权力和皇上的宠信、重用使明珠拥有权威，清代内阁本无重权，又没有设首辅，但明珠却俨然以首辅自居。阁中票拟，都由明珠统管，语言的轻重权衡，都由明珠的心意而定。即使出现了错误，同事们也不敢驳正。康熙十七年到康熙二十七年（1678—1688年）的十年是明珠权势最盛的时期，他在臣僚中占据了政治上的一个中心位置。权力过盛，明珠的奸心、私心就逐渐萌生了。他开始利用他的权力，打击异己，收买人心，结党营私。
明珠为人阴险，外表慈善，内使机关。他与人谈话，总是和颜悦色，甜言蜜语，使人不由自主地向他倾诉衷肠，若是异己者，他就阴行鸷害。他又轻财好施，故作谦和，以招徕新进及海内名士，因而不少人被他笼络。他还利用职务之便，收买人心，卖弄权力。凡是康熙称赞或准备进用的人，明珠就向他卖好，说：“是我极力从中推荐的。”如果康熙对谁不满时，他就向此人说：“皇上不喜欢你，但我会尽力挽救。”明珠常以这些手段来拉拢人心，固结权威。明珠每天奏事完毕出宫时，满汉部院诸官和他的心腹们都在门两旁拱立以待，向他探听消息，和他交头接耳密语好久。这样一来，康熙的许多旨意或行动很快就泄露出去了。部院衙门中谁与康熙的言谈话语有了干系，就请求明珠给出主意想办法应付，对他唯命是从。
通过这些手段，明珠在其周围形成一股以他为中心的巨大势力。朝廷内，无论满汉大员都有他的死党。由于他的援引，他的死党佛伦、余国柱、蔡毓荣、张沂等人迅速升迁，担任督抚乃至部院阁一类高官。凡会议讨论问题时，都由佛伦等把持，由余国柱暗中操纵，来贯彻明珠的意图。明珠见侍讲、掌院学士德格勒为康熙所信任，经常被康熙召去讲论经史，经常扈驾巡行。明珠派人送去价值千两银子的行装为礼，德格勒拒不接受。后来天久旱无雨，德格勒奉命占卜，说是小人秉政的结果，如果把小人除掉，天就能下雨了。康熙问谁是小人，德格勒说，明珠和索额图树党擅政，贪赃纳贿，是小人。明珠得知此事后，对德格勒更加恨入骨髓。于是经常在康熙面前挑德格勒的刺。后来有人告发德格勒私下修改起居注，马上有人秉承明珠的意图，要求将德格勒论罪。德格勒后来虽免一死，但被去官，终身没再起用。
当初康熙让明珠入阁，有让他牵制大学士索额图的意图。索额图连续在内院、内阁供职八年，作风专横，任久权重，引起康熙的不满。明珠入阁后，他果然与索额图权势相侔，又有宿怨，很快就各自结党，互相攻击倾轧。索额图出身豪门贵族，性情倨傲，有不依附自己的官员就极力排斥；朝中只与李光地结交至好。后来李光地为皇太子师，大约也是索额图影响所致。李光地抑制明珠的党羽徐乾学过快进用，明珠则阻挠李光地外用为江宁巡抚要职。索额图喜欢结交皇太子，明珠则反其道而行，朝中官员有与皇太子结交者，他都设法将他们排挤出去。康熙十九年（1680年）八月，索额图因病解大学士职，但仍于内大臣处上朝，接着又授议政大臣。明珠和索额图的斗争还在继续。
明珠与其同党都贪得无厌。明珠家中“货贿山积”。康熙初年，因军费支出浩繁而广辟财源，拿钱买官的很多，这给明珠提供了索贿良机。康熙十七年（1678年），前江南左布政使法若真起复委用，准备补河南布政使，但因没有向索额图、明珠等人行贿，就遭到压抑而未见用。凡督、抚、藩、臬等地方大官有一空缺，余国柱等无不将缺辗转出卖，索贿不满欲不止。康熙二十三年（1684年），学道报满之后，应升学道的人都去论价，九卿选择时都根据明珠等预先排定的名单，任意派缺。考核官员也给了他贿赂的来源，“比大计，外吏辇金于明珠门者不绝”。每到年终岁末，内而部院台省卿寺庶僚，外而督抚府镇监司，向他送礼的人在门前排成长龙，连住宅旁的胡同里都站满了人，有的人一时送不进礼物，就在附近的客店里住下来，要等上几十天才能通报进去，送出礼物。
康熙二十三年（1684年），著名理学家、操守廉正、老成谨慎的内阁学士汤斌，被康熙特选为江宁巡抚。次年，淮安府、扬州府、徐州府发生水灾，汤斌奏请得免当年租赋。余国柱指使人对汤斌说，汤斌得以擢升巡抚和蠲免赋税，都是明珠出的力，江苏人应有所报答，向汤斌索取贿赂，汤斌不给。每年年终，别的督抚司道向明珠送礼络绎不绝，只有汤斌一人不去送礼。明珠、余国柱恨透了汤斌，想方设法对他加以陷害。康熙二十五年（1686年）三月，明珠怂恿将汤斌内召，并荐任礼部尚书管詹事府事，辅佐皇太子。次年五月，康熙对灵台郎董汉臣在应召陈言时说的“渝教元良，慎简宰执”感到愤慨，大学士余国柱就讦告董汉臣陈言是受了汤斌的指使，引起康熙对汤斌的怀疑，反复传旨诘问，并加严饬。
明珠对手下党羽、举荐对象和向自己行贿的官员，都尽力加以卵翼。据说，有一布政使坐贪墨获罪，后通过余国柱向他索贿，得以缓解。陕西道御史陈紫芝参劾湖广巡抚张淠居官贪秽，凡地方盐行、钱局、船埠全要搜刮，甚至汉口市肆商店的招牌也要按数派钱。康熙嘱咐九卿要严处，但张淠系明珠私党，以致无人敢说。陈紫芝劾奏，明珠在内阁文件中也根本不提，以便掩盖包庇。陈紫芝升任大理寺少卿后，公正断案，严峻耿直，朝臣为之侧目。一天，陈紫芝到朝房，明珠殷勤让座请茶，陈回去后，突然死亡，人们怀疑是被明珠毒死的。
明珠等人胡作非为，心中有鬼，怕别人揭发他们，所以对各级负责监察的言官多方防范压制。吏户礼兵刑工六科给事中和京畿、辽沈等各道的监察御史等所谓“科道官”，每当升级或升任时，明珠与余国柱都要居功索贿，要挟这些科道官与他们订约：凡有奏章必须先向他们请示报告，不得擅自向朝廷直接奏报，以垄断言路。对于敢揭发他们罪行的言官，则处处借故生事，陷害打击。明珠的同党佛伦在任左都御史时，对于御史李兴谦屡奏称旨，御史吴震方多有参劾，心怀不满，就指使人排挤陷害，其他人听到后也心怀恐惧。御史笪重光为江西巡按时，与明珠意见不合，很快就被罢官。
