准噶尔部（蒙古族的一支）的首领噶尔丹自以为有沙俄撑腰，大举进犯清朝属地。康熙皇帝见噶尔丹气势汹汹，野心不小，便决定西征，狠狠地教训他一番。
1690年秋，清军与准噶尔兵在乌兰布通相遇。
噶尔丹把数万只骆驼捆住脚，让它们卧在地上，又在驼背上搭上箱子，盖上湿毡，形成一个“驼城”。其主力部队躲在驼城之中，从箱子的空隙放枪射箭。清军隔河列阵，先用火炮轰击驼城，打死很多骆驼，然后骑兵、步兵杀过去，把敌兵杀个七零八落。
噶尔丹见势不利，赶忙派随军的西藏喇嘛到清营求和，他则趁机带残兵逃到了漠北。
噶尔丹回到漠北后，表面上服从清朝政府，暗地里却重新招兵买马，并于1694年再次向清朝发动进攻，并占据了克鲁伦河一带。
康熙皇帝接到消息，决定第二次亲征。
去克鲁伦，要穿过一个大沙漠，在沙漠里行军，粮草接济不上。康熙皇帝只好和官兵一起吃干肉、喝马奶。有的大臣怕苦了皇上，劝说道：“行军困难，粮秣不继，皇上还是暂时回驾吧！”康熙斩钉截铁地说：“朕已告祭了天地宗庙，现在不见敌兵就回去，怎么向天下百姓交代！”
康熙帝率队进兵，终于到达克鲁伦河。
安营扎寨以后，康熙皇帝即刻派使者去见噶尔丹，告诉他皇帝此番来亲征，并约他明天一早决战。
噶尔丹不相信康熙皇帝会亲征到此，可当他登上山头一望，见到对面清营黄帷龙旗在迎风飘扬，兵将漫无边际。他吓得六神无主，当夜就拔营逃走了。
第二天一早，清军前来决战，只见噶尔丹的营盘已空无一人。康熙分析了敌兵逃走的方向后，果断派人去通知西路军大将费扬古，要他火速阻击敌人。
几天后，噶尔丹迎头遭到费扬古的伏击，人员伤亡惨重，经过拼命搏杀，他才带几十个亲信逃了出去。
经过两次大战，噶尔丹叛乱集团已经威风不再。康熙皇帝再次派使者去劝其投降，但是，噶尔丹不肯认输，继续顽抗。
隔了一年，康熙帝为免除后患，又第三次亲征，讨伐噶尔丹。噶尔丹的亲信早就被清军的威风吓怕了，纷纷投降。噶尔丹走投无路，只好服毒，结束了他罪恶而悲惨的一生。
平叛取得彻底胜利，蒙古族地区从此才得到了安宁。
长兄福全大将军
福全（1653-1703年）生干顺治十年七月十五日，比康熙帝大一岁，庶妃栋鄂氏，即宁悫妃所出。福全幼时，顺治帝问其志，他说：“愿为贤王。”康熙六年五月封裕亲王，命与议政。康熙二十七年，准噶尔部首领噶尔丹依仗势力强盛，勾结沙俄，制造分裂，次袭了喀尔喀部；二十九年（1690年）又进扰内蒙古乌朱穆秦。清政府决定回击噶尔丹，康熙帝命福全为抚远大将军。不久，康熙帝亲自出塞督战。
八月初，在赤峰附近乌兰布通与噶尔丹部厄鲁特兵相遇。天昏黑时福全命清军左翼自山腰插入，攻其不备。出其不意，打得敌军狼狈逃窜；右翼在河岸泥淖处拼死硬攻，终于攻入“驼城”，大败厄鲁特军。这次著名的战役得到康熙帝的嘉奖。
十月初，福全所派侍郎等人传信给噶尔丹，逾月未归，他估计噶尔丹早已出边逃循，且当时军中粮草不足，只能维持几天，鉴于此，便自作主张，下令回师。部队归至康熙帝军中，康熙帝对福全不请示就自行撤回十分不满，决定先回京再议罪。王大臣等共议福全的错误，应免去爵位，罚俸三年，撤三佐领，还取消了议政权。
康熙四十二年福全生病，康熙帝亲临其府内看视。后来康熙帝出巡塞外，得知福全病重，特命随行诸皇子策骑还京看视。六月二十四日福全病故，终年五十一岁。康熙帝赶回京都，亲自祭奠；出殡时又亲王福全王府，恸哭不止。命御史罗占在黄花山为福全监造坟莹、建碑，规定除常年祭祀外，另有加祭。
福全自幼与康熙帝共同孝敬祖母孝庄文皇后，每次陪同祖母出游时，这兄弟二人总是前引后扈，祖母病重时他俩又精心护理，直至孝庄文皇后奉安，弟兄之间结下了深厚的情谊。福全死后，康熙帝特命画工精绘一张像，为康熙帝与福全并坐于桐荫之下，示手足同老之意。康熙帝以此图寄以衷肠，表示了对福全的思念之情。
清代国家统一的完成顺治十八年（1661年）南明永历帝桂王朱由榔被俘而死，清王朝基本上统一了大陆。康熙十二年（1672年），康熙帝下令撤藩。经过八年的战争，于康熙二十年最终平定了三藩之乱。康熙二十二年（1683年），康熙帝任命施琅为福建水师提督，武力统一台湾。康熙二十四年、二十五年，清朝发动了抗击沙俄入侵、收复中国领土的两次雅克萨之战，于康熙二十八年（1689年）与沙皇政府签订了《中俄尼布楚条约》。康熙帝于二十九年（1690年）、三十五年（1696年）、三十六年（1697年）三次亲征朔漠，终于在昭莫多将准噶尔主力歼灭。此后，乾隆二十四年（1759年），清军平定南疆回部大小和卓之乱，最后完成了天山南北的统一。
