两年后，在埃齐奥（Ezio）诞辰28周年之际，骑士们发现他们从塞浦路斯手中捡回了一个神秘物体。根据Alta?r对手稿的预测，Ezio伪装成安全警卫，紧随包装，最终遇到了Rodrigo Borgia，Ezio发现了产品的实际外观。与“先知”之一交谈很重要。后来，埃齐奥（Ezio）和波吉亚（Borgia）进行了战斗，但是其他刺客，马里奥（Mario），安东尼奥（Antonio），保罗（Paola），特奥多拉（Teodora），拉沃尔佩（LaVolpe）和巴托洛米奥（Bartolomeo）一起出现，以保护苹果。在人群和NiccolòMachiavelli作证后，Ezio公开了自己的身份并最终成为兄弟会成员。
在活动结束时，马基雅维利（Machiavelli）带着Aegio到福特城躲藏了伊甸园的苹果和他们的盟友，Catalina Sforza（Caterina Sforza）能够保护它，但是当Aegio到达时，他发现了整个佛陀。列夫受到捷克共和国军队和兄弟卢多维科·奥西的袭击。吉罗拉·莫·萨沃纳罗拉（Girola Mo Savonarolla）生活在卢多维科（Ludovico），被谋杀，造成重伤，并在摔倒前向他道歉。
很快，西班牙兄弟会分支机构的一名刺客路易斯·德·桑坦格尔（Luis deSantángel）试图找到并帮助同意他的要求并保护克里斯的埃齐奥（Ezio）。克里斯托法·科伦坡（Christofa Corombo）不受跨大西洋的庙宇航行的保护。骑士的间谍已经结束。同时，刘易斯告诉埃齐奥（Ezio），在圣殿骑士团（Thomas）的协助下，托马斯·德托克玛达（Thomas de Tokemada）袭击了西班牙的一名地方刺客。为此，埃齐奥（Ezio）前往西班牙营救了多个刺客，并最终确认哥伦布的舰队已经开始了成功的旅程。
问题解决后，埃齐奥返回意大利，继续寻找伊甸园的苹果。 1497年，他回到佛罗伦萨，发现洛伦佐·德·美第奇被萨沃纳罗拉杀死。他的丈夫也受到萨沃纳罗拉（Savonarola）的操纵。被暴徒杀死。在马基雅维利的帮助下，埃齐奥开始计划在萨沃纳罗拉的控制下解放佛罗伦萨。萨沃纳罗拉中尉被暗杀，苹果又回来了。那些不在苹果公司控制范围内的人立即试图用枪杀死一名死去的和尚，但爱治伸出了友好的手，将他安定下来，然后才到达火焰。
将苹果带到美国后，们在Monte Ridge Oni会面，并开始讨论长期计划。随着我们对阿尔泰手稿的更多了解，刺客用切碎的手稿成功创建了世界地图，并在罗马的苹果公司找到了一个更加神秘的地方。西斯廷教堂下的秘密地下室。不幸的是，RodrigoBorgia已经提前知道了这一步骤，现在拥有教皇亚历山大六世的头衔。呃99当众神在1499年袭击罗马时，埃齐奥（Ezio）随Sissia教堂来到了波吉亚（Borgia）。在最后的战斗中，波吉亚用教皇的十字架和伊甸园的碎片袭击了埃齐奥，恢复了苹果的实力，但最终苹果的实力有所提高，但并未杀死埃齐奥的胜利（埃齐奥）。博尔吉亚（Borgia）成功地将教皇的十字架与伊甸园（Eden）的苹果放在一起，并成功地在地下打开了一条隐藏的通道。埃齐奥感到困惑和陌生，于1500年回到蒙特里久尼（Monteriggioni）介绍一名刺客伙伴，讲述罗马发生的事，而马基雅维利（Machiavelli）失望的是不杀死波吉亚（Borgia）。 Ezio未完成的工作。 Caterina Sforza现在正在寻找Ezio，并试图在Monteriggioni雇用雇佣兵。两人有一个春节，但是早晨，炮击声从他们的梦中恢复。罗德里戈·伯格（RodrigoBorgia）派儿子塞萨雷（Cesare）找到埃齐奥（Ezio），并开设了一个帐户。埃齐奥（Ezio）和该市的雇佣军为逃离公民而战，但悲剧爆发了。受伤和受伤的卡特琳娜州被捕，最重要的苹果被移除。
