事后，噶礼找到二位钦差，述说根由。他自认为贿考一事天衣无缝，查无实据，便矢口加以否认，并要求二位钦差高抬贵手，上天言好事，息事宁人。二位钦差虽然已经发现了噶礼受贿的蛛丝马迹，但徇于私情，既未予以彻查深究，也没有向康熙皇帝报告，决定隐匿这一重要案情。
而更令人遗憾和悲哀的是，两位钦差竟然于第二天夜里，
微服私访，来到张伯行府上进行“规劝”。
张鹏翮对张伯行说：“噶礼乃封疆大吏，触犯国法理应重处，与庶民同罪；但总督又是皇上倚重之臣，事情闹大了，怕皇上的面子过不去，我们也不好交代。况且，贿卖一事乃一面之词，虚实难辨，不如高抬贵手为好，息事宁人是上策。望就此打住，就地了结吧。”
赫寿也张开尊口，帮腔附和，劝道：“得饶人处且饶人啊。都在同朝为官人，何必结怨衔恨，自寻烦恼呢？”
然而，一身正气、深受康熙皇帝信赖的新任巡抚张伯行，却断然拒绝了两位钦差的一番“好意”。他直截了当，铮铮有声，当面回言：“钦差一向是清正廉明的贤臣，素有‘执法如山’之誉，怎么可以将私人恩怨凌驾于国家法度之上呢？办案怎么可以回避权臣，袒护罪犯，使天下无正义可伸张呢？如此姑息迁就，正邪不分，岂不上负天子之心，下失黎民之望吗？”张鹏翮与赫寿万万没想到，张伯行竟然会如此不给面子，他那刚直倔强的样子，毫无商量的余地，于是二位钦差衔但在张鹏翮与赫寿并未把张伯行放在眼里，他们认为终是斗不过噶礼的，又自恃身为钦差，掌有待枚，因此对他的意，怖天之案，江南士子的气愤自然会降温，张伯行的锐气也肯定会锐减，到那时再避重就轻，惩处几名涉案小官，便可以圆满结案，安然交差，瞒天过海了。主意已定，二人又装模作样，虚张声势，煞有介事地把科场去了。弊案料理了一番，障人耳目之后，竟然结伴南下，到福建游玩。正所谓“人情大于王法”，“将在外君命有所不受”，即使“贵为天子”的“明君”康熙，也会被蒙在鼓里，鞭长莫及。
再审一箭四雕
再说，自第一次庭审后，张伯行回归后衙，坐卧不安。特别是两位钦差屈身下驾，登门私访之后，更加心烦意乱。
家人张福见状，上前问明原因，然后说道：“老爷不必生气了。依小人看，这桩案子是深究不下去的，绝不会追到总督大人的头上。”
张伯行不得其解，问：“何以见得？”张福莞尔一笑，说：“难道老爷忘了？那张钦差与噶礼总督，可是未来的儿女亲家呀！是亲三分向嘛。”句话提醒了糊涂虫，张伯行点头，恍然大悟：“怪不得在今天的大市中，张鹏翮开始时态度十分明朗，对受贿的考官紧追不舍，分明一副大公无私的姿态。但当李奇供出噶礼受贿之事后，他的态度来了个二百八十度的大转弯，突然暧昧起来，竟然不分青红皂白，主观武断地草草收场。看来，这个案子的确不简单，难以查个水落石出了。”但是，想到康熙皇帝对自己的信赖和倚重，想到江南士子义愤填膺、渴望公正的情景，想到事发本辖区内，自己又刚履新职，背负朝廷重任，承载百姓厚望，他如坐针毯，心想：“为官不易，清名更难啊。但我决不能违心治事，留骂名于后世。”于是，他再也不想犹豫彷徨，便抖擞精神，挥毫运笔，连夜写下一道奏折，发往京城。
是年十二月二十七日，康熙皇帝在京城，接到了张伯行的这份奏折，阅后对江南科场案审理的情况一清二楚。他见张伯行据实禀报，仗义执言，对其忠心耿耿，刚正不阿，大为欣赏和感动。
但是，就在同一天，康熙皇帝也接到了噶礼的奏折，其中参劾张伯行犯有七大罪状，仅其中私刻书籍、谤诽朝政一条，就足够灭门之罪了。康熙皇帝对此本有点不大相信，但亲信李煦等人也曾密告过，张伯行确有刻书之举，这又令他不可不信。
“两封奏折，督、抚互参；一对重臣，势不两立。公也？私也？看来弊案重大，这可如何是好？”每临大事有静气的康熙皇帝，此时也陷于沉思为难之中。思来想去，此事事关大清的纲常王法和江山社稷，实在马虎不得。为了排除障碍，减少干扰，将弊案审个一明二白，他断然决定：张伯行和噶礼两人，自即日起全都加以回避，一律不得介入此案的审理。同时，立刻下达旨意，严令张鹏翮与赫寿二位钦差，将科场弊案和督抚互劾案，一并审理核查，迅速理清，他在谕示中特别强调指出：
必须要这三人当面对质清楚、查明余下的十五次金子的下落，才是结案的关键，在这一点上、要格外用心。
康熙皇帝不愧为“明君”、谕示可谓一语中的，抓住了弊案上报的确实结论。关键和要害。但圣旨发下了十多天后，却不见张鹏翮与赫寿。
其间，康熙皇帝却接连收到了江宁织造曹寅和苏州织造李煦的三道密札。一人都密报，在案审的过程中，又出现了新的情况，波澜迭起：李奇与陈天立到庭上对质时，陈天立供认，确实接到了李奇送来的十五锭黄金；但问到最后究竟交给谁了的时候、他却吞吞吐吐，始终不肯说出下落，但断然否认自己截留私吞。就在准备再次拷问的时候，陈天立却突然在狱中自缢身死、结果造成了死无对证的局面，贿金之事只好不了了之。
康熙皇帝看到这里，万万没有想到这个案子的审理竟然会如此之复杂曲折。他凭直觉判断：这里面的确错综复杂，幕后必有强权人物为梗作祟，其中噶礼最为可疑。几乎可以肯定地说，他接受了贿赂，甚至连陈天立的死，恐怕也有被其杀人灭口之嫌，但这些目前尚不能做出定论。于是，经过深思熟虑的康熙皇帝，当即又连发两道圣谕；道是，继续催促张鹏翮与赫寿，速将案件勘查的结果上报；另道是，密令安徽巡抚梁世勋，暗中查访证人，火速摘清陈天立的本来，张鹏翮与赫寿已经打好了如意算盘，将科考弊案拖处级报，避重就轻，瞒天过海。可是如今如意算盘不如意肩去。
康熙皇帝紧追不放，连着下了两道圣谕，催促结案。接到圣谕后，他俩再也不敢怠慢。一人心知肚明，认为：“噶礼是逃脱不了受贿的嫌疑的，但如果查究核实，如实禀报，将其定罪，虽然可以交代得过去，但自己恐怕也要承担办案不力、坐视要犯自杀的罪名了。这样倒恰好反证了张伯行是个清官，而自己倒成了昏庸之辈了。更何况，张伯行至今咄咄逼人，桀骜不驯，仍对此事紧追不放呢。”
思来掂去，他们觉得进退维谷，最后决定：对科场一案，按既定意见办理不变；对督抚互劾一事，各打五十大板；对督抚一人的处置，打一保一，解脱噶礼，革职张伯行。于是，他们据此拟就了一道奏折，里于皇上。
天下没有不透风的墙，纸里毕竟是包不住火的。两钦差上疏的消息，不久就传遍了扬州城内外。于是，江南士子舆论大哗，许多考生、市民再度蚁拥蜂攒，来到钦差行辕和巡抚衙门前。有人振臂高喊，强烈要求钦差彻查乡试弊案，公正处理；有人自发地张贴出歌颂巡抚张伯行秉公行事的歌谣，支持和声援巡抚大人；也有人受人唆使，为总督噶礼打抱不平，为其“无端遭诬”而呐喊。一时间，民众情绪对立，群情更加激昂。面对这种情况，两位钦差和两江总督以静制动，稳坐钓鱼船，因为这是他们预料之中的事。但巡抚张伯行却心急如焚，他按捺不住胸中的义愤，决心胃着得罪权贵、摘去顶戴花翎、发配边疆充军的风险，也要替江南百姓说几句公道话。于是，他再次泼墨挥毫，迅速写出一道端坐紫金城里的康熙皇帝，日理万机，心中老是惦念着南乡试舞弊案。几天之后，他几乎同时接到了四道有关这场薛案的奏折。
第一道，是两位钦差张鹏翻、赫寿的结案折，并呈请将张伯行革职。但见里面写道：镣天之案，政等事，都查无实据；而张伯行参劾噶礼受贿、出卖举人功名之抚互劾，江南大哗，照律应予革职。事，也属虚妄之谈。但张伯行心性多疑，无端参劾总督，造成督第二道，是安徽巡抚梁世勋的回折，呈告证人陈天立的真正死因，难以查明。折中奏道：奉命调查江南乡试受贿案的关键证人陈天立的死因，境困维艰，因为江南刑狱的官员，上自臬司，下至州县提点刑狱，几乎都是噶礼的亲信，消息封闭甚紧，难以确定究竟系自杀还是灭口。第三道，是苏州织造李煦的密札，报告钦差行踪和江南民情状况。札中奏道：张鹏翮、赫寿二人案情尚未查结，即已起身前往福建，但扬州民心未定，纷纷议论贿卖举人的情弊不曾全然明白，正在骚动之中。第四道，就是江南巡抚张伯行的本章，既告钦差，又告总鲁，说他们是一伙腐败的官吏，必须彻查严惩，措辞激烈，言之切切、忠心可鉴。其中写道：
科场舞弊，名声狼藉，大江南北，众目交注。噶礼仗势受贿卖官，民愤极大，若不按律严惩，江南民心何托？……望万岁要三思三思再三思。
心力交瘁的康熙皇帝，看着自己面前的这四道奏折、连同先前的七道加在一起，总共是十一份奏折，心中不禁感慨万千，浮想联翩，如同波涛汹涌，万马奔腾。
他将这些自相矛盾、意见相左的奏折，一一进行比较，脑子里对江南弊案的大概，已经有了一个清晰的大体轮廓，感到事情的确过于蹊跷和复杂。不过，他是一个有主见、有远见的人，善于从复杂纷纭的事物中，洞悉本质，抓住要害，从不被假象所迷惑。
他清楚地记得：四年前，自己巡视江南时，发现在此任职的张伯行，为政清廉能干，深浮众望，便当面提擢他为福建巡抚，并赐予“廉惠宣猷”的榜额。张伯行果然不负圣望，在福建政绩卓著，因而又被自己亲自点调江苏巡抚。他心里暗想；“这样的清官，今日我若顺听钦差之言，草率地将其革职，岂不赏罚不明、冷了天下忠臣的心吗？”梁世勋和李煦两人的奏折，内容令他焦灼不安，但他认为其反映的可能属于实情，说明了案中有案，审案有弊。同时，康熙皇帝对两位钦差的意见，实在不敢苟同。相反’倒觉得他们辜负了朕意，有辱使命，甚至有与噶礼等人沆瀣一气之嫌。于是，他当机立断，决定将所有的奏折都搁置起来，并即刻颁旨1撤销第二道圣谕，即刻结束张鹏翮与赫寿的钦差使命，户部尚书郎和伦、尚书朱延平为新任钦差、重新审理此案，徐天之案，此时，新任钦差再审此案、已是正南弊案事发一年后的夏新任钦差穆和伦与张廷抠，并非等闲之辈。他俩到了扬州之后，就一头儿进了案卷中、把这起江南乡试弊案搞了个透彻、可以说是明察秋毫，一清二楚。但可惜的是，他们在得知涉案人员与审案人员同流合污，所形成的政治势力是那样的庞大和紧密时，便望而生畏。他们虽然钦命在身，有皇帝做后盾，但不相信有谁敢于和能够撼动这个庞大的网络体系，甚至包括皇上的决心也值得怀疑，因此但求明哲保身，也不愿冒险去伸张那个正义。
这两个官场上的“老油子”、心里很清楚：“如果认真察理实情，不但要得罪噶礼，还要得罪两位前任钦差，以及一大批达官贵人。如果草草了结此案，又恐江南民怨难以平息，皇帝也不会答应，钦差将难交。”
“怎样才能四全其美，既不得罪总督噶礼，又不得罪前任钦差，还能平息民怨，更使皇上龙颜大悦呢？”二人绞尽脑汁，谋商良久，终于想出了个万全之策。
