两星期后，丰臣秀吉下达对朝鲜全线进攻的命令，日军共十四万人。其中海军约三万余人，陆军分为左路军和右路军。登陆后采取的是钳形攻势。左路军四万九千人，以宇喜多秀家为主将，小西行长为先锋，沿宜宁、晋州一线，向全罗道挺进，意图攻取南原。右路军六万四千人，以毛利辉元为主将，以加藤清正为先锋，沿密阳、大丘一线，向全罗道挺进，意图攻取全州。根据战略计划，左右两路军在王京汉城会师，一举拿下汉城。
和第一次进攻朝鲜不同的是，明军早在1597年春就在朝鲜半岛守株待兔了。这次的主帅是南京兵部侍郎邢玠，兵力是辽、蓟、陕、川、浙陆军和福建、吴淞水师共计七万五千人。
日本左路军在小西行长的带领下，直奔南原。南原城驻守了三千明军和三千朝军，统率是明朝将领杨元。很明显，南原六千守军面对的是四万六千日军的疯狂进攻。由于此时各部明军还没有到位，日军攻势又猛，战区指挥官麻贵只好让这六千人成为炮灰。
1597年阴历八月十日，南原保卫战打响，六天后，南原失守，杨元和少量士兵逃出南原城。九月份，明军朝鲜战区司令杨镐来到汉城，带来了总司令邢玠的手谕，将杨元处决，以惩罚其逃跑的罪过。
杨元被处斩，使援朝军的其他将军们胆战心惊，再也不敢抱有逃跑的心思。几天后，援朝军和日本右路军加藤清正在稷山相遇，稷山阻击战开始。这是明军和日军在朝鲜半岛上规模最大的一次野战，明军的骑兵发挥了机动性和快速游动性的威力，像砍瓜切菜一样对着日军一通猛砍，日军大败。
自此，日军对北上的计划，小心谨慎起来。
又有好消息传来，朝鲜海军统帅李舜臣重新被启用，这位人类海军史上的伟大人物凭借剩下的十三艘战船和日本海军在大海上打起了游击。
为了彻底消灭李舜臣那可怜兮兮的的海军基地珍岛的朝鲜海军，1597年阴历九月十六日，日本海军主力一百三十艘战舰、两百艘运输舰自东向西扑向鸣梁海峡，过了鸣梁海峡，就是珍岛。但想过鸣梁海峡极不容易，该海峡航道狭窄，峡底暗礁重生，多暗流和漩涡，二十四小时之内有四次潮起潮落。只有在涨潮的时候军舰那样的船只才能进去，在潮落之前必须退出来。这是世界上最完美的地利，李舜臣抓住了这一地利，把自己的家底十三艘船全部开出了基地，吸引日军的主力进鸣梁海峡，日本海军真就中计了，几百艘船在狭窄的航道内打转，甚至互相开火，而朝鲜海军的十三艘战船抛下重锚，在海峡的西端成一字形排开对着日本军舰猛烈开火，就像是打靶一样。日本海军的厄运还没有结束，很快峡内潮流转变方向，几百艘日舰被海流冲击的七零八落，当他们撤退时，已是损失惨重，从此，日本海军再也不敢西进了。
十月份到来时，各路明军陆续抵达朝鲜战场，各部明军开始对日军进行全线反攻，日军无法抵挡，纷纷后撤，一直撤到南部沿海开始筑堡垒固守。小西行长部退守顺天，加藤清正部退守蔚山，主帅宇喜多秀家则待在釜山。
十一月初，明王朝兵部尚书邢玠带领一万兵马抵达汉城，计划攻击日军的主基地釜山。而欲攻釜山，必先拔除釜山的蔚山。邢玠用一天时间制定了夺取蔚山的作战计划。
1597年阴历十二月，蔚山攻坚战开始，进攻蔚山的中朝军队总计三万余人。明军分兵三路：左路由杨镐、李如梅率明军一万二千人，朝鲜军四千人，右路由麻贵、李芳春率明军一万一千人，朝鲜军三千人。左右路大军围攻据守蔚山的加藤清正。中路高策率明军一万一千人，一方面向南挺进，一方面采取打援战术，阻止小西行长部支援加藤清正。
显然，这是个颇为缜密而接地气的进攻计划。加藤清正得知明朝联军前来的消息后，立即领一万六千人在蔚山城和蔚山南部的岛山据险扎营，坐等联军。
蔚山战役从1597年阴历十二月二十二日开始，一直打到1598年正月初四，明军发动了不少于二十次的极高质量的进攻，但都被日军打退。据说，在最后一次进攻时，明军势如破竹，只剩下最后一道关卡，想不到就在这时，明军突然停了下来。原因是，杨镐命令游击茅国器割敌首级报功，致使阵脚稍乱，日军就趁着这一千载难逢的机会修补堡垒，安然度过难关。
几日后，宇喜多秀家领着五万援军抵达蔚山，杨镐不可能抵挡，只好撤退，蔚山战役以日军的惨胜而结束。
蔚山之战，明军士兵有七千人殉国，日军减员一万，其中战死六千，病死、饿死四千，明军在这场战斗中遭受到了重大挫折，朝鲜战事彻底进入相持阶段。
不过，明王朝可相持不起。1597年二月，明朝皇帝朱翊钧动员全国力量向朝鲜运送人员、装备、物资，六月，刘铤的一万川军来到朝鲜；七月，大明海军三百艘战舰和李舜臣的海军在古今岛会师，随即封锁济州海峡，并派出战舰前往对马与釜山之间巡逻。
日本此时没有任何后备资源，它的海上交通线已被切断，陆上交通也举步维艰。
明军雄起了，兵部侍郎邢玠制定了对日军二次攻击的计划。而就在邢玠制定计划期间，1597年阴历八月十八日，丰臣秀吉疫病而死，临终前留下了这样的诗句：随露珠凋零，随露珠消逝，此即吾身。大阪的往事，宛如梦中之梦。
丰臣秀吉一死，日本政界两位大佬德川家康和前田利家召开会议，决定从朝鲜撤兵。但当时不是说想撤就能撤的。在陆上，各路明军已经抵达朝鲜；在海上，明朝和朝鲜的海军停靠在朝鲜的西南海岸，如果日军仓促撤军就会被明军发现，那么，在对方的追击下，撤军可能就意味着被屠杀。
聪明的德川家康想了个主意，先是命令朝鲜东岸的日军去釜山集合，再等船回国，而西海岸的日军等东部日军撤离后，再去巨济岛集结，等船回国。至于丰臣秀吉逝世的事情，日本方面严格封锁消息，对外面，仍然摆出一副要与明军决战的架势。
其实，他摆不摆架势，邢玠的计划照常进行。1597年阴历九月，邢玠开始实施水陆齐头并进的计划，对沿海日军各处要塞同时形成压力，促使敌各处守军以及海路不能互相支援，使其全线崩溃。在陆上，明军分三路：东路军麻贵率联军三万，攻打据守蔚山的加藤清正部；西路军刘綎率联军二万余人，进攻顺天和釜山的小西行长部；中路军李如梅率军一万五千人，进攻盘踞泗州的岛津义弘部。海路则有邓子龙会同李舜臣的朝中联合舰队，截击日本海军。
各路军的进展都非常顺利，日本节节败退，只能龟缩在堡垒内顽强死守，没有一点还击能力。
但很快，日军坚固的堡垒就发挥了作用，东、中两路军止足不前，西路军在小西行长的高达的堡垒面前也是望洋兴叹，刘铤的军队在外围保持着持续不断的攻击，但无济于事。
海军方面也是成绩微小，十月刚来到，明军的这次攻势宣布结束。日本人因为顶住了明军的攻击，所以有心情和精力开始撤军了。十一月，日本大范围从海上撤军开始，但明朝和朝鲜的海军却给了他们当头一棒。
1598年阴历十一月十九日，中朝海军和日本运送士兵回国的海军相遇，露梁海战爆发。经过十二个时辰的激烈海战，日军大部分船只被击毁、击沉，但李舜臣和邓子龙也在这场海战中壮烈殉国。
在陆上，刘铤歼灭了还未撤退的日本士兵二千多人，整个朝鲜半岛现在再也没有一个日本兵。由此，历时七年的抗倭援朝战争真正结束。
整场战争中明军阵亡二万八千人，朝军阵亡五万人，日军阵亡八万人，另外，日军冻死、饿死、病死、投降者、逃跑者有两万人。
1599年阴历四月，援朝军在邢玠的率领下开始回国，朝鲜国王宣宗和文武大臣还有百姓一直送他们到平壤。
他们带回来了61名日本俘虏，中国皇帝朱翊钧在午门举行授倭俘仪式，中官念完诏示后，将这61名日军俘虏押往西市斩首。
这就是那场虽未惊心动魄，但却足以让中国人铭记于心的万历朝鲜战争。
