赫鲁晓夫在后来所写的回忆录里认为苏联此举也获得了胜利，即美国公开表示不再入侵古巴。保住了古巴的存在。肯尼迪在古巴导弹危机过去之后，重新谋求与苏联达成禁止核试验的协议并缓和两国的关系。1963年6月10日，他在哥伦比亚特区的美利坚大学发表和平演说，声称美国不应当“对另一方只有一种歪曲和绝望的看法”，“我们必须重新检查我们自己———作为个人和国家———的态度，因为我们的态度和他们的态度一样重要。”他认为，美、苏两国“在取得公平的真正的和平并制止军备竞赛方面，都有着共同的深切的利益。……如果我们现在不能结束我们所有的一切分歧，那么，我们至少能够协力使世界在分歧之中保持安全。因为，归根结蒂，我们最基本的共同纽带是，我们全都生活在这个小小的星球之上。我们都呼吸着同样的空气。我们都重视我们儿女的前途。我们都是凡人。”肯尼迪主张，美国可以在不放松警惕的情况下谋求缓和，希望和苏联“有更多的了解，更多的接触和交往”。
1963年7月，美、苏、英三国在莫斯科共同缔结了一项条约，禁止在大气层和水下试验核装置。肯尼迪宣称，这是走向“使妖怪重新回到瓶子里去”的一个重要开端。这年夏天，克里姆林宫同意设置一条与白宫互通电话的“热线”，以防止未来发生可能会酿成核战的危机。肯尼迪总统还批准了一项向苏联出售价值25，000万美元的小麦的计划。
美、苏冷战似乎出现了解冻的迹象。然而，双方在许多问题上仍然矛盾重重，离真正的缓和还遥遥无期。
开拓“新边疆”
早在1960年竞选期间，肯尼迪就提出“新边疆”政策的改革主张。
在当选总统后，他延揽的100多位全国第一流的专家和政界元老提出了试图解决各种问题的“新边疆”政策报告。肯尼迪吸取了这些专家的建议，并经内阁各部反复研究后，于1961年年初向国会提交总统咨文，同时还准备了大约270多项立法要求，从而形成了内容广泛的新边疆施政纲领。但是，年轻而又雄心勃勃的总统很快就意识到，在对内立法和改革方面正如同在对外政策上一样，他只能争取到有限的收获。南部民主党人和北部共和党人在罗斯福新政时期形成的大联合，多年以来一直在对几乎所有一切创新性的社会改革加以阻拦，他们对于推动美国走向新的边疆毫无兴趣。尽管肯尼迪不同于他的前任，决心要行使他的总统职权，但他同国会的实际关系却并不令人乐观。肯尼迪要求对老年人实行医疗照顾、联邦援助公立学校教育、建立城市事务部以及加速公共工程的法案，均遭到国会的拒绝。正如著名学者詹姆斯·伯恩斯所言，“新边疆”的创新是步履蹒跚的。
改革者们批评肯尼迪总统未能充分利用他的声望以赢得公众对其政策的支持，又缺乏笼络国会议员的手腕。他们承认保守派联盟造成许多困难，但又同时指出肯尼迪在国会两院均拥有声势甚壮的民主党多数派，他作为民主党的总统和领袖，只要略施小计就可以拉过来所需要的两票，使医疗照顾立法在参议院获得通过。他们尤其抱怨肯尼迪过于谨慎小心，过于迁就国会的保守势力。对此，肯尼迪总统认为这种指责低估了他所面临的种种障碍，他对越过国会而直接呼吁民众支持的做法表示怀疑。而且，肯尼迪更认为他取得了“新边疆”的许多成就。
他已促成国会通过立法，提高了最低工资，放宽了社会保障的范围，制定了培训失业工人的计划，增加了失业补偿，拨出了精神病医疗专用款；他还敦促国会批准了《联邦水污染防止法》；他在一场顽强的斗争中好不容易才获得胜利，使保守派失去了对众议院法规委员会的控制，为日后的改革消除了一个巨大障碍。
对于促进经济复兴，肯尼迪虽然最初行动过于谨慎，但终究还是发挥了他的重要影响。他是在一个经济趋于呆滞的时期上台的。这是第二次世界大战后美国的第四次经济衰退，有将近7％的劳动者失业。
肯尼迪总统的某些自由派经济顾问极力主张，通过减税和扩大公共开支来刺激经济。但在国际收支逆差的情况下，肯尼迪担心大规模开支可能会加快黄金流失，从而增加通货膨胀的危险。他决定要在“健全财政政策和相对物价稳定”的范围内反经济衰退，因而采取了一种较为温和的方案，即较为宽松的信贷、有限度地扩大开支（如逐步增加军事和公路建设开设等）以及投资许可欠税。这些措施终于使美国经济自1961年3月起缓慢回升，到当年10月，工业生产就超过了衰退前的最高点。在年底，肯尼迪不无自豪地宣称：国家正走在“恢复和发展的康庄大道上”。
为了防止通货膨胀，肯尼迪政府确定了自愿的工资———物价指标，希望劳资双方能够接受它。1962年3月31日，肯尼迪和劳工部长阿瑟·戈德堡说服炼钢工人以钢铁行业不提高钢铁产品价格的设想为条件，同意了一个不增加工资的合同。总统在给资方代表和工会总部的同一份电话声明中，称赞这项协议是“负责的”，“有着高度的政治家风度”，“显然不会造成通货膨胀……为继续保持价格稳定提供了坚实的基础。然而，总统高兴地过早了。仅一个多月，4月10日下午美国钢铁公司总经理罗杰·布劳交给总统一份该公司油印的向报界发表的声明，宣布提高钢铁价格3．5％，即每吨钢铁涨价6美元。其他钢铁生产商纷纷仿效。第二天，狂怒的总统出现在电视上，谴责“一小撮钢铁大王对个人权力和利润的追逐超过了他们的公共责任感。”肯尼迪私下里对他的白宫助理说：“我的父亲一直对我说，钢铁界的人都是畜生，但是直到现在我才认识到他这句话是多么正确。”
为了迫使那些公司收回成命，总统动有了联邦政府权力、反托拉斯法诉讼、财政部对缴税的调查以及国防部不向涨价的公司购买钢铁等手段。几天后，钢铁公司被迫停止了涨价行为。
这一时期经济虽然有所回升，失业率却居高不下。肯尼迪认识到，要实现充分就业，就有必要采取新的措施，他在经济顾问委员会主席沃尔特·赫勒的指导下，接受了“新经济学”的减税主张，以鼓励消费和刺激企业投资，从而推动经济快速增长。尽管肯尼迪在世时，长期减税法案尚未在国会通过，但他的这一决定标志着战后美国政府从补偿性财政政策开始走向长期赤字财政，其意义十分重大。
在肯尼迪执政时期，黑人争取平等的民权运动如火如荼。1961年黑人因抵制一条公共汽车线路的种族歧视而发生骚乱，肯尼迪总统向发生骚乱的亚拉巴马州派出了几百名联邦执法警察以制止暴力事件。
这年年底，在司法部的敦促下，州际商业委员会命令各公共汽车公司对州际公共汽车废除种族隔离制度。
1962年9月，美国空军的一位黑人退役军人詹姆斯·梅雷迪思，被他本州的密西西比州立大学拒绝接纳入学。梅雷迪思向联邦巡回法院控告该校实行种族歧视。司法部闻讯后，支持梅雷迪思的要求。但是，该州州长亲自出面干预并动用州警阻拦梅雷迪思入学。9月30日，肯尼迪总统命令5，000名联邦执法官护送梅雷迪斯进入该校校园。当晚一大群种族主义暴徒对联邦执法官发动袭击，制造骚乱。肯尼迪遂调来联邦军队。直到两人被打死，70人被击伤后暴乱才告平息。梅雷迪思在联邦军队刺刀的保护下终于注册入学。
行政部门的这些行动，使“肯尼迪兄弟”的名字在种族主义猖獗的南部地区成了诅咒词语，针对黑人的暴力有增无已。而民权运动的领袖们却还严厉批评肯尼迪总统的行动不够有力。1963年8月，小马丁·路德·金领导大约20万争取民权的黑人和白人进行了一次前往华盛顿的“自由进军”，要求国会通过肯尼迪所提出的民权法案。在向全国发表的电视讲话中，肯尼迪说道：“自从林肯总统解放黑奴到现在，100年已经过去了。但是黑人的儿子、孙子却仍然没有完全的自由。他们还没有从不公正的束缚中解放出来，还没有摆脱社会和经济的压迫。
我们这个国家，尽管她有无限光明的前途，有无可比拟的成就，但是如果人民没有得到全面的自由，那就算不得一个完全自由的国家。”
肯尼迪不是不清楚他同情黑人的立场对他自己的政治前途的影响，私下里他担心这场种族争端会让他在1964年落选，但他又对一位黑人领袖表示自己决不回头。他相信，美国人民迟早会大胆面对真理，亚伯拉罕·林肯的传统会被继承和发扬光大。
肯尼迪早在接受总统候选人提名时，就曾明确表示，新边疆包括“未知的科学与空间领域”。在他上台后不久，即委托副总统约翰逊领导宇航事业。1961年4月，苏联宇航员加加林在人类历史上首次进行了太空飞行。为了与苏联在空间领域展开竞争，并取得竞争的优势，肯尼迪政府加紧制订、实施其太空计划。5月5日，美国宇航员谢泼德中校乘坐水星3号卫星顺利进行了太空飞行，成为美国的第一个太空人。
5月25日，肯尼迪在国会发表关于“国家特别需要”的特别咨文，这是他在4月里发表的第二份国情咨文。他宣布美国“应当努力在这10年结束以前，实现把一个人送上月球，再平安地返回地球这样一个目标。”
这就是举世闻名的阿波罗登月工程。肯尼迪对议员们说：“这个时期，没有一项其他的空间计划比这一项对人类影响更大或更为重要，……
实现起来也没有如此困难和如此昂贵。”他说，这将需要把它置于国家最优先考虑的事务中，需要从其他重要的活动中抽调科研人员和资金，需要更大程度的献身精神和纪律性，并要杜绝长期以来干扰空间计划的一切规模的怠工、竞争和变动。
国会立即通过了肯尼迪提出的拨款200亿美元的议案。这一决定使当年的空间预算增加了50％。扩建卡纳维拉尔角的设施以及在德克萨斯州的休斯敦建一座飞行控制中心的工程同时动工，为美国空间探索事业的腾飞创造了极为有利的条件。
1961年10月27日，美国土星1号火箭试射成功。1962年2月20日，小约翰·格伦中校乘坐水星6号进入轨道后，顺利地绕地球飞行3周。《时代》周刊评论说：“就国家威望而言，格伦这次飞行不折不扣地恢复了美国在空间竞赛中的地位，并且使美国和整个自由世界的身价得到极大而又迫切需要的提高。
1962年9月，肯尼迪总统在休斯敦发表演说，阐述了美国为什么必须“在这片新的海洋中扬帆航行”的各种理由。他说：“是我们决意要在这10年间登上月球的，而且还要干出一些别的成就。这不是因为这些工作都易如反掌，而恰恰因为它们是艰难复杂的；还因为这个目标对于我们最精淬的才能和技术能起到组织和检验的作用。而且，这是对我们的一个挑战，我们愿意接受这个挑战。我们不愿拖延，而且我们期望获得胜利。”
肯尼迪满怀信心地宣布美国人要在10年之内登上月球，这一诺言于1969年7月20日提前实现。“阿波罗”11号飞船将宇航员阿姆斯特朗、奥尔德林和科林斯带入太空，阿姆斯特朗走下登陆舱，在月球上踩下了人类的第一个脚印。遗憾的是，肯尼迪在1963年11月22日遇刺身亡，因而未能亲眼目睹这一激动人心的壮举。
喋血达拉斯
随着1964年大选年的临近，肯尼迪总统及其顾问们越来越重视那些可能阻碍他蝉联下届任期的战略性问题。这方面一个较大的麻烦是，民主党在副总统林登·约翰逊的家乡得克萨斯州发生了分裂，以参议员拉尔夫·亚巴勒为首的自由派和以州长约翰·康纳利为首的极端保守派不和睦，危及民主党在该州的选举人票数，肯尼迪决定于1963年11月下旬去得克萨斯和佛罗里达州，希望通过约翰逊与两派的协商以及他亲自出马的场面，来促成喜争好斗的得克萨斯州民主党人的团结。
在肯尼迪预定要去发表讲话的几个得克萨斯城市中，达拉斯的社会治安状况是最糟的一个。该市犯罪率在全美国独占鳌头，每月发生的凶杀案比英国一年发生的还多，而且72％的凶杀案件都借助火器。
在达拉斯，持枪不需要批准。到1963年11月为止，当年已发生了110
多起凶杀案。达拉斯的极端右翼势力向来十分猖獗。在1960年支持肯尼迪竞选时，林登·约翰逊夫妇曾在这里受到一大群极端保守派的谩骂和人身威胁。这种对东部自由主义国际派的病态仇恨在总统访问前4个星期又以更恶毒的方式表现出来。当时，艾德莱·史蒂文森大使来达拉斯参加纪念联合国成立18周年大会，以埃德温·沃尔克为头目的得克萨斯右翼组织的成员乘机进行捣乱，他们不仅中断了史蒂文森的讲话，还向他吐唾沫，用尖桩标语牌打这位驻联合国大使的头。带有肯尼迪画像并写上“捉拿叛国犯”字样的传单在这里随处可见。
史蒂文森离开达拉斯后，他对总统的一名助理说，那里的气氛是相当险恶而吓人的，总统最好别去达拉斯。11月20日，参议员威廉·富布赖特、休伯特·汉弗莱也都劝肯尼迪不要去“钻黑窝”。肯尼迪无奈地说：“我也不想去达拉斯”。但是，不去怎么行呢？
