奖金分配系数一年一调整，每年调整对绝大多数科室都要下降分配比例，只有极少数科室会升一点。2001年底的调整，使临床科室主任护士长大哭一场，2002年底调整时，反对的声音和哭声就少多了，因为大部分科室和职工这一年奖金收入都上涨了，2003年底再调整时，已经没有科室负责人流眼泪了。虽然有的人还是有意见，但说起来言辞已经不激烈了，态度也温和多了，多数人在提意见之前都要把院长表扬一番，肯定几句，再提希望。到2004年底再调整时，大家都能够愉快接受，有相当多的人都说，我们相信胡院长，只要是胡院长说的我们都会去做，没问题。后来演变成千万不要把胡院长调走啊，如果没有他当院长，我们算是完了。到2005年、2006年、2007年、2008年，这些话被部分职工挂在嘴边，但是我每年都降分配系数，职工每年的奖金都继续上升。
在奖金分配制度改革的前几年，院长和其他院领导以及行政职能部门的工作人员、后勤人员都是拿临床医技人员的平均奖，2000年下半年是200元到500元，2001年也是几百元，2002年才开始升到1000多元。随后也拿过2000元、3000元。从2002年初开始，我们对院领导、行政职能部门及后勤（所有不产生直接收入的）人员按岗位出台奖金分配系数。刚开始院领导正职的奖金按临床医技人员平均奖的130%，副院长120%；行政职能部门负责人正职拿100%，副职90%。
本院的职工奖金逐渐上升，笑意经常写在职工脸上，有些职工掩饰不住内心的喜悦，难免与过去的同学朋友分享，信息传递也引起了业内同行和政府部门的关注和议论，甚至不满。他们医院怎么能比同济、协和的奖金还高呢？有的说胡祖斌滥发奖金，有的讲胡祖斌慷国家之慨，有的怀疑胡祖斌以权谋私，自己给自己发钱，还有人说胡祖斌带头瓜分国家财产……无奇不有！为此有人事厅来调查，相关审计部门连续几年来审计，还有一些部门索要了相关资料进行分析，最典型的是2004年年中，主管部门要求厅直各单位上报其党政一把手上半年的所有收入，上报的数据显示，我的奖金及工资收入已高出厅长的2倍多，比近10家厅属机构负责人都高出不少，树大招风，此信息一出，有些人大有兴师问罪之意。虽然这半年我有近6万元的收入，但我和院内其他临床科主任相比，只能排在十几位，差距还不小。而且前几年，我的年收入比临床一般医生都少，只是今年刚开始与一般行管人员有所区别。后来这件事得到平息是因为主管部门的主要领导发了话：我过去在医院工作过，知道院长很不容易，医院现在主要靠自己创收，政府给的钱很少，医院的奖金都是靠辛苦干来的，有这些奖金也是应该的。
的确，我们的奖金来之不易，每年财政拨给我们的钱仅够100多位离退人员养老。在职人员的工资、奖金、福利都靠医院创收，而且基本建设、购大型设备政府也没给钱。我当院长十年了，政府唯一一次因为门诊改扩建项目给了700多万，而且是分几年到位。除此之外，政府每年给我院的经费就是几百万，和其他事业单位一样，按1992年省编办核定的编制631人的人数，每人每年乘8000元至9000元，最多的一年是2008年，近707名职工加200名离退休人员一共得到财政拨款700多万元。以前的每一年都比这一年少。2000年时，全年拨款不到500万元，通过其他途径也要不到钱。
还有我们的奖金分配制度的要求是有原则的，我们作为奖金分配的钱，来自各科室扣除成本（包括员工工资和运行费用）以后的利润，是把医务人员对医院的贡献再分配，而且分配下去的部分一年比一年的比例小，医院留下的部分都随着比例的上升，一年比一年多。这种比例使得职工受益的同时，医院会受更多的益。实践也证明，院里的固定资产积累迅速上涨，在政府并没有加大投入的同时，医院迅速发展，我们每年的奖金分配加工资福利发放，给职工的收益占整个医院支出的28%以内，有时候只占25%，有时候26%或27%，最高也未突破28%。这在同行业中是一个共同遵守的比例，并没有因为职工个人奖金不断上涨而使这一比例升高了。从财务上说，我们的奖金分配是科学的，无懈可击。还有我们这些年来实现的是财务预算制，省财政厅要求我们每年实现零基预算，每年的职工支出含奖金都要在预算中列出并获得主管部门和省财政厅的批准，方可实施。如果像奖金类的支出超越了预算指标，既违反《预算法》，又违反财经纪律，那可是要受法纪制裁的，谁敢违抗？每年审计部门都要来查账，事实证明我们不仅没有违纪违法，反而我院的财务管理及医院的发展，每每受到他们的表扬！所以我所主导的该院奖金分配制度相对来讲既守法又科学更实用，实践证明它激发了全院职工的工作热情，也受到了同行业的青睐，很多医院来我院考察学习这一制度。
随着奖金的增加，职工工作积极性和热情的高涨，各科室收入大幅度增长，医院的整体收益水涨船高，最受益的当然是医院。同时，医务人员追求奖金的上扬，必然会改善对病人的服务态度，必然会提高医疗技术和水平，如果病人花了钱，医生没有把病治好，病人会找医院或者医生赔偿，这种纠纷或者官司在我国司空见惯。不仅如此，近几年来，国内医院因医务人员服务态度不好，或不规范的医疗服务导致的医患纠纷数不胜数，此类官司往往以医院赔钱而告终。尽管不负责任的医务人员是极少数，尽管不负责任的医疗事故也是极少数，但是近二十年来，医院、医务工作者的社会形象却每况愈下。这种状况其实对绝大多数医务工作者而言是不公平的，这种不公平，不仅是在社会地位、社会形象上不公平，而且在分配上（医生的个人收入上）也极其不公平。长期以来，我们的政府、我们的社会、我们的媒体、我们的学校都要求医务人员讲牺牲、讲奉献、学习白求恩，还要医术精湛，精益求精，不允许有一丝差错。的确，一个医生的差错会导致难以估计的生命和健康后果，但是医生也是人，一辈子不出一点差错，是难以做到的。全世界两百多个国家和地区，几乎所有国家和地区的医生都是在本国社会中社会地位最高、形象最好、最受人尊敬的职业群体，不仅如此，医生的收入也是排在第一或者第二位，是收入最高的职业，只有我们中国大陆是个例外。有资料说明我国大陆的医生收入在全世界两百多个国家和地区中排名倒数第一！但是中国社会对医生的技术要求，可以排到两百多个国家和地区之后吗？政府和居民允许吗？其实，在中国众多的行业之中，医疗卫生界的医学工作者，走出国门与老外进行学术交流的人数最多，离世界先进水平最近。如果发达国家都允许中国人去做医生，恐怕国内的医学界就会人去楼空。还有中国大陆的医生负荷实际是最重的、执业环境最不好、工资收入最少，却广受诟病。医生们没有冤屈吗！每一个大医院的医生，一般都需要硕士毕业，有的还必须是博士，甚至洋博士，医学院校要读上十年。十年的投入是多少，毕业后当医生年收入又有多少？中国有多少家庭能支付自己的孩子在医学院校攻读十年，而且毕业以后仅仅只能养活自己？
我们的奖金只是从每月300元、400元变成了3000元、4000元，还不到香港地区医生收入的十分之一。即使每月让医生拿到了3万元、4万元，也只是香港地区医生的四分之一或者三分之一。但是我们医生的技术水平和工作量以及贡献是香港医生的十分之一、三分之一或者四分之一吗？那么是什么原因让我们的医生如此低廉呢？不仅低廉，而且还不受尊敬，遭人口舌？！
