更多的船只。他向28军首长提出这个问题。28军首长说，已向兵团首长再三提出过，兵团首长坚持按原定时间打，我们不好再提意见。朱云谦又跑到厦门找叶飞司令员，想建议推迟攻击金门时间，抓紧筹集更多的船只。但叶飞司令员忙于厦门市的军管工作，求见他的人很多，朱云谦找不到机会同他深谈。1949年10月24日战斗发起前夕，朱云谦又派作战参谋彭允太骑马赶到28军指挥所，询问攻击时间是否有变。28军首长说：“兵团决心已定，明天发起战斗！”
10月24日21时，28军两个团加一个营和85师的253团作为第一梯队开始渡海，25日凌晨一时许在金门岛北岸约10公里正面分头登陆。253团在古宁头登陆。但各登陆部队立足未稳，即遭敌两个师在坦克和海、空军配合下的连续反击。登陆部队不怕伤亡，顽强冲击，杀伤了大量敌人并奋勇向敌纵深挺进。253团一部控制古宁头登陆点，一部向金门县城方向发展。敌胡琏兵团两个军立即下船上岛增援。我登陆部队三个团同数万敌人浴血奋战，死打硬拼，前仆后继，杀得敌人遗尸遍野。但我登陆部队船只都被敌海、空军摧毁，无一艘返航。我军第二梯队又无法增援。26日，各登陆部队被敌包围，253团也退到古宁头坚守。朱云谦守在海滩上，眼看对面金门岛上炮火连天，报话机里传来登陆战友血战到底的誓言，他心急如焚，痛苦万分。27日，兵团政治部主任刘培善打来电话说：“金门岛上没有师级指挥员统一指挥，你快过海到金门去指挥。从厦门给你派一条机动船。”朱云谦想到登陆部队多数是28军，自己去指挥恐有不便，但军情危急，救人要紧，他二话没说，就接受下这个艰巨任务。他眼看兵团部从厦门调来的民用机动船乘风破浪而来，十分兴奋。谁知船主人贪生怕死，不愿送部队去金门，船快靠岸时，船主加大马力猛冲，一下子把船开到礁岸上搁浅了，必须等到海潮大涨才能开动。朱云谦气得火冒三丈，恨不能掏出手枪向船主开火，他狠狠地骂了几句，赶紧转身再设法找船。这时，上级又来指示，鉴于金门之战已近尾声，取消朱云谦过海指挥的任务。这天下午，激战60小时的金门战斗宣告结束，我登陆部队绝大多数壮烈捐躯。朱云谦失去了253团众多的亲密战友。
1950年6月，朱云谦调任28军参谋长。他积极参加了再战金门的准备和训练工作。当年9月，美帝国主义扩大侵朝战争，战火逼近中朝边境的鸭绿江边。****中央和中央人民政府决定派志愿军抗美援朝，推迟解放金门。11月，陈毅司令员提名，调朱云谦到河南开封，任新组建的空军陆战师第一任师长，担负起创建我军第一代伞兵的光荣任务。
空军陆战师的成员，来自全国四个野战军和一些军区，都是战斗骨干和英雄模范，普遍降职使用。还有少数原国民党伞兵第3团的起义官兵。因为成员来自各方，部队团结和组织纪律都存在一些问题。少数战斗骨干居功骄傲，因调来伞兵部队降职使用而不高兴，作风松散。朱云谦一到任，首先加强政治思想建设，响亮地提出“为解放台湾学好空降作战本领”的口号，他在抓革命英雄主义教育的基础上，反复对部队进行加强组织纪律和增强内部团结的教育。他以队列训练为突破口，狠抓正规化建设。他还带头练习跳伞。同志们见朱云谦由军参谋长改任师长，不计较个人名位，一心一意搞好部队建设，都深受感动。陆战师这支新建部队很快地走上正轨，为以后空降兵部队的建设和壮大奠定了良好基础。
1952年8月，朱云谦奉命到南京军事学院空军系学习深造。入学后先补习文化。他用半年时间，学完了全部高中课程，被评为优等生。从1953年初起进入本科学习，并担任学员队长。在长达四年多的学习期间，朱云谦怀着建设强大的现代化的人民空军的心愿，刻苦钻研，深思苦读，尊重教员，严守纪律，学习成绩名列前茅，思想作风表现优异，两次获得院长兼政委刘伯承的表扬。1956年初荣获军事学院二等奖。在由院长兼政委刘伯承签署的毕业鉴定中，对朱云谦的评语是：进取心强，思想上积极要求进步；学习期间任队长，工作积极负责；学习积极努力，接受力与理解力较强，对所学战术理论及政治理论领会较深刻，学习成绩优良。
1955年，朱云谦被授予少将军衔，并荣获三级八一勋章、二级独立自由勋章和一级解放勋章。1956年5月，任广州军区空军副司令员。
50年代前期，空军训练主要是按苏联空军的一套进行，有很多东西不适应中国情况。朱云谦在广空分管飞行训练。他深入调查研究，很快探索出一条适合我国南方气候特点的飞行训练新路子，大胆组织了低气象条件下的飞行训练，特别是狠抓了指挥员的培训，使部队的机动能力和作战水平有了显著提高。他在叶剑英主持的训练会议上介绍了经验，并受到叶剑英的赞扬。1962年东南沿海紧急备战，朱云谦主持广空的战备工作，也受到叶剑英的夸奖。
1963年3月，朱云谦调空军学院任第一副院长、党委副书记，并任空军党委委员，主持全院经常性领导工作。朱云谦对学院各项工作建设都抓得很紧。他强调坚决贯彻党的教育路线，贯彻中央军委的战略方针，提倡认真研究第二次世界大战中空战和空军建设的经验，结合我军的实际情况，探索未来战争中空军的作战运用。他亲自考核干部，调配教学骨干；他亲自规划、改进教学设施，修操场，建游泳池；他亲自抓管理教育，严格要求。他为建好空军学院，培养优秀的空军指挥员队伍，付出了艰辛的劳动和大量心血。
在“**********”中，朱云谦受到****反革命集团的残酷迫害。1966年底，吴法宪操纵一些空军院校的学员，半夜里把朱云谦从宿舍里拉出来批斗，诬蔑他“反对空军党委”。空军学院的造反派也捏造罪名，对他组织多次批斗，给他扣上“反革命修正主义分子”和“叛徒”等帽子。在批斗中打断了他的肋骨，阴谋置他于死地。1967年3月，吴法宪诬陷朱云谦“****”，将他非法关押。1969年10月，朱云谦被送到空军军粮城农场监督劳动。在长达五年的迫害期间，朱云谦身心受到严重摧残，家属子女也被下放劳动。在逆境中，朱云谦坚持真理，刚直不阿，不向****一伙低头，坚信党的正确路线终将取得胜利，表现了一个共产主义者革命的坚定性和不屈不挠的斗争精神。
****反革命集团被粉碎后，1974年1月，朱云谦回到广州军区空军任副政委，1975年任政委。他坚决贯彻中央军委的正确方针，同江青反革命集团的种种干扰破坏进行了有力的斗争。由于连年“突出政治”，部队的飞行训练和战斗力水平大幅度下降。1973年广空所属轰炸航空兵某师人均飞行时间仅57.08小时，连原有水平都不能保持。到西沙之战时，建制团都无法担任作战任务，只得临时抽调全师副大队长以上干部组成“军官团”上阵。朱云谦抓住这个严峻事例，反复强调加强飞行训练的必要性和迫切性，要求部队严格按飞行条令大纲的规定实施训练，切实打好基础。1975年军委扩大会议后，朱云谦根据叶剑英、******的指示精神，同广空王海司令员亲密合作，从抓整顿入手，狠抓各级领导班子建设，把训练放在战略地位，把飞行作为航空兵部队经常性的中心工作，积极组织部队苦练精飞，使广空最早达到10个甲类团的要求。
1976年初江青反革命集团刮起“反击****翻案风”的妖风。朱云谦保持清醒头脑，立场坚定，及时统一党委常委的思想，并分别向机关和部队一些领导同志打招呼，提醒他们要抵制错误思想的影响。有人要在训练会议上提出“以批邓、反击****翻案风为纲”，他明确表示反对。他还严肃指出，把出来工作的老干部称为“还乡团”是错误的。作为广空的第一把手，朱云谦这些言行，对广空部队的稳定起了重要作用。
1976年10月，党中央一举粉碎了江青反革命集团，宣告结束为害10年的“**********”，全党全军进入拨乱反正的新时期。1978年10月，朱云谦调任中国人民解放军总政治部副主任，分管干部工作。当时由于10年“**********”的积累，干部工作中难题成堆，受打击、迫害的老同志的冤、假、错案亟待平反纠正，庞大惊人的干部数量亟待“消肿”，普遍老化的干部队伍亟待更新，各级干部的军政文化素质亟待提高，被破坏、废弛的规章制度亟待恢复和健全，还要根据新的问题新的情况制定新的规章制度。大量急迫的工作摆在朱云谦面前。朱云谦以党的十一届三中全会精神和中央军委叶剑英、******的指示为依据，协助总政治部主任，竭尽全力担起繁重的、棘手的、细致的具体工作。从1980年4月到1982年9月，他还兼任总政治部干部部部长。他和机关干部一起分析研究情况，认真听取来自各方面的反映，热情接待来访要求解决问题的各行各业的干部。不论在办公室或家里，不论白天还是黑夜，他想的谈的全是工作上的事。他积劳成疾，还常常拖着虚弱的身子到部队去，到边防海岛去，调查研究各级领导班子、基层干部和离退休干部的情况、问题及解决办法。他从实际出发，提出了许多有价值的建议和意见，成为中央军委和总政治部一些重要决策的依据和参考。1980年军委邓主席提出选些年轻、有文化的优秀干部到院校培养。朱云谦亲自到部队物色对象，先后选了五批40岁左右、具有高中文化程度、德才条件较好的优秀干部送三大学院培养深造。1986年他提出，要从组织上稳定干部，要通过有计划的进出、晋升，促进新老正常交替，使干部在一个岗位上扎扎实实干几年，经受锻炼，积累经验，增长才干。为实现我军干部队伍的革命化、年轻化、知识化和专业化，为加强我军的干部工作，朱云谦做了大量工作，倾注了大量心血。
朱云谦十分尊重和关心老干部。在历史上，他多次担任副职主持实际工作，由老同志担任正职，但他从不计较个人名位；任总政副主任时，他通过认真细致的调查研究，使一些老干部的冤、假、错案尽快得到平反，解决了不少历史遗留问题；对干休所的管理，离休干部的跨区安置，他也结合部队实际，想了很多好办法。只要政策允许，他尽量帮助解决离退休干部中的一些困难和问题。朱云谦同样十分爱护和支持新干部和年轻干部。在同比他年龄小、资历浅的同志共事时，他从不摆老资格，遇事相互商量。他既出主意想办法，又不包办一切个人说了算。当比他年轻资浅的同志位子排在他前面时，他也尊重其领导，支持其工作。他用自己的模范行动，扶持新生力量的成长。
1982年朱云谦出席了党的第十二次全国代表大会，并被选为第十二届**********委员。1987年他当选为党的十三大代表，并被大会选为中央顾问委员会委员。1987年11月，他离开了总政治部副主任岗位。在住院治病中，他热情关心国家建设和军队建设，每天读书、看报、听广播，坚持学习马列著作和******著作，学习******等党和国家领导人的讲话和文章，时时刻刻做到同党中央在政治上保持一致。他和叶飞、陈丕显一道，主持“南方三年游击战争史料丛书”编审委员会的工作，并带病撰写革命战争回忆录。
1988年8月，朱云谦荣获一级红星功勋荣誉章。
1989年1月28日18时10分，朱云谦因病医治无效，不幸在北京逝世。从1931年12岁参加革命，到70岁逝世，朱云谦在革命队伍中生活了58年。他从一位年幼的红军战士，成长为我党我军能文能武、又红又专、军政兼优的高级领导干部。在历次革命战争时期和社会主义建设时期，他忠于党、忠于人民，忠于共产主义事业。他的一生，是为共产主义奋斗不息的一生，为人民鞠躬尽瘁死而后已的一生。他不愧为中国共产党的优秀党员，忠诚的共产主义战士，我军优秀的军事指挥员和优秀的政治工作领导者。
