京都朝廷风云动荡，镰仓幕府的境况只有更为混乱。就在土御门天皇登基的当年年底，源赖朝在从相模川桥回来的路上失足落马，就此病倒，挨到次年（公元1199年）元月，终于咽了气，传位给长子源赖家。
源赖朝在世的时候，集权稳固，诸事尚可独断专行，赖朝一死，幕府和御家人，以及御家人之间的重重矛盾就暴露了出来。为了缓解这诸般矛盾，赖朝的遗孀北条政子就以儿子年纪尚幼为借口，取消了赖家将军的独裁权力，代之以重臣合议制。最初参与合议的武士共13人，包括：政子的父亲北条时政和兄弟北条义时，公文、问注、侍三所的长官大江广元、三善康信和和田义盛，此外还有中原亲能、比企能员、藤原行政、三浦义澄、八田知家、足立远元和梶原景时等。
镰仓幕府早期的政治斗争，就在上述这些人中间展开。化繁复为简单，基本的脉络是：北条一族击败将军赖家，拥立其弟千幡，随即北条政子和义时兄弟又打败了老子北条时政，完全把镰仓幕府变成北条氏一家独大的局面。
先说第一步。据说二代将军赖家很不成器，却又执着地想要摆脱母亲北条政子的控制，重掌幕权，他最倚重的臣子是梶原景时。梶原氏世居相模国镰仓郡梶原乡，先祖曾自称过镰仓氏，梶原景时作为梶原一族的家督，在源赖朝初起兵的时候还是站在平氏一方的，曾跟随大庭景亲在石桥山大败赖朝。据说景时虽然获胜，却大为赖朝的勇武所感动，于是故意放赖朝逃生，把追兵引领向错误的道路。其后赖朝卷土重来，梶原景时前往投靠，赖朝记得救命之恩，给予重用，对他非常信赖，言听计从。幕府建立后，梶原景时一度接替和田义盛作为侍所别当，可谓是权势熏天。
民间传说中的梶原景时是一副奸臣嘴脸，这大概是因为他曾经进言赖朝讨伐自己的两个兄弟范赖和义经。既然在老百姓的观感中，范赖是老实人，义经是大英雄，那么说他们二人坏话的梶原景时自然就是白脸奸佞了。不过平心而论，景时的所作所为，不管动机何出，对于幕府政权的巩固还是大有益处的。
十三位合议重臣中，梶原景时首先丧命，这或许和他时常献计排除异己（不管是自己的异己还是幕府的异己）、不得人心有关。关于他的灭亡，史料上有两种完全不同的记载：一说是景时向将军赖家进言，陷害重臣结城朝光，此事为朝光所知后，就和65人联名上奏，请求将景时流放；另一说是景时察觉到御家人中有推翻将军赖家、拥立源赖朝次子千幡的动向，他向赖家进言，但因查无实据而反遭流放。
不管怎样，梶原景时是被流放了，但他并不甘于就此没落，先是退回自己的领地筑城固守，然后又率其族人上京去，打算向后鸟羽上皇申诉。幕府内部权力斗争，偏要捅到朝廷去，这不是自己找死吗？于是上京途中，梶原一族遭到幕府武士的追杀，尽数覆灭。
梶原景时之死，给将军赖家敲响了警钟，他仿佛从景时的尸体后面看到了母亲北条政子的身影，于是决定扶持比企氏以制约北条氏。比企氏的家督比企能员本是源赖朝乳母比企尼的外甥，在赖朝被流放伊豆以后，比企尼多次派人给自己的乳儿送衣送食，赖朝待她如同自己亲生母亲一般尊敬，比企能员也就因为这层关系得到重用。后来能员的妻子又做了源赖家的乳母，而其女若狭局也嫁给了赖家，并且生下儿子一幡。
有此缘故，源赖家想要对抗母系的势力，就不得不依靠妻系，镰仓幕府两代外戚展开了殊死搏斗。一开始是比企氏略占上风，但到了建仁三年（公元1203年）八月，身体一向不好的源赖家突然得了重病，他自知将不久于人世，害怕死后北条一党拥立弟弟千幡，杀害自己儿子一幡，就下令封千幡为关西三十八国的总地头，而封一幡为关东二十八国的总地头。
在赖家想来，我给千幡偌大赏赐，母亲大人您总该满意了吧，而我同时也给儿子二十八国地头职，他有地盘在手，你们也就无法动他。然而这种分明是分裂幕府的举动，别说北条氏不答应，连比企氏也无法接受。比企能员来向赖家进谏，赖家对他讲出了自己心中的忧虑，比企能员就说：“如果担心北条氏胡作非为，不如趁此机会流放他们，怎能因此自乱阵脚，使天下二分呢？”
这个还没有具体执行步骤的计划却被北条政子探知了，政子大惊失色，决定先下手为强，于是以举行药师如来供养仪式为赖家祛病为借口，召来比企能员，当场将其处斩。能员死后，其子比企宗员率一族郎党固守将军嫡子一幡所住的小御所，没想到北条氏根本不管一幡死活，派兵猛攻，最终小御所在大火中化为灰烬，比企一族和年仅6岁的一幡全被烧死。
斗垮政敌以后，北条氏立刻逼迫已经万念俱灰的源赖家出家隐居，把将军之位传给其弟千幡，也就是源氏的第三代将军源实朝。次年（公元1204年）七月，被幽禁在伊豆修禅寺的源赖家惨遭杀害。
北条执权的诞生
比企一族灭亡，幕府政权完全掌握在北条氏手中，然而其后不久，北条氏内部也开始了争权夺利的斗争。北条氏原本出自平氏，正因为如此，当年平清盛把源赖朝流放伊豆，才放心大胆地派北条氏家督时政去监管他。
然而北条时政不仅没有好好地监管赖朝，反而把女儿政子嫁给赖朝为妻，并且诸事都听从这个源氏出身的女婿的安排。到了治承四年（公元1180年）四月，源行家给赖朝送来了以仁王的令旨，要他起兵讨伐平氏。赖朝一开始还想先观望一段时间，不着急做出头鸟，但随即听说源赖政造反失败，赖政父子和以仁王全都被杀，平清盛下达了讨灭诸国源氏的命令。事到如此紧急关头，由不得赖朝不动手了，而北条时政也很清楚，一旦女婿被杀，自己也难免受到牵连，于是随同起兵。
因为起兵过于仓促，所以源赖朝才在石桥山被平氏的大庭景亲杀得只身逃亡。当时北条时政带着儿子宗时和义时奋战断后，宗时英勇战死，直到确定赖朝已经逃得无影无踪，时政和义时才转身逃亡。
等到丈人、女婿、小舅子重新会合在一起，时政向赖朝建议说，不如渡海前往安房国，号召当地的三浦、和田、千叶等豪族一起举兵，那时卷土重來，胜利可期。赖朝听取了时政的建议，这才有了以后的富士川大胜，以及再以后的镰仓幕府。
等到比企氏灭亡，北条氏完全掌控了幕权以后，因为政见不同，北条氏内部逐渐分裂成两个派系：一为“先妻派”，即北条时政元配所生的北条政子、北条义时，以及二人的妹夫畠山重忠；二为“后妻派”，即时政和其新妻牧之方，以及牧之方的女婿（也是源赖朝的犹子，即不更改苗子的养子）平贺朝雅。其实后妻派的核心人物应该说是平贺朝雅，源实朝还没有子嗣，如果他死去或退位的话，最具备继承人资格的就是朝雅。朝雅很想排除重臣合议，重振将军的权威。而相对的，先妻派代表了广大御家人的利益，希望共同支撑幕府这座大厦，而不让那些没经过战阵的二代目、三代目胡作妄为。
两派争夺权势的导火索，就是畠山重忠的被杀。且说元久二年（公元1205年），在牧之方的安排下，将军源实朝决定娶后鸟羽院的宠臣坊门信清之女为妻。北条时政委派同族的北条政范进京迎亲，畠山重忠的嫡子重保作为护卫随行。当时平贺朝雅担任京都守护，他设宴款待政范一行，但在宴会上，朝雅和畠山重保却起了口角，几乎大打出手。
这次口角的根源是，当时平贺朝雅的领地在武藏国的东南部，而畠山重忠任武藏守，领地在武藏国的西北部，本来两家中间隔着比企氏的领地，比企氏灭亡后就连在了一起。因领地纠纷而喧闹吵嚷，本在情理之中，然而此事被告到镰仓，牧之方想趁此机会削弱先妻派的势力，就以谋反的罪名处死了畠山重保。受此牵连，当年六月，畠山重忠也被北条时政颁下了追讨令，他在赶赴镰仓申辩的途中，在武藏二俣川遭到北条士兵的围攻，奋战不敌，自杀而死。
畠山重忠之死使政子、义政姐弟意识到，若不抢先下手将老爹击败，将会后患无穷。于是在两个月后（当年闰七月），他们揭发出牧之方企图谋杀源实朝，拥立平贺朝雅为新将军的阴谋（天晓得），逼老爹和老爹那个权力欲旺盛的新老婆回伊豆老家隐居，然后将平贺朝雅斩首于京都。
其实作为女性来说，北条政子的权力欲丝毫也不逊色于牧之方，她从赖朝死后就出家为尼，但一直操控着幕政，担任将军的“后见”（监护人），人称“尼将军”。在她的支持下，兄弟义时替代老爹成为政所别当，和大江广元同掌政务，不久后又消灭了从赖朝建基镰仓开始就一直担任侍所别当的和田义盛，兼管侍所。镰仓幕府中央的三大机构，北条义时把握住了两个，于是设立“执权”的名号，成为幕府实际上的统治者。
