两年后，在埃齐奥（Ezio）诞辰28周年之际，骑士队在塞浦路斯发现了一个神秘物体。根据Alta?r手稿的预测，Ezio伪装成一名安全警卫，并在Rodrigo Borgia的包装上找到了该产品的实际外观。这是与先知交流的重要项目。后来，埃齐奥（Ezio）和波吉亚（Borgia）进行了战斗，但其他刺客，马里奥（Mario），安东尼奥（Antonio），保罗（Paola），特奥多拉（Teodora）和拉瓦尔·拉瓦尔·拉沃尔普（Laval LaVolpe）和巴托洛梅奥（Bartolomeo）共同努力保护苹果的安全。在人群和NiccolòMachiavelli作证后，Ezio透露了自己的身份，并最终成为兄弟会成员。
事发后，马基雅维利（Machiavelli）将Aegio带到福特城（FordCity）隐藏伊甸园的苹果，并隐藏伊甸园的苹果，以便CaterinaSforza可以保护它们。福特市遭到捷克军队和Ludovico Orsi兄弟的攻击，Lucich Vico向Ezio和Machiavellian道歉并道歉，并最终追赶Ezio。他仍然逮捕并杀害了Ludovico，但受了重伤并死亡。
很快，西班牙兄弟刺客路易斯·德·桑坦格尔（Luis de Santangel）依靠并同意向埃齐奥（Ezio）寻求帮助，并保护了克里斯托弗·科伦坡（Christopher Colombo）。免于跨大西洋航行。由圣堂武士间谍结束。同时，刘易斯告诉埃齐奥，有33，360名托马斯·阿德·托克玛达（Thomas Ade Torquemada）在骑士的控制下袭击了西班牙刺客。为此，埃齐奥（Ezio）前往西班牙营救了多个刺客，并最终确认哥伦布的舰队已经开始了成功的旅程。
问题解决后，埃齐奥返回意大利，继续寻找伊甸园的苹果。 1497年，他返回佛罗伦萨，洛伦佐·德·梅迪奇（Lorenzo de'Medici）在那被萨沃纳罗拉（Savonarolla）杀害。她的爱人克里斯蒂娜·维斯普奇（Christina Vespucci）也被萨沃纳罗拉（Savonarolla）操纵的流氓谋杀。在马基雅维利的帮助下，埃齐奥开始计划在萨沃纳罗拉的控制下解放佛罗伦萨。 Savona Lola中尉被暗杀，苹果回来了。苹果公司无法控制的人们立即试图杀死一名死于枪支的和尚，但艾西伸出了一只友善的手，将其放下，然后点燃了火炉。
将苹果带到美国后，刺客们在MonteRidgeOni会面，并开始讨论长期计划。随着我们对阿尔泰手稿的更多了解，刺客成功地用切碎的手稿创建了世界地图，并在罗马的苹果公司找到了一个更加神秘的地方。西斯廷教堂下的秘密地下室。不幸的是，罗德里戈·波吉亚（Rodrigo Borgia）提前知道了这一步骤，现在有了教皇亚历山大六世的头衔。当99位神攻打罗马时，1499年，埃齐奥（Ezio）随Sissia教堂来到博尔贾（Borgia）。在最后的战斗中，博吉亚（Borgia）用教皇的十字架和伊甸园的一部分攻击了埃齐奥（Ezio），以重新获得苹果的力量，但最终苹果的力量得到了改善，但埃齐奥（Ezio）的胜利并未消亡（埃及的Cio）。博尔吉亚（Borgia）成功地将教皇的十字架与伊甸园（Eden）的苹果放在一起，并成功地在地下打开了一条隐藏的通道。
埃齐奥感到困惑和陌生，于1500年回到蒙特里久尼，向刺客介绍了罗马发生的事。）。 Ezio未完成的工作。卡特琳娜·斯福尔扎（Caterina Sforza）目前正在寻找埃齐奥（Ezio），并希望在蒙特里久尼（Monteriggioni）雇用雇佣军。他们参加了春节，但是早晨又恢复了他们的梦想。罗德里戈·波吉亚（Rodrigo Borgia）将儿子塞萨尔（Cesar）送到埃吉（Egi）。这是您的帐户。该市的埃齐奥（Ezio）和雇佣军奋力逃离居民，但悲剧爆发了，玛丽莎（Marissa）被切萨雷（Cesare）杀死，埃齐奥（Ezio）被枪杀。受伤的卡特里娜飓风被捕，最重要的苹果被移除。
