原来，蔡承禧言泰山有祖宗御制碑，吕升卿勒石其上。京东西路转运使查报所勒非御制碑，乃已。王安石亦为升卿言：“昨拿碑本来，石文多残阙，当是古碑。”上亦道：“升卿无他，然古碑文何用镌勒，大抵后生不更事耳。”承禧又言升卿经学纰缪，不当教国子，且挟惠卿之势，崇建亲党，轻傲犯法，招权慢上等事。宰执进呈承禧劾升卿事。惠卿面上道：“承禧言升卿事连臣。”乞下升卿分析，遂谒告。
上遣冯宗道抚问，召赴中书。安石又亲诣惠卿第，道上意。惠卿于是上表求补外者再三，上皆遣中使封还，又入札子，上复令安石同王圭谕惠卿，而惠卿仍不起。上甚疑惑，乃召对，问：“无事而数求去，何也？”惠卿道：“臣自度不能，所以求去，无他，愿遂臣请。”上道：“卿参政事，上有首辅，天下事责不在卿一人，何必尔。”惠卿对道：“顷安石之去，一时乏人，所以受命不辞。安石复来，理当决去，蒙陛下宣谕再三，所以拖延至今。”上听后，甚为骇异，以为此语若出于同平章事之韩绛，尚不足怪，而竟出之身为副相之惠卿，乃错置其身位，不仅无视韩绛，且与安石不两立之意甚明。为探究竟，问求去是否因承禧劾升卿故，或以与安石议用人不合故，惠卿均否。上道：“然则安石之来，正宜协力，何以求去邪？”惠卿道：“安石再来，一切托疾不事事，与昔日异。其反复如此，不知欲以归咎何人？”上道：“安石何以至此？”惠卿道：“然必是再来，有不愿所见，故不安其位，盖缘臣在此也。朝廷事可以无臣，而不可无安石，此臣所以求去也。”上道：“安石必不忌卿。”惠卿道：“陛下初用安石，以其势孤臣助之，故每事易；今其助多，故事难成。今臣在朝廷所补者少，而所害者多，不若随臣去，陛下一听安石，天下之治可成也。”上道：“卿但参贰，责不尽在卿。”惠卿道：“此臣所以可去也。”上听得明白其不肯居安石下，欲迫上罢安石之意益明。上道：“终不令卿去，且至中书。”惠卿听此，以为上必留己，但仍佯作不知，顿首道：“臣不敢奉诏。”后数日，上语惠卿道：“累遣人趣卿就职，未见禀承。”惠卿道：“臣数违旨，不胜死罪，但臣在朝，有损无补，陛下厚恩虽不许避，臣自度恐难胜任。”上道：“无他事，何须求去如此之坚！”惠卿道：“臣去，则陛下一听安石。”上道：
“卿且就职。”惠卿道：“陛下数宣谕臣参贰，不识何也参加政事，莫是参知陛下之政事否？”上肃然道：“安石政事，即朕之政事。”惠卿乃无言，遂复就职。至此，上已了然惠卿之图谋，识破其人。
这年八月，韩绛固求罢，安石应绛求亦不复阻，于是诏以韩绛为礼部尚书，观文殿大学士，知许州，出入如二府议，大朝会缀中书门下班。绛将行，安石设家宴送别。绛道：“惠卿狼子之心已毕露无遗，但其错估事势。彼以为冯京去，绛亦去，王圭大好人，陈升之又以病罢枢密，与彼争领中书者惟兄一人耳，复以为兄年老多病不堪任事，且皇上屡恳留不许其去，必弃兄而相彼也。今绛去，彼将急攻兄，以速其谋。兄可拭目以待，但须预为之计。”安石道：“安石此次再相，不过为安朝廷而已，若遂愿即去，不遂愿亦去。书云多作孽必自毙，不须与之计较。”
果不出韩绛所料，惠卿先进札子与安石辩改经义事，因乞去位，继而又抖出前后与安石议论不合事，白上道：“吴充虽与安石小异，只是自固之计，岂敢违他，王圭绝好人，王韶又如此，臣若不与较，则天下事谁当辩之。”上听之益烦，因将军道：“闻升卿求安石进用，以为其有复相之功。”惠卿听此不觉一怔，发誓道：“升卿刚介自守，理必无之，可质诸神明。”上笑道：“此乃他人之言，非安石也。”惠卿又道安石听谗纳谮，每日只被吕嘉问、练亨甫几个围合了，其余人更下语言不得……上听后只是冷笑。
九月，御史中承邓绾言：“前秀州通判张若济知华亭县时，参知政事吕惠卿及其诸弟与之密熟，托张若济使县吏王利用借富民朱庠等六家钱四千余缗，于部内置田，王利用管勾催收租课，乞劾查。”于是，命司农寺主簿王古鞫秀州通判张若济赃罪以闻。原来若济在华亭受富民吴湘等银九百余两，及其通判秀州，大理寺承上官汲代知华亭，张若济疑上官汲在华亭发其奸，诬上官汲收付狱。汲妻高氏诣登闻院诉。会两浙提点刑狱卢秉亦按若济赃。若济资惠卿之舅、将作监主簿郑膺钱五万，使入京请求，又阴使人窃旧案牍焚之，匿其枉法罪，故夺三官勒停，送衡州编管。上官汲妻讼不已，中承邓绾受其诉，因劾惠卿与若济交结状。
事发第五日，吕惠卿奏道：“臣谒告家居，宰臣王安石遣堂吏赍御史中丞邓绾章示臣，言臣丁忧日与张若济交结贪浊事，已得旨送王古根究。臣今具邓绾条列所言事，乞赐看详，并下邓绾令具所借钱年月及交结密熟因依，对照臣在两浙州县年月，即诬罔自见。”于是，诏徐禧、冯宗道同王古根究以闻。惠卿方自辩，九月下旬，御史蔡承禧又劾吕惠卿奸邪不法二十一事，仅弄权私亲崇亲事，就涉及其父、其舅郑膺、其弟升卿、和卿、谅卿、规卿，其妻亲属方希觉、方希益、方通、方沃、方泽等十余人。真是一人升仙，鸡犬登天。其中亦举与张若济朋比为奸、胁借民财置田亩事。
神宗览邓绾、蔡承卿奏章，甚为震怒，深悔往昔惑于惠卿才华，而不察其奸。遂手诏惠卿道：“朕不次拔擢，俾与政机，乃不能以公忘私，为国司直，屈挠典刑，言者交攻，深骇朕听。可守本官知陈州。”
十月，吕惠卿罢参知政事。随后，王安石言：民苦于手实法，诸州县多请罢除，尤以知密州苏轼言之甚切；邓绾、曾布均有奏闻，以惠卿故拖延不决。上从安石言，遂诏罢手实法。
吕惠卿罢，朝廷方始清平。神宗以彗出轸，灾异数见，避殿、减膳、诏求直言，询政事之未协于民者。王安石率同列上疏言：“晋武帝五年，彗出轸，十年，又出孛，而其在位一十八年，与《乙巳占》所期不合。盖天道远，先王虽有官占，则所信者人事而已。天文之变无穷，上下附会，不无偶合。裨灶言火而验，复请以宝玉禳之，子产不听，则曰：‘不用吾言，郑又将火。’子产终不听，郑亦不火。如裨灶未免妄诞，况今星工乎？所传占书，又当世所禁，誊写误缪，尤不可信。陛下威德至善，岂须愚瞽复有所陈！窃闻两宫以此为忧，望以臣等所言开慰。”
直言诏出，吕公著应诏上疏曰：“陛下临朝望治，为日已久，而左右前后莫敢正言，使陛下有欲治之心而无治之实，此任事之臣负陛下也。”张方平亦曰：“新法已行六年，事之利害，非一二可悉。天地之变，人心实为之，故和气不应，灾异累作，顾其事必有未协于民者矣。法既未协，事须必改；若又惮改，人将不堪，此臣所以为陛下痛心疾首，一夕而九兴也！”上缘两府乏人，访人才之可用者，知制诰陈襄趁机举荐司马光、韩维、吕公著、苏颂、范纯仁、苏轼，下至郑侠，且谓：
“光、维、公著皆股肱之臣，不当久外。郑侠愚直敢言，发于忠义，投窜瘴疠，朝不谋夕，愿使得生还。”
此时，枢密院又报交趾反，陷廉州，枢密使吴充请召两府同议对策。而此前王安石称疾不出，两府仅吴充、王圭、王韶三人，神宗深知圭难大谋，韶又不谙南事，恐议不出头绪，实在焦虑。回到后宫，向县裨灶，春秋时郑国人以星象占验吉凶。
君杜氏、皇后向氏俱道所以。杜氏道：“皇上求直言，犹如七年春，其言无非废新法，罢安石。如此，若是老身，亦卧不视事，何怪安石乎？”上问道：“朕将何以处置？”杜氏正色道：“汝是皇上，自须汝做主。七年春诏求直言，折腾得朝廷两年不安，幸赖韩绛、安石先后助汝平息。今罢惠卿，朝廷方始清平，汝又求直言，还不是又回到争新法存废题目上。两年来，朝野纷纷，政事不举，再折腾下去，恐赵宋天下不堪设想矣！”上道：“朕亦糊涂不到自废新法一途。”杜氏道：“然两宫、亲王、皇戚、近司与旧臣相里外，汝岂不为所动乎？”向氏道：
“臣妾不谙朝事，斗胆一言，官家何以不务安静，反复折腾有何好处？外界亦非无煽妾以动官家者，妾以为生事均拒之，幸望官家深察慎处。”上道：“朕明矣，明日即趣安石入见，商议国事。”
安石出视事，白上道：“闻交趾起兵，已陷廉州。大敌当前，安石岂可闭门抱疾。臣以为当前先实两府，使朝廷事不致延误，并即部署讨交趾事，其余内政诸事，缓后再议。”上道：“正应如此。”上与安石商议后，以翰林学士元绛参知政事，枢密直学士曾孝宽签书枢密院事。后两府合议，决定征讨交趾，并以天章阁待制赵□为安南道招讨使，嘉州防御使李宪副之。安石亲自制诏，诏曰：“安南世受王爵，而乃攻犯城邑，杀伤吏民，干国之纪，刑兹无赦。已命赵□充安南道行营马步军都总管，须时兴师，水陆兼进。天示助顺，既兆布新之祥；人知侮亡，咸怀敌忾之气。”
九年正月，王师未至，交趾已围邕州。知州苏缄悉力拒守，外援不至，城遂陷。苏缄曰：“吾义不死贼手！”及还州衙，阖门，命其家三十六人先死，藏尸于坎，乃纵火自焚。城中之人感缄之义，无一从贼。
城破，交人尽屠其民，凡五万八千余口。消息传至京师，神宗大惊，急召两府合议。吴充道：“苏缄死节，急应褒扬，以鼓励南征将士。”上从其议，诏赠苏缄奉国军节度使，谥忠勇；以其子苏子元为西头供奉官、阁门祗候。安石道：“赵□奏，其与李宪每议事不合，请以郭逵代己，愿为裨赞。臣以为其言可纳。”上道：“卿尝言郭逵欺罔，何以又举逵为帅？”安石道：“昔王韶开熙河，逵欲沮韶事，言多诞妄。今使南征，岂自为欺罔以坏己事邪？不可以一事而废人，逵不失为良帅也；李宪年轻气盛，多勇少谋，为帅欠智略。”上从其言，二月，遂以宣徽南院使郭逵为安南行营经略招讨使，赵□副之，召李宪还。并诏占城、真腊合击交趾。
征南事部署已毕，安石白上道：“南事不足忧。交趾非北辽、西夏可比，其寇廉州、邕州得手，皆缘往昔疏于守备。郭逵、赵□率军往讨，必不辱命，皇上且待捷报。今朝廷亟宜弘法以修内政，充实国力。”上问：“以何事为先？”安石道：“皇上屡以灾异为忧，其如彗出、星坠、地震、山崩，固天地之变化，非人所能制，但罕见之，而大小水旱则年年有之，惟讲求水利，可制其害，使民受惠。故治水兴利乃国之大举也。”上道：“朝廷已颁行农田水利法，设治水之大小职司，岂曰无水利之举？”安石道：“自行水利之法，设水利之官，成效斐然，民实受其惠，然臣以为犹不足也。”上问何以言之。安石道：“每遇水旱灾害，皇上即减膳、避殿、祈雨、祭河以消灾，而不急访造水旱之因，以尽人事，岂可曰重水利也。再者，皇上对兴水利有功者，赏罚何尝公允？程？尽力于河北，与万三十贯修桥，乃用此钱修桥了更修廨宇、营房，又置木植三万七千；所开闭河四处，除漳河、黄河外，尚有溉淤及退出田四万余顷，自秦以来水利之功，未有如？者，以法论之，十顷合转一官，即？虽转四十余官可也。乃并数处功与转迁一官，而以言官妄诬，便枉令放罪。臣恐陛下如此赏罚不明，则孰肯为陛下尽力哉？”
上道：“即对程？赏罚不当，亦不合说朕非重水利也。”安石道：“臣于七年春罢相前，即说与陛下用三百只船、三百副铁爪浚大河中流，而八年春浚河时只用船五十只、铁爪五十副；都提举浚黄事范子渊却调河北提点刑狱，使长于治水之官而长刑狱，岂曰重水利也。”上道：
“朕或失察，但非有心沮浚河也。”安石道：“陛下或以无心，然为有心之人摇之。当时朝廷令判大名府文彦博核实使用浚川耙工效，彦博连上三疏，以‘浚河深浅固难详验’等由而沮坏之。其既固难详验，则何以诬断‘天下指笑，以为儿戏’？”上道：“亦怪朕失察其言。”安石道：“黄河，国之母河也，两岸万千生灵有系于此，若不使水行地中，而就事论事，缘用堵决之法，徒增高堤岸以应付，日积月累，必为悬河，一旦决口，土地淹没，尽为泽国，生命、财物尽遭涂炭，则不可收拾矣！此臣心中长悬此河也，故不厌其烦每为陛下言之。臣，南人，即将告老南返，即使黄河决口，亦淹没不到臣头上。臣言此岂有私焉！”上听到此处，亦甚动情，道：“从卿所言，今冬明春，当复浚河规模，务使河渐行地中，亦解朕心中之悬河。”安石道：“若如此，臣心中之悬河落地矣。”
神宗君臣方欲修内政以有为，不料安石疲惫之身不支，卧病不起，难以出而视事。上令中使携御医往视，嘱以安心将养。此时，安石自忖：一家四口，夫人吴氏，素来体弱多病；子？几年来一病不起，生命垂危；自己又年老，身心衰竭，难以日理万机，家中惟赖次子旁前后照应。每虑及至此，深知再难以肩负重任，有误皇上厚望，遂上乞解机务札子。上退还札子，但令安心静养。孰料到了六月，王？病亡。年仅三十三岁。？自幼从父学，经史子集，无所不通，为安石《三经义解》之主要帮手，皇上亦重其经义之深；？在安石陶熏下，禀赋甚深，素有父风，安石深爱之，且寄予厚望。因此，王？病亡，安石尤悲伤不堪，身心俱悴矣。上对王？之亡，亦甚惋惜，赠左谏议大夫。
并遣中使悼亡并慰问安石，准安石七期内在告，礼遇备至。王？丧后，安石再上札子乞罢相，上又不许。安石遂致书王圭，托其在上前代伸隐衷，乞允所请。
朝廷上下已尽知安石屡乞罢相之事，且知安石必去相位。这下喜坏了曹佾，内外交通，上下跳梁。这日来到慈寿宫，说太皇大后曹氏与太后高氏道：“安石势必罢相，其党韩绛、吕惠卿皆去，曾布、章斥外，元绛、沈括资历还浅，问鼎者惟吴充、王圭二人，但非上意可领中书者。今劝上起用司马光或吕公著为首辅，此其时也。机不可失，望二宫留心。”高氏道：“素知司马光忠于王室，我亦尝劝擢用司马光，奈何不听从！”曹氏道：“吾亦素重司马光，但皇上重安石而拒用光，我屡争之，终不纳吾言。今其时也，秀林，汝是太后，不可由着皇上任性。吾已年高，有今日无明日，汝日子还长着，须有个敬重太后之宰相，方不致冷落一旁。”高氏道：“皇上执拗，奈何！”曹氏道：
“皇上敬重杜小娟，汝同小娟相处尚洽，可动其劝说，如何？”曹佾道：
“不妨许伊些好处，不信一乳娘不为利所动。”高氏允姑试之。
神宗回到后宫，将安石乞退之事说与皇后向氏与县君杜氏。杜氏道：“看来安石势难留住，皇上失一良弼，真是可惜。不知皇上以谁代安石？”上道：“朕正为此犯愁。”向氏问道：“安石荐谁代其？”上道：“尚未准其辞相，何由问及。”杜氏道：“若准其请，以诚请其荐举。此举务必稳妥，不可擢用如吕惠卿辈之反复小人。安石罢相，已成定局，觊觎其位者，大有人在，皇上不可不留意焉。”向氏道：“母后亦教臣妾劝上用司马光为相。”上道：“有这等事？”杜氏道：“老身本不语此，今皇后已点明，只好说了。太后亦教老身说皇上，老身以非赵姓之人婉言拒绝。皇上当心为说客所动。”上道：“此必曹佾内外串通，亦不料司马光如此用心良苦。”向氏道：“官家务要慎重，千万不可用折腾之人。”
神宗召安石入见，道：“卿固求去位，是否缘吕惠卿诬言之故？”
安石道：“惠卿揭举臣私书曾言‘无使上知’‘无使齐年知’之语。臣从不为无使上知之事，何言无使上知之语，臣不拟辩。至于说‘无使齐年知’，臣为首辅，冯京为贰，某些事不须其副预知，是何罪状？更不须辩。臣固乞退，无他，只缘年老，身心衰竭，恐负陛下重托。”上道：“朕亦无须卿辩。卿之道德、人品，朕所素重，岂信吕惠卿反复小人之碎语哉！今请卿对者，卿去后谁可代之？”安石道：“陛下若以新进之人尚需考察，可以吴充、王圭同领中书，召回冯京掌枢密。如此可稳朝廷，而使政事循序以进。”上道：“善。正合朕意，明日朝会，即宣旨。”
十月，王安石罢为镇南军节度使，同平章事、判江宁府，领经义局；枢密使吴充依前官平章事监修国史；参政事王圭依前官平章事；资政殿学士冯京知枢密院。另，赠王安石夫人吴氏为豫国夫人。
这年十二月，郭逵败交趾于富良江，获其伪太子洪真，其主李乾德遣人奉表诣军门降。郭逵班师回朝。
