燕王朱棣入京后，立即悬赏捉拿黄子澄、齐泰、方孝孺，铁铉等建文帝臣子数十人，并清宫三日，诛杀富人、女官以及内官无数，只留下一帮曾向他通风报信的太监。他又把建文帝母亲于懿文陵幽禁，杀掉建文帝3个兄弟。建文帝7岁的太子朱文奎于乱中“不知所终”，想必也是被他杀掉了。另一小儿子朱文圭当时才2岁，还在怀抱之中，朱棣先把这个小孩幽闭于广安宫，至明英宗时才放出，已经57岁，尚不能分辨马牛，完全被禁锢成一个白痴。
当明成祖还是燕王在北平准备起兵的时候，他的谋士姚广孝曾对他说：“方孝孺是天下‘读书种子’，绝不可杀。”朱棣派人扑灭皇宫大火后，首先做的就是召文学博士方孝孺来起草自己的继位诏书。方孝孺是建文帝的耿耿忠臣，身穿衰桎白衣火哭于阙下。朱棣召其入殿，方孝孺也不施礼，依旧嚎哭不已。朱棣劝说方孝孺：“我是效法周公辅佐成王啊。”方孝孺止住哭声，厉声反问：“成王安在？”“他自焚而死。”朱棣答道。方孝孺又问：“何不立成王之子？”朱棣回答：“国家需要一个成年的君主。”方孝孺咄咄逼人：“何不立成王之弟？”
朱棣不得已，亲自下殿走到方孝孺面前，苦笑着说：“这些都是朕的家事啊，先生你不要为这些事费神。”左右递过纸笔，朱棣说：“诏天下，非先生不可。”方孝孺夺过诏纸，在上乱批数字，掷笔于地，边哭边骂道：“死即死耳，诏不可草！”朱棣怒急，人声叫道：“怎能让你痛快一死，难道你不怕我诛你九族吗？”方孝孺大喝：“便诛十族又能怎样！”
此时，朱棣已皇位在座，顿呈残暴本性。他命卫士用大刀把方孝孺嘴唇割开，一直划裂到耳边。然后，命人逮捕其九族亲眷外加学生，凑成十族，共873人，依次碎剐杀戮于方孝孺面前。方孝孺忍泪不顾，最后被凌迟于聚宝门外，时年46岁。
建文帝兵部尚书铁铉被逮至京。朱棣坐于御座，铁铉背立殿庭，至死不转身面对朱棣。朱棣派人割掉铁铉耳鼻，在热锅中烧熟，然后硬塞入这位忠臣口中，问：“这肉甜吗？”铁铉厉声同答：“忠臣孝子之肉，为什么不甜！”于是朱棣下令寸磔铁铉，这位忠臣至死骂不绝口。怨恨之下，朱棣又把铁铉80多岁的父母投放海南做苦役，虐杀他两个十来岁的儿子，并把铁铉妻子杨氏和两个女儿投入教坊司充当妓女。
削藩的提倡者齐泰、黄子澄，也被凌迟处死，剿灭三族。
建文帝大理寺丞刘端彝官逃去，被抓入殿。朱棣问他说：“方孝孺是什么样的人？”刘端笑答：“是忠臣！”朱棣问：“你弃官而逃，还能算忠臣吗？”刘端回答说：“我活下来是为了将来能报仇！”朱棣狼性火发，命人用刀割去刘端耳鼻，狞笑着问满头血污的刘端：“你现在如此面目，还能算人吗？”刘端骂道：“我犹有忠臣孝子面目，九泉之下也有面目去见太祖皇帝！”朱棣狂怒，亲手用棍棒把刘端打死。
朱棣虐杀建文帝忠臣及其家属共一万多人。历史上所有的改朝换代，从未有这样屠杀对方官吏臣下的举动。因此，清初史家谷应秦这样叹道：“嗟乎！暴秦之法，罪止三族；强汉之律，不过五宗……世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至此乎！”直到22年后，朱棣儿子明仁宗朱高炽继位，才下诏赦免了建文忠臣们披罚为奴的亲属。
