幕府将军足利义教秉持父祖执政以来的一贯政策，大肆打压各地守护大名势力，先后插手今川、斯波、山名、京极、畠山等重要家族一门总领权的继承纠纷，其间处死、流放或迫使隐居的守护大名难以计数。当然，以幕府将军当时的实力，是很难说想捏谁就捏谁的，足利义教必须拉拢一伙人、抑制一伙人，那么他所拉拢的是谁呢？那就是足利义满时代多次出任执事·管领一职的细川家族。
细川氏当主持之，乃是细川赖之的玄孙，也出任幕府管领，深得义教将军的信任。义教、持之二人据说“一心同体”，使守护大名势力受到抑压，使幕府的权威大为振兴——因为幕府的上升趋势引发了将军种种强硬姿态，当时称义教的统治为“万人恐怖”。
恐怖者谁？恐怖的不会是平民百姓，而是那些割据一方的守护大名，尤其是割据数国的大守护家族，其中也包括关西的名门赤松氏。当年义持将军想要插手赤松家事，引发“应永之变”，最终劳而无功，现在义教将军平灭永享之乱，镇抚关东，自以为权势熏天，没人再敢乍毛，于是想依样画葫芦再玩一遍阴谋。永享十二年（公元1440年）三月，义教下令将赤松满祐之弟义雅的领地转交给赤松分家的贞村和细川持贤——赤松贞村就是当年引发“应永之变”的赤松持贞的亲侄子。
这一举动引发赤松满祐及其子教康的不满，于是他们秘密计划暗杀义教将军，并且终于在次年（公元1441年）六月二十四日，于庆祝结城合战胜利的宴会上动了手。正当宾客们欢笑饮宴，观看猿乐（一种滑稽戏）的时候，赤松教康率领数十名手持利刃的武士冲了进来，当场砍翻义教将军，以及京极高数、山名熙贵等数位大名。
其实这次谋杀事件的幕后主使，很可能是义教将军信任不疑的幕府管领细川持之。从表现上看，细川持之得以从尸横遍地的宴会上逃走，随后率重兵包围了赤松满祐的宅邸，却又让满祐安然烧掉家宅，逃出了京都；从内在因素来猜测，将军家权威的上升，初始对细川家是有利的，但这种上升必须有个限度，当细川家无法确定自己能在义教将军“万人恐怖”的政策下独善其身，很可能会成为下一个遭打击的目标后，持之就必须抛弃个人感情，为了家族的利益而痛下杀手。
且说赤松满祐逃出京都，回归领地播磨，随即召集一族88人，武士两三千人，固守书写山坂本城，迎立足利冬氏（足利直冬之孙）为幕府将军，改名义尊，树起了反旗。幕府派兵讨伐，以细川氏的持常为大手军（正面主力军）大将，以侍所头人山名持丰为搦手军（侧背奇袭军）大将，两路进逼——山名持丰是在宴会上被杀的山名熙贵的堂兄弟。
为了给同族报仇，山名军进展神速，而相比之下，细川军则观望不前，似乎本意就是要放赤松满祐一条生路。当年九月，书写山坂本城被山名军攻克，赤松满祐逃往城山城。九月十一日，城山城也被攻克，赤松满祐先放火，然后自杀，据说一门69人全部殉死——四职之一的赤松氏就此衰败。
本年为嘉吉元年，这次事件史称“嘉吉之乱”。战后，嘉奖有功之臣，赤松氏的领地基本都被山名氏所接收，山名氏的势力大为膨胀，和细川氏的矛盾日益突出，最终酿成了1467年开始的“应仁之乱”，而“应仁之乱”，却正是无比混乱的战国时代的发端。
拉回来，且说义教将军被杀后，其子、年仅9岁的义胜被拥为幕府将军，但义胜在位没满一年就病死了，传位给其弟义成。守护大名们对将军继嗣问题争论不休，致使宝座空置了6年，直到宝德元年（公元1449年），足利义成改名为足利义政，这才正式就任征夷大将军。
这段幕府将军的空白期，发生了两件对后世影响很大的重要事件：一是神玺和宝剑的被夺；一是关东将军的再兴。虽说足利义满统一了南北朝，天皇系统合而为一，但仍有很多南朝忠臣顽强地逆潮流而行，继续采用或明或暗的手段反抗幕府统治。义胜将军病殁于嘉吉三年（公元1443年）七月，两个月后的九月，南朝遗臣日野有光悍然侵入禁中，夺取了所谓传国三宝中的神玺和宝剑，有光在逃亡途中被延历寺僧徒所杀，其子资亲被捕后，则被押赴六条河原斩首。
日野家族出于藤原北家，镰仓幕府末期，因帮助后醍醐天皇策划倒幕而被杀的日野资朝、日野俊基，都出自这一家族。足利尊氏树起反旗，南北朝开始以后，日野家也分裂了，日野资朝的兄弟资名和资明都出仕北朝，与幕府数代联姻，关系相当亲密。不过资朝这一支并非正根，而抢夺神器的有光倒是日野本家。因为日野有光、资亲父子被杀，日野本家绝嗣，遂由日野资名的后裔入继，这支原被称为里松日野家——酿成“应仁之乱”大祸的女主角、义政将军的正室日野富子，正出自里松日野家。
先抛开抢夺神器和里松日野家不谈，再说说关东将军的再兴。宝德元年（公元1449年）元月，就在义政将军即位前不久，幕府允许足利持氏的末子永寿王继任关东将军，重新执掌镰仓府——估计幕府是不满上杉氏在关东日益坐大，才定此决策的，永寿王也即足利成氏。
足利成氏才到关东，就遭到上杉家族的排挤，管领上杉宪忠（上杉宪实之子）还怂恿自己的家宰长尾景仲两次起兵叛乱，驱逐成氏。足利成氏忍无可忍，终于在享德三年（公元1454年）杀死了上杉宪忠，并于次年（公元1455年）在武藏分倍河原打败长尾景仲，迫其遁走常陆。
此前足利成氏被长尾景仲打败，凄凄惶惶逃出镰仓的时候，幕府将军足利义政只是派人调解，这回轮到上杉方失败了，义政将军却立刻下诏讨伐足利成氏——有其老子持氏殷鉴在前，绝不允许关东将军再度坐大。康正元年（公元1455年）六月，骏河守护今川范忠杀入镰仓，足利成氏逃往下总的古河，从此就被称为古河公方。上杉宪忠之子房显迎立足利政知为主君，据伊豆堀越城与成氏对抗——政知即被称为堀越公方。镰仓府正式分裂，关东平原乱成了一锅粥，这直接导致了36年后的北条早云突入关东、雄踞一方。
畠山争乱和畿内一揆
足利义政是个无能的将军，和他父祖全都没法比。在他当政时期，室町幕府大走下坡路，并最终酿成了“应仁之乱”。说起“应仁之乱”，表面上看是将军继嗣问题引发的动乱，然而实际上却是细川、山名两大家族及其党羽争夺幕府霸权的一次大规模冲突。这两个家族的矛盾由来已久，“嘉吉之乱”后逐渐激发，并因畠山家族的内乱而迈向顶点。
畠山氏本居奥州，南北朝开始的时候，畠山高国被幕府任命为奥州探题，挥师东下，支援足利尊氏，家族从此煊赫起来，最终成为三管之一。足利义政在位的时候，畠山家督乃是前幕府管领持国，老家伙没有嫡子，被迫立庶子义就为一门总领继承人，但他本人并不喜欢义就，同时又属意于异母兄弟也是他的养子持富。
老头子首鼠两端，引起了家中被官们的分裂。所谓“被官”，原本是古代官厅中表示上下级关系的用语，室町时代逐渐转化为代表武家主从关系之语，各守护大名承认在地国人领主的部分统治权力，将其收为家臣，却仍负责本地税收、治安等事务，这些国人领主即被称为“被官”。
畠山家族当时的主要领国为越中、纪伊和河内，因为一门总领继嗣问题，北陆被官与畿内被官各保其主，矛盾日益激化。畿内被官以游佐河内守为领袖，支持畠山义就，而北陆被官则以神保越中守为领袖，支持畠山持富。到了享德三年（公元1454年）四月三日晚，游佐河内守突然领兵袭击了神保越中守建在京都的宅邸，迫使神保父子自杀。这一事件导致洛中大火，混乱不堪。
北陆被官们因此实力大衰，而畠山持国在游佐等人的逼迫下，也不得不驱逐北陆派的土肥、椎名等被官，此时畠山持富已死，幕府下达了对其子弥三郎的治罚令。然而，畠山弥三郎并非无根之草，他是有后台的，那就是权倾一时的细川家族，于是在细川家督、管领胜元（细川持之之子）的暗中支持下，当年八月，畠山弥三郎杀入京都，赶走畠山义就。幕府立刻收回了对他的治罚令，并且正式承认他继承畠山氏家督之位。
山名氏正在和细川氏不对付，细川氏既然支持畠山弥三郎，那么山名氏也就支持被驱逐的畠山义就。两大家族之间的明争暗斗，使畠山氏内乱不止，家督之位数度易主——当年十二月，畠山义就卷土重来，亲率五六百骑杀入京都，弥三郎战败逃亡到大和国。
