在内阁任命上，尤其是在大学士索额图去职后，明珠在政治上、尤其在人事上拥有很大发言权。
作为大学士，康熙在任免或处理文武大臣时，经常征询他的意见：康熙二十年（1681年），吏部准备补授翰林院掌院学士，推荐了候补学士陈廷敬、侍读学士蒋弘道等人。康熙征求明珠的意见，明珠说陈廷敬极其淳厚，并且原系掌院学士，康熙听后立即决定任命陈廷敬；吏部为补两广总督空缺，开列了满汉官员的职名给康熙帝。明珠以满汉公议为名，推举福建巡抚吴兴祚，称他效力征讨，且熟悉海务，应补授两广总督，也得到康熙首肯。明珠推举和支持的官员，多能够胜任职责。河道总督靳辅一直在明珠的有力支持下修治黄、淮二河，整顿河务。靳辅治河七年，使黄、淮故道复通，河务整顿一新。
康熙帝虚心接受汉族文化，标榜满汉一体，以缓和民族矛盾。明珠在人事上基本能顺应这一潮流，但仍不能完全摆脱其满族贵族的偏见。康熙二十一年（1682年）八月，吏部否定了盛京知县以上官员必用满族人的建议。但明珠却不提倡用贤，认为盛京地方就应设满官，遭到康熙帝的拒绝。
“三藩之乱”平定后，国家需要恢复发展社会经济，明珠辅佐康熙减轻赋税，与民休息：康熙二十一年（1682年）九月，巡察两淮盐课御史堪泰请求加征盐商每引税钱三钱，明珠强烈反对说：“如果加到三钱，民众如何能承受？”山西因受灾需要停征钱粮，户部讨论后决定要加以征收，明珠又积极支持停征；康熙二十二年（1683年）十一月，户部决定不准停征湖南当铺、酒铺增添的税钱，明珠反其道而行之，积极支持湖南停征，并且认为天下已经平定，所增收的税银就应该停征。明珠的这些主张都和康熙帝的意旨一致，受到康熙帝的称赞。
有时，明珠也协助康熙处理刑事案件。在这方面，明珠毫不含糊地维护官僚、贵族的利益。刑部就贵族班布礼的妻子扑打家人二汉、二汉回手一案向皇上呈报，建议立斩二汉。康熙认为，这种事必定是因为主人责打过严，仆婢难以度日，为情势所迫而造成的。康熙问臣下“应该如何教诫，才能禁绝这种风气？”明珠却尽量美化旗人的主奴关系，为旗人贵族贴金。他说，近年来这种主人欺压仆婢的风气较以前已经好多了，至于强迫仆婢为主人殉葬的事，现在也很少听说了。
明珠在任期间以总裁官与之职参编纂重要史书、政书：重修《太祖实录》《太宗实录》，以及编纂《三朝圣训》《政治典训》《平定三逆方略》《大清会典》《大清一统志》《明史》。《太祖实录》和《太宗实录》先后完成，明珠则被加封为太子太傅，以至太子太师的最高荣衔。
