春秋战国是传统中医药学的创立时期。当时学术思想活跃，产生许多哲学家和科技人才，也涌现不少医学家和医学著作。但春秋以前，医学是和巫术相联系的。周王室衰败后，人民对天帝的迷信观念开始动摇，巫医的影响才逐渐减弱。许多人逐渐注重以科学的观念来分析疾病产生的原因。比如子产说晋平公患病是由于饮食哀乐，晏婴说齐景公的病是纵欲所致，这均非神鬼使然，祈祷无用。扁鹊明确指出：“信巫不信医不治”。《吕氏春秋·尽数》载：“近世尚卜筮祷祠，故疾病愈盛”。这是对巫术的深刻批判，可惜仍旧有无数的后来人为巫术所害，轻则误病，重则丧命。
《诗经》提到40多种疾病和5100余种药用动植物；《山海经》记载38种疾病和120余种药用动植物和矿物。《管子·地水》和《吕氏春秋》对人体的五脏、六腑、肌肤、血脉、筋骨及其功能已有初步的认识。临床诊断上，逐渐形成“切脉”、“望色”、“听声”、“写（观）形”等中医的传统方法。这时期的人们也开始从季节变化、起居环境、饮食卫生和心理因素方面来研究病原，并由此产生丰富的预防疾病、保健养生的思想。《礼记》要求定期沐浴，穿着饮食要与季节的变化相适应；《吕氏春秋·古乐》提倡以舞蹈防病健身；《周礼》主张晚婚优生，严禁近亲结婚；诸子则多把保持恬静心态作为养生的方法。
正是随着医学的发展，各类医学著述也开始出现。长沙马王堆3号汉墓出土的春秋战国时期的帛书《五十二病方》是中国古代最早的医学文献。全书分52题，共1万余字。现存医方总数283个，用药达247种，提到的病名有103个，涉及内、外、妇、儿、五官各科疾病。书中处方讲究加减化裁，注意对症下药和药物的配伍，另外还记载有一些外治法，如药浴、烟熏、用酒消毒等。
当然，最著名的医学著作要数《万物》和《黄帝内经》。《万物》是发现于安徽阜阳双古堆西汉汝阴侯墓的竹简抄本。据学者考证，它的撰写时代，应该是战国初期或春秋时代，残简共计133支，共约1100字。《万物》所载药物种类，初步统计为71种，多数为日常生活中所能接触到的东西，这是药物早期发展阶段的重要特征。书中记录的许多药物功用，不仅与后世本草学相符，而且至今仍应用于临床医疗中。
《万物》关于药物几种原始的加工炮制方法如“煮”、“焙”已有描述。但对药物的采集、服法和禁忌的记载却极为缺乏。《万物》记载药物治疗的疾病有31种，包括内、外、五官、神经等各科，病症有寒热、烦心、心痛、气臾、鼓胀、瘘、痤、折、痿、痈、耳、惑、睡、梦噩、失眠、健忘等，这些名称皆流传于后世，为后人沿用。
《黄帝内经》简称《内经》，是中医学形成和发展奠基性的作品。它托名于黄帝，是中国现存最能全面总结秦汉以前医学成就的著作。《内经》的成书年代，至今尚无定论。从内容看，它主要反映的是战国时期医学理论水平，基本定稿时期应不晚于战国时期。
《内经》注重人体本身的整体性，肯定人与自然环境的密切关系。它运用阴阳五行学说，说明人体组织结构、生理、病理、疾病的发生发展规律和指导诊断与治疗，指出人体的阴阳平衡受到破坏就会生病，强调精神与社会因素对疾病的影响的预防，反对迷信鬼神。全书闪烁着自发的唯物观和朴素的辩证法思想。
《内经》关于脏腑和经络的论述已经比较系统和完整，提出“肺朝百脉”、“心主身之血脉”和“经脉流行不止，环周不休”，对人体心脏和血脉的关系和血液循环的描述基本是正确的。
公元前5世纪，扁鹊就已运用“切、望结合”的方法诊断疾病，《内经》对这种方法加以继承和发展。《内经》的诊方主要包括望、闻、问、切，这是后世中医“四诊法”的渊源。同时，《内经》记载的人体穴位有300多处，几乎所有的疾病都有针灸疗法，并对针灸治疗的规则、手法、禁忌均给予相应的论述。
《黄帝内经》是中医理论体系的源泉，它的著成标志着中国医学由经验医学上升为理论医学的新阶段，为战国以后的中国医学发展奠定理论基石，指引中医走上科学发展的道路，具有深远的影响。
