源赖朝自从定居镰仓以后，基本上就没挪过窝，此番听说兄弟义经在京都掀起反旗，被迫亲率大军西上。义经看老哥来势汹汹，知道无力抵御，这才被迫化装亡命，前往曾经受过庇护的奥州藤原秀衡门下避难。赖朝闻报后，派老丈人北条时政率千骑入京以稳定局势，自己安然退回镰仓。
藤原秀衡是个老狐狸，虽然与赖朝一向关系不错，但平氏既灭，然后四国、九州平定，他心里就“咯噔”一下，知道自己的领地也危险了，于是高兴地收留了义经，为异日与赖朝兵戎相见预布棋子。然而秀衡不久就去世了，把家督（一门总领）之位传给了儿子泰衡。泰衡能力不如老爹，赖朝一威吓他就怕得要死，遂于文治五年（公元1189年）闰四月，秘密派兵包围了义经的住处衣川之馆。
31岁的义经知道大势已去，于是和妻（32岁）、女（4岁）自焚而死，家臣武藏坊弁庆、鹫尾经春等人则恶战到最后一口气……顺便说说义经有位名叫静的爱妾，据说本是京都的白拍子（一种女性着男装的舞蹈艺术），色艺双绝，性格温柔。义经逃出京都后就与已经怀有身孕的静失散了，静随即被源赖朝所捕，生下一个男孩。赖朝命令将此男婴处死，静悲痛欲绝，不久又听说爱人义经自杀的消息，于是出家为尼，郁郁而终。
义经与静的爱情悲剧，成为日本文艺经久不衰的主题，仿佛我国的楚霸王项羽和虞姬一般。
然而义经的被杀，并不能阻遏汹涌而来的镰仓大军。当年八月，赖朝攻克平泉，灭亡了自毁长城的奥州藤原氏，从此真正地统一了天下。
其实义经对赖朝功莫大焉，他使赖朝有借口压制或消灭可能成为隐患的两大势力：一个是奥州藤原氏；另一个就是京都的旧公卿们。北条时政趁着奉命入京戡乱的机会，大肆打压亲义经派公卿，后白河院出面说情，时政就此提出两个苛刻的条件：一、请朝廷允许镰仓政权在各国派驻守护职以执掌军事权和警察权；二、允许镰仓政权在朝廷、公卿们的庄园中派驻地头，参与管理。在时政的要挟和逼迫下，后白河院只得忍气吞声地答应了。
建久三年（公元1192年）三月，随着新时代的来临，旧时代的代表人物后白河院终于咽下了最后一口气，时年66岁。后白河院毕生都在为重兴天皇朝廷、把政权收归皇族而努力，他先是借平氏之手重创摄关家，随即又借源氏之手消灭平氏，在义仲、义经、赖朝三人间不断挑起矛盾和纷争。然而历史潮流是不以个人意志为转移的，后白河院引发了无数战乱，最终迎来的却是皇族政治的最顽强的掘墓人源赖朝，以及赖朝一派的代表北条时政。因此，藤原信西曾评价他是“和汉史上最大的昏君”，无疑是以偏概全，而源赖朝说他是“日本第一号大天狗”（天狗为日本传说中居住在深山中的怪物，红脸、高鼻，以具有神力自负，经常引发纷争），却非常接近事实。
镰仓幕府的建立
建久三年（公元1192年）七月，源赖朝受封为征夷大将军，正式开幕，史称源氏幕府或镰仓幕府。镰仓幕府具有相对独立的统治机构，以镰仓为中心，触角几乎延伸到日本社会的每个角落，是真正意义上的武家政权。
在武家政权的中央即镰仓，设置有负责行政的“公文所”、负责司法的“问注所”和负责军警权力的“侍所”，都直接从属于幕府将军。而在地方上，各国都设置守护职，从朝廷派驻的国司手中褫夺了军警大权，这些守护平时维持治安，监督御家人轮流戍守京都和镰仓（称京都大番役和镰仓大番役），战时则统率国内的御家人出征。
幕府的经济基础来源于“关东御成败地”，在这里“成败”是“处分”的意思，指幕府将军有权管理、可随意处分的领地。这些领地包括三个部分：一、“关东御领”，即朝廷赏赐给赖朝个人的500多处庄园；二、“关东御分国”，指朝廷把伊豆、相模、上总、信浓、越后、骏河、武藏、下总八国的国司任免权下发给赖朝，可由幕府推荐御家人担任，并可由幕府直接解职；三、“关东进止所领”，即北条时政争取来的，幕府可在很多庄园和公领中设置地头的权力。顺便提一句，各国守护没有俸禄，一般也都兼任地头，从土地上获得报酬。
既然得到了全国的军警大权和雄厚的经济基础，那么政治权力也就等于幕府将军的囊中之物了。为了加强对京都及边远地区的控制，源赖朝还额外设置了京都守护、镇西奉行和奥州总奉行等官职，完善了所谓的“幕政”。其实“幕府”一词和“将军”一词都来源于中国，不过中国的将军们开幕建府，一旦攫取了天下的权力，很快就会改朝换代，从未出现过朝廷仍在而实权却连续许多代都掌握在幕府手中的事情，因此中国虽有幕府，却没有幕政。
镰仓幕府初期的政治权力，其实是不完善的。为了尽快稳定局面，源赖朝对旧势力作了相当大的妥协，朝廷仍能利用国司等官职行使部分权力，当时的日本，被称为是“公武两重政权”。既然没有一棒子把朝廷打趴下，那么朝廷和幕府之间的斗争也就难以避免。
仅以京都来说，当时存在着三股大势力，互相斗争也互相制约：一是幕府将军派驻的京都守护；二是关白九条兼实；三是后白河院的残党丹后局和源（土御门）通亲。一开始，九条兼实为了制约院权，主动向源赖朝靠拢，征夷大将军的头衔，就是他为赖朝争取的。然而在后白河院去世以后，赖朝却和实力渐弱的院的残党结合起来，准备向独霸朝廷的摄关家开刀了。
丹后局本是平业房的妻子，平业房被流放后，她主动接近已被平清盛架空了的后白河院，随即就被后白河院收为侍妾，她和源通亲并为后白河院的心腹，院的很多导致变乱的政策，都出于此二人之手。
当时正是后鸟羽天皇在位，九条兼实和源通亲都把女儿嫁给天皇，但兼实的女儿任子虽然位居中宫，却只生下一名皇女，而通亲的养女虽为侧室，却生下了皇子为仁。于是，在幕府的支持下，建久七年（公元1196年）十一月，任子被赶出中宫，随即九条兼实被迫辞去关白之位——这被称为“建久七年的政变”。
两年后（公元1198年），后鸟羽天皇传位给年仅3岁的为仁亲王，是为土御门天皇，源通亲以天皇外祖父的身份执掌朝政。建仁二年（公元1202年）十月，源通亲去世，后鸟羽上皇趁机夺回了权力，重开院政。又过了八年（公元1210年），后鸟羽院以两度出现彗星为由，勒令还没成年的土御门天皇退位，扶自己另外一个儿子、12岁的守成亲王登基，称为顺德天皇。当时有两位上皇，就有两位院，后鸟羽院称“本院”，土御门院称“新院”，天皇和新院都得看本院的脸色行事。
