核战争的边缘
肯尼迪在积极探索美国社会“新边疆”的同时，还面临着一个更为艰巨的任务，就是要制定出一种对外政策，以适应一个动荡不定的世界。冷战已经进入第16个年头，而1961年局面却大大不同于1945年，评论家们纷纷撰写文章，大谈其“战后世界的结束”。战后初期形成的两极对立的世界格局，不论在东方还是西方都出现了裂痕。共产主义阵营已不再是铁板一块，苏、中关系的破裂已是世人皆知。在西方，一个繁荣起来的西欧和创造了经济奇迹的日本不再承认美国在任何时候都是自由世界当然的领导者，不愿一切都唯美国马首是瞻。亚、非、拉三大洲新独立的国家，共占世界人口的一半以上，它们超然于冷战之外，而且经常认为，东、西方利害冲突和它们自己的需要毫不相关。
对于世界正在发生的上述种种变化，肯尼迪有着较为深刻的理解。
他认识到，在新形势的挑战面前，美国的能力是有限的。他曾在自己1957年发表于《外交季刊》的一篇文章中指出：“美国人历来总是表现出对自动执行的道义原则深信不疑，从而总是渴望能有天启式的解决办法和固定格局；他们必须懂得，当前国际政治中的大多数问题并不鼓励这类不切实际的希望。”肯尼迪和杜勒斯的思维不同，他认为美国并没有足够的能力来解决世界上的一切难题。他在1961年时宣称：“我们必须面对这样的事实：合众国既非全能亦非全知。我们仅占世界人口的6％，我们不可能将我们的意愿强加给另外那94％的人类；我们不可能纠正每一桩不公正的事，也不可能扭转每一种逆境，因此不可能对每一个世界问题都有一个美国式的解决办法。”
然而，另一方面，肯尼迪又要极力增进美国的利益。他任参议员时就一再抨击艾豪威尔的外交政策，他指责艾森豪威尔政府“遏制”共产主义不够有力，忽视第三世界。他认为，大规模报复战略是消极的、僵硬的，不能适应变化了的世界。他举出朝鲜、印度支那、苏伊士等事件为例，说明美国的原子弹对此无能为力，不能用来阻止那些“规模过小，不值得冒巨大危险去行进大规模报复”对美国安全的逐步侵害。因此，“大规模报复战略把美国赶进了一个死胡同，在那里，唯一的抉择就是要么毁灭世界，要么低头屈服。”他说美国在艾森豪威尔领导下已丧失了它的“卓越地位”，他的职责是要尽快地重新取得那种地位。肯尼迪就任总统后声称：“我们绝不能由于相信苏联或中国放弃了统治世界的野心而麻痹大意”，在首次国情咨文中他就把美国的对外战略目标界定为“制止所有的战争，全面战争或有限战争，核战争或常规战争，大战争或小战争”，从而做出把大规模报复战略转变为灵活反应战略的重大决策。灵活反应战略不仅要求美国保持核优势，大力发展常规武装力量，具备从事常规战争的能力，还要求建立特种部队，从事反游击战争。
它集中体现了肯尼迪以实力进行全球扩张的思想。
尽管肯尼迪强调灵活反应战略“必须适度而有选择，有审慎思考的余地”，“减少非理性的和未经思考的全面战争的危险”，事实上他却注定了要在一连串的危险事件中，比他的前任更多地采用了战争边缘的政策。
1959年1月，古巴人民在菲德尔·卡斯特罗领导下，推翻了巴蒂斯塔独裁政权，建立起以卡斯特罗为首的革命政权，并立即开展广泛的社会经济改革，特别是没收了在古巴的美国企业和甘蔗种植园，实行国有化。这使美国深感不安。在古巴与苏联签订贸易条约后，艾森豪威尔政府扬言决不允许在西半球建立一个“受国际共产主义操纵”的政权。
1960年初，中央情报局根据艾森豪威尔总统的命令，在危地马拉建立了训练古巴流亡者的营地，试图入侵古巴本土。肯尼迪上台后，下令国防部审查中央情报局制定的滩头进攻计划，并予以认可。肯尼迪希望通过推翻卡斯特罗政权来遏制所谓共产主义在西半球的蔓延。
1961年4月17日，由1，400多名流亡者组成的古巴旅，乘美国运输船并在中央情报局雇用人员所驾飞机的掩护下，在古巴南海岸的猪湾登陆。这支入侵力量在登陆后的短短两天时间内即被古巴政府军击溃。中央情报局所预言的古巴本土发生反卡斯特罗的起义并未发生。
美国对古巴的干涉行径引起国际舆论强烈的反应。苏联和其他社会主义国家纷纷谴责美国，掀起大规模地声援古巴的运动；拉美各国反美情绪十分高涨；西欧对肯尼迪普遍失望，美国政府的威望严重降低。虽然肯尼迪本人公开承担了猪湾登陆失败的全部责任，但私下里却十分恼火，责怪中央情报局成事不足，败事有余。他一方面下令对古巴实行经济封锁，强压美洲国家组织开除古巴，同时支持美国新闻署加强反卡斯特罗的宣传。中央情报局策划了一系列暗杀卡斯特罗的活动；另一方面，肯尼迪也认识到，对于拉丁美洲的控制，如果仅仅着眼于“准备越境的军队”是不够的，必须推动拉美的经济政治改革。因此，他制订、实施了援助拉丁美洲的“争取进步联盟”计划，以防止新的古巴式的革命在拉美爆发。
猪湾事件之后，赫鲁晓夫趁机倡议举行美、苏高级首脑会议，试图摸清肯尼迪外交政策的底牌，并向这位年轻的美国总统施加压力，使其在柏林问题上作出让步。肯尼迪为挽回猪湾登陆失败给美国造成的不利影响，同时显示他是成熟和强硬的美国总统，因而接受了赫鲁晓夫的挑战。
1961年6月3日和4日，肯尼迪和赫鲁晓夫在维也纳进行了两天的会谈。讨论的焦点集中在柏林问题上。赫鲁晓夫旧话重提，要求使柏林成为自由城市，美、英、法从西柏林撤军。如果西方国家在6个月内不撤军，苏联将单独同德意志民主共和国缔结条约，那时西方国家进入西柏林就必须得到德意志民主共和国的同意。肯尼迪坚决表示美国不会接受这种最后通牒，并在与赫鲁晓夫分手时预言：“那将会是一个寒冷的冬天。”
在会谈不欢而散之后，赫鲁晓夫宣布暂停红军的复员，并将苏联的军费增加了1／3。他警告说，苏联现在已经能够制造爆炸力相当于一亿吨烈性炸药的炸弹，已经拥有能够运送这种核弹的火箭。肯尼迪当即作出强硬的反应。7月25日，他向全国发表电视讲话，说柏林已成为“西方的勇气与意志的试金石”，无论如何决不能“被共产党人赶出柏林”，美国一定要履行对它的承诺，因为这“对西德的士气和安全、对西欧的团结和对整个自由世界的信心”都“至关重要”。肯尼迪要求国会追加32．5亿美元的国防预算，征召部分后备役人员和国民警卫队，扩大民防计划，修筑防核尘设施。
与此同时，柏林也是一片恐慌混乱。7月里有3万多名难民流入柏林西部，8月初又有近2万人越界过来。在柏林的各边界据点上，美、苏两国的坦克互相对峙着。8月13日，危机达到顶峰，苏联和东德封锁了柏林边界，两天后，又修筑起一道水泥电网墙，切断东、西柏林之间的人员往来。为了向苏联显示美国保卫西柏林的决心，肯尼迪特派副总统约翰逊访问西柏林，并命令一支战斗部队从西德乘装甲车沿高速公路南下100英里，穿过东德检查站，进入西柏林。9月1日，美国的地震仪记录到无可置疑的证据，表明苏联又恢复核试验了。在其后的那一个月里，苏联一共爆炸了30个较大的核装置。到这一系列试验结束时，苏联放射到空气中的核微尘，已经比美、英、法三国加起来还要多了。苏联还在11月间爆炸了一颗5，800吨级的核弹，其威力是那颗夷平广岛的原子弹的3，000倍。对此，肯尼迪不甘示弱，9月份他下令恢复地下核试验，并声称：“我们现在必须采取即使谨慎的人也会感到有必要采取的步骤。”
在美国等西方国家的压力下，赫鲁晓夫在10月初开始从战争边缘后退。他对访问莫斯科的比利时外交家保罗－昂利·斯巴克说：“我不想使你们处于无法忍受的境地；我很清楚地知道，你们是不可能让人踩在脚下的。”“你知道，柏林对我来说并不是什么大问题。在共产党十亿人民中间，二百万人算得什么？”而且现在事情也不那么急了。他原来给过肯尼迪一份最后通牒，“以今年年底为限”，现在却只说：“我也不受任何期限的限制。”他现在似乎想尽可能争取到西方的某些让步，使他可以保全面子。赫鲁晓夫还作了一些企图缓和紧张局势的姿态，包括吹捧肯尼迪的成熟和明智。10月17日，赫鲁晓夫在苏共二十二大会议上宣称：“看来西方国家对目前局势有所了解，愿意寻求德国问题和柏林争端的解决了。”他正式取消了要求西方于1961年12月31日前撤出西柏林的期限。这样，一场对抗得以结束。但这场危机的结束并没有消除美、苏两国之间的紧张关系，而是为新的危机埋下了种子。
1962年秋天，美国又一次突然濒临核战争的边缘。这年夏天，几艘标有锤子和镰刀徽记的船只，大胆地驶过美国在古巴关塔那摩的军事基地，在古巴卸下了许多导弹、巡逻艇和米格式战斗机，还运送来许多俄国技术员和教练员。肯尼迪总统受到国内强硬派的巨大压力，要他采取行动反对苏联在古巴部署导弹的措施，但由于空中侦察摄影尚无进攻性导弹的确证，肯尼迪一直拒绝冒险，以防造成灾难性的战争。
可是到了10月14日，他接到了令人震惊的消息，美国空军的一架U—
2型高空侦察机第一次拍摄到苏联正在古巴圣克里斯托瓦尔附近修建射程为1，000英里的中程导弹发射场。几天后，又发现射程为2，000英里的中程导弹发射场正在修建。从这些场地发射导弹，可携带氢弹头命中远在明尼阿波利斯、丹佛和秘鲁的利马等处的目标。
10月16日，肯尼迪下令组成行政委员会，委员会包括政府各主要部门官员和顾问。该委员会在绝对秘密的情况下连日召开紧急会议，讨论古巴导弹危机的对策。很快，讨论集中于两种可供选择的方案上：空中打击导弹和对古巴进行海上封锁。肯尼迪接受了麦克纳马拉等人的建议，决定首先对古巴实行海上封锁，迫使苏联撤走导弹，如果没有效果，再实施空中打击。
10月22日晚，肯尼迪发表电视讲话，向全国通报苏联在古巴部署导弹的情况，宣布对古巴实行名为“隔离”的海上封锁。肯尼迪声称，从古巴发射的任何导弹将被认为是苏联向美国的攻击，因而有权对苏联进行全面报复性回击。他要求苏联从古巴撤出所有中程导弹。
与此同时，美国出动了180多艘军舰在加勒比海巡弋；大大加强关塔那摩海军基地；装有核弹头的B—52轰炸机在空中巡逻。美国在世界各地的海、陆、空三军进入战备状态，准备随时应对同苏联的正面冲突。另一方面，美国运用一切手段发出外交与和平攻势。
10月23日，负责美洲事务的助理国务卿主持召开了美洲国家组织会议，取得了一项20个拉美国家一致通过的决议，要求苏联立即撤除在古巴的导弹或其他武器。24日下午美国代表史蒂文森在联合国大会发言，对苏联进行指控。美国的立场，得到了西欧盟国的支持。甚至几内亚和阿尔及利亚也向美国保证，不给苏联飞机以过境权。
赫鲁晓夫面对美国的强硬立场和国际舆论的压力，不得不做出退让。10月26****写给肯尼迪一封长信，表示只要美国不入侵古巴并取消隔离，苏联就撤出在古巴的导弹；肯尼迪还没有复信，第二天又收到了赫鲁晓夫的另一封信。在这封信中，赫鲁晓夫又想以美国从土耳其撤走“丘比特”中程导弹为先决条件。肯尼迪决定只答复赫鲁晓夫在第一封信中的要求，他在复信中应允如苏联迅速撤出它在古巴的导弹，美国就不侵入古巴，并要求联合国监督撤出事宜。10月28日，赫鲁晓夫终于同意停止修建导弹发射场，把进攻性武器运回苏联，在联合国开始谈判。这样，苏联导弹和部署导弹的军事人员撤离了古巴，苏联船只在公海上接受美国的空中检查，苏联伊尔—28型轰炸机，也离开了古巴。历时13天的古巴导弹危机宣告结束。
美国政府自认为在这场危机中取得了胜利。国务卿腊斯克对记者说，“在你报道这件事时要记住一点———眼珠瞪眼珠，他先眨眼睛。”肯尼迪在国内通过这件事提高了威望，对这次危机的处理被认为是他“最美好的时刻”。不过，美国也有不少人认为，肯尼迪政府已经走得太远，没有必要冒这样大的风险。著名专栏作家李普曼认为，肯尼迪使赫鲁晓夫公开丢脸，下不来台，是拿千百万美、苏两国人民的生命作赌注。
