朱轼逐渐成为雍正的左膀右臂，雍正皇帝曾赐予朱轼“朝堂良佐”御匾一块，以表示对他的器重和信赖之情。朱轼一生中最大的政绩主要在督办兴修水利方面。雍正二年（1724年），朝廷开始修筑郭家务大堤，筑清凉寺月堤，修金门闸，筑霸州堂二铺南堤决口。但是工程进展不顺利，郭家务以下两岸顿狭，永清受害特重。这时候雍正皇帝想到了曾经修筑海堤有功、积累了丰富的工程经验的朱轼。朱轼建议开挖新渠，疏通水道，引导河水流入海中，又加固堤坝，修筑围堤，力图防患于未然。
他不仅仅主持郭家务一带堤防，这一年又兼吏部尚书，勘江、浙海塘。
浙江海宁的海堤本来就是他早年修建的，这对他来说已经是轻车熟路了。这次巡查对朱轼来说有一些故地重游的味道。大堤依旧，涛声还似旧年，此时的他已然成为朝中元老了。当他回京报告的时候，把堤坝的情况、修筑的计划，以及需要的费用计算得一清二楚了：“浙江余姚浒山镇西至临山卫，旧土塘三道，本为民灶修筑。今民灶无力，应动帑兴修。自临卫经上虞乌盆村至会稽沥海所，土塘七千丈，应以石为基，就石累土。又海宁陈文港至尖山，土塘七百六十六丈，应就塘加宽，覆条石于巅，塘外以乱石为子塘，护塘址当修砌完固。至于塘处，依式兴筑。海盐秦驻山至演武场石塘，圮八十丈，溃七十丈，均补筑。都计工需十五万有奇。江南金山卫城北至上海华家角，土塘六千二百余丈，内三千八百丈当改为石塘。上海汛头墩至嘉定二千四百丈，水势稍缓，土塘加筑高厚，足资捍御。都计工需十九万有奇。”
似乎朱轼与治水修堤有缘，雍正三年（1725年），因海河流域暴雨成灾，使70余个州县受灾，一年收成化为乌有。雍正皇帝再次任命大学士朱轼和怡亲王允祥相度修治。他们沿永定河到天津、河间、保定等州县，进行深入的调查研究后，提出了治河与营田相结合的治理方案。首先治理卫河、淀池、子牙、永定诸河，把主要水道疏通，疏导洪水，除此以外，还在京城东面的滦、蓟，京城南面之文、霸等县设营田专官，并且招募因洪灾而离乡的农民，设水利营田府，指导他们耕种水田。第二年种植水稻七百多顷，并获得大丰收。到雍正七年（1729年），河道治理大见成效，共营水田六千多顷，因河堤坚固且年年丰收，百姓安居乐业。
由于治海修堤有功，朱轼拜文华殿大学士，兼吏部尚书。雍正四年（1726年）二月，朱轼母丧，雍正皇帝倒是没有像康熙那样不近人情，他很痛快地让朱轼回家治丧尽孝。雍正下谕说：“轼事母至孝，但母年八十余，禄养显扬，俱无余憾。当节哀抑恸，护惜此身，为国家出力”，赐白银四千两用于办葬事。并且特别批准朱轼乘驿马赶回老家治丧，让江西巡抚带着御赐的内帑到朱轼家赐祭。等到治丧完毕后，朱轼将要回京的时候，又派遣学士何国宗、副都统永福迎接，还允许他继续穿素服终丧。
不知道雍正这样做是不是因为当初康熙没有让朱轼治父丧，怀着一种歉意，想要做出某种补偿，但可以肯定的是，雍正此时对朱轼的恩宠简直到了无以复加的程度。此后朱轼又总理水利营田，兼兵部尚书，署翰林院掌院学士。他奉令修筑浙江海塘期间，督抚以及管理海塘的所有人臣都听从他调遣，这时的朱轼在朝中已然位极人臣了。
位极人臣的朱轼，是不是过着高堂大厦、锦衣玉食的奢侈生活呢？不是的。他生活极其节俭。相传乾隆曾亲自到高安来问候朱轼，朱轼用四盘二碗宴请皇帝，菜谱是：腊肉、肉皮、粉丝、闽笋四盘，猪脚或冻鱼，肉圆子或薯粉圆子为二碗。这种筵席，一直在高安流传下来，人们称为“朱公席”。
