从光绪二十四年（公元1898年，旧历戊戌年）到二十六年（公元1900年，旧历庚子年），中国政权起伏跌宕。戊戌变法、义和团运动和八国联军入侵北京等重大事件都相继发生。中外各派政治力量的彼此消长、分化、组合，呈现出非常复杂的局面。在世纪之交风云变幻的舞台上，张之洞以老到的政治家的谋略和手段，翻云覆雨，做出了淋漓尽致的表演。
甲午战争的失败刺激了中华民族的觉醒，这种觉醒的主要标志就是维新运动的勃然兴起。维新运动与洋务运动之间存在着既相通、又相逆的复杂联系。维新派提倡仿效西方先进的科学文化、生产技术、振兴中国的工商业与洋务派所努力的目标“求强”、“求富”是一致的。但是，另一方面，维新派所羡慕不已的西方资本主义社会政治秩序，又与洋务派坚守的封建朝纲是不能共容的。正是以上原因，作为洋务派后期的代表，张之洞与维新运动之间，呈现出微妙的关系。
维新运动刚刚兴起之时，张之洞持积极赞助的态度。光绪二十一年（公元1895年）七月初，康有为等成立了“强学会”，许多达官显贵、硕学鸿儒都“趋之若鹜”。张之洞慷慨解囊，捐银5000两作为会资。当时的张之洞在不满现状、期待改革方面与维新派有相通之处。另外，张之洞含辛茹苦地创办洋务，却屡遭非议，现在维新派有帝党撑腰，他想借助这股力量来帮助自己推行洋务事业。张之洞经过审时度势，明白自己正处在极好时机，此刻强化自己的“言新者领袖”形象，必将有助于皇帝立下决断，启用自己主持全国新政。所以，在整个变法运动期间，张之洞都与维新派首领人物保持着联系。
戊戌时期，梁启超亲笔主持的《时务报》，积极宣传变法，介绍西学。张之洞对《时务报》是既赞助、支持，又压抑、控制。他曾说：“《时务报》实为中国创始第一种有益之报。”但对于《时务报》上不合己意的议论，他又毫不含糊地加以干涉。维新派的基本政治主张是倡言民权，反对专制，而张之洞却是坚定的封建卫道士。《时务报》上还发表了梁启超的《变法通议》、《论学校》等文章影射张之洞昏庸无能。此时，张之洞与维新派的思想裂痕已经显露出来了。在帝党、后党的争权中，后党掌握着兵权，准备武力镇压维新派。正当变法进入生死存亡的关键时刻，张之洞推出了《劝学篇》。他以“会通中西，权衡新旧”为宗旨，指责维新派有“非薄名教之心”，公开表明自己和维新派的根本分歧。最终，康、梁亡命日本，张之洞却保住了原有地位，并呈上升之势。《劝学篇》的发表显示了张之洞的工于心计，也显示了他的根本立场——开明的、坚定的封建卫道士的立场。
光绪二十六年（公元1900年）前后，活动于山东、直隶等地的义和拳、梅花拳、大刀会等下层民众秘密结社逐渐统一为义和团，在北方掀起了一场轰轰烈烈的反帝爱国运动。戊戌政变后，列强出于各自的在华利益，参加了帝、后两党的宫廷之争。英、美、日等国支持帝党，这使慈禧十分恼火，她便默许了义和团的“扶清灭洋”。洋务派大臣们，如李鸿章、刘坤一等，都主张坚决镇压义和团。张之洞虽然在中法、中日战争中都是坚定的主战派，但这次他认为慈禧太后同时和列强对垒，“羁縻牵制”之术无法施展，因此主和。当义和团在京津一带成燎原之势时，张之洞、刘坤一却在策划“东南互保”。洋务派方面害怕北方义和团运动蔓延到东南地区，动摇统治秩序；英、美方面担忧义和团运动会夺取他们的经济、政治特权。所以洋务派就和英、美联合了起来。从表面看，“东南互保”有地方“独立”、与清廷分庭抗礼之嫌，但其本意却是为了保住东南半壁江山，以免“全局瓦解，不可收拾”。所以，最终张之洞因此而大受褒奖。
在经历了戊戌、庚子年间一系列重大事件之后，张之洞的地位进一步上升，逐渐成为清末“新政”的核心人物，不久又入参军机，入阁拜相，登上了朝廷权臣的极峰。然而面对四伏的危机，张之洞发出了“欲为圣朝除弊事，肯将衰朽惜残年”的感慨。
随着资产阶级民主政治学说的深入人心和孙中山领导的革命运动的发展，使慈禧集团被迫打起了“变法”和“新政”的旗号。光绪二十七年（公元1901年）三月初三，清廷设立“督办政务处”，具体筹划“新政”，在具体实施方面，主角是刘坤一、张之洞、袁世凯。这年五月至六月，张之洞等人联衔会奏《变通政治人才为先遵旨筹议折》、《遵旨筹议变法谨以整顿中法十二条折》和《遵旨筹议变法谨以采用西法十一条折》，这就是著名的“变法三疏”。张之洞认为改革教育是当务之急，他还提出了整顿中华法约的具体条例和采用西法的必要性。然而，这种“换汤不换药”的“新政”，既不能从根本上拯救封建肌体的日渐衰竭，更无力阻挡民主革命的蓬勃高潮。况且立宪政治的理论基础是资产阶级的社会契约论，这是与君主专制政体尖锐对立的。张之洞对于“宪政”的实施也只是轻描淡写了！病入膏肓的国体之躯，并不是仅仅涉及皮毛的“新政”、“宪政”汤剂所能起死回生的。
军机处是清朝统治集团特设的辅佐皇帝的政务机构，后来成为实际上的皇权执行机构，能够入参军机的人很少，而且多是满族亲贵。“东南互保”之后，慈禧太后有意调张之洞入参军机。张之洞虽然进入了权力中枢，但对于中枢内部微妙关系的处置却很忧虑。他虽已年入“古稀”，仍竭智尽力地做了几件大事。第一件大事就是尽力化解民族矛盾，后来清廷也做出了取消满汉异法，允许满汉通婚等决定。另外，张之洞还劝阻清统治者，使袁世凯免遭杀戮。这对中国历史进程也造成了重大影响。光绪的弟弟载沣当上了摄政王，他对袁世凯戊戌年间出卖光绪帝的行为痛恨在心，想杀了袁以解心头之恨。张之洞与袁世凯平时虽有隔阂，但二人在革除朝弊方面很有共同语言。后来袁世凯成了一个重要的过渡人物。
张之洞在一生最后的岁月里所办的最后一件影响较大的事就是督办粤汉、川汉铁路，签订了湖广铁路借款合同。这个合同的签订激怒了两湖地区的绅商和民众，由此掀起了反对借款合同的保路运动。这场保路运动引发了一年多以后的四川保路运动，从而成了武昌起义的前奏。
在清廷陷入内政外交的困境之时，满族亲贵的专权腐败也愈演愈烈，张之洞无可奈何地怀着绝望的心情走完了生命的最后一程。在地方，张之洞担任封疆大臣二十多年，从来都是他说了算。在中央，张之洞虽处于尊位，却处处受到掣肘。有人说他：“生平多处顺境，晚岁官愈高而境愈逆，由是郁郁成疾。”公元1909年九月以来，张之洞肝胃疼痛加剧，饮食量也减少，呕吐不断。十月四日，即张之洞生命的最后一天，摄政王载沣去探望他，却没有询问有关国政前途的大事。这令张之洞很寒心，对清廷的前途也很失望。临死前，他告诫儿子：“勿忘国恩，勿堕家学，必明君子小人义利之辨，勿争财产，勿入下流。”张之洞带着无法挽回国势的深切遗憾与无限悲哀撒手而去了，没有为后代留下财产，只留下了图书数万卷和近500万字的著述。
张之洞对于时代面临剧变的估量，对于中国落后于西方的原因探讨，已超越了传统旧说，显示出接纳新知的强烈愿望。张之洞不是幻想家，而是力行者。他兴办实业、改革教育，身体力行。作为思想家的张之洞，在古今中西大交汇的浪潮中殚精竭虑，因革损益，留给后世一份丰富而驳杂的遗产。一方面，他对新文化、新思想的技术——艺能层面充分接纳，显示出大度和开明。另一方面，他对新文化、新思想又加以排拒、否定。这也是他“中学为体，西学为用”的理论阐发。毕其一生，他为之奔走呼号，鼓吹厉行。
今人有充足的理由和证据来分析张之洞思想言行的新旧杂糅、自相矛盾，却无法否定张之洞在近代中国历史进程中的巨大影响。
