随即司马迁不畏艰险，登上会稽山（今浙江绍兴县东南）。据说禹王（登上王位的禹）治水完毕，曾在此地召开各路诸侯大会，逐一计算参与治水的诸侯的功劳，因此将此地起名为会稽。山上有一个井或洞，据传禹王曾进去过探险，所以名叫“禹穴”。司马迁也走进洞去，探望了一番。
在风水宜人的会稽山上，司马迁向父老们打听，汇集许多关于大禹的神话传说，便将其一一记录下来，但不写入《史记》，只当做参考资料，下面是大禹治水的神话：
大禹担任司空，受命治水之后，食不甘味，寝不安席，想起父亲治水失败遭到严惩的结局，他不想重蹈乃父的覆辙。他必须有一个新的治水方略。于是祷告上苍，祈求指引，忽然他看见了上帝，上帝被他的精诚感动了，亲自授给他一本太上呼召万灵之书，凭借书上的符箓，可以呼唤各种精灵相助。上帝还对他说，你在治水的路上，如果遇上千年精怪、毒蛇、恶龙占住巢穴，挡住你的道路，可以先发火攻击，随即射箭，如不行，则吁请神灵帮助，天帝随即派其臣子狂章、虞余、黄魔、大费、庚辰、童律佐助他，这些天将能呼风唤雨，役使神物。
天帝又派应龙辅助大禹，应龙是一条有翅膀的龙，它用尾巴划地面，不论地面是岩石或泥沙，都可一划而裂开，水就可以通了。大禹又启奏天子，任命一个名叫益的官员为掌火之官，率领五百步兵作开路先锋，带着大量干柴火把，遇到山林和灌木丛，通通引火燃烧，烧得烟焰闭天，响声震地，满山通红。于是恶禽猛兽，见之俱仓皇失措，四散奔逃。大禹又启奏天子，任命一个名叫羿的神箭手为后卫军头领，羿射箭百发百中，带领一千名弓弩手，遇到逃走的恶禽恶兽，尽数射死，以绝祸根。当时有一种凶兽，名叫猰貐，形体和老虎差不多，有一栋房屋那么大，凶残不可抵挡，吞食的人不可胜计，这时候走出来觅食，被羿先射瞎双目，众兵丁齐上，将它射死。治水的队伍又行进到桑林之野，见满山遍野都是桑树，每棵树至少高十九丈，桑林内有一条大野猪，名叫封豨，大如小山，身上有毛如箭，遇人远远走来，它就发放毛箭，将人射死，射完后，又能回收毛箭入身；它对身旁的生物，不论是人或兽，通通张口吞食。但羿率领的弓箭手队伍到了那里，封豨就无法抵御了。羿设法引诱封豨走出桑林，弓弩齐发，将此怪物射杀。
大禹乘坐的交通工具是车、船、橇和轿等，速度不快。早先南浔国进献五色毛龙给帝尧，雌雄各一条，帝尧将其交给豢龙氏圈养，现在将其赐给禹，禹骑着彩龙治水，就快捷多了。
大禹率领民工五千人，从帝都所在地冀州开始治水，冀州在北方，而北方的水患莫过于黄河。当时黄河中有许多水怪，听见帝尧下令治水，便聚集在帝都所在的冀州，妄图顽抗。其中有一名水神，名号巫支祁，形状好像青色的猿猴，身长五丈有余。它一张口鼓吹河水，河水便汹涌澎湃，它的身体碰一下河岸，河岸就崩裂了。又有一个水神，名号天吴，虎身人面，有八个头，八只脚，八条尾巴，全身毛发青黄色，自称水伯。它用八张嘴喷水，用八只脚鼓动水，八条尾巴扇动水，它到哪里，哪里则水浪滔天。大禹从冀州壶口山开始治水，工程推进到山西吕梁山，只见水中波浪，忽然涌起，排山倒海而来，转眼之间，洪水就将治水的民工席卷去一大半。大禹正在山上督工，见状大惊，又恍惚看见水中二怪物，鼓起浪来，继续吞没岸上的民工。于是赶紧吁请狂章等天兵天将，求他们擒拿妖魔。那巫支祁和天吴终究是人间的妖怪，如何敌得天兵天将，便逃奔兖州去了，因为兖州水势浩大，它们可以藏身，使天将追寻不到它们。
妖怪逃跑了，大禹就可以安然动工治水了。他首先将吕梁山和岐山凿开，让黄河水通过，可是河水又被龙门山所阻，此山为司马迁的故乡，前已提及，悬崖峭壁，人力难以打开，大禹就请应龙用尾巴一扫，悬崖就分成了两半，河水悬流而下，如大门一般，至今鱼鼈都不能上，故称龙门，地址在清代的山西省平阳府河津县。
龙门凿开后，又有一座砥柱山位于黄河中游，将河水阻住，难以通过。大禹在砥柱山上凿了三个门，黄河分成三股支流从这三座门通过，三座门分别叫做鬼门、神门和人门。此后该地就叫三门峡。大禹又治理汾水、漆水、淇水、漳水（有清浊二支）等黄河支流，使它们都顺畅地流入黄河。于是，冀州的水患得到充分治理。
冀州治好后，大禹转向黄河下游的兖州，那巫支祁和天吴自从逃到兖州后，见那儿水势汹涌，十分高兴，自以为从此进入了一个乐园，大禹将它们无可奈何。谁知好景不长，盛况难保，它们来到不久，大禹的大队人马跟踪而至。只见山中火起，恶禽猛兽或被杀，或逃逸。冀州的光景在兖州重演。二怪大惊，遂纠集水怪，龙子龙孙，虾兵鳖将，组成强大阵势，要作殊死抵抗。它们专等大禹亲自来到，鼓起千重恶浪，要将大禹本人溺死。这次大禹猝不及防，险些落入它们的毒手，急忙调请天将擒拿水怪。二怪与天将大战了七日七夜，虾兵鳖将全部被擒杀，二怪大败。巫支祁遁回扬州，天吴遁入豫州去了。大禹乃将黄河分成九条河，以分散其水势，让其平稳流入黄海。又治好了济水、灉水、沮水，使之在河床里驯服地向东流去。兖州的水患平息。
兖州的事情完毕后，大禹带着大队民工来到青州，青州靠近东海，常有海上飓风登陆，将百姓房屋庐舍，尽行吹坏。大禹的人马坐船到此，船只纷纷翻覆，人马溺死无数。大禹坐在大舟中，仿佛看见一个生物在山头鼓风，当地父老告诉他，这是精灵风伯，它一鼓风，就大风起，波浪兴。大禹命令羿埋伏在山后，用强弓弩射之，风伯应弦而倒。风患遂平息了。这时大禹检查船只，凡是破船都弃之石室中。清代山东济南大湖山上石室中，有破败的漆船一艘，乃大禹所弃之船。大禹在青州，治好了灉水、淄水，使之在河床里缓缓东流去。
青州水患已平，大禹领队到徐州，治理淮水、沂水、济水。这些河流治好后，大禹来到扬州，扬州处在长江下游，南方的水患以长江最厉害。大禹正部署治理长江下游的水患，忽然有众多百姓前来诉苦说：此处洞庭山中有修蛇，身长千尺，不论人畜，遇之无不被吞食。摄政王的治水队伍行进到那儿，可要小心谨慎啊！大禹听了，乃命令益和羿两人带领重兵，搜索前进，益命人放火烧山，使大蛇无处藏身。到了洞庭湖，修蛇果然从湖中洞穴内爬了出来，将前头开路的兵丁全部吞食，羿亲自张弓搭箭，对准修蛇的双目连射数箭，修蛇眼睛瞎了，到处乱滚，众射手随即举弓，万箭齐发，将其射死。
再说巫支祁自从在兖州战败后，遁回扬州，潜居彭蠡，彭蠡就是今天的鄱阳湖，那儿水深且阔，它自以为得计，料想禹王断然不会到此地来，潜伏湖中可高枕无忧了。谁知安居才几日，忽见山头火起，火势的凶猛不下于前两次所见，它惊骇不已，知道大禹又临近了，便用尽平生之力，鼓起滔天之浪，想吞没禹的队伍。禹见势头不好，立即召唤狂章、虞余、黄魔、大费、庚辰、童律等天将，八面擒拿水怪。又派遣应龙入水，协力擒捕。巫支祁落入重围，无力再战，乃遁入涡水中藏身，被应龙于涡水中拿获，带到禹的面前，禹下令斩之。谁知刀斧凿锯，都不能进入它的身体。狂章等建议说：“此精怪也有神通，利于水而不利于火。若以火烹烧，用醋淋之，即死。但其党羽很多，水族的精怪是杀不尽的。杀了它，恐怕其他水族精灵为它报仇，水患未必宁静。不如用火将针烧得通红，钻其鼻孔，锁之深渊，则水患永远平息。”大禹依言，制作一条大铁索，将这个水怪锁于龟山之下。清代的凤阳府盱眙县东北三十里龟山西南，上有绝壁，下有深渊，即锁水怪巫支祁的处所。
又有共工氏之臣相柳氏，因共工氏失败，它投于河中自尽，变为水神，有九个头，人面蛇身，毛发皮肤皆呈青色，能作大浪，与巫支祁一同为害彭蠡，大禹派遣天将追捕它，相柳氏抵挡不住，遁入荆州去了。彭蠡水患平息后，大禹又凿通硖石山，使淮河通畅，硖石山在清朝时的寿州。
大禹又来到羽渊，此渊是鲧死后魂灵安息之所，在清代的淮安府赣榆县。大禹乘船至此，见一条黄龙在鼓起汹涌的大浪，船舶有倾覆的危险。大禹命令天将擒拿黄龙。天将说：此黄龙是鲧伯的灵魂所化，不可擒拿追击，只能向它祈祷，风浪自然会平息。大禹听说是乃父的魂灵，潸然泪下，因此写出表文，启奏其父。鲧的灵魂见表大悦，遂从羽渊中取出息壤，放置在岸上。大禹得到息壤后，知此物不可收藏，便将其埋在湖北江陵县城南门外，后世若遇大旱，掘出此息壤，必降大雨，河水暴涨，重新将此息壤埋了，洪水就自然消退。
大禹又凿开宛委山，得到一块赤色的玉石，其表面和太阳一样光辉灿烂，又得到一块碧色的玉石，其光彩和月亮一样柔和明亮，他又将记叙治水经过的书简都珍藏在石匮山上，宛委、石匮二山，在清朝的绍兴府境内。大禹又将水引入越东出海，水势凶猛，推来的沙子积成一座山岩，称做海门，在清朝的绍兴府新昌县南岩山，山下岩洞中有佛寺。大禹开凿了一条溪，引水入海，取名叫丫溪，在清朝的嵊县。大禹将余粮抛弃在丫溪旁边的一座山上，后来余粮化为一块石头，称为禹余粮石，该山也名叫禹余粮山。
大禹在越地（今浙江）的治水告一段落后，又动身前往荆州。他带领人马，坐大舟溯江而上。相柳氏闻知大禹坐船来荆州，十分恐惧，急忙派遣一条黄黑色的大蛟倾覆其所乘的大舟。这条大蛟遵命前来，从水底将大舟托起，眼看大舟就要翻沉了，船上的众随从和工役十分惊惶，大喊救命！大禹仰天长叹说：“我受命于天，为了平息水患，解除民众的痛苦，奔劳多年，丝毫不怕死！生乃寄住尘世，死乃返归天庭，是解脱。在我的眼中，这条大蛟只不过一只小蜻蜓，渺小得很。”大禹面临危险，颜色不变，大蛟知道他有天将佑护，反而害怕起来，俯首低尾而去。大禹的队伍平安到达今九江地区。但相柳氏仍盘踞九江之中，负隅顽抗。它又派遣一条名叫罔象的大水怪，带领无数小水怪，鼓起九江之水，作起风沙大雾。一时雷电晦冥，白昼如夜，迷失道路，对面不相见。浪大如山，将两岸的百姓，大半卷走。又派遣一条大巴蛇，挡住道路。这条大巴蛇生长在巴蜀山中，修炼成精，身长三千尺，腰大五十围，不论人马驼象，只要来到它附近，尽行吞入口中。大禹闻知大怒，知道这是相柳氏所为，急派卫军头领羿带领千名弓弩手围攻巴蛇，千箭齐发，先射瞎巴蛇双眼，然后众兵丁一拥而上，用乱剑斩之。蛇死后，积骨成丘。此丘在清朝时为湖广岳州府的巴邱山。大禹又派遣天将擒杀相柳氏的党羽，将九江附近的大小水怪，一一捕杀。罔象大惧，急忙遁入海中去了。相柳氏力单势孤，逃往梁州。大禹平定九江水患后，又治理沱水和潛水。荆州治水大功告成。大禹在岣嵝山上，勒碑以记其事，共有七十二个字，全部是科斗文，难以分辨。岣嵝山是南岳衡山主峰，现位于湖南省衡山县西，唐宋古文八大家之一韩愈曾登上衡山，作诗云“岣嵝山尖神禹碑”，即指此碑。
荆州事毕，大禹前往豫州，黄河原从豫州流过。水怪天吴自从兖州败后，便沿黄河上溯，遁入豫州，潜居河底，不敢鼓水作浪。自以为禹未必到此。谁知有一天，前锋将军益带领大兵来豫州纵火烧山，为百姓开辟可供种植的农田，羿带领弓弩队捕杀威胁百姓生存的猛兽，其光景和往日一般，天吴大为惊骇，无计可施。随即禹率领的大队人马赶到，挖深沟以疏通黄河。天吴打算顽抗到底，驱风作浪，水势汹涌，治河的人马四散逃往高山。只见天吴踏行水面，往来如飞。大禹和天将商量对付的办法。天将说：“这个水怪即使擒拿归案，也是杀不死的，因它的再生能力极强，砍掉其头颅，第二天又可长出一个新的。惟一对付它的办法是制作铁门四扇，各长八尺，厚一尺，铁柱十六根，各长一丈，各重八百斤，铸成之后，用大铁索将这些铁器串联在一起。又用一把大铁锁，将之锁住，沉之水底。同时命令千兵万马在岸边呐喊助威。可锁此怪于河底，千年不会翻身。”大禹采纳照办，命令兵丁一齐动手，从速开工打造，铁门、铁柱、铁索、铁锁很快制成，沉江的那一时刻，金鼓呐喊之声闻数百里。只见阴云密布，怪风异浪，拍击不绝。须臾，云开浪息，大禹命令停止击鼓，分工疏导黄河，十余日，工程完竣。大禹乃于陕州城外，铸造铁牛一个，头在河南，尾在河北，以镇河患；又开凿阙塞山以引导伊水入黄河。大禹又引导洛水入黄河，有一个神奇的乌龟浮出水面，背上有许多文字，禹吩咐书记官将文字录下，称为《洛书》，上面写着治理洪水以至治理国家的九种伟大法则，大禹学会这九种法则，天下就治理得井井有条。
此事后来记入《尚书·洪范》中：“箕子乃言曰：我闻在昔，鲧陻洪水，汩陈其五行。帝乃震怒，不畀洪范九畴，彝伦攸。鲧则殛死，禹乃嗣兴。天乃锡禹洪范九畴，彝伦攸叙（箕子答道：我听说在古时候，鲧堙塞洪水，扰乱了五行，上帝发了脾气，不给他大法九类，常理所以败坏。鲧终于被流放而死，他的儿子禹继任他的职位，改用疏导的办法，治水成功，上帝才赐给他大法九类，所以常理就有序了）。”又《尚书·传》云：“天与禹洛出书，神龟负文而出，列于背有数至于九，禹因而第之，以成九类。”
大禹又疏导瀍水、澖水、荥水、波水，使之都流入黄河。豫州的事情完成后，治水队伍从豫州转至梁州，继续治理汉水、沱水、潛水，使之都流入长江。再往北疏通渭水。相柳氏见大禹又来了，大惊失措，又鼓浪来争，阻挡一阵，知不能敌，就遁至雍州昆仑山之北、黄河之源藏身去了。大禹声言恶不可纵，乃亲临雍州，派天将追捕此怪，于昆仑山北将其捕获，用一把极其锋利的大钢刀将其斩首，其血流遍雍州四野，腥臭一方土地，不能再种植五谷杂粮，大禹因地制宜，在那儿建设一座“众帝之台”，以发展旅游事业。大禹的队伍又从昆仑山的南部到达岷山，从山上走下来一个巨人，乃上古大人国的遗留种族。这巨人授给大禹一块黑色的宝玉，上面有字，大禹拜受之。
大禹又疏通长江，开凿挡路的石山，让江水通过。队伍来到白帝城，见其悬崖削壁，水门狭隘，大禹命令治水大军用火烧之，但火只能烧去山上的茅草，石山巍然不动。工人们禀报大禹说：“这办法行不通啊！”大禹说：“岷山周围千里，惟此处可以流水，如不让水顺畅通过，涨起水来，其为害将甚于淮河。”于是又请来大力士应龙，第二天，正式兴工，应龙鼓动起钢铁般的大尾巴，横扫石山如卷席，岩崩如雷。上起西陵峡，中间巫峡，下至归峡为止，三峡共七百余里，顷刻疏通。至清朝时三峡壁岸，犹有不灭的大禹图像，当地人都称赞大禹的神功。
大禹又引导弱水向西流，又继续疏导泾水、渭水、漆水、沮水、澧水，都导入黄河。雍州位于黄河、长江的上游，所以最后治理，雍州的治水告成，则九州的水患都治好了。民众欢声载道，感恩不尽，他们又可安心种田了。大禹取九州的土壤进贡舜帝，又将岷山巨人所赐的黑玉作为证物，敬献天子，报告治水成功的喜讯，舜帝大喜，打算禅位给大禹。
这时冀州有一仙狐，原来是洪荒时代的动物，修炼成精。它的同类狐狸，散居各地。但大禹治水途中，派益放火烧山，羿捕猎野兽，狐狸之类，大半被烧死或射死。物伤其类，老狐狸不甘心，想出一条危害人类的毒计。它想，大禹能够治水，未必能治火。便请出乌鸦精九只，飞入高空，口中各啣一块巨大的聚光透镜，借助日光，映照于地上，其外形和太阳差不多，以假乱真，和真正的太阳一起，构成十日并出的可怕景象。一时间遍地若火，禾苗干槁，草木焦枯，百姓惊惶，有些农夫在田间操作，竟被太阳晒死。由于温度太高，有些木结构的房屋，竟无故自焚。大禹作为摄政王，十分忧虑。羿进言说：“臣仔细观察这新出现的九个太阳，虽然光焰如火，但不很高，离地面较近，每个太阳旁边恍惚有一只飞鸟的形状。也许这九个太阳是伪劣的，不是真正的太阳。如有恶鸟从中弄虚作假，我打算登高将其射死。”大禹说：“你不妨一试。若能除掉这九个假太阳，乃生民之福。”羿乃登上三嵕山，见九日从东向西运动，都有一只大鸟啣之。羿看得真切，一箭射去，只见堕下一只乌鸦，口啣一块巨大的聚光透镜，如太阳模样。羿见射落一个太阳，精神倍增，连射八矢，八个太阳都落了下来，温度陡降。羿又对准真正的太阳，连射数箭，真太阳丝毫无损，真假立辨。羿打马回朝复命，摄政王大禹大喜，封羿为有穷后羿，有穷是地名，其后裔可以世代在有穷地方为王侯。从此羿又称后羿。
后羿既立大功，又得封赏，喜气洋洋，朝罢回家，见妻子出迎，手内拿着一粒药丸，光泽闪灼，香气袭人。后羿问道：“你手中拿着什么？”妻子回答说：“这是长生不老药。”后羿说：“这种无价之宝，你从哪里得来的？”妻子说：“自从你奉差去后，有仙人下降我家，即人所共知的西王母，她可怜我一人独宿，每夜都来陪伴我。遇到月明时候，则带一名侍女来，命侍女在月下捣药。我问所捣何药。西王母回答说：‘这是长生不老药，每百年才能捣成一丸。服食后可与天地同寿。’三日前，恰好捣成一丸。她要去蓬莱探望东王公。便将此药寄存我这里，半月之后，她将来此，向我讨还。今晚月明如昼，我兴致来了，便将此药取出赏玩，可不要弄丢了，不然的话我只能拿命来赔偿她。”后羿说：“如能长生不老，你干脆将此药吞吃了吧！”妻子说：“如私自吞服了，她来向我讨还，我只能拿命给她。本欲长生，反而成了短命鬼。”后羿说：“既然是灵药，你吞服后就会有隐身之术，她怎么也找不到你了。何必拘于原先的承诺而失去了成仙的好机会呢？你不吞服，我来代你吞服，看结果如何。”其妻见丈夫抢着要吞，便不管三七二十一，自己一口吞服了。服后感到身轻如云，习习欲飞，不知不觉，就飞到了月宫之内，后羿舍不得妻子，紧紧拉住她的衣裙不放，也进入了月宫，妻子成了月中的嫦娥，后羿成了月中的蟾蜍。
大禹治水立功，担任摄政王十七年，后来帝舜南巡崩驾，留下遗嘱，禅让帝位给大禹。大禹登帝位后，在位十年，曾在涂山会合天下诸侯。他生命的最后那年，又在会稽山会合天下君长，统计参与治水的诸侯的功劳。防风氏后到。大禹斩杀防风氏，以严肃号令。两千年后的春秋时代，吴王大战越王，越王勾践被围困在会稽山，修防御工事发掘出一段骨头，其大无比，要用整部车子才装得下，大家惊讶万分，请教孔子解疑，孔子说：这就是被大禹所杀的防风氏的骨头。
大禹杀了防风氏，他自己的精神也受到了损失，病倒于会稽山上。而且病情越来越重，最后病死在会稽山。人们遵照他的“死于山者葬于山，死于陵者葬于陵”的遗嘱，将他葬在会稽山旁。司马迁上此山瞻仰大禹遗迹的时候，看见一块大石，石上刻有古文字，人们说这就是大禹的墓碑。墓碑旁建了一个祠，祠内刻有大禹像，以供敬奉。在墓碑的东边有一口深井，见不到底，这就是禹穴。传说禹穴就是禹陵。司马迁曾亲自探寻禹穴，细细察看，最后发现此穴是井，不是陵墓。
大禹死后，留下遗嘱，禅位给帮助他治水有功的大臣益。三年之丧毕，益躲避在箕山之上，让禹的儿子启继位。启是个贤能的人，天下诸侯都愿意受他的统治，说：“启是我们君主帝禹的儿子啊。”于是，启便登上了帝位，就是夏朝的启帝。有扈氏不服，夏启去讨伐他，在甘地决战，临战前，夏启作《甘誓》，这篇誓词收入了《尚书》。夏启灭掉了有扈氏，天下诸侯都来朝觐。从此家天下的制度开始。
大禹姓姒（音似，si），正式的名字叫做文命，他建立的夏朝传了十七个王，历时四百三十九年。
