正月十二日，小西行长兵败平壤的消息传到了京城，侵朝总司令宇喜多秀家急忙召开作战会议，有人建议在开城跟明军决战，宇喜多秀家则认为应该在汉城跟明军进行决战，因为汉城是侵朝日军的大本营，一旦失败，易于撤退。但是如果把决战战场选在汉城，那就必须把主力调到临津江以北，粮草问题可就是大问题了，而且后方还会被朝鲜义军骚扰攻占，这样一来就是腹背受敌。更为关键的是，宇喜多秀家认为，李如松也不可能和他们决战，因为李如松的人太少了。
李如松虽然不想和日军决战，但南进速度却异常迅猛，1593年正月十八日，李如松收复开城，二十五日，推进到坡州。在坡州军事会议上，李如松左右为难，有人认为应该马不停蹄的追击日军，而有人则认为，如果追击势必追到汉城，日军主力全在那里，他们人多，我们人少，应该谨慎。李如松最终拿出了个不是主意的主意：命令辽东副总兵查大受带领副总兵祖承训、参将李宁引三千精锐骑兵到王京附近探听日军消息，并千叮咛万嘱咐查大受，绝不许和日军交火。
但战争却是两方面的事，不是你想怎样就能怎样的。1593年正月二十六日早上，查大受的部队吃完早饭，继续向汉城进发，日本方面得到消息后也派出一支两万人的步兵出了汉城，迎击查大受。二十六日中午，日本先头部队五百人在砺石岭和查大受的部队迎头相撞，双方立刻展开激战，结果，日军五百人全部被歼。
查大受信心爆满，一面把战况派人报告给李如松，一面带人急行军，决定一举歼灭日军出来的主力。李如松得到报告后，心绪不宁，他好像预感到查大受要出事，所以就领着一千骑兵快马加鞭去追赶查大受。
查大受向来是雷厉风行的人物，所以李如松没有追上。当查大受和祖承训的队伍行进到距离汉城三十里的碧蹄馆时，不幸发生了。
查大受的三千人遭到了日本方面一万军队的包围，由于大家见面时已经是近距离接触，所以明军的火炮和日军的火绳枪具备相等的威力，大家乱哄哄的互相射击，惨叫声、枪弹的爆炸声、战马的嘶鸣声混合在一起。直到傍晚，查大受和祖承训顶住了日军的围攻，李如松领着他的一千骑兵赶来，一抵达，就进入战场。日军打的很辛苦，明军打的很狼狈。战斗进行到最激烈程度时，有一行动迅速的金甲日军将领拍马直取李如松，李如松力战不支，副将李有升上前护主，被那位金甲将领打下马来，一拥而上的日军士兵将其砍作数段。紧要关头金甲倭将被李如松的兄弟李如梅一箭射于马下，李如松这才逃脱升天。
最后，明军左路军指挥杨元率几百名援兵杀到，出其不意的从战场北面撕开一个口子，李如松等人迅速和杨元一起从北面突出重围，依靠骑兵的速度，才甩掉了追赶的日军。
碧蹄馆一役，明军伤亡三千多人，也就是说，查大受带去的骑兵主力全部殉国，虽然日军阵亡七千人，要远多于明军，但在李如松看来，这就是一次失败。
碧蹄馆之战后不久，李如松出奇兵点燃了日军在龙山的粮仓。如此一来，汉城的十几万日军顿时陷入困境。但李如松也不能再集中力量对汉城发动总攻，明朝皇帝朱翊钧得知朝鲜战况后，要兵部侍郎宋应昌和日本议和。
宋应昌抓耳挠腮，想到了沈惟敬，认为此人是不二人选。于是，沈惟敬第二次以明朝谈判大使的身份来到汉城和小西行长谈了起来。二人先是互诉了衷肠，然后又谈了谈生意上的心得，1593年阴历三月十五日，沈惟敬与小西行长达成了四点协议：第一、明朝派使节去名护屋会见丰臣秀吉。第二、明军撤出朝鲜。第三、日军从汉城撤军。第四、日本应交还之前俘虏的朝鲜二王子及其官吏。
小西行长当即同意。四月十八日，日军全部撤离汉城。李如松第二天接收汉城，至此，除全罗和庆尚二道部分沿海地区还被日军占领外，朝鲜其余各地全部光复。
1593年阴历五月八日，沈惟敬使团到达名护屋，和丰臣秀吉见了面。丰臣秀吉要小西行长告诉沈惟敬，大明想要和日本保持永久和平，必须答应如下七个条件：
1、把明朝的公主嫁给日本天皇；
2、发展勘合贸易；
3、明日两国武官永誓盟好；
4、京城及四道归还朝鲜，另外四道割让于日本；
5、朝鲜送一王子至日作为人质；
6、交还所俘虏的朝鲜国二王子及其他朝鲜官吏；
7、朝鲜大臣永誓不叛日本。
稍对东亚历史有所了解的人就知道，这七项条件是丰臣秀吉在自作多情。古代东方只奉行以中国皇帝为中心的朝贡体系，日本的天皇连根葱都算不上，况且，朱明王朝的公主只嫁平民，从不嫁外藩。
和沈惟敬同行的政府官员谢用锌、徐一贯听了沈惟敬的翻译后，大摇其头，但沈惟敬却说，这些条件不是咱们可以决定的，还是让日本派使者到北京去跟大家伙们谈吧。于是，丰臣秀吉派了谈判代表内藤如安与明朝使团一道来了北京。
内藤如安到北京后就被兵部尚书石星约见。石星两眼看天，口气生冷地说：“你们提的几点要求都是扯淡，若想和谈，尔国必须做到以下几点：一，你们在朝鲜驻扎的五千兵马必须限期撤出朝鲜（在李如松的严厉斥责下，丰臣秀吉撤走了在朝鲜的主力，1594年阴历四月份，日军只留下五千军队驻扎在釜山），你们的军队不允许在对马岛驻扎；二，封丰臣秀吉为日本王，不许入贡；三，你国必须立誓，永不侵犯朝鲜。”
内藤如安听了这番话，冷汗直冒，特别是看到石星那副倨傲的态度，他那时才知道什么是天朝上国，什么才是天下共主。不知道是他被吓破胆了，还是沈惟敬的斡旋发生了作用，几天后，他居然魂不守舍地答应了这三点要求。
1596年阴历八月末，明朝使者李宗诚、杨方亨带着印信、诏书、袍服前往日本册封丰臣秀吉为日本王。
九月三日，丰臣秀吉接见了李宗诚、杨方亨，并且穿戴上了明朝赏赐给他的亲王衣冠。丰臣秀吉穿上华美的衣冠后原地秀了一圈，众人齐声叫好，但实际上，丰臣秀吉身材瘦小，衣服宽大，很有点沐猴而冠的意思。
接着，就是让懂汉语的人为其用日语宣读明朝的册封诏书。诏书内容是这样的：
“奉天承运，皇帝制曰：圣仁广运，凡天覆地载，莫不尊亲帝命。溥将暨海隅日出，罔不率俾。昔我皇祖，诞育多方。龟纽龙章，远赐扶桑之域；贞珉大篆，荣施镇国之山。嗣以海波之扬，偶致风占之隔。当茲盛际，宜讃彜章，咨尔丰臣平秀吉，崛起海邦，知尊中国。西驰一介之使，欣慕來同。北叩万里之关，肯求内附。情既坚于恭順，恩可靳于柔怀。兹特封尔为日本国王，赐之诰命……”
丰臣秀吉听到这里暴跳如雷，抢过诏书摔到地上，说：“不是明帝乞和封我为大明皇帝吗？日本国，我欲王则王，何待明虏之封？”
李宗诚、杨方亨看到这位矮小的日本人有这样的反应，大惊失色，但丰臣秀吉没有杀他们，而是把他们驱逐出境。第二天，丰臣秀吉召开军事会议，决定第二次对朝鲜用兵。
鉴于第一次朝鲜战争中海军的失败，丰臣秀吉决定先把朝鲜海军解决。1597年阴历七月十五日，日本海军界大佬级人物九鬼嘉隆，率领庞大的改进的日本舰队对停泊在漆川岛（世济岛北端西）的朝鲜海军主力进行了偷袭，并且马到成功。朝鲜海军主力全军覆没。
