文德天皇在位8年，猝然辞世，东宫也就是藤原良房的外孙惟仁亲王继位，是为清和天皇。这位清和天皇被立为东宫的时候才9个月大，登基时也年仅9岁，还什么都不懂呢，朝政完全由外祖父良房说了算。
天皇虽然还小，藤原良房已经在为他物色妻妾了，人选当然都来自于藤原北家。首先，他把弟弟藤原良相之女多美子送入宫中，然后，又瞄上了长兄藤原长良的女儿高子。不过这位高子据说已经有了情人，坚持不肯进宫。
高子的情人，乃是号称当时第一风流美男子的在原业平。在原业平是平城天皇之孙，被赐“在原”氏而降为臣格，他擅长做诗，格调高雅，广受平安京内贵族女性的仰慕。据说在原业平曾经带着高子私奔，可是没能跑了，最终还是被堵截了回来。高子随即被送入宫中，在原业平则被远远地流放到了东国。然而这未必是个哀伤而动人的爱情故事，因为传说在原业平一生中先后与3333位女性缔结情缘，是个彻头彻尾的花花公子。
拉回来再说清和天皇，他的年号是贞观，和我国唐太宗的年号相同。贞观八年（公元866年）闰三月十日夜间，太极殿前的应天门突然起火，连两侧的栖凤楼和翔鸾楼也一并被火海吞没。这或许只是一场天火，并没有人为因素存在，不过朝中各派却借着这个由头开始互相攻讦，最终导致了一场大清洗。
当时朝中重臣除藤原良房外，还有其弟右大臣藤原良相，除了藤原北家，还有世代豪门伴氏、纪氏（公元823年以后，大伴氏避大伴皇子之讳而改称伴氏），以及从皇子降为臣格的源氏兄弟。首先，大纳言伴善男告发纵火犯乃是左大臣源信和中纳言源融，并且与藤原良相商议，调左中将藤原基经前往逮捕源信。
藤原基经本是藤原长良之子，过继给藤原良房做养子，他当然要把此事向良房汇报，听取太政大臣兼老爹的指示。藤原良房偏袒源氏，上奏清和天皇，请他先派干员前往责问源信，源信当然矢口否认，于是这件事就此搁置下来。
然而事情并没有就此结束，到了当年八月三日，备中权史生大宅鹰取突然向朝廷告发，说伴善男、伴中庸父子才是真正的纵火犯。朝中因此攻讦又起，人人自危，清和天皇就于十九日正式任命藤原良房为摄政，命其彻查此事。
藤原良房通过拷问伴善男的家臣生江恒山、伴清绳，号称掌握了确凿的证据，开始借此大肆排除异己。九月二十二日，判决大纳言伴善男、右卫门佐伴中庸，以及伴善男的家臣纪丰城、伴清绳、伴秋实共5人为纵火主犯，应处斩刑，减罪一等，没收财产后流放到边远地区，另有10名从犯也陆续被处以流放之刑。
经此事件，累世名门伴氏和纪氏都被彻底从朝廷中驱逐出去了，而藤原良相、源氏兄弟的势力也受到了重大打击，藤原良房、基经父子的权势更加稳固。更重要的是，前此摄政之位只授予皇后或东宫，从此落到了人臣手里。摄政就是“总摄庶政”之意，此后藤原氏的家长在天皇幼年时出任摄政，天皇成年后称为关白（“诸事关白”之意），逐渐成为不成文的传统。
藤原良房死于贞观十四年（公元872年）九月，被谥为“忠仁”，他的权力由其养子藤原基经继承下来。藤原基经也不是一个善主，公元876年，清和天皇退位，传位给年仅9岁的东宫贞明亲王，是为阳成天皇，阳成天皇乃是藤原高子所生，基经作为天皇的舅舅，更加权倾朝野。
元庆六年（公元882年），阳成天皇15岁，举行了元服礼（成人礼），然而据说这个孩子很不成器，成天飞鹰走马，耽于玩乐，甚至打开装神器的箱子，抽出草薙剑来舞弄。藤原基经屡次劝说，这个外甥就是不肯稍微像点人样，于是灰心丧气后逼迫天皇写下“朕近身发数病，动多疲顿，社稷事重，神器叵守，所愿速逊此位”的话，于公元884年二月宣布退位。
藤原基经的这种行为，也颇类似于我国西汉的权臣霍光废黜昌邑王刘贺，可见其权势就算比不上霍光，也相距不远了。至于中国的昌邑王和日本的阳成天皇的所作所为是否真如史料记载的那么不堪，可就完全无从考证了。
此后，藤原基经力排众议，拥立“容止闲雅、谦恭和润”同时也是财政拮据、到处举债的时康亲王继位。时康亲王是仁明天皇的儿子，史称光孝天皇。光孝天皇在位仅4年就病死了，他没立东宫，还把29名子女全部降格，下赐源氏，最终也是在藤原基经的策划下，立其第七子源定省为东宫，随即将其扶上天皇宝座，是为宇多天皇。
学问之神菅原道真
宇多天皇一度被降格为臣籍，无疑内心是存在着一定自卑感的。继位后他曾路过阳成院，被迫退位的阳成上皇竟然羞辱他说：“当今圣上，原来曾是我的家奴呀。”在这种心态影响下，宇多天皇当然不敢对扶他上台的藤原基经说半个不字，尽管登基时已经成年，依旧把政务全部委托给基经，说“万事巨细，百官已总，均关白太政大臣（藤原基经），然后奏上”——这就是关白称号的由来。
然而换个角度来观察，宇多天皇此举未必完全出于心甘情愿。他在位第二年（公元888年）的六月，下诏请藤原基经“以阿衡之任为卿之任”，把他比作中国古代的贤相伊尹（传说伊尹曾被尊为“阿衡”）。然而藤原基经见了此诏却大为光火，他认为“阿衡”只是一个尊号而已，并无实权，表示说既然天皇心有此意，那我就干脆辞职，什么也不管好了。他这一撂挑子，宇多天皇可吓坏了，赶紧忏悔和解释，但是基经不依不饶，坚持要天皇罢免起草诏书的亲信橘广相。关于“阿衡”是否有权的争论持续了整整半年，藤原基经也就罢工了整整半年。
宽平三年（公元891年），藤原基经去世。宇多天皇立刻重用橘广相，以及当年敢为橘广相辩护的菅原道真，任命道真为藏人头，以与藤原基经之子藤原时平分庭抗礼。6年后，宇多天皇让位给年仅13岁的敦仁亲王出家仁和寺，潜心撰写回忆录《宽平遗诫》。自此以后，天皇退位出家，就被尊称为“法皇”，宇多法皇是日本历史上第一位法皇。
敦仁亲王登基后，史称醍醐天皇，他年岁还小，难免受权臣的拨弄，已经升任右大臣的菅原道真就因此遭到藤原时平的诬陷，说道真打算拥立自己的女婿、宇多法皇的第三子齐世皇子为天皇，醍醐天皇于是右迁菅原道真为太宰权帅。其实作为太宰府的名额外主官，这个职位也不算小了，但终究远离京都，远离统治中心，这使得满腔抱负，想要做一番轰轰烈烈大事业的菅原道真大为忧愤，遂于两年后（公元903年）客死在九州。
据说宇多法皇在听闻菅原道真被贬之事后，匆忙驱车前往内里，想要劝说醍醐天皇收回成命，然而内里各门都已被藤原时平的亲信把守住了，不放法皇进宫。宇多法皇怅然离去，从此专心研究佛学，再不管尘世之事——藤原氏权势之盛，也由此可见一斑。
菅原道真是日本古代著名的书法家、诗人和学者，他曾跟随遣唐使团西渡，具有相当高的汉学素养。公元886年，他被任命为赞岐守，在偏远的南海道目睹了贫穷百姓的艰难生活，写下很多传诵后世的诗篇。也是在赞岐守任上，他写了《奉昭宣公书》，劝说藤原基经放下执念和恩怨，专心国事，据说藤原基经看了此文后有所觉悟，停止罢工，也不再坚持让宇多天皇严惩橘广相，使延续整整半年的朝廷风波暂时得以平息。
公元890年，菅原道真太守任满，回归都城，从此受到宇多天皇的重用。公元894年，朝议派发新的一轮遣唐使团，以菅原道真为大使——这很可能是政敌想借此机会把他排挤出权力中心——于是道真写下《请令诸公卿议定遣唐使进止状》一文，明确指出唐朝正在发生内乱（黄巢起义），形势复杂，路途危险，请求暂时停止派发遣唐使团。宇多天皇采纳了他的建议。
应该说从此以后，中日两国间的文化交流虽然并未停顿，但日本人已经不再像奈良时代那样完全彻底地甘当小学生、处处以中国为师了，独具特色的日本本土文化重新抬头，混合土风和唐风的新文化逐渐成形——这也就是平安时代的日本贵族服饰虽有唐人之形，却兼本土之魂，非如奈良时代那样浑然唐装的重要原因。
菅原道真的权势逐渐成形，醍醐天皇登基后，他被任命为右大臣，与左大臣藤原时平共执朝纲，这当然会引起藤原家族的警惕和不满。于是藤原时平就造谣进谗，终于迫使菅原道真被赶去九州做了太宰权帅。
