雍正皇帝即位后，朱轼被召回京师，委以重任。在康熙年间表现出的才华、在大臣中建立的威信，使得他成为举足轻重的人物。
要治理好国家，法律是最基本的，也是最重要的。雍正元年（1723年），巡视东城御史汤之旭奏：“律例最关紧要，今六部见行则例，或有从重改轻，从轻拟重，有先行而今停，事同而法异者，未经画一。乞简谙练律例大臣，专掌律例馆总裁，将康熙六十一年（1722年）以前之例并大清会典，逐条互订，庶免参差。”雍正皇帝也深知国家法律的重要，所以制定修改法律一定要谨慎，制定法律的人一定要德才兼备又深明治国之道，朱轼成了最佳人选，因此任命为总裁官，修改法典，增删条文，明晰细则。三年之后这项工作才初步完成，又仔细审定了两年才最终颁布。这部法典一共包括三十个门类，凡四百六十条。
雍正二年（1724年），朱轼当时担任吏部尚书，曾经上奏雍正：“皇上至仁大孝，丧三年如一日，今服制竟，请袷祭太庙，即吉释哀。”雍正以为很对，第二年二月，雍正诣庙行袷祭，如岁暮大袷仪。自后服竟行袷祭仿此，透过此事可以看出朱轼在朝中的地位。
朱轼受到雍正的器重首先是由于他杰出的政治才干，他能够敏锐地发现时弊，并且敢于提出意见。雍正初年治狱刑法严厉，朱轼就建议说：“法吏以严刻为能，不问是非曲直，刻意株连，惟逞锻炼之长，希著明察之号。请敕督抚谕有司，谳狱务虚公详慎，原情酌理，协于中正。刑具悉遵定制，不得擅用夹棍、大枷。”他反对滥用刑法导致冤案，切中了当时刑狱的弊端。雍正登基之初，很多省竞相上报说大量开垦荒地使得人们劳役过重，朱轼凭着对民情的了解和调查，指出这些官员大多都是虚报，建议雍正严格丈量核实，惩处虚报者。这些都显示出他过人的政治才能和洞察力，让雍正不得不对他另眼相看。
朱轼能最终得到皇帝的信任并不是完全由于他的才干，雍正信任朱轼很大程度是由于他的认真与正直，雍正很明白朱轼是那种很难得的敢于说真话的人。雍正登基以后，朝中大臣对他的奏章，一律密封上送。大臣孙嘉淦在上疏中，提出“请亲骨肉，停捐纳，罢西兵”，正指到雍正的隐晦处，故而雍正看后特别生气，愤怒之下就召集朝中大臣传阅，并且说“翰林院岂容此狂生耶？”要把孙嘉淦这个“狂生”赶出翰林院。大臣们见了龙威震怒，一个个都如木雕泥塑一般不敢说话，这时候只有朱轼说了一句：“嘉淦诚狂，然臣服其胆。”嘉淦虽然狂妄，但是他敢于大胆进谏，这在朝臣中是难能可贵的，他是对朝廷有用的人才，他的胆略让人佩服。雍正想了想，如果把孙嘉淦赶出翰林院，就隐隐暗示自己不能从谏如流，况且孙嘉淦说得也有道理，于是良久之后终于笑着说：“朕亦且服其胆。”因为朱轼敢于说话，孙嘉淦没有受罚，后来反倒升为国子监司业，而朱轼自己也更为雍正所看重了。
雍正元年（1723年），他被任命直南书房，加吏部尚书衔。也就在那一年雍正任命朱轼为太子太保，在懋勤殿设讲坛，当时的皇子爱新觉罗·弘历（也就是后来的乾隆皇帝），对朱轼行拜师礼。按清朝成例，皇子见师傅，彼此都行长揖礼，这是雍正为使皇子们尊重师傅，特定的礼节。从此，朱轼成为乾隆的帝师。
雍正为弘历选择的老师都是硕学耆宿，前后有十余人之多，其中最重要的也是对弘历影响最大的就是朱轼。一如朱轼为人为官一贯的严谨作风，他对弘历的要求很严，以至于雍正有时都觉得有些过头了，就对朱轼说：“教也为王，不教也为王”，意思是弘历是皇子，不管教育得严格不严格，他以后都是要称王的，所以没有必要这么严格。
然而朱轼没有顺势而下，而是很严肃地说“教则为尧舜，不教则为桀纣”，教育得好，以后他会成为尧舜那样的贤君，反之教育不好，就会变成夏桀、商纣那样的暴君，正因为他是皇子，才更要严格要求。
弘历熟读《诗》《书》《四子》（《四子》也叫《四子书》，是指曾参、子思、孔子、孟子，是早期儒家四个代表人物），对《易》《春秋》《戴氏礼》及宋儒性理诸书都有心得，并旁及《通鉴纲目》《史》《汉》及八家之文，朱轼这位帝师功不可没。乾隆登基以后，对这位严格教育他的老师特别感激，他曾经在诗序中说“从朱轼学十余年，所获最多”。
在乾隆即位的当年，下诏命大学士朱轼、鄂尔泰、张廷玉，左都御史福敏，侍郎徐元梦、邵基，为皇子师傅。或许想起当年朱轼对自己的严格要求，于是召皇子及朱轼等六人进见，当面说：“皇子年齿虽幼，然陶淑涵养之功，必自幼龄始，卿等可殚心教导之。倘不率教，卿等不妨过于严厉。从来设教之道，严有益而宽多损，将来皇子长成，自知之也。”上又谆谆谕皇子：“师傅之教，当听受无遗”，看来是体会到了朱轼当年的一片苦心。
朱轼不但培养出了乾隆皇帝这一文武兼备、治国称雄的杰出人才，而且在振一代文风、严格科举制度、兴办各类书院、选拔优秀人才等方面作出了巨大贡献。经他一手提拔推荐沈近思、蓝鼎元、陈仪、李徽、王叶滋、王安国、刘吴龙、朱跬、童华等，都是难得的堪当大任的人才。
朱轼无论在何处为官，都必强调教育的重要，办书院崇尚儒学。在浙江任上刊印颁发了《大戴礼记》《仪礼节略》以及《张子全书》《颜氏家训》《温公家训》等书，使浙江风俗为之一变。他三主会试，以“读对贤书而能发明其意蕴”为选才标准，为清朝选拔了不少人才。
明清时代科举考试犹如跳龙门，一旦考中就有了功名，跻身于统治阶层了。在科举考试中，考官的才与德就尤其重要：考官的才不高，出题判卷就没有水平，无法选拔优秀的人才；如果考官品德不高，给某些亲戚朋友的子嗣大开方便之门，甚至收受贿赂，出卖考题的话，那么就不仅仅是关系是否选拔人才的问题了，如果那样，后果就是考纪废弛，天下读书人哗然，甚至导致社会不稳定。考官肩负重任，因此历代选任考官都异常的谨慎，同时，当选为考官也是一个大臣的荣誉。
雍正元年（1723年），朱轼、张廷玉担任会试总裁官，持择公允，雍正皇帝很高兴。为了表彰他能公正地选拔人才，雍正皇帝曾将一面优质苏州折扇贡品赐给朱轼，并在扇面上题诗一首以示表彰。诗云：
高岳生良佐，兴朝瑞老臣。
南昌持藻鉴，北斗柄权衡。
忠岂唯供职，清能不近名。
眷言思共理，为国福苍生。
关于这面御赐题诗的折扇还有一段鲜为人知的历史故事：
雍正朝某年科考，皇帝钦定朱轼为主考官，侍郎刘碧为副主考官。就在开考前一天，雍正帝密召两位主考官定下考题。就在考题定下的当天下午，国舅就让他的亲信给正副主考官各送来黄金、锦缎等贵重礼品，想要请主考关照他的儿子。与此同时，刑部、工部、户部等一些官员也派人送来不少礼品，都是想请求主考官关照各自的亲朋好友。副主考官刘碧没能控制贪念，竟将考题泄露给送礼的人。而朱轼却不为金银礼品所动，不仅如此，为了维护考试的公平，他连夜带着全部礼单、礼品进宫禀告雍正皇帝。雍正听说后大怒，想要立即治刘碧和国舅等徇私官员的罪。朱轼则请雍正帝暂不处理人事，而是先将考题重新出过。结果考后国舅等送礼官员亲属一个个名落孙山，而考中者尽为文章锦绣、见解独特的优秀人才。雍正帝为此赞赏朱轼“尽拔佳文、摒除弊端”，并赐题诗御扇于朱轼，以示奖赏。这把御扇现仅存扇面，被朱轼后裔珍藏下来，现收藏在高安市档案馆。
