二十日，联军与日军激战了一整天，近傍晚时候，元军先后占领了博德湾、箱崎等地，日军被迫全军撤退，但联军坚决痛打落水狗。元军左副帅、作战指挥刘复亨杀红了眼，居然跳下马来，为了更好地追击。日本人见到一个穿着与其他人不同的人，猜测到很可能是个头，就试着向他射了一箭，结果刘将军中箭，联合军被迫停止追击。日本人才把逃命的步伐减慢。日军撤退后，没有来得及逃走的老幼妇女，被俘近一千五百余人，这些人都被联军总指挥下令全部杀掉。
晚上十分，受伤的左副帅刘复亨回到船上，联军总指挥蒙古人忻都召集其余将领讨论明天的军事行动。经过一天的战斗，联军，包括蒙古士兵都对日本武士的勇猛颇有惧意，这并非是可怕的，可怕的是，在这个岛上，到底还有多少这样的会武术的流氓。刘将军躺在床上做要死状，这更让总指挥丧失了些信心。作为前线最高指挥官，忻都失去了往日的英雄气概和智慧，他无法准确地判断出战争双方的形势。有人建议立即班师，忻都当即表示同意，并将所有士兵撤回船上，准备明天就回家。
遗憾的是，老天不想让他们回家。
就在这天晚上，博德湾出现了罕见的台风暴雨。加上不熟悉地形，联军停泊在博德湾口的舰队一片混乱，不是互相碰撞而翻，就是被大浪打沉；午夜后，台风渐停，但暴雨又降，加上漆黑一片，士兵们以为天崩地裂了，都纷纷跳船逃命，其实是送死。就这样，到了第二天早晨，联军死亡兵卒达一万三千五百人。
第二天一早，日军在大宰府水城列阵，但不见联军进攻，派出士兵侦察，才知博德海面已无船只，联合军撤退了。日本朝野对突如其来的台风赶走敌人十分惊喜，在全国范围内展开了大规模拜神的活动，称为“神风”。
事实上，忽必烈第一次发兵东征，主要意图就是通过武力威胁，迫使日本臣服，并不想占领日本。而总指挥忻都返回中国后为了保住自己的面子，就跟忽必烈说，蒙古兵已经攻入了日本，并且打败了他们。现在，是凯旋而归。
忽必烈相信了，1275年阴历二月，他派礼部侍郎杜世忠、兵部侍郎何文着等为招谕使到日本招降。但据说，两人一登陆日本就被扣留，几个月后即被斩首。
如果说忽必烈是茫然无知，那日本方面就是胆战心惊。
日本虽然击退了元军，但元军超级强大的战力使他们惊魂难定、前途未卜。很多人都认为，元军会卷土重来。于是日本举国上下掀起了祈祷运动——求神拜佛祈求保佑日本国。当时在位的龟山上皇写了许多“异国降伏”的字条到处粘贴，如同巫婆神汉之流拨事鬼道、弄巫术，求神鬼和菩萨保佑。朝廷还特请高僧主持做法事，一连搞了七天七夜。
天皇如此，军政首脑们自然也不能闲着。军事领袖真正的“将军”执权刺血写经，共写了《金刚经》和《圆觉经》两部，求佛祖拯救。至于普通老百姓，则见菩萨就拜，见佛就跪地磕头。
不过，除了这些精神上的抵抗和自卫外，日本人在现实中也没有闲着。首先是幕府改革了政治机构，利用战争的危机加强了中央对地方的控制，统一了军事指挥。另外就是修筑“元寇防垒”，仅在博德湾沿海，日本人就用石块修筑了一条高约二公尺、宽约三四公尺的“防垒”，即日本式的长城。
但该来的总会来，1279年，从日本逃回的高丽水手向上级报告了杜世忠等人的情况，忽必烈暴跳如雷，此时，南宋已被灭亡，忽必烈决定做第二次征日。
忽必烈命南宋降将范文虎去江南收集张世杰旧部及其它自愿从军者计十万人，战船三千五百艘，组成江南军，由范文虎统帅，从庆元（今浙江宁波）起航，跨海东征日本。另一方面，命洪茶丘至东北，招募沈阳、开原等地自愿从军者三千，归洪茶丘统领。那个一旦遇到特殊情况就丧失信心与智慧的前东征总指挥忻都仍统领蒙族军。考虑到高丽跟日本人的仇恨，忽必烈又任命高丽将领金方庆为征东都元帅，统帅高丽军一万、水手一万五千，战船九百艘，军粮十万石。三军合计近四万人，组成东路军，取道高丽东征日本。
军事部署完成后，忽必烈于至元十八年（公元1281年）正月，召集两路征东军统帅会议，并任命宿将阿刺罕为两路军总指挥。会议确定，两路军各自择日出发，于六月十五日至壹岐岛会师。同时，忽必烈命令各船携带农具，以备占领九州岛后做囤田之用。
从这件事就可以看出，忽必烈和他的蒙古军队并非是以杀人为业的，他能统一地球四分之三的陆地，还是具备了一定智慧的。
至元十八年（公元1281年）初，元世祖忽必烈征日军事部署已经基本完成，即将择日下令出征。恰值此时，高丽王上书朝廷称日本武士犯边。于是，忽必烈下令征日大军出发。五月三日，元军东路征日军进攻对马岛的世界村（上岛佐贺浦）、大明浦，守岛日军坚决不想活了，顽强抵抗，但他们被全部杀掉。元军占领对马岛后，大肆杀掠。二十六日，东路大军进入隐歧岛。元军占领隐歧岛后，理应按忽必烈在军议会上的指示，在此等待江南军。但是，蒙古人忻都自恃有上次战争的经验，且兵力多于上次，尤其是出于对于南宋降将蔑视的心态，恐怕江南军抢占首功，因而在没有对日军的防御措施进行侦察的情况下，贸然率军自隐歧岛出发，驶向博德湾。
他真是丢尽了蒙古人的脸，在遇到日军的顽强抵抗后，战斗持续到六月十三日仍旧不能进得半步。此时，正值盛夏十分，蔬菜和饮水供应都非常困难，内陆士兵长期在海上生活和战斗，不但疲惫不堪，还患上了各种疫病。在这种情况下，抢占博德湾的计划已难以实现。遂决定于六月十五日从志贺岛撤退，驶向壹岐岛，与江南军会师。
日本人占了地利，所以，就在七月二十七日元军准备撤到壹岐岛的途中，先头部队受到了日本水军的攻击。范文虎与忻都都想要先攻大宰府，结果两个人就像患了偏瘫一样，迟迟不展开反攻，只在海上飘荡。到了八月一日，海上一阵台风袭来，元军的厄运再次到来。
在此次台风袭击下，蒙古东路军损失三分之一，江南军损失一半，一些靠近海岸的士兵被日本人屠杀或溺死。也就是说，蒙古人第二次东征日本又以惨败而告终。
蒙古人东征的失败让忽必烈知道了一件事，这个世界上还真有自己的民族征服不了的国家。他经过各种资料的汇编与分析，得出一个结论。这个结论也是日本人最信奉的：日本有神风保佑，人间一切力量都不能左右日本。
今人都见识过台风的威力。我们现在已经无法知道当年那两次台风的级数，但有一点是可以肯定的，元军即使不遇上台风，攻下日本的难度也非常大。
首先是蒙古人的后勤根本无法与日本人相比。若论吃苦耐劳，当时的蒙古战士无人可敌，非常时期，他们可以靠吃生马肉，喝马血维持生命。蒙古人作战时机动性第一，一般只带很少的给养，士兵的吃穿问题主要通过掠夺战争地区的平民物质解决。可是在这两次东征战争中蒙古人偏偏无法发挥自己的特长，他们一直未能突入内地居民区，当然就不可能有平民供他们掠夺。
另外，在武器的装备上，日本人的武器也优于蒙古人。当时日本的冶炼和刀具制作技术世界一流，日本战刀的性能只有北印度和西亚出产的大马士革钢刀可以媲美。日本除了具有好钢之外，其战刀的优良性能还来自其独特的后期淬火工艺。日本刀制造成本低廉使得普通民兵都可拥有一把好刀，而蒙古军队使用的质量较差的镔铁刀，很多大刀在对砍时失去了利刃。在两次战争中的八年间隙期间，日本人似乎还改进了他们的弓箭，第二次蒙古人征日本时，他们发现日本人弓箭的射程和穿透力都有很大的提高，已经和蒙古强弓不相上下。
大概正是这两方面的因素使得蒙古人不可能占领日本，而两次台风更是让蒙古人雪上加霜。关于台风问题，有人提出，两次台风并没有达到摧毁蒙古海军所有军舰的级数。
现在考古发现，很多蒙古战舰龙骨上的铆钉过于密集，甚至有时在同一个地方有五六个铆钉。这说明，这些材料在造船时曾反复使用，而且很多龙骨本身质量就很低劣。
我们可以再回过头来，看看公元1274年正月，忽必烈命人建造的船只数量。首先是命令高丽王造舰900艘，其中大舰可载千石或四千石者300艘，由金方庆负责建造；拔都鲁轻疾舟（快速舰）300艘，汲水小船300艘，由洪茶丘负责建造，并规定于正月15日动工，限期完成。6月，900艘军舰完工。
这个期限，即使是在今天看来，也是相当紧张的。况且，当时，造船工业发达的中国江南及沿海地区尚未被忽必烈完全征服，部分地区仍在南宋军队的控制之下。而建造这些船只的高丽人的造船水平是相当落后的。所以，那些船只一遇到台风，就被雨打风吹去，是在所难免的。
忽必烈的二次征日虽然失败了，但他还不死心，《元史》记载说，“1283年，忽必烈命阿塔海为日本省丞相，与澈里帖木儿右丞、刘二拔都儿左丞，募兵造舟，欲复征日本”。忽必烈一边做军事准备，一边仍然不放弃外交战术，当年八月，派如智和尚与提举王君治前往日本，后遇台风而还。1284年忽必烈再次派如智和尚与参政王积翁出使日本，七月到达对马，但突生恐惧，调转船头逃回。
忽必烈第三次远征日本计划定于1286年。然而，由于大臣的劝阻，也由于江南福建等地汉人的有质量的起义，更由于在东南亚安南等地的失利，即所谓“宜置日本，专事交趾”的新计划，忽必烈无法两路同时兴师，于1286年正月下诏罢征，第三次远征日本就这样胎死腹中。此后，忽必烈感到自己身体不适，没有精力再来准备第三次征日，1294年病逝。忽必烈一死，远征日本的计划也束之高阁，根本无法实现。1298年，有人建议当时的皇帝元成宗征日。元成宗只好难为情地说：“今非其时，朕徐思之。”军事手段放弃了，外交途径总该用用，但再派使节的时候，谁也不敢去日本。第二年成宗好不容易派了一山等几个和尚随商船去日本，几个壮士一去兮不复返，史料用一句俏皮话说：“而日本人竟不至”。
为什么日本人这么牛，或者说，日本人凭什么不理强大的大元王朝？
日本之所以不理会忽必烈几次三番的威胁，就是因为它多年来继承“中华”正统的自信，日本早在奈良时代就接受了中国的“华夷之辨”的思想，养成了日本人的“小中华”意识。在幕府和武士的心中，元王朝不过是崛起于中国北方的一个蛮夷部落而已，虽然进了中国，但根本不能代表中国，自然就不能和受中华文明熏陶的日本可比。
另外，日本自五代以来，以公卿为中心的日本人就越来越自大，甚至有人以为日本文化上已经超越了中国。我们有理由相信，在当时的幕府将军和部分武士看来，蒙古不过是高丽、渤海国一类的“夷狄”，对蒙古有一种文化上蔑视和冒犯自尊的敌意。时至今日，论及日本人傲慢的根源怕要追溯至此。
还有一点，自日本平清盛以来，日本武人傲慢成性，自幕府开创以来他们一直傲视朝廷，何况外国？况且在1274年以前，日本镰仓幕府首脑北条时宗（1251~1284年）是年仅18岁的少年，初生牛犊不怕虎，还怕你一个蒙古蛮夷吗？
但是，18岁的年纪已经知道了什么是恐惧，北条时宗多次拒绝忽必烈的要求，恐怕还有有恃无恐的原因。
据说，1281年正月时，北条时宗去见当时的佛家宗师级人物祖元，这显然是让对方为其排忧解难来了。祖元是南宋末年从中国流亡到日本的中国禅师，非常勇敢。在雁荡山能仁寺的时候，元军士兵把刀架在他的脖子上，而他却泰然自若，口诵“乾坤无地卓孤筇，喜得人空法亦空，珍重大元三尺剑，电光影里斩春风”。这几句话让元兵慑服，作礼而去。1279年到日本后，北条时宗常执弟子之礼相待，可见其在日本人心目中的地位。
当祖元和尚见到北条时宗后，什么都不说，只是用笔写了三个字：“莫烦恼！”
北条时宗假装问：“莫烦恼何事？”
祖元回答：“春夏之间，博德扰骚，而一风才起，万舰扫荡。愿公不为虑也。”这段话是说，元军来的时候，正是台风起的时候。和尚根本没有未卜先知的本领，他之所以这样说，恐怕跟他到了日本后经常研究日本的气象有关。
但也有另外的说法，那就是日本现代禅学大师铃木大拙。他说，祖元和北条时宗见面时的情景是这样的：
时宗：“人皆谓怯弱乃一生之大敌，试问如何方能避之？”
祖元：“即断切此病来处。”
时宗：“此病来自何处？”
祖元：“即来自汝自身。”
时宗：“怯弱于诸病之中乃吾最憎之事，如何来自吾自身？”
祖元：“汝投弃自执为时宗之我，汝有何觉？当汝成此之时，再来会余。”
时宗：“如何能为之？”
祖元：“即断切汝一切妄念思虑。”
时宗：“如何能断切吾之种种虑念？”
于是，祖元书赠“莫烦恼”三个字给时宗，坚定其抗敌之志，增强其必胜之心。同时也表示要为时宗祈祷，希望西天的所有佛祖都能来保佑时宗和日本。
忽必烈第二次征日时，北条时宗得到元军渡过筑紫海面即将攻来的确切情报时，他又来找祖元，说：“吾生涯之一大事终已来临！”
祖元问：“如何是汝抗敌之策？”
北条时宗大起神威，狂吼一声：“喝！”这一吼，仿佛要喝退眼前云集的数十万元军。
祖元大为高兴，称赞道：“真狮子儿，能狮子吼。”
这大概就是北条时宗的勇气，靠着它，日本成功地击退了来自中国的敌军。
不过，精神的力量毕竟是有限的，前面我们说过，日本人在拜佛的同时也在修建长城，日本幕府早在第一次（1268年）接到元朝的牒文时就下令西国的守护和地头（即将军的家臣）准备防御。最后，元军第一次征日的失败也让日本人自信心爆满，幕府的将军们经历了那次真正的战争后，磨练了自己，升华了自己。所有的成功都不是偶然，正如忽必烈的两次失败，也不是偶然的。
