康熙皇帝除掉鳌拜以后，南方“三藩”又成了他十分挠头的事。一段时间里，他一直在琢磨着：怎样才能削平“三藩”。
“三藩”指的是平西王吴三桂，靖南王耿精忠和平南王尚可喜。这三人原都是明朝官员，先后投降了清朝，被视为有功，受了封赏。后来，三个藩王势力越来越大，以至难以控制，成了朝廷的威胁。
三藩之中，当数吴三桂最强。他专横跋扈，独自为政，私毫不把大清朝廷放在眼里。尚可喜和耿精忠也效仿吴三桂，逐渐疏远朝廷，个个都成了当地的“土皇帝”。康熙皇帝想要统一政令，三藩成了主要的障碍。
正因如此，康熙皇帝便把处理三藩的问题挂在了心上。他一次又一次地思考着：三藩的气焰日趋嚣张，要想长治久安，非撤藩不可。反复权衡之后，康熙皇帝终于打定了主意，并决定先从吴三桂下手。
正在这时，平南王尚可喜请求回乡养老，并想让他儿子尚之信继承爵位。康熙皇帝正求之不得，立刻准奏他回家，可不准他儿子接替爵位。
这事很快被吴三桂和耿精忠知道了，他俩一商量，也想试试皇帝的态度，便假惺惺地同时提出撤除藩王爵位，回北方老家的请求。
奏折送到朝廷，文武大臣议论纷纷，许多人认为吴三桂和耿精忠要求撤藩是假的，如果皇上准了他们的请求，二人一定会造反。有人怕得罪吴三桂，主张维持现状。也有人主张撤藩，理由是三藩谋反是迟早的事，不撤藩国家会永不安宁。两派各持已见，互不相让。
康熙默默听了一会儿，猛然打断大家的议论，说：“撤藩他们要谋反，不撤藩他们也会谋反，迟早要谋反，不如我们先发制人。”
于是，康熙果断地下了诏书，答复吴三桂和耿精忠，同意他俩撤藩。
诏令一下，吴三桂暴跳如雷，当即在云南起兵。为了笼络人心，他还打出了“复明讨清”的旗号。福建的耿精忠和广东尚可喜的儿子尚之信也附和而起。一霎时，战火沸扬。
康熙皇帝没有被这局面吓怕，他一面派兵讨伐吴三桂，一面停止撤销耿精忠和尚之信的藩王称号，再派人去劝降。不多久，耿精忠和尚之信见形势对吴三桂极为不利，又归顺了清朝。
清军讨伐势头凶猛，吴三桂渐渐难以支撑，不久便大病不起。他在病床上喃喃道：“唉！这次起兵，原本是为了吓唬皇上一下。万没想到……”他不禁为自己的一念之差而悔恨。
从此，吴三桂整日闷闷不乐，不久抑郁而死。经过八年激战，三藩之战终被平息。
吴三桂反清原因耐人寻味
吴三桂到云南以后，一直在做着反清准备。比如，在军事上他招纳李自成、张献忠的余部，编为忠勇、义勇共计十营，加紧训练，扩充实力；在经济上，他自铸货币，垄断盐井和金、铜矿山等，加重税收，充实财力；在人事上，招揽人才，广布党羽，培养了很多“西选”骨干，筹划自己的班底。这都表明，他在积蓄资本，准备反清。正式造反以后，及时亮出了“共举大明之文物，悉还中夏之乾坤”的口号，并且严令部下“蓄发、易衣冠”。清廷入主中原已快30年时间，人心思治，不想再乱，在英主康熙的治理下，中原在政治上、军事上、经济上都获得了飞速发展。吴三桂不可能不知道自己的劣势，但他还是明知不可而为之，说明他降清的原因很复杂，并不是如一些文人所说是贪图荣华富贵。
藩王在清朝，藩王这个称号在康熙平定三藩以后便没有再出现。藩王只封对清室有功的汉人。藩王的继承人被尊称为“世子”，不是爵位。清朝皇室爵位主要有：亲王，郡王，贝勒，贝子。
