郑经统率几乎全部水军渡海到厦门。这时耿精忠已率主力北上争夺江西和浙江，沿海一带几乎没有兵丁布防，郑经趁机在广东、福建沿海抢占地盘，抢占了原属耿精忠的泉州、漳州、汀州、兴化、邵武等府和属尚可喜镇守的潮州、惠州二府及广州所属一些州县，并将抢掠所获不断运往台湾。此情形对耿精忠而言无异于引狼入室，他极为恼怒，多次与郑经发生冲突。耿精忠也不再北上了，郑经更没执行吴三桂让他率舟师攻南京或天津的指令。叛乱各部各怀鬼胎，勾心斗角，反而使得康熙帝抓住了机会，急命康亲王杰书赴浙江猛攻耿精忠，并指示当时的福建总督朗廷佐利用耿、郑之间的矛盾，仍招抚郑经。康熙十五年（1676年）十月，当清军自浙江攻入福建，耿精忠两面受夹击，进退失据，他不得已投降清军，并与清军合兵一处来攻打郑经，结果只用几个月的时间，清军便收复福建各地，郑经只得又退守厦门等沿海岛屿。
如果说康熙帝在三藩乱前确实打算用和平手段统一海峡两岸，当三藩乱时他考虑更多的只能是如何对郑经加以安抚，使其不致增加麻烦。他的主要注意力是吴三桂，招抚任何反叛力量均是出于军事上的需要，是一种策略。康熙帝在康熙十六年（1677年）时，更关注的是广西、广东和湖广方面合围吴三桂，福建方面已交给康亲王杰书镇守。杰书虽有心彻底击败郑经，但是满洲八旗不习水战，虽厦门等岛屿近在咫尺，杰书也徒唤奈何。五月，他派遣佥事道朱麟、庄庆祚到厦门招抚郑经。郑经仍然坚持说，只有照朝鲜例，才能同意，并在回信中说：准备率一旅之师“向中原共逐鹿”。杰书见到郑经的狂妄之语，不禁大怒，便下令各府州县，备造战船，准备进剿。就在此时，漳州人蔡寅诈称“朱三太子”，聚众造反，数万人向南靖、长泰、同安等县发起攻击，声势很大，杰书出海的计划搁浅了。
这年秋天，杰书再派泉州知府张仲举、兴化知府卞永誉等再往厦门，说郑经如果退出沿海各岛，可以照郑经期望的“以朝鲜事例称臣纳贡”向皇帝题请。郑经的手下冯锡范却无理提出：清廷要想息兵安民，各守海岛，必须以漳、泉、惠、潮四府作为台湾的粮饷基地。杰书擅作主张，以为如果申明利害，郑经有退回台湾的可能，于是再派监生吴公鸿去厦门送信：提醒郑经要审时度势，不要太狂妄，“要地请饷”。结果冯锡范仍坚持：“苟以生民为念，边所海岛悉为我有，资给粮饷，则罢兵息民。”康亲王杰书虽放宽了招抚的条件，郑经的要求反而更加离谱。康熙帝是否接受杰书的让步尚未可知。至此，郑经的意向已昭然若揭。康熙十七年（1678年）正月，康亲王杰书向康熙帝报告说：“郑锦（即郑经）无降意。”康熙帝批示：“郑锦虽无降意，其附逆人民有革心向化者，大将军康亲王仍随宜招抚。”后来的事实证明，康熙帝的这一决策有很大的可行性，而推行这一策略的是杰书荐举的姚启圣，他后来成为福建总督。
姚启圣原为浙江会稽人，后隶籍汉军镶红旗。康熙二年（1663年）以举人出任广东香山（今中山县）知县。因有人参劾平南王尚可喜而受牵连被革职。三藩叛乱后，他投充到康亲王杰书门下，为他出谋划策，深受杰书的倚重，不久被杰书推荐为署福建布政使。当杰书与郑经和谈失败后，郑经突然袭击清军，派手下大将刘国轩于康熙十七年（1678年）二月初十率主力猛攻漳州，并围海澄（今龙海），清军措手不及，接连吃败仗。康亲王杰书认为时任总督的郎廷相指挥无能，便令郎廷相单骑入京，同时推荐姚启圣出任福建总督。康熙帝也以为郎廷相软弱无能而导致丧师失地，马上将其革职，批准了对姚启圣的提升。
五月初五日下午，九龙江口战船林立，鏖战近两个月的海澄攻防战激战正酣，外城正受到刘国轩军的猛烈攻击，姚启圣等清军满汉步卒却无能为力，只能在笔架山等处，扎下营寨固守。副都统穆赫林、陆路提督段应举自杀，海城总兵黄蓝下落不明。攻陷海澄后，刘国轩与另一郑军将领吴淑分兵北进，攻占同安，围泉州，并派部将先后攻占南安、安溪、惠安、永春、德化数县及长泰、漳平等地。
清军将领对福建形势的恶化和刘国轩的凶猛攻击都感到恐惧和不安，可姚启圣却暗暗高兴。他认为刘国轩不攻漳州，是“舍近图远，弃瑕攻坚”，他已无力攻下漳州了。当州县被攻占后，姚启圣更有了克敌的信心。他对部下说：“贼兵不过三万，虑其聚而势雄。今既得诸邑，必当分众把守。众分，则势弱；势弱，则破之易也。”果然，刘国轩很快就陷入困境。为了镇守各地，刘国轩在当地征兵驻防，但为防止这些士兵逃亡，他将新兵家属强行迁往台湾，结果惹得当地百姓怨声载道。加之泉州之久攻不下，郑军不停地向当地人民征派军需，人民的反抗情绪极浓。当康熙帝看到姚启圣的破敌之策后，他高兴地对群臣说：“闽督今得人，贼且平矣！”对他表示了充分的信任和支持。
至八月，泉州已被围近两个月，形势危急，姚启圣组织数路兵马增援泉州，刘国轩抵挡不住，二十三日撤围退往长泰死守，谁知耿精忠也指挥大军向郑军发起猛攻，郑军大败，奔逃到九龙江云英渡一带，因无船渡河，万余人被淹死。“旗帜盔甲，布幔辎重，弃满山野”。刘国轩在长泰失利后，率军队退到海澄一带，深壕高垒，坚守不出。姚启圣派人前往厦门招抚郑经，劝其“解甲释兵，纵数千万子弟尽还耕渔之乐；身享裂土分王之荣”。郑经表示他接受招抚的条件仍旧是驻守沿海岛屿，征饷四府，且“海澄为厦门门户，不肯让还”。姚启圣再派人议抚，郑经再度拒绝。姚启圣奏准康照帝，于康熙十八年（1679年）正月，将整个福建沿海的百姓再次内迁，或十里、或二十里，在近水险要之地添设炮台，稽查防范。
尽管如此，但郑军仍据着海澄，严重威胁着福建，这令姚启圣坐卧不安。这时一个投诚官员黄性震向他建议道：“倘能高位厚禄，收买人心，不用干戈，立可收其绩效。”姚启圣闻听之后大喜。因此，将漳州卫改为“修来馆”，由黄性震管理，招降郑军兵民、对来降的文武官员仍以原官职衔使用。兵民如头发全长者，每人赏银五十两；头发短者，每人赏银二十两。“愿入伍者，立拨在营，给以战饷；愿归农者，立送回籍，饬府县安插，不许豪强欺凌，宿怨报仇”。此政策推行后，由台湾等地来降的军民络绎不绝。仅康熙十七年（1678年）下半年到十八年（1679年）初，便招降郑军文武官员1600余名，士兵23700余人，郑经军中有不少的总兵级的高官都投降了清朝。这无疑使郑经对部下产生了不信任感，军中猜疑之风甚行，以致军心涣散，士气土崩瓦解。康熙十八年（1679年）五月，清军进行小规模出击，被刘国轩击败。康亲王杰书又自作主张派人与郑经议和，他同意郑经可照朝鲜事例，不剃发。但冯锡范仍加两项条件：把海澄留为往来公所；每年给台湾提供饷银六万两。杰书对此打算接受，但考虑到事关重大，不敢自作主张，经福州顺路到漳州见姚启圣征求意见。姚启圣见郑经仍是老一套论调，当即回绝说：“寸土属王，谁敢将版图封疆，轻议作公所？”并指明康熙帝从未作出允许这样处理的决定。但姚启圣已深知郑经不会投降，便加紧了招抚和瓦解郑军的工作，一面加速建造舰船，选拔熟悉水战的得力将领，准备收复海澄、金门、厦门等所有沿海岛屿。
当时，福建水师提督空缺，姚启圣反复衡量后认为唯有施琅能当此大任，于是他便向康熙帝举荐施琅做福建水师提督。康熙帝却并未同意。康熙先是任命镇江将军王之鼎为福建水师提督，以为他曾任漳浦总兵，熟悉福建的情况。可王之鼎由于不知水战，到任后一再请求辞职。于是康熙帝只得将他改调为四川提督，同时升湖广岳州总兵万正色为福建水师提督。万正色到福建后加紧督造战船，训练水军，准备同郑经的军队作战。
在清军调兵遣将的同时，郑军投诚者日见增多，到康熙十八年（1679年）十月，郑军中已是人心惶惶，“有识者知其将亡也”。十一月，郑军骁将吴淑在守城时，被城墙压死，郑经和刘国轩均认为这是不祥之兆。康熙十九年（1680年）二月，郑军得到情报：万正色自福州率清军水师进攻郑军。
郑经派林升为水师提督，率江胜、朱天贵等将带领水军北上抵御万正色；刘国轩则在陆上布置防御，对付姚启圣所率满、汉各路大军的进攻。郑经以为可以稳操胜券，结果林升所率水军在海坛与万正色稍有接仗，便找不到地方停船，一直退往金门料罗湾。这一下使郑经大为恐慌，而与此同时，清军正从陆上向郑军扑杀过来。郑经连令刘国轩退军。刘国轩接到退军令，只得将海澄等陆上防兵撤回。清军迅速地占领了失去了防守的据点。从二十五到二十七日仅3天，清军便占领了郑军经营的19个营寨以及海澄城。二十七日中午，厦门“全岛人民鼎沸，携男挈女，各自逃窜，莫能禁遏”。郑经见势不妙，急令撤回台湾。在内乱中，几个欲投诚献功的水军官员差点将郑经擒住。“其百姓无船可渡者，遍满海滩。号啕之声，与澎湃相和焉！甚至惨遭掳掠，情极赴水者，难以指数”。第二天，姚启圣率领清兵登上厦门，安抚百姓。接着朱天贵率文武官员600余人、精锐水师两万余人、战舰300艘在铜山投降了清军。到此，沿海诸岛平定。
郑经等只带了千余人逃窜，他无颜回台湾，在澎湖居留数日后，才被儿子接回。数年的闽海争夺，郑经以大败而归，损失了大量的军队。不久后，康熙帝终于平定三藩之乱，郑经不仅再也没有实力和机会反攻大陆，而且台湾岛内也发生了严重的危机，康熙帝收复台湾的日子已为时不远了。
由于郑经多次拒绝招降，康熙帝便积极进行武力攻取的准备。康熙十八年（1679年）正月，康熙恢复福建水师，调镇江将军伯王之鼎为福建水师提督。王之鼎以未经水战，海岛不熟，恐误封疆，有负朝廷为由，多次上疏请求朝廷免去其水师提督一职。因而，于同年四月改调王之鼎为四川提督，提升湖广岳州水师总兵官万正色为福建水师提督，统辖全闽水师营务，以专职掌。万正色，字中庵，福建晋江人，也系投诚之人，后改姓黄，驻防山东。由于在平叛战争中立有战功，任陕西云安镇左营游击。在朝天关一战中，击杀吴三桂叛军千余人。被困于盘龙山，万正色率众人杀出重围。敌人闻其勇猛而称他为“黄大刀”。出任山西平鲁卫参将时，他又改回万姓。后调任湖广岳州水师总兵官，在洞庭湖荡平贼寇，功劳颇大。康熙帝见湖广战场收复岳州后，水师并非急需，于是将万正色调往福建任水师提督，准带岳州全部鸟船和水手，并从江南、浙江“选战舰百艘携往”，以加强福建水师；又调拨1.4万人充实水师实力，令将湖广所有西洋炮20具调拨福建，“用资剿御”。
万正色到任后，即积极筹备攻取金、厦，至康熙十九年（1680年）二月，万正色见时机已到，立即发兵进攻金厦等地。姚启圣见无法阻拦，积极予以策应。于是，遣将渡海，先克海坛，随后又攻占金门、厦门，并在铜山招降朱天贵。康熙帝认为，进剿金、厦事宜，系提督万正色首先题请，“自当从优议叙”，但总督姚启圣对此全力支持，“可仍著议叙”。
克取金、厦，澄清沿海之后，康熙帝立即于十九年（1680年）四月底派兵部侍郎温代前往福建，会同尚书介山、侍郎吴努春及总督、巡抚、提督等，就福建沿海设防及撤兵事宜进行商讨。经过反复商议，至八月初四，康熙决定在福建只留二千满洲兵，由将军喇哈达统辖，分别防守福州、漳州，其余2400余名全部撤回北京。福建留驻五千绿营兵，分设五营，抚标下辖1500名兵丁，分设二营。至通省防守兵，照原来的定制留5.1万余人，将其余的1.9万人全部裁撤。水师留2万人，裁撤5000人。提督驻镇海澄，其铜山、厦门诸处，分设总兵官、副将镇守。次日，康熙谕令兵部：“台湾、澎湖，暂停进兵。令总督、巡抚等招抚贼寇。如有进取机宜，仍令明晰具奏。”
裁撤部分军队和“暂停进兵”，并不意味着放弃了台湾。当时尚之信已死，耿精忠已调离到北京，围剿云南叛军的大部队正在围攻云南，叛乱指日可灭。“三藩”问题基本解决，台湾问题摆到了康熙帝面前。裁撤军队可以减轻百姓的负担，使社会安定，兵精饷足，更有利于进取。这时的康熙已经十分成熟老练，在战事上绝不贸然行事，而是积极准备，捕捉有利战机，再定决战。
康熙二十年（1681年）四月，姚启圣先后接到台湾傅为霖、廖康方的密报，正月二十八日，郑经病故，其长子监国在三十日被杀死，年仅12岁的次子即位。傅于密信中指出：“主幼国虚，内乱必萌，内外交井，无不立溃，时乎不可失也。”廖于信中要求：“贼势必发生内乱，此时正有机可乘，速恳发兵，救民于水火。”姚启圣据此于五月十九日上疏要求，“会合水陆官兵，审机乘便直捣巢穴”。康熙于六月初七日与大学士等会议后，当即发布谕旨。
“郑锦（经）已死去，贼人必乱了阵脚，宜乘机规定澎湖、台湾。总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色等，其与将军喇哈达、侍郎吴努春，同心合力，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机。”这是康熙帝发出的进兵收复台湾的命令。
