九月，嘉靖下诏改称孝宗为皇伯考，昭圣皇太后为皇伯母，追尊兴王为皇考恭穆献皇帝，母为圣母章圣皇太后。至此，左顺门事件以嘉靖皇帝的胜利，护礼派诸臣的失败告终。1528年，嘉靖终于如愿以偿地追封自己的生父为明睿宗，其牌位入主太庙，放在了明武宗之上，自己的生母也被封为皇太后。通过这件事，许多朝臣因为“议礼之争”，或丧命，或下狱，或遭贬，嘉靖皇帝不仅实现了追封自己父亲为皇帝的愿望，而且树立了新皇的威信，开始了他的专制统治。这场斗争表面上是礼仪之争，而实质是朝臣与嘉靖皇帝、朝臣各派系之间的激烈权力斗争。嘉靖借“议礼之争”，把前朝的权臣清理出朝廷，以免出现日后他们恃功自傲的局面。
由于桂萼和张璁密切配合，奋力抗争，他们的议礼主张得以实现，桂萼等终于通过议礼击败杨廷和集团，在朝廷中确定了自己的政治地位。
当初，在议礼党争中，群臣见了张璁、桂萼二人的奏疏后，都指斥为邪说，疾之如仇，护法派群臣守候在朝门，争着要打张璁、桂萼二人。二人见众怒难犯，躲入武定侯郭勋家求援。武定侯郭勋将此事上奏给嘉靖皇帝，接着，嘉靖就下旨任命张璁、桂萼二人为翰林学士，翰林学士在当时就是储相，这不合当时的礼制，此事遭到了礼部的抵制，结果，那些反对的官员都遭到了罢免和斥责。
然而，由于继任的内阁首辅费宏的裁抑，桂萼和张璁虽列名翰林，却不能参与经筵，不能参与皇帝实录的修纂，不能参与教习庶吉士等。费宏去职后，情况才有改变。
不到二年，张璁拜相了。因为在议礼斗争中立场一致，张璁、桂萼与郭勋结为一党。
张璁、桂萼在入朝之初势单力薄，汲汲可危，幸而得执掌京营兵权的郭勋的支持，才慢慢立足站稳。此时见郭勋窘迫，怎么会袖手旁观？
况且，现在因为李福达一案舆论汹汹，群臣激愤，两年前左顺门廷杖的压抑情绪蓄极积久，眼看就要爆发。如今，同一宗派命运相连，如果郭勋倒下，对张、桂等恨之入骨的群臣必乘胜横扫议礼诸臣，那将是一个怎样可怕的局面？如今，郭勋到来求救，焉能不出力相助？况且张璁、桂萼二人现在在嘉靖皇帝面前说一不二。所以张璁、桂萼很愿意帮助郭勋。
三人反复商量，觉得只有一口咬定李福达之狱是一桩冤案，群臣是想借题发挥，他们表面是在打倒郭勋，而内里则是因为他们仍对嘉靖皇帝坚持给自己的生身父母上尊号不满，借郭勋一事发泄对嘉靖皇帝的怨气，是冲着嘉靖去的。总之，要将这把火烧到嘉靖皇帝身上去！只有这样，郭勋才可脱身。同时，嘉靖皇帝如果动了怒，还可借皇帝之手收拾那些对头。
计议已定，于是，张璁、桂萼秘密求见嘉靖说：“群臣内外勾结，是想借李福达一案指斥郭勋，其实另有用心，是妄想借此案打击当初支持给陛下的父亲加封号的少数几位大臣，是要翻案，而且要翻陛下您钦定的案。请陛下详察，不要受群臣欺哄。”
4从三司会审到九卿重审
嘉靖皇帝一提到议礼，就非常敏感，这是他的一个生命情结。他的施政方针，他的个人爱憎，他对臣僚的升黜臧否，多与议礼相关。李福达之狱，他本也能听从有司和谏官的意见，依法处治，但一牵涉议礼案，就动了个人感情。
嘉靖本来就因当年给父母加封号跟朝中大多数官员结了怨，平时总觉得臣下在背后议论他，说他的坏话。眼下看了桂萼、张璁的奏章，便觉得十分有理，而那些护礼派臣僚们的数十道奏章，显然缺乏深思熟虑，行文用词颇有怨气，不能完全客观公正地以事论事，明显带有个人意气。
于是，嘉靖让亲信太监去调查这些上奏章的护礼派大臣，结果查出上奏章的大臣中有一多半都在议礼之争中被他责令痛打。
于是，嘉靖便命人重新审讯张寅案。
桂、张二人趁机再一次上奏说群臣内外交结，想报复议礼派诸臣，于是，嘉靖马上认定护礼派官员们是挟私报复。嘉靖由犹疑而至愤怒，由冷静而至偏执，由维护国家的法律而转向维护议礼和自己的尊严。
嘉靖下命速速提取李福达到京审问。
从接到圣旨，山西官员就提取李福达案涉及的证人共30余人立刻动身，尽管再过几天就是新年，谁也不敢稍作停留，这个新年他们都是在路上过的。当这30余人被提到京师时，已经到了嘉靖六年的正月初六。
山西官员、李福达、相关证人刚入京，嘉靖帝就迫不及待地下旨，诏令此案由三法司于京畿道会审。“三法司”指的是刑部、都察院、大理寺三个司法机构。按照明朝的制度，刑部负责侦破审理案件，都察院负责都察官吏，大理寺则负责审核刑部所审案件。一般的案件，只需要刑部审理即可结案，遇到圣旨钦定的案件或者久审难结的疑案才交三法司会审。
遵照圣旨，三法司开始着手调查审理李福达案。
这时候的所谓再审，嘉靖的本意就是要翻案，以维护、保护议礼派的郭勋。但群臣并不明白嘉靖皇帝的意思。
刑部尚书颜颐寿、都察院左都御史聂贤、大理寺卿汤沐等及锦衣卫、镇抚司各官在京畿道会审，经过三推六问，引证质对，与原来的审判结果并没有不同的供词，最终还是指证“张寅”就是李福达。李福达见证人语气坚决，证据确凿，一时哑口无言，只好低头认罪。
三法司会审的结论很快由刑部尚书颜颐寿奏报皇帝，确认李福达与张寅是一人，李福达罪迹昭著，依法应处磔刑。
嘉靖一听，还是原来的审判结论，非常生气，他每天在寻思着如何对付三法司的官员。
三天后，嘉靖下达谕旨，命九卿大臣在朝廷会审，而且要求不得“循情回护”。显然，皇帝对三法司会审的结果表示怀疑，或者根本不信任这一结果，才要求九卿大臣重新会审。
这次九卿鞫讯又称圆审，指吏、户、礼、兵、刑、工六部及都察院、大理寺、通政寺九部门的一把手对案件进行会同审理，只有极少数的重大案件和疑案才会动用这一手段。
九部门接旨后自然不敢怠慢，更加认真仔细地查对了卷宗，不放过任何蛛丝马迹。在做了充分的准备后，三月二十六日，刑部尚书颜颐寿会同其他八部门开始在午门前审理李福达一案。
原山西巡抚毕昭曾审讯出李福达是被仇人所诬，当时毕昭提供的证人是戚广，这次把戚广找来，戚广说：“我根本就没出过庭，怎么会作证。”这说明，薛良并非诬告李福达。
毕昭当时说李福达身上并没有文有龙虎，颜颐寿早做过调查，在当时，去掉身上的文身非常容易，所以，毕昭提供的为李福达翻案的证据都不能成立。
这样，该案已没有任何疑点，颜颐寿就上奏嘉靖皇帝九卿审讯结果：“张寅”与“李福达”实为一人。
嘉靖帝却依然不相信，说颜颐寿等人无视律法，偏情回护。并对颜颐寿严厉斥责，并表示要亲自审理此案。
首辅杨一清对嘉靖皇帝的这一决定感到非常震惊，他急忙上疏劝阻，说审案是刑部等司法部门的职责，陛下贵为天子应把握全局，怎么能和臣下并列去审讯一介草蔻呢？
嘉靖这才作罢，称九卿“不从公分理”，而是“朋谋捏告，泛言奏饰”，就再令他们戴罪办案，并警告他们如有袒护偏信，必将“重治不饶”。
四月四日，九卿进行了第二次会审，结果还是没有什么变化。颜颐寿想来思去想不出问题到底出在哪里，他想是否皇帝嫌判罚太重了。为了能顺利通过皇帝审查，他与其他审讯官员商量，减轻对李福达的判罚，由碟刑改为斩决。并取消了连坐李福达亲属的惩罚。
这个结果奏报皇帝后，嘉靖帝依然暴跳如雷，指出九卿官员朋比肆奸、袒护薛良，同时，又下旨让锦衣卫赶赴山西传原审官员、山西巡按御使马禄逮赴进京，就连山西巡抚江潮、已经致仕在家的毕昭也要进京配合调查。
此时，颜颐寿已经模模糊糊察觉到此案背后定有背景。但还是以尽职尽责的态度来解释，想凭自己的公正之心打动皇上。
同时，因李福达智慧过人，行踪不定，姓名多变，身世不详等特点，也有不少人怀疑张寅是否是李福达，纷纷上疏分析此案的疑点，表明对此案的态度。这些人提出的疑点大致有五个：
一、传闻李福达有朱砂痣、龙虎形，但张寅没有。
二、山西五台县一户户主为张子真的人家中，有张寅的名册，而张寅幼时走失，不知生死。
三、到崞县调查时，却发现了李福达的坟地。
四、原告薛良品行不端，在乡里不务正业游手好闲，是个无赖，因此有诬告的可能。
五、通过对证人们调查询问，发现他们都是张寅的仇人，因此不排除有作伪证的可能。
然而，刑部主事唐枢却一一指出以上五点不能成立。他上疏嘉靖，力斥上述几点，并在书中条分缕析，言之凿凿，他的剖析贴合实情，深刻精辟，很有说服力。最后他认为李福达罪状甚明，拟死不枉。请求嘉靖皇帝立即将李福达明正典刑，以为圣世一大快。
没想到嘉靖帝被这一奏疏触到痛处，当即大发雷霆，严指切责唐枢轻率狂妄，出位奏扰，将他削职为民。
戴罪办案的颜颐寿越来越觉得此案不好处理，想来想去还是尽快与这个案子脱离关系好，他经过深思熟虑，不敢再坚持定罪之说，而是摘引审理过程中前后不同的情节和证词，称这个案件有许多疑点，应作为疑案，然后小心翼翼地上疏表示：此案经过十次审讯，均不能明辨是非，就此为止不能继续审讯。
嘉靖帝立即严厉责备了颜颐寿等三司审案大员。
颜颐寿不得不又进行几次审讯，并安排李福达与马禄对质，得出的结论依然与前几次一样。
刑部尚书颜颐寿见到了如此地步，便毅然上言，不仅说李福达谋反的罪证确凿，还提到他以神奸妖术蛊惑人心，表示自己纵然死也不敢姑息奸恶。
可嘉靖根本听不进去。颜颐寿所指的神奸妖术，让他觉得非常不自在，这显然是在讽刺自己，于是勃然大怒，斥责颜颐寿朋奸肆诬，叫他戴罪重审。
颜颐寿再次会审，让马禄与李福达对质，结案仍与往常一般，再一次上奏嘉靖。
嘉靖仍然是不问青红皂白，严厉斥责。
七月十日，颜颐寿终于撑不住了，就假称有病，请求退休，却没被批准。
案件一次次审讯，一次次上奏，一次次被驳回。各个审讯官员都极尽其能地认真仔细、客观公正，却依然无法得到通过。案子已经无法下手，似乎陷于停滞，无法打开疆局。
八月三日，嘉靖帝撇开刑部、大理寺、都察院三法司，又安排锦衣卫进行了一次审讯，结果却依然照旧，这让嘉靖大失所望。
5一朝天子一朝臣--嘉靖帝借机收拾护礼派
“这帮专横固执的旧臣们，一直未把朕放在眼里，看我怎么收拾你们！”嘉靖心中暗想。很快，嘉靖发动了一场规模空前的人事变革，下达了一份对原审讯官员的处理意见：因为原三法司官员不用心推究，辗转支调，朋比罔上，将颜颐寿及刑部侍郎刘玉、王启，左都御史聂贤，副都御史刘文庄，大理寺卿汤沐，少卿徐文华、顾伈逮捕入狱，要求刑部用刑推究，追查他们是否串通徇私舞弊。原审问此案的刑部郎中、都察院御史、大理寺寺正等官，也都逮捕待罪。中央政府掌刑法的三个主要部门的首脑都因审案入狱，这在中国历史上极其罕见。此外，对山西巡抚马禄逮捕入狱后，还查抄了他的家产。其他涉嫌舞弊、情节较轻的官员，则等候谕旨发落。
