战事结束、塞尔维亚族军队撤退几个星期以后，科索沃维和部队才控制了科索沃的局势。1999年6月9日军事技术协定签署以后，科索沃维和部队开始进入科索沃，同时塞尔维亚族武装力量向北部塞尔维亚方向撤退。在科索沃维和部队的5万名士兵制定和扩展所谓的主要活动路线的时候，在他们进行装备和监督塞尔维亚族军队及警察撤出的时候，在他们组织80多万科索沃—阿尔巴尼亚族难民回返的时候，联合国也还在筹建联合国科索沃临时行政当局特派团的管理机关，这段真空被当地势力较强、装备精良的科索沃解放军力量所利用，其领袖为哈希姆·萨奇（Hashim Thaci）、拉穆什·哈拉迪纳伊（Ramush Haradinaj）和科索沃解放军的其他高级指挥官。科索沃解放军在乡镇和城市取得政权，宣布哈希姆·萨奇为总理；在这种法律继续失控的背景下，直至1999年6月自己还是塞尔维亚族压制的牺牲者的科索沃解放军和阿尔巴尼亚族为主的居民开始粗暴地对待那些在科索沃生活的塞尔维亚族人、罗姆族人、阿希卡利人、埃及裔人和其他少数族裔。
直到8月份，科索沃维和部队才控制了科索沃解放军，解除了其战士的武装。在2000年1月建立的联合临时管理委员会的基础上，科索沃解放军被部分改编入“科索沃保安团”，其核心力量科索沃解放军将其视为科索沃未来的军队。在科索沃解放军非军事化的过程中，一个大型军械库（有1万支击发武器，550万枚弹药和27000只炮弹）被行政当局保管。但是在北约结束空战后的最初几周和几个月里，科索沃维和部队和联合国科索沃临时行政当局特派团还是没有能够阻止“反向驱逐”的出现。短短几周内，80多万因为塞尔维亚族的压制和战事而被迫逃亡的阿尔巴尼亚族科索沃人得以重返家园，但随后就有20多万塞尔维亚族人、罗姆族人和其他少数族裔被驱逐或者因为害怕阿尔巴尼亚族人的报复而逃离科索沃。许多塞尔维亚族人逃到塞族统治的北方。在这些暴力事件发生的同时，全科索沃的塞尔维亚族东正教修道院和教堂都遭到了破坏（参见第2章）。只有少数塞尔维亚族东正教修道院，如格拉卡尼卡修道院得到了科索沃维和部队的保护。
科索沃维和部队和联合国科索沃临时行政当局特派团没有能够阻止和遏制科索沃解放军和阿尔巴尼亚族科索沃人的暴力行径，这给后来国际社会努力实现阿尔巴尼亚族为主的居民和科索沃—塞尔维亚族人之间的和解造成了沉重的负担。战争结束后最初几个星期里，科索沃维和部队和联合国科索沃临时行政当局特派团没有能够及时、果断地进行干预，这也导致对塞尔维亚族飞地的保卫工作和让被驱逐的塞尔维亚族人返回原先居住区的回迁工作的巨大人员和资金投入同实际成果不成比例。
