张居正死后改革废弃，社会矛盾加剧，统治阶级内部矛盾也越来越尖锐。纷繁复杂的党派纷争，就是其突出表现。
嘉靖朝有“大礼议”之争，最后以杨廷和的去职暂时告终。万历以后，类似的问题时有发生，而且争吵得更加激烈，直至形成了党派。
竞争的白热化是从“争国本”开始的。神宗的皇后没有儿子。王恭妃生下朱常洛的第四年，郑贵妃又生了一个叫朱常洵的皇子。当时，郑贵妃受宠，便在神宗面前求情，要求把自己的儿子立为皇嗣。神宗也有此意，但遭到了许多大臣的反对。他们说：“有嫡立嫡，无嫡立长，这是历朝的定制，怎么能凭着个人的好恶来决定呢？”他们联名上书，要求册立长子朱常洛为太子。神宗自然不会同意。为了立嗣之事，朝廷中整整争吵了15年。直到万历二十九年（公元1601年），朱常洛才入主东宫，被册立为皇嗣。在封建时代，统治阶级认为立嗣是天下之本，所以历史上把这场争吵称为“国本之争”或“争国本”。
在争吵过程中，吏部郎中、无锡名士顾宪成因力主册立朱常洛为太子，触怒了神宗皇帝，神宗于万历二十二年找了个理由免掉了他的官职。
顾回到无锡，邀约了一些志同道合的士人，修复东林书院，在里面收徒讲学，议论时政，品评人物，影响遍及四方，成了当时社会舆论的中心。反对派称他们为“东林党”。除此以外，还有一些以籍贯地缘为纽带形成的帮派，如“浙党”、“齐党”、“楚党”等。众多的帮派中，又以浙党的人数最多，势力最大，齐、楚诸党大都依附于它，摇旗呐喊。东林党人一般敢于仗义执言，不阿权贵，在时人眼里，成了真理和正义的象征，被誉为“正党”。
其他党人则专门与之作对，谁有权势，就倒向谁一边，即使是为一般人所不齿的宦官，也不惜卖身投靠，因而被人们称作“邪党”。平时，他们相互攻讦，各为其党；一旦当权，就拼命打击压制对方。比较起来，东林党人较得人心。他们执政时，一般能直言极谏，指斥时弊；在野时，也能清议朝政，引导正确舆论。他们反对神宗派出矿监税使搜刮民财的掠夺政策；有的人上疏公开指责神宗贪财好宝，不顾百姓死活。
“国本之争”了结后，著名的明末“三案”又发生了。所谓“三案”，即“梃击案”、“红丸案”和“移宫案”。这既是党争的产物，后来又成了党争的焦点。
万历四十三年（公元1615年）五月初四的傍晚，一个叫张差的人手持木棍，打伤守门的宦官，闯进太子朱常洛居住的慈庆宫大门，在前殿檐下被卫士抓住。浙派官员审讯结果，认为张差神经错乱，主张以“疯癫”定案，不予深究。不少大臣却不同意这一结论。他们有充分理由和证据，认定郑贵妃是这次事件的幕后策划人，其目的是杀害太子，让自己的儿子继立为皇嗣。神宗一向宠爱郑妃，不便深究，便下令将张差立即处死。他还当着大臣的面说：“谁要是再提这件事情，就是蓄意挑拨皇帝与太子的关系。”话说到了这个份儿上，群臣哪里还敢开口。
事情也就到此了结。这就是所谓的“梃击案”。
五年后，神宗病逝，太子朱常洛继位。他就是明光宗。光宗早年沉湎酒色，做了皇帝，更是肆无忌惮，很快摧毁了自己的健康，不几天便病倒了。用了御医崔文升的药后，腹泻不止，病情反倒加重。鸿胪寺丞李可灼向光宗进献了两粒红丸，说是异人所赐的“仙丹”。光宗服用一粒后，先是喘息了一阵，后来逐渐平息，遂再服一粒，身体更觉舒泰了许多。可到了半夜，病情突然加重，并于次日清晨逝世。他总共只当了29天皇帝。
那时，浙党的方从哲位居首辅。在他的包庇下，不仅未下令追究此事，反而准备奖赏崔、李二人，致使群情激愤，舆论大哗。“正党”官员抓住这一把柄后，纷纷上疏弹劾。方从哲无奈，只好给崔、李二人以罚薪处分。这就是所谓的“红丸案”。为了这件事情，正邪两党又进行了长期的唇枪舌战。
早在光宗身居东宫时，就有两个宫女随侍左右，被称为东选侍和西选侍。其中以西选侍李氏最得太子宠幸。她是一个权势欲极强的女人，一心想爬上皇后宝座。光宗一死，美梦便随之泡汤。她仍然没有死心，妄图凭借抚养皇长子的政治优势独揽大权。朱由校当时只有16岁，还不能亲自主持政务。按照封建礼制，只有皇帝和皇后才有资格住在乾清宫内。李氏只是一名选侍，光宗死后，就应该搬出，让新皇帝住进来。
一些大臣，尤其是“正党”官员，在光宗去世的第二天，就奏请李氏移宫，遭到她的抵制。后经群臣力促，才勉强搬到了仁寿宫。与东林党人作对的官员，责备他们咄咄逼人，毫不顾念先帝恩宠过的女人，于是，两派又争吵起来。
皇长子朱由校即位，他就是明熹宗。熹宗接受了杨涟、左光斗等人的建议，写成一道谕旨，让内阁大臣传阅，历数了西选侍李氏的种种罪行。皇上表态，争吵才很快平息下来。这就是所谓的“移宫案”。
按照常理，这本不是一件不得了的大事情。可就是为了这件事情，后来的阉党与东林党人结下了不解的冤仇。
熹宗初年，东林党人得势掌权，但拿不出一套革新政治的具体方案，甚至也没能采取一些切实可行的措施，致使大太监魏忠贤乘机窃取了朝廷大权。
魏氏是河北人，二十多岁时净身入宫，改姓李氏，后来才恢复魏姓，并被神宗赐名忠贤。他凭着善于迎合人意和钻营献媚的本领，巴结上了当时宫中最有势力的太监魏朝、王安。魏、王二人被他拍得迷迷糊糊，成了为他宣功扬德的义务吹鼓手。后来他又和熹宗的乳母容氏拉上了关系。通过她的保荐，魏忠贤又得到了熹宗的宠幸。
熹宗本是一个贪玩的皇帝，对朝政不闻不问，对木工活却情有独钟，并亲自持斧操作，不知疲倦。除此以外，便是斗鸡斗狗，寻欢作乐。这就给权欲熏心的魏忠贤提供了窃取权力的机会。不久，他居然当上了秉笔太监。他目不识丁，如何当得了这个差事？自然是别的太监代他记录。自此以后，他便有了假借圣意发号施令的机会。天启三年（公元1623年），魏忠贤又掌管了东厂和锦衣卫，权力更加膨胀。
这时，一些与东林党人作对的朝廷大臣，看到魏阉权势逼人，不惜丧名辱节，纷纷投靠，形成了一个以魏忠贤为中心的权势显赫的阉宦政治集团。史称“阉党”。
阉党执政后，利用手中的权力以及东厂、锦衣卫等特务组织，或罗织罪名，或栽赃陷害，肆无忌惮地迫害东林党人和一切反对他们的官吏，制造了大量的冤假错案。
那时，魏忠贤的党羽遍及朝野，有所谓“五虎”、“五彪”、“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”之类的名目。这些人都是他用高官厚禄喂养的鹰犬。只要一声吆喝，他们就会嗥嗥直叫，向“猎物”发起攻击。
魏忠贤讲究气派，每次外出，仪仗随从多达万人，与皇帝不相上下。他的亲朋好友，大都享有高官厚禄，就连襁褓中的侄子，也被加封为太子太保和少师。
魏忠贤专横跋扈，胡作非为，也曾遭到一批正直的官员，特别是东林党人的弹劾。如左都副御史杨涟，就列举他24大罪状。开始他确实有些坐立不安，特别是听到“纵然千刀万剐，也不足惩治其罪恶”的措辞时，吓得汗流浃背，浑身哆嗦。
但由于熹宗的宠幸，又有容氏的保护，魏忠贤没有受到任何惩处。东林党人却因此倒了大霉。魏忠贤先后制造了迫害东林党人的“六君子之狱”和“七君子之狱”。至于罢官、贬黜者，更是不计其数。总之，凡是反对他或不愿为他所用的人，都一律加上结党营私、图谋不轨或把持朝政、结好东林党人等罪名，一一加以迫害。
昏庸的皇帝为了打击东林党人，竟下令毁坏天下一切书院，为魏忠贤立生祠。延安的生祠盖的是琉璃瓦，苏州生祠中的魏忠贤偶像是“金身冕旒”。凡进生祠不拜的，即处以死刑。魏忠贤所到之处，官民遮道伏首，还要口呼“九千岁”。有邀宠者，竟呼“九千九百岁”。更有趣的是，这个目不识丁的人，后来竟被奉为圣哲，将牌位抬入孔庙。皇帝每年春秋两季祀孔，也要向他的牌位行三跪九叩的大礼。
好景不长，熹宗只做了七年皇帝便去世了，死时23岁。他没有儿子，遗诏由五弟朱由检嗣立，改元崇祯。他就是明思宗。
魏忠贤没了靠山，先被贬谪凤阳，后来听说要重新定罪，便自缢身亡。
崇祯帝不是一个没有理想的皇帝。他即位后，勤于政事，注重节俭，起用了一批比较正直的官吏，力图扭转明朝颓败的局势。然而，他年轻气盛、刚愎自用，办事急于求成；又猜忌多疑，在政治和军事上造成一些重大失误。更重要的是，当时的明朝已经病入膏肓，药石莫及，即使朱由检使出浑身解数，也挽回不了它必然灭亡的命运。明王朝终于在农民起义军和满洲贵族的双重打击下彻底崩溃了。
