自战争结束起——以及之前在对马其顿和阿尔巴尼亚难民营中因塞尔维亚的压迫和战事被迫逃离科索沃的80多万阿尔巴尼亚族科索沃人照管时——非政府组织就成为了科索沃国家和社会建设中最重要的活动主体之一。国际非政府组织，毫无例外都是西方国家的非政府组织，（通过民事军事合作项目）同科索沃维和部队、联合国科索沃临时行政当局特派团、欧洲安全与合作组织都展开了紧密的合作。此外，国际非政府组织还在建立和资助科索沃非政府组织方面发挥着重要作用。
非政府组织在人道主义援助方面特别积极和活跃。它们负责提供难民援助，帮助当地人重建房屋和学校、发展农业，为受伤居民和青少年建立心理社会服务点，努力改善居民的医疗状况。此外，非政府组织还参与了科索沃的扫雷工作。特别得益于国际非政府组织的帮助，在战后两年内，科索沃320万平方米（总领土的30%以上）面积内的地雷得以清理。在初期重建工作结束之后，国际非政府组织更多地侧重于促进种族间对话和民主化进程。西方非政府组织的另一大工作重点是致力于那些旨在改善科索沃社会中妇女地位的项目。
除了那些不依赖国家资金，也不受国家控制的独立的国际非政府组织，在科索沃还有一大批和各民族国家政府有着较强关联的非政府组织，也就是说它们部分地或者在相当大程度上由相应政府资助。其中包括芬兰和瑞典的非政府组织，德国技术合作组织（GTZ），还有美国国际开发署。在战争结束初期，有45个非政府组织在科索沃工作。2000年中期已经有260个国际非政府组织和181个科索沃当地的非政府组织。在过去的几年当中，科索沃当地的非政府组织增长很迅猛。2003年，在科索沃登记有2292个非政府组织，其中381个为国际非政府组织，其余均为科索沃非政府组织。在过去的几年里，许多在1999年中期至2001、2002年来到科索沃的国际非政府组织将其活动移至世界政治的其他危机地区，特别是阿富汗。
