控制程序是内部控制的第三个要素。同其他两个要素一样，控制程序也是由为了合理保证公司目标的实现而建立的政策和程序组成的。控制程序可应用于某种交易（如销售），也可以广泛地加以应用，还可以融合应用于控制环境或会计系统的特定组成部分。控制程序可分为五类，以下说明这五类各自包括的特定控制程序，以及这些控制程序与会计报表认定的关系。
1.交易授权
交易授权程序的主要目的在于保证交易是管理人员在其授权范围内授权才产生的。授权有一般授权和特别授权之分。前者指授权处理一般性的交易，而后者则指授权处理非常规性交易事件，比如，重大资本支出和股票发行等。特别授权也可能用于超过一般授权限制的常规交易；比如，同意因情有可原的情况，对某个不符合一般信用的顾客赊销商品。管理当局对某项交易的“授权”和员工对交易批准是不同的。比如，信用部门的职员可以在管理人员授权的信用政策范围内，批准个别顾客赊购。交易授权程序通常对“存在或发生”认定，以及某些“估价或分摊”认定的控制风险有直接影响。交易有时是按授权价格执行，比如董事会可能授权按某一价格购买某子公司。
2.职责划分
这一类控制程序是指对某交易涉及的各项职责进行合理划分，使每一个人的工作能自动地检查另一个人或更多人的工作。职责划分的主要目的是为了预防和及时发现在执行所分配的职责时所产生的错误或舞弊行为。从控制的观点看，如某员工在履行其职责的正常过程中就可能发生错误或舞弊，并且内部控制又难以发现他的舞弊，那么可以认为这些职责是不相容的。对于不相容的职责必须实行职责划分。例如：
①某项交易的执行、
记录以及维护、保管相关的资产应该指派给不同的个人或部门，比如采购部门人员应负责签发采购单，会计部门应记录已收到的货物，仓库人员则应负责该货物的保管工作。在记录此项采购交易之前，会计人员应确定采购已经过授权，所订购的货物已实际收到。会计记录为明确存于仓库货物的受托责任提供了依据。
②某项交易执行包括的各个步骤应该指派给不同的个人或部门。比如，某制造公司在执行一项销售交易时，应将销售的授权、订货单的归档……货物的发运以及开账单给顾客等工作派给不同人员。
③某些会计工作的职责应划分。比如
……在手工会计系统中，应收账款的总账和顾客明细账应由不同的人来记录，而记录现金收入和支出的人员不应负责调节银行账户。
④在计算机信息系统（CIS）部门内，及CIS部门与使用部门之间应进行适当的职责划分。CIS系统的很多职能，比如系统分析、程序设计、电脑操作和数据控制应被分开。另外，CIS不应更正使用部门送交的数据资料，并且在组织上应独立于使用部门。
大公司和小公司执行“职责划分”控制程序是有些差别的。小公司由于员工的人数较少……实行职责划分往往要比大公司困难得多。但是在这些小公司里，业主通常积极参与经营活动，这样，业主可通过担任一些特定的工作来实现职责的合理划分。也有的业主通过对员工的工作进行严密的监督与复核，以弥补职责划分的不足。职责划分会影响三种认定的控制风险，比如：
①将资产保管同资产会计记录的掌管相分离，可以降低盗窃的风险，因为盗窃者将无法通过减少资产的记录来掩饰盗窃真相。
②将处理现金支出交易同调节银行账户分离，可以降低不记录支票付款的风险，因为在调节过程中可发现这种风险。
③付款凭单的批准同
支票签发相分离，可以降低支票书写出错的风险。
3.凭证与记录控制
凭证是证明交易发生和交易的价格、性质及条件的证据。常见的凭证有发票、支票、合同和工时记录等。凭证经过签名或者盖章，还可作为交易执行和记录职责的依据。预先编号的凭证对维持控制和确定职责是很有用的。预先编号有助于保证所有交易均已记录和没有交易被重复记录。在预先编号制度下，所有作废的凭证都必须妥善保存。凭证程序应能保证经营人员在执行交易时及时编制有关凭证。编妥的凭证应及早送交会计部门，以便记录交易，还应把已登账的凭证依序归档。记录包括职工工资记录、永续存货记录、已发出凭证，如销售发票和支票的每日汇总等。这种汇总资料可用来同相应的每日分录独立比较，以确定所有交易是否均已记录。科目表和会计程序手册也很重要。科目表能提供适当分类的依据，会计程序同会计部门及时处理凭证有关，会计程序手册包括对交易记录和过账的规定。
4.资产接触与记录使用
资产接触与记录使用主要是指限制接近资产和接近重要记录，以保证资产和记录的安全。保护资产和记录安全的最重要措施就是采用实物防护措施。
比如，将存货存入仓库以防偷窃。如果这一仓库由胜任的职工管理，还能够减少存货的残损……对货币、有价证券等资产的安全存放和使用防火安全装置等也是重要的实物安全保护控制程序。对凭证和记录也需要进行实物安全保护。重新建立丢失了或损坏了的记录，其成本昂贵，费时颇多。应收账款的主要档案如果被毁，其后果更不堪设想。为防止这些损失，支付一些成本用于复制记录和实施其他管理办法是值得的。同样道理，对保险单和应收票据等凭证，也应做好实物保护工作。为进一步保证准确、及时地记录会计信息，还可采用机械保护装置。在这方面，现金出纳机和其他自动数据处理设备都是有用的内部控制。
5.独立稽核
独立稽核是指验证由另一个人或部门执行的工作和验证所记录金额估价的正确性。独立稽核同很多认定相关。比如：
①人工计算稽核发票、工资计算表及存货汇总表的正确性。
②比较现有资产和有关记录，比如，银行存款余额调节表、零用现金盘点表及实物存货记录等。
③管理当局复核汇总账户余额详细情况的报告，如应收账款的账龄分析表。
应在什么时候采用什么方式进行独立稽核，视具体情况而定。人工计算稽核可以每日对所有交易或选出的交易进行，相反，资产与记录的比较和管理当局对报告的复核可定期（如每周或每月）进行。一些独立的检查，如备用金的盘点，应采取突击的方式，以免有关人员“粉饰”。
