同时，桂萼、张璁、方献夫分别被安排掌管三法司，这三个人均是在大礼仪中支持嘉靖帝的中坚人物。礼部右侍卿桂萼被封为刑部尚书（三法司之一刑部的长官，掌管全国司法和刑狱的大臣，正二品），兵部右侍郎张璁掌都察院，少詹事方献夫任大理寺卿（全国三大法司之一大理寺长官，正三品，掌握全国刑狱的最高长官）。这样，桂萼摄刑部，张璁摄都察院，方献夫摄大理寺，三人主掌的新一届三法司开始运行，主持重新审理李福达一案。
当审案大权完全落入议礼派诸臣的掌握中时，接下来的审讯自然不同于之前的审讯。
桂萼、张璁、方献夫等人很清楚嘉靖要干什么，而嘉靖的目的也正是他们的目的。他们不从验证张寅、李福达是否是同一个人这个核心问题，而是从原审案诸官员对于郭勋等议礼派诸臣的态度入手进行调查。
他们很快搜查出了马禄的秘密书信，内阁贾咏及都御史张仲贤、工部侍郎闵楷、御史张英、大理寺寺丞汪渊等密谋陷害议礼诸臣的秘密书信相继被被发现。
“哈哈，现在，你们的小辫子攥在了爷的手中，看我们怎么收拾你们！”通过调查，桂萼、张璁、方献夫上疏给嘉靖的调查结果是：原审讯官员们之所以不遗余力地彻查此案，并非是出于对圣上的维护和对律法的尊重，也不是出于职业操守，而是因为仇恨郭勋，欲借此案报复郭勋等议礼派，同时表达对嘉靖皇帝的不满。
“很好！这样，才审到了要害处，真是不负朕托啊！”嘉靖对于这个调查结果很是满意，同意桂萼的处理意见，并下旨：“先前的审讯官员朋谋害人，每兴大狱，着刑部立即一一捉拿归案，押解到京，一并审理，务必使他们招供！”
张璁、佳萼二人令锦衣卫镇抚司严审刑部、都察院及大理寺原问此案者。可怜这些司法大吏，由堂上之尊变为阶下之囚，备受五刑之毒，在杖棍下扭动惨号，闻者无不侧然。
“你们这两个善于投机钻营的小人！没想到今日落在你们手中。”刑部尚书颜颐寿向来鄙夷张璁、桂萼，忍不住破口大骂。
“来呀，将犯官给我拶起来！”二人命将这位刑部尚书的十指拶起来，颜颐寿直痛得撕心裂肺。
最后颜颐寿实在忍不住了，只得叩头求饶，大叫：“爷饶我！”当时京师流传“十可笑”之谣，其中之一便是：“某可笑，侍郎拶得尚书叫。”侍郎指的正是桂萼和张璁。桂萼原为礼部右侍卿，张璁原为兵部右侍郎。
张璁、佳萼二人原来受收护礼派的气，差一点儿被捕杀，二人久积郁愤，毫不手软。二人奉旨会审，廷讯时，绝不问真假李福达之事，单单诘责马禄徇情枉法、屈害无辜。
“二位大人，你们所言根本没有。我马禄忠正守法，决不会干出这样的勾当。”马禄极口分辩，二人只装做听不见，喝教用刑。顿时将马禄五毒加身，直折磨得他遍体鳞伤，死去活来。
“我招！我招！我确实是挟私报复。”马禄看明白了，如果再不屈招，只能是白吃苦。
张璁、桂萼这才不再用刑，然后又将薛良定为诬告的罪首。在张、桂等人夜以继日的审讯下，案情逐渐“真相”大白。张寅并非李福达，纯属被刁民薛良诬告。马禄等人与郭勋有旧仇，不过想借此案挟私报复。
“哈哈，你这回死定了！”张璁、桂萼二人审出些口供后，非常得意。张璁随即写了一道长长的奏疏，在这份奏疏中，他用大量篇幅论证之前的审讯官循私枉法，为弹劾郭勋弄虚作假，严刑逼供。奏疏的结论是：张寅与李福达两人根本没有关系，张寅是山西徐沟县人，历史清白；而李福达则是邪教教主，是谋逆分子。所以郭勋与张寅交往没有什么不合法之处。
“同意所奏，释放李福达，薛良抵死。巡按马禄及台谏诸臣，都交给锦衣卫廷杖一百，并安排有司依律对涉案人员分别定罪！”嘉靖下旨。
廷杖制度，是会要人性命的。除了明朝，其他朝代都没有，代表了明朝皇帝极端的专制和残忍。明朝历史上，不知有多少臣子屈死在廷杖之下。廷杖是摧残官员尊严和肉体的双重酷刑。凡是有官员犯罪的，都会送交锦衣卫严刑拷打讯问。锦衣卫对付那些犯罪的官员有一套惯例的刑罚。第一步：拶五十。拶是一种酷刑，使用木棍或类似物体夹犯人的手指或脚趾，通常在木棍中穿洞并用线连之，将受刑人的手、足放入棍中间，在两边用力收紧绳子。拶刑多用于女犯人，很容易导致双手残废。因古代女子缠足，故而很少对女性双足施用拶刑。第二步上夹棍五十。夹棍，杨木制成，长三尺余，去地五寸多，贯以铁条，每根中各绑拶三副。凡夹人，则直竖其棍，一人扶之，安足其上，急束绳索，仍用棍一具，交足之左，使受刑者不能移动。又用一根长六七尺、围四寸以上的大杠，从右边猛力敲足胫，使足流血洒地。最后再杖三十。杖是中国古代用大竹板或大荆条拷打犯人脊背臀腿的刑罚。明代杖刑杖以大荆条做成，削去节目，长三尺五寸，大头径三分二，小头径二分二。犯徒刑、流刑罪皆以杖作为附加刑。以上是是锦衣卫拷打官员的规矩，有不少官员因为受刑不过当场就被打死。如果是奉旨廷杖，会特别派遣宫中的太监监视。其他大小官员，都要穿着朱衣陪列于午门外西墀下。左边坐着宫中的太监，右边坐着锦衣卫，各三十名。下面有执刑的旗校一百人，都穿着襞衣，手执木棍，齐齐排列。当内侍宣读圣旨完毕，一个人手持麻布兜，从犯人肩脊套下，直至腰边，连两手捆好，左右不得转动，一个人捆好犯官的两脚，四面牵住，只露出两个屁股受杖，受刑时头面触地，尘埃满口，连喊也喊不出的。打一下，上面高喝一声重打，打完一百，杖一定会打折几次。众官侧目屏息，气象森严，俨如阎罗殿前一般。行杖旗校，练就一副手段，打得两腿肿如瓮，里面血肉糜烂；外面皮肤，却不破皮。医治的方法：用刀割开外皮，剜尽里面的烂肉，要取活羊一只，割他腿肉填补空牡，使他血肉相连，长成一片，然后才可以行动。所以明朝时有“羊毛屁股老先生”的说法。
当时，受刑最惨的还数马禄。他最早为李福达案定案，最先对郭勋提出弹劾，因而成了翻案要打倒的核心人物。
九月，马禄已经受过酷刑，现在又受到锦衣卫的廷杖，可谓受尽折磨。在马禄入狱时，大学士贾咏曾致信慰问：“你受冤了，将来，一定会有昭雪之日！”
结果，贾咏的书信被锦衣卫镇抚司上奏给嘉靖，嘉靖严责贾咏，叫他提前退休，辞职归家。
而给马禄写信表示同情和慰勉的都御史张仲贤、工部侍郎闵楷、大理寺丞汪渊、御史张英等，都一一被锦衣卫逮捕入狱，受尽拷打之苦。
太仆寺卿（太仆寺长官，简称“太仆”，负责皇帝的车马等相关事宜）汪玄锡私下里对光禄少卿（光禄寺副长官，负责宫殿门户，皇室膳食、帐幕器物）余才说了一些不满的话，立即被人告发到张璁等人那里，张璁又上奏到嘉靖那里，汪玄锡也被逮入狱中，吃尽苦头。
桂萼关于其他人的处置是：以李璋为首的五名官员永远监禁；以刘琦为首的七名官员发往沪境充军；以聂贤为首的十一名官员削职为民；以颜颐寿为首的十七名官员革职闲住，地方官员革职闲住的又有五人。薛良以诬告罪处死，众证人以伪证罪充军，马禄流放，张寅无罪释放，官复原职，仍为山西太原卫指挥使，他的儿子们仍然担任匠役。
“爱卿的处置结果基本妥当，只是对马禄的处置判得过轻，朕觉得应该处以死罪！”嘉靖看了奏折后言道。
桂萼心中暗想，如果将马禄处死，恐怕显得自己过于残忍，不如替他说几句话，反正他也反不了身了。于是就替马禄申辩说：“臣等认为，张寅虽受牢狱之苦但终未丧命，如果杀死马禄，用命来抵罪，恐怕天下人心不服，也不合一命偿一命的古训。臣等请将马禄流放到云贵一带人烟稀少之处，永远不准离开当地，任他和他们的子孙自生自灭。”
“臣也赞同刑部桂大人的意见。”大学士杨一清也多次劝解。最后，嘉靖皇帝才算照准。马禄这才被免去死罪戍边，充军南丹卫（今广西西北南丹县，历史上的“兵家喉地”，桂、黔、川交通的重要枢纽。洪武七年（1374年）七月，并延州、鸾州、福州、永州为南丹州，属庆远府。洪武二十八年（1395年）废南丹州设南丹卫，正统十年（1445年）恢复南丹州，南丹卫仍作为军事机构保留。）。
这样，李福达一案，三法司及其他各部，总共约有五十余名重臣获罪遭罚，死于廷杖和狱中的有十余人，监督官吏、讽谏君主的台谏官员全部获罪。大理寺少卿（大理寺副长官）徐文华、颐伈因为曾经反对过议礼，也被加罪戍边。
嘉靖六年（1527年）九月，张璁、桂萼还担心朝野人心不服，日后有变，为使被处理的诸臣永世不得翻身，为使天下的百姓信服他们的审判结果，张璁请求将前后所奉诏渝及狱词汇编为一书，颁示天下。不久后张璁即辑刻成两卷本的《钦明大狱录》，嘉靖命当即批准，颁行天下。在嘉靖看来，这是一部朝廷体恤民意的平反冤狱的功德簿。
嘉靖在文华殿召见张璁、桂萼、方献夫三人：“卿等平反有功，都赐二品服色，金带银币，并安排吏部封给你们三代浩命，以示慰勉。”
李福达案引发的官场大振荡，历时一年多，终告结束。朝中其他官员大都认为获罪的官员们冤枉。
“臣等希望重新审理李福达一案！以安民心。”过了两三个月，吴彦、张禄忍不住上疏嘉靖，却当即被嘉靖传旨处罚。接下来，这一年通过京察和互纠又罢黜科道十三人，吓得从朝廷上的朝臣到地方上的地方官，再无一人敢出头上奏为遭难的护礼派官员们喊冤叫屈，甚至没有人敢再提起李福达一案。
这一年，杨廷和等护礼旧党经过两次重大打击，一蹶不振。桂萼、张璁的政治地位日益巩固，赞议大礼的方献夫、霍韬、胡世宁、李承勋等渐居要职，嘉靖的朝局人事焕然一新。嘉靖觉得自己的皇位更加稳固了。否则，他觉得自己随时有被那些护礼派官员联合拉下马的危险。
李福达一案本是一个牵涉谋反的地方小案，最后竟然震撼朝廷，反复会审，以致于三法司刑部、部察院、大理寺长官因此入狱，九卿也都被换了一遍，不可谓影响不大；而五十多名官员因此入狱，十余人被折磨死，不可谓不酷。说到底，还是嘉靖皇帝借机打击前朝旧臣，以巩固自己的皇位，通过议礼派官员之手，借李福达一案，报复护法派官员，是议大礼后君臣斗争、朝臣党争派斗的延续。
郭勋与术土李福达结交，并为他开脱罪名，固然不合当时的法制。但李福达早年利用白莲教企图叛乱，郭勋既没有参与，也不可能不知情。而那些护法派官员却借李福达案弹劾郭勋，要给他加上连坐的重罪，也实属太过分了。就李福达一狱来讲，马禄站在皇家的立场上，其审理和定案都是慎重的，然而，李福达最终在郭勋、嘉靖等议礼君臣的干预开脱下逃脱了法网，偶然中也是必然的。
直到嘉靖十一年（1532年），桂萼病死，张璁退休，原左都御史聂贤等人才被重新召回朝廷起用。
到了嘉靖十六年（1537年），因为皇后生了儿子，嘉靖皇帝龙心大悦，下令大赦天下，于是当年那些因被牵进李福达之案而被监禁、罢官的官员们纷纷获释或重加任命，只有马禄仍然得不到赦免。
嘉靖四十五年（1566年）岁末，四川境内捕获了一名江洋大盗，名叫蔡伯贯。蔡伯贯自称曾学妖术于山西人李同，李同的父亲即是李大礼，而李大礼的父亲则是李福达。蔡伯贯供称，他向李同学习白莲教的法术，与李同关系甚为亲密。李同曾亲口讲给他当年李福达入狱险些丧命的事。李同说当时他爷爷咬牙不承认自己是李福达，又通过李大仁、李大义，李大礼求救于郭勋，最后竟得翻案，并将审判官马禄判了罪。但嘉靖朝并没有人敢为马禄翻案。
隆庆元年（1567年），新皇帝明穆宗朱载垕即位，一朝天子一朝臣，为前朝臣子平冤，似乎是历史的惯例，御史庞尚鹏借机将蔡伯贯的供状上奏，马禄才得以回归家乡，此时距李福达案发那年已经有四十一年了。
