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《秦始皇本纪》以秦始皇和秦二世一生的活动为中心，逐年叙写，真实地反映了秦朝建立前后四十年间风云变幻的历史场面。作者写秦始皇在其历代祖先积蓄力量的基础上并吞六国，统一天下，第一次建立了中央集权的强大国家的过程，中间穿插记叙了粉碎嫪毐吕不韦集团、李斯上书谏逐客、尉缭献计、荆轲行刺等事件。然后又记载了他统一天下后的各种事迹，列举了诸如议帝号、改历法服色、分天下为三十六郡、统一法律、统一度量衡和文字等等有利民生的措施；也列举了秦始皇由于缺少历史经验而采取的种种害民做法，如焚书坑儒、不惜巨资派人入海求仙、大兴土木建造阿房宫和骊山陵墓、随意杀戮无辜等等。通过以上这些，不仅表现了秦始皇的政治、军事才能和礼贤下士、重用人才的作风，而且也表现了他的愚昧荒诞、暴虐凶残，为了自己生前死后的享受而不惜民力民财的骄奢淫逸。写秦二世，则施以重墨，着意叙写在秦始皇逝世之后，他与赵高合谋以非法手段篡取政权，且在即位后不仅不改弦易辙，反而变本加厉、倒行逆施，终至三年亡秦。其中作者突出地写了赵高杀二世与子婴杀赵高两个情节。前者令人感慨深思；后者令人倍感痛快，这两个情节的描写饱含着作者对秦二世和赵高的深深憎恶。
秦始皇统一中国，是中国历史上重大而意义深远的历史事件，他也因此被明代思想家李贽誉为“千古一帝”。秦国的统一战争顺应了民心，符合时代潮流，因此海内百姓、天下士人闻风倾服。然而秦始皇完成统一大业后，不知道通达权变，不懂得征战攻取与治国守成在思路上、方略上是迥然不同的，用打天下的办法来治理天下，继续崇尚权术暴力，实施苛政酷刑，不变更统治原则，结果很快就灭亡了。司马迁在写秦始皇时，是将其作为一个因缺少历史经验而招致失败的悲剧英雄来进行写作的，笔下有无限惋惜之情。
本文为读者选取了“始皇称帝”、“赵高指鹿为马”两段文字。前段表现了秦始皇统一六国后意气风发，急于给自己一个标榜功业的称号的事；后段写赵高用指鹿为马的伎俩测试人心的险恶用心。
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秦初并天下，令丞相、御史曰：“异日韩王纳地效玺，请为藩臣，已而①倍约，与赵、魏合从畔秦，故兴兵诛之，虏其王。寡人以为善，庶几息兵革②。赵王使其相李牧来约盟，故归其质子。已而倍盟，反我太原，故兴兵诛之，得其王。赵公子嘉乃自立为代王，故举兵击灭之。魏王始约服入秦，已而与韩、赵谋袭秦，秦兵吏诛，遂破之。荆王献青阳以西，已而畔约，击我南郡，故发兵诛，得其王，遂定其荆地。燕王昏乱，其太子丹乃阴令荆轲为贼，兵吏诛，灭其国。齐王用后胜计，绝秦使，欲为乱，兵吏诛，虏其王，平齐地。寡人以眇眇③之身，兴兵诛暴乱，赖宗庙之灵，六王咸伏其辜④，天下大定。今名号不更，无以称⑤成功，传后世。其议帝号。”丞相绾、御史大夫劫、廷尉斯等皆曰：“昔者五帝地方千里，其外侯服夷服，诸侯或朝或否，天子不能制。今陛下兴义兵，诛残贼，平定天下，海内为郡县，法令由一统，自上古以来未尝有，五帝所不及。臣等谨与博士议曰：‘古有天皇，有地皇，有泰皇⑥，泰皇最贵。’臣等昧死上尊号，王为‘泰皇’。命为‘制’，令为‘诏’，天子自称曰‘朕’。”王曰：“去‘泰’，著‘皇’，采上古‘帝’位号，号曰‘皇帝’。他如⑦议。”制曰：“可。”
注释
①已而：不久。②庶几息兵革：庶几，也许，或许。息兵革，即停止战争。兵革：本为兵器和甲胄，这里借指战争。③眇眇：眇，同“渺”。渺小，微小，自谦之词。④咸：都。伏：受到（应有的惩罚）。辜：罪。⑤称：称扬，显扬。⑥天皇、地皇、泰皇：即所谓“三皇”，是传说中五帝以前的三个帝王。⑦他：其他。如：按照。
译文
秦国刚统一天下，秦王命令丞相、御史说：“从前韩王交出土地、献上印玺，请求做守卫边境的臣子，不久又背弃誓约，与赵国、魏国联合反叛秦国，所以我派兵去讨伐他们，俘虏了韩国的国王。我认为这很好，因为这样或许就可以停止战争了。赵王派他的相国李牧来订立盟约，所以我归还了他们抵押在这里的质子。不久他们就违背了盟约，在太原反抗我们，所以我派兵去讨伐他们，俘获了赵国的国王。赵公子嘉竟然自立为代王，所以我就派兵去灭了赵国。魏王起初已约定归服于秦，不久却与韩国、赵国合谋袭击秦国，秦国官兵前去讨伐，终于打败了他们。楚王献出青阳以西的地盘，不久也背弃誓约，袭击我南郡，所以我派兵去讨伐，俘获了楚国的国王，终于平定了楚地。燕王昏乱糊涂，他的太子丹竟然暗中派荆轲来做刺客，秦国官兵前去讨伐，灭掉了他的国家。齐王采用后胜计策，断绝了与秦国的使臣来往，想要作乱，秦国官兵前去讨伐，俘虏了齐国国王，平定了齐地。我凭着这个渺小之身，兴兵诛讨暴乱，靠的是祖宗的神灵，六国国王都依他们的罪过受到了应有的惩罚，天下安定了。现在如果不更改名号，就无法显扬我的功业，传给后代。请商议帝号。”丞相王绾、御史大夫冯劫、廷尉李斯等都说：“从前五帝的土地纵横各千里，外面还划分有侯服、夷服等地区，诸侯有的朝见，有的不朝见，天子不能控制，现在您兴正义之师，讨伐四方残贼，平定了天下，在全国设置郡县，法令归于一统，这是亘古不曾有，五帝也比不上的。我们恭谨地跟博士们商议说：‘古代有天皇、有地皇、有泰皇，泰皇最尊贵。’我们这些臣子冒死罪献上尊号，王称为‘泰皇’。发教令称为‘制书’，下命令称为‘诏书’，天子自称为‘朕’。”秦王说：“去掉‘泰’字，留下‘皇’字，采用上古‘帝’的位号，称为‘皇帝’。其他就按你们议论的办。”于是下令说：“可以。”
编者点评
“朕”一字在秦始皇以前一直是第一人称代词，但自他统一中国后，此字便成为皇帝或听政的太后专用的自称。
此段，太史公以饱含赞扬的口吻，借秦始皇与丞相王绾、御史大夫冯劫、廷尉李斯等人的对话，将一个统一六国，在全国设置郡县，法令归于一统的意气风发的帝王的形象矗立在人们眼前。这位意气风发的帝王有感于自己的功绩，于是要重新给自己确定一个称号——皇帝。此称谓的出现，不仅仅是简单的名号变更，还反映了一种新的认知观念的产生。在古代，“皇”有“大”的意思，人们对祖先神和其他一些神明，有时就称“皇”。“帝”是上古人们想象中的主宰万物的最高天神。秦始皇将这里两个字结合起来，让人觉得：第一，他想说明其至高无上的地位和权威是上天给予的；第二，反映了他觉得仅仅做人间的统治者还不满足，还要当神的心态。
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八月已亥，赵高欲为乱，恐群臣不听，乃先设验①，持鹿献于二世，曰：“马也。”二世笑曰：“丞相误邪？谓鹿为马。”问左右，左右或默，或言马以阿顺②赵高。或言鹿，高因阴中③诸言鹿者以法。后群臣皆畏高。
注释
①设验：意思是设下计谋进行试验。②阿顺：曲意顺从。③中：中伤。
译文
八月己亥日，赵高想要谋反，恐怕群臣不听从他，就先设下计谋进行试验，他带来一只鹿献给二世，说：“这是一匹马。”二世笑着说：“丞相错了，把鹿说成是马。”问左右大臣，左右大臣有的沉默，有的故意迎合赵高说是马，有的说是鹿，赵高就在暗中假借法律陷害那些据实说是鹿的人。此后，大臣们都畏惧赵高。
编者点评
赵高当着秦二世的面导演了一幕“指鹿为马”的闹剧。他这个“真实的谎言”为何能成真？究其原因，是权力给他撑了腰杆。在当时那个条件下，赵高用阴谋杀死李斯做了丞相，其族人、亲信都被安插到了权要部门，赵高就成了秦朝的实际独裁者，于是众多大臣明哲保身的生存智慧就让“真实的谎言”得以成真了。现实生活中，也有许多人凭着手中的权利颠倒黑白，是非不分，虽然这样是不对的，但是那些姑息他们这么做的人也是有一定的责任的。所以，人人都应该坚持正义，这样世界才能少些黑暗，多些温暖。
赵高（？～公元前207年），秦朝著名宦官（一说并非宦官），权臣，秦始皇死后与李斯合谋篡改诏书，立始皇幼子胡亥为帝，并逼死始皇长子扶苏。秦二世即位后赵高设计陷害李斯，并成为丞相。后他又派人杀死秦二世，不久后被秦王子婴所杀。
