出云神话的辉煌期到此终结，以后要让位给较后起的大和系神话，即关于天照大神及其子孙的神话。
也不知道怎么的，天照突然觊觎起地上的国土来了，她对儿子正胜吾胜胜速日天忍穗耳命（天安河立誓时从十握剑中生出的诸子之一）说：“富饶的苇原中国，应该由你来统治。”于是派遣诸神下界去向大国主讨取。大国主当然不会答应，几拨使者都有去无回，直到天照派下了建御雷和天鸟船两神前往，事情才终于有了转机。
建御雷神本是个大力士，而大国主最有名的儿子——八重事代主没敢和他正对就认输了，建御名方与其打了一场却大败而逃，一直逃到日本中东部的诹访地方，险些被杀，也只好答应建御雷的要求。于是大国主提出条件，要天神们为他在出云国建造宏伟华丽的宫殿，让他永远接受祭祀，然后他才体面地退隐了。
这就是所谓的“让国传说”，在此传说中，大国主往昔的英风侠气一扫而空，凡事都要听取儿子们的意见，而他的儿子也都不成器，最终输掉了国家。这段传说中会隐藏着真实的历史吗？某些学者认为，那是象征着来自北九州的大和族征服出云地区，而另一派学者则认为整段故事都完全是因政治需要而生造出来的西贝货。
且说建御雷完成使命，回归天界汇报战果，但正胜吾胜胜速日天忍穗耳命却不肯下凡，他转而推荐自己的次子天迩岐志国迩岐志天津日高日子番能迩迩艺命。于是这位名字冗长的天神之子就来到九州南部的筑紫地方，在高千穗峰立都建国，据说这就是大和国的始祖——但他只被称为“天孙”或“天神御子”，还并不是初代天皇。
其实天皇这一名号出现很晚，日本古代君主多称大王，要到7世纪以后才给古代的大王们上谥号，改称某某天皇。中国史书中就记载着五位大王，名字分别为赞、珍、济、兴和武，日本学者认为，他们可能分别对应着传说中的仁德、反正、允恭、安康、雄略五位天皇——当然，也有学者反对说，五王不过是九州地区某小国的首领而已，和最终统一日本的大和国完全没有关系。这倭五王时期，大致应为公元413年到500年，正当中国的东晋南北朝时期。
日本从3世纪末进入了“古坟文化期”，以大和地区为代表，各地都出现了大量的高冢式坟墓，乃是此时期得名的由来。许多古坟占地面积广大，殉葬品数量惊人，说明日本的奴隶社会已经迈入了成熟期。
约可对应“古坟文化”前中期，神话中出现了神武天皇东征的故事。这位天皇名叫神倭伊波礼毘古命，他和其兄五濑命二人决定向东方发展，于是先北上，从北九州渡海到了安艺（日本本州岛的西南沿海）地方，在这里停留了一段时间后，继续乘船东进，得到吉备地区居民的帮助，驶向本州中部。在与摄津地区的统治者登美能那贺须泥毘古的战争中，五濑命中箭而死，神倭伊波礼毘古命被迫绕路南下，因为得到熊野的高仓下的帮助，才终于从纪伊上岸，进入了内陆地区。
经过一路厮杀——虽然神话传说中这些厮杀多为古代英雄们的单打独斗——最终神倭伊波礼毘古命来到大和地区，就在这里建都，并且娶妻生子，开始繁衍生息。神倭伊波礼毘古命就是大和王朝的初代天皇，称“神武天皇”。某些学者认为此神话是来自九州的大和族长途迁徙并且征服本州中部的象征，虽然其间掺杂太多不可解释甚至不可理解的因素，但远行路线是基本不差的。当然，也有学者认为那也是完全的西贝货，甚至认定大和族的老家根本就不在九州地区，神话就是神话，根本相信不得。
不管大和王朝的来源是北九州、南九州，还是大和本土，以及它与前此的邪马台女王国是否有某种渊源，总之，这个王朝从此就屹立在日本本州的中部，绵延流传直到今天。日本人因此经常宣传自己的天皇血统纯正，“万世一系”——不过，越来越多的人逐渐不再相信这种天真的谎话了，我们今天唯独能够确定的，是大和王朝从4世纪前后崛起，它或者它的继承者逐步统一了日本列岛，以后一直沿用“大和王朝”这个名称，把各自的系谱篡改缝合到了一起。
据说神武天皇以后的第十世为崇神天皇，他曾经委派大毘古命征服了北陆地方，派建沼河别命征服了东海道十国，派日子坐王征服了丹波地区，逐步统一除东北部外的本州岛。
再传两世为景行天皇，他生了两位皇子，分别叫做大碓命和小碓命（又名倭男具那王）。大碓命得罪了父亲，天皇派小碓命去唤他前来责问，结果小碓命却在厕所里把哥哥的手脚折断，裹上草席扔掉了。面对如此残忍的次子，天皇大感恐惧，于是派他前去讨伐不肯服从朝廷命令的熊曾建兄弟，趁机让他离开自己身边。小碓命智勇双全，他假扮女性，混入熊曾建家的宴会中，寻机把那两个武勇过人的兄弟都杀死了。事后，他使用敌人的名字为己名（这种风俗在古代并不罕见），称为倭建命。
倭建命不仅讨平了熊曾建兄弟（这很可能是指九州南部的两个部族或国家），还顺路杀死了出云国的勇士出云建，他凯旋回京，可是天皇却说：“东方十二国还有很多凶顽，希望你能前去平定。”倭建命叹息说：“父亲的意思，大概是希望我死在外面吧。”于是遍历尾张、相模、甲斐、信浓等诸国，连征战带讨老婆和“播种”，最后积劳成疾，终于在能烦野去世了。据说他死后化为一只白色的大鸟，冲天而去，后世称其为“大和武尊”，或者“日本武尊”——大和也就是倭，尊就是命，其意和倭建命是相同的。
对朝鲜半岛的首次侵略
根据神话传说，景行天皇传成务天皇，再传仲哀天皇、应神天皇、仁德天皇，其后是履中、反正、允恭、安康、雄略诸天皇。雄略天皇很可能就是中国史书中出现的“倭王武”，他曾上表中国南朝的宋顺帝，内有“自昔祖祢，躬擐甲胄，跋涉山川，不遑宁处，东征毛人五十五国，西服众夷六十六国，渡平海北九十五国”的语句。这说明其祖先确实经过了长时间的征服战争，基本统一了日本列岛，然而这种征服是否从八九代以前的景行天皇就开始了呢？这种基本统一究竟是何时最终完成的呢？目前还找不到丝毫证据可以印证所谓“大和武尊”的征战故事。
大约4世纪中叶，倭国的大和王朝开始渡海向朝鲜南部伸展其势力。当时朝鲜半岛三国并立，即西南的百济、东南的新罗，以及控制半岛北部的高句丽。百济为了对抗新罗和高句丽，乃渡海引诱倭国出兵。约4世纪60年代，大和王朝出兵侵略新罗，征服弁韩之地（庆尚南道），称此地为“任那”，设置“日本府”以统治之。百济前门拒狼，后门迎虎，也因此被迫向倭国朝贡。
为了援救新罗，高句丽好太王多次亲征，进攻百济和任那日本府。倭国在朝鲜半岛南端的统治岌岌可危，被迫渡海向中国朝贡以寻求支持。从东晋义熙九年（公元413年）开始，倭五王数度派遣使者向南朝进贡称臣，希望南朝出面阻止高句丽在朝鲜半岛的扩张态势。
当然，那时中国正处于南北朝分裂时期，对于朝鲜半岛的高句丽国，是只有政治影响力，而毫无军事威慑力的。公元420年，南朝宋武帝刘裕册封百济王为镇东大将军，爵位在倭王之上。公元438年，倭王珍遣使来贡，表达了他的不满，希望刘宋封他为“使持节，都督倭、百济、新罗、任那、秦韩、慕韩六国诸军事，安东大将军，倭国王”。如果刘宋答应其请求，无疑是承认倭国在朝鲜半岛南部的合法统治权。宋文帝并不是傻瓜，他只同意了“安东将军、倭国王”的封号。而“都督六国诸军事”的称号，直到公元451年，倭王济才终于搞到了手。不过刘宋文帝从中删除了朝贡国百济，换上“加罗”地方。南朝希望利用倭和百济，来牵制高句丽在朝鲜半岛的扩张，因此倭五王前后13次遣使朝贡，最终倭王武的爵位在梁武帝时被晋升为“征东将军”，已位列百济国王之上。（原文见《宋书·倭国传》）
这些向中国称臣之事，《古事记》和《日本书纪》上当然不愿记录，而只愿意把征服任那地区涂抹上种种绚丽的神话色彩。据说仲哀天皇的皇后名叫息长带比卖，她自称有神灵附体，怂恿天皇进攻“西边的国家”。然而仲哀天皇向西一望，只见茫茫大海，不见陆地，于是恼怒地反问道：“你一定是位说谎的神吧。”
传说仲哀天皇因不遵神旨而遭到天谴，立刻就停止了呼吸，于是息长带比卖皇后在重臣建内宿祢的支持下，不顾身怀有孕，亲自统兵渡海进攻朝鲜半岛。这位皇后后来即被称为“神功皇后”。关于神功皇后征服三韩（新罗、百济、任那）的故事，大多是毫无根据的自欺欺人的臆语。
且说神功皇后从朝鲜半岛归来的时候，忍熊王和香坂王发动叛乱，被难波根子建振熊命和建内宿弥讨平。某些学者认为，这其实并非是一场内战，而是日本列岛上的国家纷争，当时大和王朝还并没有统一日本，忍熊王和香坂王，甚至建内宿弥都不是大和国的臣子，而是别国的国君。
在真实的历史上，从5世纪后半叶起，大和王朝在朝鲜半岛南部的殖民势力急速衰退。公元475年，高句丽攻陷百济都城汉城，百济王国迁都熊津。公元512年，百济请求割占任那四县，大和王朝被迫应允。公元562年，任那日本府被新罗所灭。就在此种背景下，日本历史发生了转折性的“大化改新”和“白村江水战”。
三神器之谜
日本皇室世传“三神器”，据说是天孙下界时，天照大神赐予他的至宝，即草薙剑（一名“天丛云剑”）、八咫镜和八坂琼曲玉，简称“剑、镜、玺”。这三种神器，两千年来一直被当作日本皇室的信物，为民众所膜拜，而究其实质，其实却并不神秘。
大约在中国的汉代（日本弥生时代），从三韩渡海泊入的农耕、冶炼、建筑、畜牧等技术经过几个世纪的消化已经进入成熟期，日本开始形成许多以大宗族为主体、以宗族中的贵族为首脑的种落国家，国家观念的形成使得战争意义从部族间的仇杀进化到了以统一为目的的兼并战争。随着战争规模越来越大，为了争取到强有力的支援，许多靠近西海岸的国家承认了汉朝对日本的合法统治，并派出使节千里迢迢地渡海赴中国纳贡。
汉朝皇帝不好意思让使节们空手而还，自然要赏赐其首领一些价格低廉的土特产，其中便包括坚硬度超过铜兵器的铁剑（这时候的日本还处于青铜时代，一柄铁剑对于他们来说自然是至宝）以及可以照出人影的铜镜（这“汉镜”正是汉帝国文化的代表物之一）。两种不起眼的小物什一出口到了日本可就身价百倍，成为贵族权力的代表，手中有了铁剑和铜镜的贵族们便可以得意洋洋地自称：“俺得到汉皇的册封咧！不信？你看，这铁剑和铜镜就是汉皇赐俺的信物！”没有铁剑和铜镜的贵族眼红得要喷出火来，于是也有样学样，弄套铁剑和铜镜来装装样子，久而久之，铁剑和铜镜便成为了权力的象征。现在发掘到的弥生时代大贵族坟墓中，大多可以见到这两种舶来品。
既然铁剑和铜镜成为了权力的象征，某些被认为有神奇来历者便被当作本宗族的圣物，由上一代传给下一代。后来，由于神道的普及，许多种落国家成为神权和俗权并重的宗教国家，于是，国主为了宣扬“王权天授”的思想，便将用于宗教祭祀的祭器——曲玉也列为了王权代表物，右手执剑、左手持镜、胸前垂玺（曲玉）的王者形象就此流行了开来。直到大和王朝统一日本，仍继续沿袭以剑、镜、玺为王者代表的习俗，并将之发扬光大，制造相关的花边新闻及旧闻、繁杂的传代交接仪式，使得剑、镜、玺终于成为了正统皇室独一无二的象征，流传至今。
不过，上古时代流传的草薙剑、八咫镜和八坂琼曲玉真品（如果确有真品的话），以及制造于各个时代的诸多赝品，早已由于战争、天灾、迁徙、盗窃而丢得不知去向，现在流传下来并一直在天皇继位仪式上郑重使用的，不过是依照仿制品而仿制的仿制品的仿制品罢了。
