来日无多，时间一天一天地快速过去。面对死亡，杨仁山内心坦然，一颗学佛的心灵，是无惧生死的。他留下遗嘱，丧事一切从简从快，不要尊礼守丧，紧要时大家都走，我在这儿跟着经房和经版，经版在哪儿我墓在哪儿，经版是不准动的。遗嘱录下后，他要两个儿子和弟子们签字遵守，然后托付各位弟子们，以后要多多关照他的几位孙子辈。弟子们都一口答应。后来杨步伟留学日本及回国在北京开办私人诊所，几位弟子们都兑现了诺言，帮忙出了力。
办完这件事后，杨仁山做了一个重要决定，召开“佛学研究会”的临时会议。日期定在一个星期后的十月八、九两日召开，内容是讨论维持保护刻经处的办法；报告刻经处托付三人之事，由会议追认，以示公意；杨仁山辞去会长一职，推选新的会长。
当时，“佛学研究会”的成员散处京、沪各地，要在一个星期后聚齐，确实很难。陈宜甫建议延期举行。杨仁山说：“日期不能迟，迟则不及矣。”陈宜甫虽不甚明白杨仁山这句话的确切含义，但师命不可违，他立即到邮局拍电报给各位会员。令人感到意外的是，到了十月七日傍晚，京、沪各地的会员全部如期到达南京。他们到刻经处拜访了杨仁山后，定于第二天下午二时在蒯若木的住宅碑亭巷开会。
五、斯人往矣
十月十八日这天上午，躺在病床上的杨仁山叫来陈宜甫，对会议的有关事项再次作了交代，并让他作了记录。然后，叫他早点过去，布置会场，作会议前的各项准备。陈宜甫离开后，11点多钟，孙女杨步伟坐在床前陪伴着杨仁山。杨仁山说：“我病了这么久，都给你们拖累了。你到对面房里我的纱柜里睡睡去吧。”对面的套房里，睡柜的四面都安了铁纱门，平常夏天，杨仁山就在里面看书睡觉，又凉快又没有蚊子。杨步伟按爷爷的吩咐就到里面去睡了。
中午过后，杨仁山起身叫家人给他打水洗脚，剪指甲。洗脚的时候，他嘴里喃喃自语：“此时人当到齐矣。”过了一会儿他说：“此时已开议矣。”指甲剪完以后，他又说：“此时，刻经处事当议定矣。”说完脸上现出欢喜之色，对身边的人说：“余心放下，毫无挂碍，可以去矣。”
会议确如杨仁山所估计的那样正在进行着，但此时的杨仁山已经毫无挂碍，准备去矣，他要到西方极乐的世界里去了。他起身去小解了一次，然后，于平常打坐念佛的位置，面南而坐，身体端直，坐定以后，开始高声念佛。念了一段时间，他的眼睛渐渐地闭上，声音也渐低渐微了……
近代中国佛教复兴的一代大功臣，一生矢志不渝刻经流通的杨仁山于这渐低渐微的念佛声中，渐渐地瞑目西逝了。
杨仁山曾嘱咐子媳，说：“我之愿力，与弥陀愿力吻合，去时便去，毫无系累……尔等勿悲惨，一心念佛送我西去，如愿已足。”
现在，他真的是“去时便去，毫无系累”。睡在套房里的杨步伟听到二表姐在喊：“快来人啊！”她立即翻身起床，看到爷爷的头抬了两下，就没气了。家中的人将他身体轻轻放下，移到床上，按照他生前的嘱咐，一起跪拜念佛。
在蒯若木家的会场上，会议已经通过了若干项决议，并拟定了草案，准备会议结束后就送给杨仁山审阅。就在这时候，杨家来人，急速奔告：“老居士已西去矣。”闻听此语，在场会员竟不敢相信，皆为之惊愕，立即一起驰归刻经处。
杨仁山真的永远离他们而去了。
当天晚上，研究会的成员再次聚集在蒯若木家，讨论决定成立金陵刻经处董事会，推选梅光羲、吴康伯、欧阳柱、狄楚青、叶子贞、梅光远、李证罡、王雷夏、李晓暾、蒯若木、濮伯欣等11人为董事。董事会成立后，立即召开会议，制订简章，按杨仁山生前的安排，规定三人各负专责：陈樨庵负责印刷流通，欧阳渐负责编校经典，陈宜甫负责外来交涉事项。事关全体者，三人共同处理决定。当时准备加余同伯为交际，但余同伯因搞革命活动，当夜即赶赴上海，故作罢。
至此，研究会完成了杨仁山所托付的大事，刻经处将按照董事会章程延续办下去。后继有人，杨仁山心愿已遂，他真的能安心而去了。
杨仁山的遗体于第二日午夜入殓。第二天早晨，抚摸他的身体，从头至足，仍然有常人的体温，脸色不变，肌肤细滑不冰。
六、经版所在遗体所在
“经版所在，即吾之遗体所在。”这是杨仁山遗言中的话，透出的意思是永远与刻经处在一起，永远守护刻经处。
杨仁山逝世后的第七年，安葬他遗体的墓塔建成，位置位于深柳堂后、经版房前，是一幢仿印度式样的建筑。从塔基到塔顶高815米，加塔台073米，总标高888米。六角形塔基面积144平方米。塔身像一只大钟扣在塔基上。前面大门上方为圆形，里面有一块水泥碑，高195米，宽097米，上刻一个大梵文吉祥花字，用蓝查体梵字唵、诃、义、摩、罗、婆、罗、耶八个字构成，表示命、心、资具、业、受生、解、愿、神力、法、智十种自在具足。下面从右至左写着“杨仁山之塔”五字。
现在，此塔是南京市的八塔之一。
深柳堂自杨仁山去世后，不再住人，堂中悬挂着杨仁山的遗像，作为凭吊场所，深柳堂后，开有一门，直通塔院，每年，门人弟子都要前来塔院凭吊祭祀。
杨仁山墓塔
墓塔周围建有围墙，围墙上开有花窗，后部的围墙上，镶有青石碑一块，上面刻有生前老友当代大儒沈曾植先生所写的塔铭，由著名书法家魏家骅用正楷所写。《塔铭》着重回顾了佛典在西土结集传入我国后，民间刻经流通的历史，上下两千年，除皇家敕令刻藏经典以外，民间僧众发愿刻经的只有隋朝的静琬，宋朝的冯楫、王求从，明朝的径山密公，晚清的杨仁山。总共只有五位。静琬刻经受命于南岳思大师，当时中国的佛教处在最兴旺的时期。宋朝冯、王两人刻经是处在禅宗最风行的时期。明朝的径山密公刻经则有憨山、紫柏、陆五台、冯开之等大师相助激扬。独杨仁山处在末法苍茫、宗风歇绝的时代，刻经弘法的艰难远远超过了前人，但杨仁山融刻经、讲学、研究于一体，诸事兼勇，毕生不倦，精诚磅礴。除此之处，中国佛教华严极盛于隋唐，天台宗中兴于南宋，净土宗普行于明末清初，而华严宗的贤首、法相宗的慈恩，他们的微言绝学等等，在中国早已失传。正是由于杨仁山的努力，才使这些辉煌的历史和经典重现光明，其作用和意义比前人又不知要高出多少倍了。
沈曾植所撰《塔铭》全文如下：
圣教之兴，以声为体。言语文字，三身五心，圣凡生佛，感应之道，莫切于斯。沈曾植佛宝绝思量，僧宝有隆替。宏济万类，传佛种性者，其法宝乎！其在西土，以结集为决择。灭后七日，迦叶、阿难为一结集于毕钵罗窟，而四含经定。后一百年，优波麴多为第二结集于毗舍离城，而五部律出。后三百年，协尊者为第三结集于弗楼沙国，而大、小二乘十二部三藏备。全四含五部之流，为六足，为婆沙。十二部立，而方等、瑜祗、般若、法华、华严、涅盘、大日，显密具焉。盖一度结集，即一度光明。于西土成事既然，其在东土，始以叙录为甄综，继以雕刻为宏布。自宋、辽、元、明爰暨我朝，敕刊经藏不具论，其人间僧俗发愿雕刻者，则隋静琬刻石于云居，宋冯楫、王求从锓木于闽东禅、浙思溪，明密藏刊方册于浙径山，而今时杨居士刊《辑要》兼刻全藏于金陵。上下千年，作者五人，甚难希有，卓哉！然静琬受付属于南岳思大师，冯、王生五宗、四家禅席风行之世，密公有憨山、紫柏、陆五台、冯开之相助激扬，独居士奋起于末法苍茫、宗风歇绝之会，以身任道，论师、法将、藏主、经坊，四事勇兼，毕生不倦，精诚旁薄。居士事盖视前人为倍难。景与响相承，因与果不二。以法运通塞验之，华严极盛于隋、唐，天台中兴于南宋，净土普行于明末国初，皆非刻经人所及见，而今者诸方竞进，贤首、嘉祥、慈恩之微言绝学，浸昌浸炽，金胎教令，朕兆萌芽，佛日光明，重昭坏劫，居士实亲见之，非创刻时所预期，则居士之效，视前人倍疾乎！居士于三学教典，搜集于藏外若干种，选择《大藏辑要》若干种，校刻大藏全经已成者若干卷。寓决择于甄综宏通之中，至精且当，又非前人比。呜呼盛已！经坊始在北极阁，后徙所居延龄巷宅中。治命舍宅为坊，建塔坊中以葬。诸子门人敬遵将事，昭其志也。居士名文会，字仁山，安徽池州府石埭人。其学以马鸣为理宗，以法藏为行愿，以贤首、莲池为本师，性相圆融，禅净徹证。所著书若干卷目。世系出处，在墓表不具书。居士示寂后七年，岁在戊午塔成，故人浙西寐叟为著铭。辞曰：
马鸣道统，前婆须密，后阏剌那。是宣法性，次第法相，逮阿僧伽。《摩诃衍论》，义该般若，识阿梨耶。南北两宗，文殊、弥勒，平等无差。洋洋道岸，信为舟楫，念极津涯。华严证信，弥陀证念，生佛陀家。有始有卒，以易以简，万荂一茄。五教五宗，摄之二论，自在开遮。《大宗地本》，师说不传，讲树无花。科叶义枝，先生创通，有圣冥加。回此法施，总持法宝，医世疾。万卷万德，万行所则，普贤愿嘉。十二部经，十二门智，文殊悦。此宰堵波，灵骨归存，昔讲堂些。满字之都，有音如雷，有气如霞。万岁不骞，或来瞻敬，福等唵嘛。
七、继往开来
第二天夜里，杨仁山遗体入殓，长子杨自新还没有回来。一般情况下，父亲故去，要等到长子回来见上一面以后，才能大殓。但杨家似乎一刻也等不得了。大家心照不宣，都明白：一场革命风暴就要来了。大家异口同声地说：钉上，快快加漆。10月10日的早上，杨仁山的棺材已经加漆封口，家人都穿上了丧服。这时杨自新才赶到家。他因未见上父亲一面，伤心异常，大哭不止。杨仁山孙子一辈的七八个人跪在灵柩前，哭得更伤心。因为祖父平常着实疼爱他们。杨步伟的同学林贯虹也前来穿上孝衣，像孙女一样守孝。屋子里人很多，还请来了一班和尚念经，到处都是一片乱哄哄的。这时候看门的老蔡进来告诉大家，对面巷子里督帅张勋公馆门口全是兵，说是已经得到消息，武昌的革命党已开始革命了，南京现在内外城门关闭，下令抓拿革命党，凡是没有辫子的除了和尚都要拿去当革命党处理，捉了去杀头。张勋心狠手辣，杀人是一点儿也不眨眼的。
大家听到这一消息，惊慌失措，杨步伟刚从日本回来的二哥，还有三哥、九弟，以及欧阳渐的儿子，这四个青年小伙子都于几天前剪了辫子，剃成光头。如果有兵来搜，他们肯定都要被捉拿，这可怎么办？人人都想出去看看外面的情况，但杨自新以一家之长的资格规定，谁也不许出门。杨步伟和林贯虹趁大家不注意的时候溜了出去。她们跑到花牌楼，看到一大堆人围在一起看墙上挂着的人头，说是杀的革命党。两人都大受惊吓，分头回家。回到家，杨步伟受到生父杨自新的严厉呵斥：谁叫你出去的？谁准你出的门？他一面呵斥杨自新，一面为几个剪了辫子的小子发愁。
后来，他还是想到一个办法，就是让这几个小伙子穿上和尚的僧袍逃出去。杨自新决定让家中的妇女和孩子全逃往上海租界，只留几个老年人守孝。就在杨仁山逝世后的第四日，张勋亲自到杨公馆来吊孝。他的夫人信佛，是天印庵的护法居士。他本人对杨仁山也极其尊敬，所以尽管情况紧急，公务繁忙，他还是抽空前来吊唁。等他磕过头后，杨自新出来谢礼，请求张勋，家中妇女孩子，还有三姑天印庵的几个小徒弟，也都是大户人家的小姐，都想一同到上海去躲避一阵，总督署后面的小车站能否上车？张勋一口答应，并派卫兵前来护送。于是杨家共有24人动身逃往上海。到车站的时候，火车还没到，就在这时，革命军已在进攻督署了，等车的人大乱，空中枪子乱飞，一颗子弹穿越一个人的耳朵，那人满脸是血，令人更加害怕。一会儿，车到了，还没停稳，大家就抢着往上跳。上了火车才稍感安全。送他们到车站的杨自超被杨步伟拽上了火车。杨步伟怕他回家时经过督署遭遇枪害，所以将其拉上车后，等车行到下关才让他下车回城里。
家中大多数人都逃往上海了，刻经处只剩下杨自新、杨自超、欧阳渐等几个年纪大的人留守下来，为杨仁山守孝，看护刻经处。12天后，南京城被革命党人拿下，全城挂上了国民革命军的旗帜。一个月后，杨家的人才从上海回到南京。
1912年，中华民国正式成立，临时大总统孙中山就职南京总统府，南京城内恢复了繁荣景象。刻经处内也像往日一样运作起来。按照杨仁山生前的安排，由陈宜甫、陈樨庵、欧阳渐三人共同主事。董事会的成员，多次开会研究，决定安葬杨仁山居士，为他建造墓塔。同时，按照杨仁山的遗愿，刻印《大藏辑要》中未完成的篇目。杨仁山居士墓塔于1918年完成。《大藏辑要》未完成的篇目分48愿，筹款24900元，刻至1922年此款告罄。
欧阳渐作为杨仁山的守业弟子，不负老师所托，自老师逝世后，长住刻经处，校勘经书，不问外事。他于1914年创设金陵刻经处研究部，1916年刻成《瑜伽师地论》后五十卷，并作长序。1918年，他商请沈曾植、陈三立、章太炎、梁启超、蔡元培等人，在研究部的基础上筹建支那内学院。1922年支那内学院正式成立，欧阳渐任院长，吕澂任教务长。求学者云集，呈一时之盛。欧阳渐主讲唯识，梁启超也前来听课，并执弟子礼。虽然时间很短梁启超就已离开，但他认为自己前来听课是“弘我无量”、“毕生受用不尽”。1925年秋，支那内学院设法相大学特科，专门培养唯识人才。1931年“九一八”事变后，欧阳渐写了大量文章，呼吁抗日救亡。1932年他亲自到上海，会晤当时任京、沪两地卫戍司令的弟子陈铭枢，鼓励他率十九路军奋起抗日。十九路军的英勇抗战迫使日军三易主帅。1937年，卢沟桥事变后，北平沦陷，居住在北平的陈三立忧愤绝食而死。消息传来，欧阳渐悲痛欲绝，作长联悼念挽志。12月13日日军占领南京，支那内学院迁往四川江津，继续讲学、刻经，并积极支持抗战事业。此时，欧阳渐提出“抗战到底，保家卫国”，强调“有钱出钱，有力出力，供给前方抗日救国，就是功德无量”。他主张改革佛教界的陋习，如提出废除在头顶烧戒疤的做法；修行的关键在于遵守戒律，光烧戒，不守律等于零等等。这一主张，现在已经成为现实。
1943年，欧阳渐因染风寒，高烧不退，不能复原，于2月23日逝世，享年73岁。同年的4月27日，国民政府特颁发褒奖令：“耆学欧阳渐，早岁精研性理，倡导良知，嗣以清季政俗衰颓，乃思以佛学拯世。民国以后，编刊内典，著述益宏。迩年避寇来川，感念时艰，激扬正义，志行老而弗衰。兹闻溘逝，良深轸惜，应予明令褒扬，并特给恤金一万元，以彰宿学，而示来兹。此令。”
太虚法师为他写挽诗曰：“胜军论后有斯文，公已追踪先哲。石埭门中空中座，我尤孤掌增哀。”
梅光羲为他写挽诗曰：“见性明心，道承深柳；著书立说，学继世亲。”
