首先，他们想方设法，弥补原先案卷里的破绽和不足，修补证据，转移证人，以开脱两江总督噶礼。例如，模糊陈天立和李奇有关行贿的口供和事实，取补狱吏证词，确认陈天立为自缢身死，并立即将证人李奇发配边疆充军。而对于张伯行，他们慑于其清高孤傲，担心其通天上告，便决定实施打压，以压保安，置其自身难保，挫其锐气，自行封口。接下来，他们虚张声势，大张旗鼓地公开审理案件，以广泛赢得民心。开审之后，两位新任钦差端坐大堂，威风凛凛，一连十儿天，将一批批相关人犯轮流提审，并招摇过市，造成一种彻查深究、破釜沉舟、严惩不贷、执法如山的浓厚气氛。这种障眼法，果然赢来了江南士子和百姓们的一片赞誉。
然后，他们将板子高高举起，然后又轻轻落下，既惩、又打、且保，各得其所，巧妙地以“新瓶装老酒”，维持原来的判决。
最后，二人再三合计，字斟句酌，写好再审的终结报告，密奏朝廷：
主考官左必蕃，犯纵客舞弊罪，予革职查办；副主考****、阅卷官王曰俞与方名，犯受贿罪，判斩立决；行贿考生程光奎、吴泌、徐宗轩、马士龙和席土干等，犯贿买考官、骗取功名罪，分别判绞杀或枷责。而总督噶礼，贿考查无实据，与弊案无干系！但审理不力，应受切责；巡抚张伯行，犯诬劾朝廷重臣罪，以革职处分。
穆和伦与张廷枢自鸣得意，认为这一审理结果十分高明，可谓一箭四雕，多全其美。乍一看，既严惩了作弊的主、副考官、阅卷官和考生，维护了大清的朝纲，为愤懑不平的举子们出了怨气，平息了紊乱的事态；又保护了两江总督噶礼，惩治了秉骜不驯的巡抚张伯行，而且保全了两位前任钦差张鹏翮与赫寿的面子，无疑是对康熙皇帝的一个最好的交代，也为自己日后在朝廷左右逢源奠定了基础。如此结案，谁能否认它的公允和正确呢？即使圣明的康熙皇帝，也不会看出什么破绽，挑出不满意的理由来。
会审八面玲珑
但是，穆和伦与张处怄的如意算盘，竟然打错了。再审的结果出来之后，那些参人作弊的人自不待言、认为咎由自取，天经地义。躁动的江南民情顿时偃旗息鼓，忿忿不平的生员们立刻风平浪静。总督噶礼先是出了二身冷汗，虽然落得一个无关痛痒的审案不力的“切责”，但毕竟躲过贿考这生死之劫，不免高兴得弹冠相庆。两位前任钦差得知后任钦差“换汤不换药”，维持其原审意见基本不变，更是求之不得，不胜欢喜。
然而，仗义执言、秉公行事的江南巡抚张伯行，再次遭到被参奏“革职”的处理。但无所畏惧、正气凛然的他，一眼看穿了穆和伦与张廷枢的庐山真面目，明白他们为一己不私而不惜践踏王法，丧失道德，玩弄欺君罔上的鬼把戏。于是，为了伸张正义，也为了洗刷自己的不白之冤，他宁死也决不趴下，毅然再次斗胆上书康熙皇帝。其中说道：
科场舞弊，只惩从犯，不惩首犯，难平江南人心；朝廷王法，不治枉法封疆大吏，此风若长，大清刑律将名存实亡。我伯行革职事小，然朝廷安危事大，请陛下再派贤臣重新审理。
数日后，伏案在紫金城乾清宫西暖阁的康熙皇帝、刚刚阅读完了穆和伦与张廷枢上奏的结案奏折，心中很是纳闷，惆怅本已。但见其审理的结果，与前任钦差基本相同，纯系“老黄历”。
不久，他又接到了张伯行最后寄来的那道奏折，立即过目相望，边看边点头，阅罢后勃然大怒，拍案吼道：“钦差的话不可倍，总督的话也不可信！惟有伯行的话可信，敢于直言，一针见血，切中要害，乃真忠臣也！”
善于洞察本质的康熙皇帝，努力克制自己，静下心来加以思考：“两道钦差，一样结果，弊案真相始终未能审得透彻，原因究竟何在啊？”
他心里很不爽，有点堵得慌，思忖再三：“看来，大清的朝纲萎靡不振，朝臣多有不忠，其中不乏欺君罔上、瞒天过海之徒，常此下去岂不要江山沦丧吗了朕不能听之任之，要亲抓此案，好让那些失职、渎职、不称职的昏官庸臣们得到清醒，接受警戒。”
于是，他果断地做出决定：即刻免去穆和伦与张廷枢的钦差职务；亲书一道圣谕，命将江南乡试案的全部案卷和奏章，调进京来，御览后再做定夺；同时，命将所有人犯一并押解进京，听候会审。其后，乾清宫西暖阁的烛光，彻夜不眠，整整亮了三个通宵。康熙皇帝在这里，废寝忘食，呕心沥血，把江南科场弊案中所有人犯的口供、全部佐证的材料，从头至尾，逐一阅览，看了一个遍。独具慧眼的康熙皇帝，很快从中发现了问题的破绽；泾县知县陈天立是在重镣监禁下自缢身死的，虽有补査的狱吏口供，但既无仵作（验尸人）的验尸佐证，又没有狱吏的死亡报告’死因显然不明不白。李奇是唯一一个活着的重要证人，却于再审期间充了军，发配到万里新疆去了，这太不合时宜了，
其余人的口供，虽然大体一致，但仔细观看分析，却有许多不妥之处。午多奏折，也前后不一致，自相矛盾，特别是总督噶礼参奏张伯行的奏折，也证据显然不实。而惟独张伯行的几封奏折，却始终如一，言之凿凿，有理有据，理直气壮。康熙皇帝阅罢之后，心里终于有了底细，对弊案的要害和关键已经心知肚明，决心一査到底。于是，他朱笔一挥，在案卷上批示道：
江南科场一案，督、抚互参，钦差寡断。然而是非曲直自有公断，即令九卿、詹事、科道共同会审的，澄清其中不明之处。
康熙皇帝踌躇满志，对会审一事充满了期待。他坚信，这次必定会有一个完满的结果，遂静下心来，乐观其成。
六部九卿的官员们，接到圣谕后闻风而动，立即做好会审的准备，不日即行开庭。
这已经是第三次审理了，其时离江南乡试弊案被揭露已近两周年了。而这次会审，是御批九卿会审，这在大清历史上是极其罕见的，谁也不敢怠慢。
在刑部的严厉催促下，所有的人犯早已递解进京。参加会审的六部九卿的大员们，也都通览了全部案卷，并把皇上的朱批背得滚瓜烂熟。但是，九卿大员们越看案卷，心里越是发愁。如果推翻原来的判决意见，无异于开罪了三位尚书、两位总督，这个打击面实在太大了，真是得罪不起啊！如果维持原判，皇上的朱批就等于一纸“白条”，弄不好惹得龙颜大怒，不是丢官，就得掉脑袋，风险太大了。这个御批的九卿会审，实在不好审的啊。会审开始了。刑部大堂里气势森严，堂上六部九卿大员坐了一大溜，堂下被审的人犯一个个魂不附体。
会审中，当审至陈天立之死时，有证据说，是因为看押他的狱卒喝醉了酒，昏睡不醒，致使案犯趁机解下腰带，自缢身亡。囗审官当堂判决：将误事的狱卒斩立决。当审至证人李奇时，有证据说，李奇已在押解新疆的途中，不意染病而死，现有当地县衙的死亡文书为证。这样一来，当审至噶礼受贿时，就没有了证人和证据，而没有证人证据的罪名是不能成立的。于是主审官当即宣布：依钦差原议，不再加以追究。其它科场弊案的涉案人员，事实已经清楚，或斩或绞或枷，都依照原审判决不变。至于江南督、抚互相参劾，皆乃捕风捉影，弄得民心不稳，政坛不安，理应一并革职。
会审完毕，六部九卿、詹事与科道们联名，将上述意见奏报康熙皇帝。他们认为，这个意见天然正确，不仅涉案人员本身无言以对，即使康熙皇帝也将无可挑剔。
天审一锤定音
可是，他们同样失算了。当九卿会审的奏折呈报到康熙皇帝的案头时，他万万没想到会是这样一种结果，心中失望至极。
这位威仪四方、明察秋毫的一代明君，手握着这本“活宝”式的会审杰作，不禁大为光火，捶案大声疾呼：“荒唐，太荒唐！做贼的和抓贼的一齐问罪，清廉的和贪赃的一齐革职，天理何在，国法何在？”愠怒的康熙皇帝心寒至极，苦涩极了，百感交集；“区区桩江南乡试弊案，审理得竟然如此之艰难，可见大清朝纲日袁。
一股势力在暗中涌动，如同一张无形的网正罗织在他的身旁，他产生了一种莫名之感，窝着一段无名之火，仿佛觉得有蒙蔽他的视野，搪塞他的指令，同他较着劲、向他示威施压。想到这里，他按捺不住心中的怒火，掌击龙案，仰天长啸：“这些欺君罔上的滑头，误国害民的饭桶1如此敷衍塞责，正郛不分，是非不明，大清江山社稷将何去何从？纲常法度如何振理一案而儆百官”扬维护？看来，朕只有亲自审理这个案子了。今儿，朕就是要他打定了主意，决定亲审这桩弊案。与此同时，他暗中派人核实了陈天立生前的真实口供，并提审狱吏，搞定了噶礼遣党羽马逸姿、李玉堂等人狱，现场逼迫陈天立自縊，杀人灭口的事实。
当一切准备就绪，成竹在胸时，他立即传旨，在乾清宫前重新开审，亲自主审并宣判。
满朝的文武大臣，遵旨一体同行，齐集乾清宫门前。御林军列队四周，把宫前广场围了个水泄不通。会场上既无旗幡，又无奏乐，一派肃杀之气。一场史无前例，由皇帝亲自主审的江南科考弊案，就在这里举行“天审”。
威风八面的康熙皇帝，面带怒容，健步走向乾清官门前的台阶上。他用犀利的目光，扫视了一下全场，振臂挥手，直面上巷，用低沉的声音，开口说道：“江南科场弊案，已经历时两年，审了个三上三下，可始终不能彻查明断。今儿由朕亲自来审。”他的声音不大，然而鄉地有声，阶下的文武大臣，一个个洗耳恭听。只见康熙皇帝手拿二份奏折，直指会审的六部九卿大员，突然声色俱厉地大声说道：“什么九卿会审！这就是你们所断的案子吗？”康熙言罢，把手一擎，将奏折狠狠地一摔，“啪”地一声落在地上，吓得六部九卿大员们蹙眉索额，一声不哼。
全场鸦雀无声。康熙皇帝用庄重而威严的神态，注视着阶下的每一个人，那气势好象能够生风遏云，目光能够透视每个人的五脏六腑、洞悉他们的心扉与灵魂。他略微停顿了下，缓和了一下口气，接着声音高亢，朗声宣示道：
区区一个江南科场案，两年三审，纷纷扬扬，结果竟是越审越乱，越理越荒唐，岂不贻笑大方！这怎能叫天下人折服？如何振我大清朝纲？
场江南科考弊案，已经让大清江山蒙羞。而更加令人遗憾、百思不得其解的是，朝廷的台阁重臣，居然惧怕贪官污吏，六部大卿竟然姑息养奸，昏聩懦弱的钦差大臣竟然徇情枉法，庇护为非作歹的封疆大吏，致使黑白颠倒，忠良含冤，奸佞狞笑，天理难平。真是岂有此理！你们不伸张正义，我来伸张；你们欺君罔上，我来替天行道。听旨；科场舞弊人员，一律依法处决，不得宽怠。总督噶礼，受贿并纵客舞弊，且飞扬跋扈，无中生有，参劾贤良，即行革职，送刑部处理。噶党马道姿、李玉堂为虎作伥，尽行剪除，革职下狱。巡抚张伯行，忠贞秉正，忠于职守，仗义执言，为民请命，正气凛然，忠君王而得民心，尽职守而护朝纲，继续留任，日后再行升赏。两任钦差失职，九卿大员失察，明哲保身，患得患失，着罚俸检讨，以观后效。
朕今日之宣告，乃最后结论。望一体周知，以儆效尤，，惊天之案，场江南科场弊案，先后历经两年四审，共计牵动达官贵人上百名，最后才由康熙皇帝亲自出马，天审-_锤定音。两天后，康熙皇帝的圣谕，发八百里加急，迅速传到江宁，布告天下百姓。人们奔走相告，无不喜笑颜开。
