这一道道障碍给想留在美国的国内访问学者造成了不少困难，也导致一部分人另辟蹊径，从加拿大等地重新申请学生签证。但樊纲认为，是否回国的决定因素并不在于这些障碍和可能付出的时间成本，而是在于更为复杂的深层次矛盾，这也造成了他在这一问题上的徘徊。
留在美国做什么，是首先要回答的一个问题。按照以往的经验，留在美国的学者多数在大学或者科研单位从事研究工作。美国的科研环境确实诱人，在哈佛这样的世界名校，你可以领略各个领域“明星大腕”的风采，不单是执著学术的大师，还包括政界要人、商界巨头，甚至于娱乐界的名旦花魁。一个名人聚集的地方同时也会是名人辈出的地方。在这里，光环人物失去了应有的神秘，你会感觉他们离你很近，你也可以成为他们。
30多岁才到美国的“异乡人”，必须考虑文化的融入问题，与你朝夕相处的人跟你有着不一样的童年，不一样的阅历，还有很多不同的生活背景，这个年龄选择留下，必然要承受一定的孤独。
不过，作为执著学术的科研人员，这些都不是太大的问题，改革开放以来，我国有大量科研人员移民海外，并且在相关领域作出了杰出贡献，可见这并不是樊纲所忧虑的重点。
作为一个“跨时代”的中国人，那个深埋在内心的矛盾核心其实是刻骨铭心的“中国情结”。
一个有着“上山下乡”经历，到二三十岁才得到读书机会的人，更有责任和热情，甚至于带有无奈与怨恨的冲动去打破那段不堪的回忆。尤其是作为一个经济学者，更期望倾己所学，从根本上纠正国家经济发展上的错误，将那种荒谬永远钉在历史的耻辱柱上，警醒后人。
之后一个偶然的事件，彻底消除了樊纲的犹豫，让他毅然回国。
有一次，樊纲开着车在街上闲逛，车里放着古典音乐，这个时候一个美国人对他听莫扎特的音乐表现出了极大的惊异。那一刻，美国人的态度深深刺痛了樊纲的民族自尊心，在一个听古典音乐都会被当成另类的国度，如何施展抱负？回到自己的祖国，可以有更为广阔的发展空间。
日后提起回国这个决定，樊纲略带幽默色彩地表示，唯一的遗憾就是没有拿到一个美国名校的学位。
1988年，回国的樊纲拿到中国社会科学院博士学位，同年进入该院经济研究所工作。社科院经济所是国内最高水平的经济研究机构，云集了一大批一流的经济学家。在于光远、张曙光、朱绍文等老一辈经济学者的熏陶、培养下，樊纲在经济学领域厚积薄发的优势日益凸显。
4．“京城四少”初露锋芒
上世纪80年代中后期，中国经济的一个显著特点就是短缺与价格管制，这也是经济改革初期的必然产物，这一状况一直持续到90年代中期才基本消失。
初出茅庐的樊纲凭借深厚的经济理论基础，研究了双轨经济制度下特权寻租而产生的“灰色交易”问题，从而提出了“灰市场理论”。在国家进行计划价格管制的前提下，由于物资紧缺，必然造成一部分人通过关系或走后门等方式购得国营商店的平价商品，而事实上，市场自由的那一部分价格是由供需决定的，短缺的必然结果是卖方议价能力更强，那些能通过旁门左道搞到稀缺物资的人就可以获得樊纲称之为“消费者剩余”的差价利润。在现实中，这种利润随着物资的紧缺程度成正比，即该物品越是紧缺，从计划市场倒到自由市场赚取的灰色收入就越多。
在意识形态束缚、封闭的社会环境下，这种观点的提出显得那样弥足珍贵。樊纲的“灰市场理论”也很好地解释了当时中国“倒爷”横行的混乱局面。
在学界很多人看来，1990年是中国经济学史上的一个重要转折点。以这一年为分水岭，中国涌现出了一大批优秀的青年经济学家。最具代表性的年轻经济学家就是包括樊纲在内的“京城四少”了。其他“三少”分别是清华大学的魏杰[ 魏杰，1952年生于西安，经济学博士。曾任中国人民大学经济系主任、教授、博士生导师，国家国有资产管理局研究所所长。现任清华大学经济管理学院教授、博导，企业战略与政策系系主任，清华大学中国经济研究中心主任。
]、北京大学的刘伟以及后来从商的北京视野信息咨询中心主要创始人钟朋荣[ 钟朋荣，北京视野咨询中心主任，兼任中央财经大学、中南财经大学等多所大学教授，裕兴电子、华立控股、武汉健民等公司的独立董事，兼任三九集团、茅台酒厂等20多家大型企业和地方政府的经济顾问。
]。
四人当中，樊纲以传播西方经济学的基础理论而闻名，1990年，他先后出版了《现代三大经济理论体系的比较与综合》和《公有制宏观经济理论大纲》（与张曙光等人合著）。
前者所谓的三大经济理论体系指的是新古典主义经济学、凯恩斯主义经济学以及当时在我国盛行的主流马克思主义经济学。该书系统地梳理了樊纲自接触经济学以来的理论框架，并且大胆地提出马克思主义经济学与西方经济学是相通的和相互联系的，不同的是马克思主义经济学掺杂了多个角度和侧面的规定性，但事实上所遵循的经济学的一些最基本的原理和法则并无二致。樊纲试图通过此书结束由于历史和政治等多重因素形成的将马克思主义经济学与西方经济学截然对立的局面。在当时意识形态浓厚的社会氛围之下，这些理论自然为守旧派所不容，樊纲在一些场合对当时固守的马克思主义经济模式也进行了批判，他表示在苏联模式的影响下，马克思主义经济学已经被糟蹋得失去了本来的面目，经济学者最应该做的不是固守那种错误，而是要以一种全新的眼光重新看待马克思主义经济学中优秀的理论组成。经济学是一个兼收并蓄的学科，只有海纳百川、取众家所长，才能取得更大的成就。
后者的出版为宏观经济学在国内的传播起到了重要的作用，书中系统介绍了宏观经济理论，经济体系是一个各种因素相互关联和发生作用的整体，不能单单从个人、政府、企业某一方面出发就得出结论，只有综合了各种因素的联系，进行宏观把握，才不至于“头疼医头、脚疼医脚”，为制定切实有效的宏观经济政策提供了正确的思路。
包括《灰市场理论》在内的三部作品在学界引起了极大反响。1991年，樊纲因其在《经济研究》1988年第8期上发表的论文《灰市场理论》获得第四届中国经济学的最高奖项——孙冶方经济科学奖[ 孙冶方经济科学奖，是为纪念我国卓越的经济学家孙冶方对经济科学的重大贡献，表彰和奖励对经济科学作出突出贡献的集体和个人，推动中国经济科学的繁荣和发展而设立的。孙冶方经济科学奖于1985年开始设立和评选，每两年评选、颁发一次，是迄今为止中国经济学界的最高奖。
]。
此外，《现代三大经济理论体系的比较与综合》被誉为中国大陆第一部对各种经济理论进行比较研究的专著，而《公有制宏观经济理论大纲》更是被冠以“中国经济学近50年发展史上具有标志性意义的专著”的美誉。一时间，樊纲在经济学界乃至社会各界声名鹊起，各种各样的荣誉也接踵而来。
1992年，樊纲破格晋升为中国社会科学院研究员，还被评为国家级有突出贡献的中青年专家；次年，他成为了社科院最年轻的博士生导师之一；这期间一直担任经济学杂志《经济研究》编辑部主任，1994年到1995年，任经济研究所副所长。现任中国经济体制改革研究会副会长、中国改革研究基金会秘书长、国民经济研究所所长。
除此之外，樊纲还在北京大学、南开大学、社科院等机构任教；2004年，樊纲被法国奥弗涅大学授予荣誉博士学位，同年还被《世界商业评论》评选为2004年度“中国最具影响力的10大经济学家”之一，并于2005年再度获得孙冶方经济科学奖；2005年，《南方人物周刊》将他评选为“中国魅力50人”之一；2004年及2008年，樊纲曾连续两度被英国《观点》（Prospect）杂志和美国《外交改策研究》（Foreign Policy）杂志评选为“全世界最受尊敬的100位公共知识分子”之一；2006年8月，樊纲就任新一届中国人民银行货币政策委员会委员，成为参与央行货币政策制定的学者型“平民专家”。
一连串称号和耀眼职务，使樊纲成为众人瞩目的焦点。自上世纪90年代开始，樊纲不断发表文章阐述对社会经济的看法，由于其一贯追求的中国经济学的独立“人格”，观点中不乏犀利之词，也因此引发了不少争议。
5．经济学家的道德
展现未来之前，不妨先回溯历史，探查事物发展的来龙去脉。
1776年，是不平凡的一年，这一年诞生了一个世界性超级大国——美国。而对经济学史来说，这也是对后世影响深远的一年，经济学之父亚当·斯密的《国民财富的性质和原因的研究》（即《国富论》）发表。这部划时代的著作，标志着自由贸易理论的诞生，经济学作为一门独立的学科门类诞生。
《国富论》一书中提出了两个重要概念。一个是“看不见的手”，强调自由市场的主动调节作用；另一个就是“理性人”的经济学假设，也就是我们通常所认为的“利己主义”的经济学分析前提。这两种观点引发的争论至今未熄，而后一种假设更是将经济学推上了冷血、缺乏人情味的道德批判席。
上世纪90年代，樊纲公然提出，经济学家就是“不讲道德”。如果经济学家去做本应哲学家、伦理学家、文学家、政治家、牧师等等在其职业领域内该去研究的道德问题，那就是“狗拿耗子”。一石激起千层浪，观点一经提出，樊纲就受到经济学界乃至社会各界的强烈批判，骂声一片。
樊纲的这个论断主要来自于他1998年初写的一篇文章《“不道德”的经济学》。在文章中，他强调经济学的分析固然离不开道德的约束，但是道德问题应该作为经济学研究的一种“外生变量”，与社会制度因素、文化因素等经济学体系以外的给定约束一样，如果非要把道德因素引入经济学体系的内部进行研究，只能是干扰了研究结论的客观公正性。
樊纲的经济学“道德中性论”立场鲜明，锋芒直指将道德关怀引入经济学研究的传统观点，因此备受诟病。
有些人从中华民族传统文化入手，以仁爱的道德关怀为出发点，痛斥樊纲不讲道德规范的经济学研究理念。而樊纲则认为，正是因为挥之不去的道德干扰，才导致种种道德问题；正是因为“同志式”的道德假设，才让我们判断经济行为时，总是以一种大公无私，甚至“圣人”标准对其进行要求；一旦期许的人选不是“圣人”，一切希望就会落空。
