康正元年（公元1455年）三月，畠山义就出兵大和，追讨弥三郎。战争延续了整整4年，到了长禄三年（公元1459年），在细川胜元的努力下，幕府下达了对畠山弥三郎的赦免令。大和国内支持弥三郎的筒井氏等国人（在地武士领主）众受此鼓舞，发起全面反攻，把畠山义就彻底赶出了大和国。当年秋天，弥三郎病逝，筒井氏拥其弟畠山政长为主。
宽正元年（公元1460年）九月，畠山义就被解除了幕职，随即被迫逃离京都，进入河内笼城固守。畠山政长上洛，并且请得了义就追讨令。这次追讨，和前次的义就追讨弥三郎不同，幕府本身也调集了大军，以管领细川胜元为总大将，很快就击破义就军，游佐河内守等大批畿内被官战死。
畠山义就退往金刚山西北麓的岳山城。幕府大军层层围住岳山，却花费了整整3年的时间才将其攻克。畠山义就酣战岳山的事迹传遍了天下，山名前家督持丰即入道宗全闻听后，据说还感动得流下了热泪。岳山城被攻克后，畠山义就逃往吉野，随即获得赦免。两年后（公元1465年），畠山政长接替细川胜元担任幕府管领。
畿内地区的连番恶战，一方面动摇了幕府统治的根基，另一方面也给百姓带来了深重的灾难。本来随着南北朝以降战争的频繁和规模的扩大，农民们或被拉夫，或被征收沉重的年贡，或欠下高利债务，早就无法活下去了，他们纷纷自主结合起来，用消极的诸如“逃散”等方法对抗封建统治。到了正长年间以及嘉吉年间，天灾不断，领主和农民间的矛盾迅速激化，农民们开始揭竿而起，用不合作的或者暴力的手段拒交年贡、解除债务，甚至驱逐领主及其代官，这种行为即被称为“一揆”，因为主角是农民，根源是土地，故也称“土一揆”。
所谓“一揆”，最初是指在神前起誓，为满足某种诉求而共同进退的团体，这种诉求一般首先从谈判开始，如果谈判不成功，则会演化为暴动。后来，一揆逐渐转化为暴动的同义词。
由于一揆很少将矛头直指最高封建领主即幕府，所以往往在暴动的同时向幕府提出诉求，要求免除一切债务，即施行所谓“德政”，因此这些土一揆也被称为“德政一揆”。德政一揆的主体是底层农民即佃农，但其领导者却往往是自耕农即小名主，他们组成了被称为“惣”（可写作“总”）的自治体，从一村乃至延伸到数郡，拒绝领主及其代官进入领地，但仍按谈判所商定的数额缴纳年贡，所以这种暴动其实颇为可笑，无法真正动摇封建根基。
不过，暴动却终究动摇了幕府根基，因为它频繁地出现在幕府统治的核心区域即畿内和近畿地区，因此幕府和传统的守护大名受到最大程度的冲击，势力逐渐衰弱。偏远地区与此不同，所以我们即将看到，近畿地区新的豪强并起，而偏远地区传统的豪族和守护大名则往往能维持其统治，直接转化为新形式的封建领主——战国大名。
应仁之乱
且说从室町中期开始，为了更方便参与幕政，很多守护大名留居京都，很少回归自己的领地，领地上大小事务，全都交给有力的豪族即那些被官们代管，很多被官逐渐被赋予数郡乃至一国的统治权，上升为守护代即代理守护。守护代们一直居留在其所辖领地上，因与国人、豪族等地方武士的联系非常紧密，势力日益膨胀，往往可以左右守护家族的命运。前面提到过的关东山内上杉氏的家宰长尾景仲，其一门就担任多国的守护代，逐渐夺取了上杉氏的实权。
守护代们的争斗直接影响了守护家族内部的稳定，而室町幕府基于削弱守护势力的原则，往往插手甚至怂恿这种不安定因素，因此传统的守护大名家族内部争权夺利之事层出不穷，而各大家族之间也开始爆发无休止的战争。畠山氏的争乱，只是一个比较显著的表现而已。
文正元年（公元1466年）十二月，畠山义就挥师入洛。义就能够卷土重来，是因为他利用了两个很好的机会；一是武卫家骚动；一是将军继嗣之争。
且说三管之一的斯波家，因为家督世代担任兵卫督或兵卫佐的职务，遂被尊称为“武卫家”。管领斯波义重曾被幕府勒令退隐，家族因此衰弱，无法再与细川等家族相抗衡，但仍为一方诸侯，具有一定的实力。
享德元年（公元1452年），斯波本家断绝，遂迎大野分家的斯波义敏为一门总领，并且就任右兵卫佐一职。然而斯波义敏由分家入继正统，无法压服领地上的诸多被官，甲斐常治、朝仓孝景、织田敏广等人就前往拜会政所执事伊势守伊势贞亲，控诉义敏的种种恶行。
长禄三年（公元1459年），斯波义敏进攻甲斐常治的本处越前敦贺城，伊势贞亲趁机向将军足利义政进言，发布对义敏的讨伐令。义敏战败逃走，被官们拥立涉川分家的斯波义廉担任家督。
伊势贞亲本是义政将军的宠臣，此人朝三暮四，毫无政治道德可言，没过几年，他又转过头来支持斯波义敏。而义政将军也是没主张的人，遂于宽正六年（公元1465年）收回讨伐令，赦免了义敏，并于次年（公元1466年）勒令斯波义廉让位。
甲斐常治等人心说，如果斯波义敏再当家督，还有我们的活路吗？于是匆忙前往拜谒斯波义廉的老丈人，也是后台老板山名宗全（持丰）。宗全闻言大怒，亲自前往义廉家中坐镇，并且召唤属下各国兵马入京，准备用武力阻止幕府的这一“乱命”。同时，他还趁机联络隐藏在吉野群山中的畠山义就上洛。八月，义就整顿兵马，进取大和、河内，与畠山政长的军队交战。
恰在同一时期，将军继嗣问题也正闹得不可开交。原来足利义政将军无嗣，在先后两代管领细川胜元、畠山政长等重臣们的建议下，决定收兄弟净土寺义寻为养子，改名义视，作为继承人。可是，世上的事情就是这样出人意料，才宣布立义视为嗣将军，义政却很快得到了一个儿子，取名为义尚。
这下子，立子还是立弟的大辩论开始了。将军当然想立儿子，他得到了其妻、义尚的母亲日野富子以及山名宗全的赞同；可是一向与宗全不和的老管领细川胜元不干：“作为幕府将军，岂能自食其言？！”两大势力各自拉帮结伙，争闹不休。
文正元年（公元1466年）九月，也就是在下令斯波义廉让位给斯波义敏的两个月后，善于逢迎的伊势贞亲再出馊主意，请义政将军杀了弟弟义视——只要这小子不在了，继承人不就肯定是你儿子，大家都没得可吵了吗？结果阴谋败露，足利义视逃到细川胜元府上藏起来，伊势贞亲和他的新党羽斯波义敏逃出了京都。
为了支持斯波义廉，确定足利义尚的继承人地位，趁机恢复畠山义就的家督之位，当然更主要是为了打倒细川家族和细川胜元，已经出家入道的老头子山名宗全披挂上阵，召唤麾下兵马，齐集京都。
次年为应仁元年（公元1467年），元月二日，畠山义就进入京都，在山名宗全的家中拜见了义政将军。义政将军正想利用山名氏之力确定儿子义尚的继承人地位，于是5天后即下诏罢免畠山政长的管领之职，而以山名派的斯波义廉代之。
畠山政长不服，自己放火烧了房子，然后退到京都北面的上御灵社，将此地设为本阵，聚集兵马，准备讨伐畠山义就。将军义政因怕政长劫持后土御门天皇作为旗帜，匆忙请天皇行幸花之御所，然后派畠山义就、山名宗全之子政丰，以及斯波义廉的被官朝仓孝景率兵进攻上御灵社。激战一日后，畠山政长被打败，仓皇逃出京都。
上御灵社之战，被认为是“应仁之乱”的第一场大规模战役。山名氏如此嚣张跋扈，公然动兵，并且掌握了幕府的实权，细川胜元又怎肯善罢甘休？他一方面与山名宗全虚与委蛇，暗中召集各方支持自己的兵马，陆续集结洛中，终于双方在当年五月展开了“洛北合战”。
室町政所花之御所，位于京都的北部，而山名宗全的宅邸在其正西。且说细川胜元、畠山政长、斯波义敏等人率兵占据花之御所，随即杀往山名府邸，山名宗全仓促应战，在宅邸东面设置了稳固的阵地。就兵力上来说，细川方占有绝对优势，他们一方面隔绝京都对外的各条道路，防备山名方的救援部队突入京都，一方面猛攻山名宅邸。
现在将军义政落到了细川胜元的手里，被迫下令要求山名宗全等人放下武器投降，斯波义廉军首先动摇，山名方节节后退。战至第二日，各自死伤无数，附近无数房屋毁于战火，双方被迫暂时休战，屯兵洛中，展开了长期对峙……
