1.专业技术企业孵化器的企业集聚效应
专业技术企业孵化器吸收的在孵企业都是同一专业技术领域的企业。这些在孵企业由于专业技术相同，不可避免地产生企业集聚效应。专业技术企业孵化器的企业集聚效应包括创业资源的可得性、在孵企业之间的追赶效应、在孵企业之间的知识溢出效应。
（1）创业资源的可得性。
创业资源越容易获取，创新就越有优势（刘友金、黄鲁成，2001）。对于创业者来说，在创业初期资源是十分重要的同时也是十分匮乏的。创业资源不仅仅包括科技、资金、场地等启动资源，还包括管理和人才等涉及长远发展的资源，甚至还包括政策、信息、文化、品牌等无形的资源。专业技术企业孵化器通过规模效应既降低了资源的购买成本，也为创业企业节约了搜寻、谈判、履约等交易成本。
（2）在孵企业之间的追赶效应。
在专业技术企业孵化器中，在孵企业彼此的接近和了解使它们的相互影响加强。由于竞争障碍的减少和攀比作用的心理，在孵企业间的竞争会加剧，后进在孵企业更容易模仿先进在孵企业，先进在孵企业为保持竞争优势会更努力创新，尤其当一个强有力的新竞争者出现时，模仿效应会使它的新思想向前、向后、横向传递，从而使更多的在孵企业受益。
（3）在孵企业之间的知识溢出效应。
知识既包括技术知识，也包括供求信息和经营管理经验等。知识一旦被创造出来，传播的速度越快，拥有的人越多，为群体带来的福利就越大。创业过程中的很多知识难以具体化和系统化。如果没有人们之间的频繁接触和耳濡目染则难以传播。企业在合作中形成的网络联系促进了思想、信息等要素的流动。信息的溢出可以使聚集企业的生产函数好于独立企业的生产函数（克鲁伽曼，1991）。
2.专业技术企业孵化器的企业合作
专业技术企业孵化器是在孵企业的聚合体，聚集了一批同一技术领域的在孵企业。在孵企业之间存在多种合作关系，通过资源共享、信息互通，建立新型的合作机制，既可以促进在孵企业现有的资源得到更加充分的利用，也使在孵企业间形成合力，争取更大的作为。
（1）资源共享。
企业资源理论认为，企业是一个资源集合体。企业资源具有稀缺性和特定性的特点，决定了企业资源具有较强的刚性，即较快地增加资源或减少资源需要付出较高的成本，改变资源的构成也要付出较高的成本。充分利用富余资源既是企业成长的动力源泉，也是企业对外合作的根本原因。
在孵企业基本上是新办的中小企业，资源投入有限。在孵企业的资金基本上来自创业者的自有资金，资金量也不多；人力资源以创业团队为主，员工不多；市场还没有打开，客户资源比较少；企业处于创建阶段，组织体系和内部结构仍处在磨合期，内部规章制度还不够健全；虽然大多数企业是基于一项或多项技术成果创办的，但科研仪器设施比较少，技术资源不多等。很显然，在孵企业资源的数量较少，资源的结构也不合理，即有形资源比较缺乏，无形资源相对较丰富。在有形资源中，有的相对富余，有的却严重不足；在无形资源中，也存在有的富余有的短缺的不平衡状况，如技术资源富余，商誉资源不足，在社会的信誉度还不够高等。企业的经营过程实际上是资源的消耗转移过程和商品生产与服务提供的过程，资源的数量和结构会随着企业经营活动的展开而变化。因此在孵企业的资源始终处于不平衡的状态，总存在有的资源富余、有的资源短缺的情况。
在资源富余时，在提高资源利用率以获得更大效益的利益机制驱动下，在孵企业想方设法提高富余资源的利用率。一般情况下，提高富余资源利用率主要有两种方式：一是让渡富余资源的使用权，使内部资源外部化；二是增加对短缺资源的投入，改变企业内部资源不平衡的状态。在企业经营业务增长不大、让渡资源使用权不会影响企业的经营活动时，企业主要选择让渡资源的使用权；在企业经营业务扩张较快且对富余资源有较大的需求潜力时，企业主要增加短缺资源的供应，改善资源的不平衡状态，从而提高富余资源的利用率。
在资源短缺时，在孵企业也主要有两种改善方式：一是增加短缺资源的投入，二是通过支付资源使用费利用外部资源，即外部资源内部化。当在孵企业经营业务扩张时，它主要选择增加短缺资源的投入；当在孵企业经营业务扩张空间有限时，它主要受让外部资源的使用权，以减少对资源的投入。
在孵企业之间有许多资源可以共享。一是人力资源可以共享，包括技术人员、行政财务人员、销售人员等都可以共享。二是客户资源可以共享。每家企业都有自己的客户资源，而这些客户还存在其他需求，可能还需要其他在孵企业的产品或服务。如果建立了一套科学合理的利益机制，在孵企业之间完全可以互相推荐各自的客户，共享客户资源。另外，技术资源、实物资源、信息资源等都可以共享，如检测设备、科研仪器、软件工具等均可以共享。
（2）在孵企业间能力集成。
企业能力理论认为，企业是一个能力集合体。企业间通过合作提升能力的情况主要有两种：一是弥补能力不足。当企业能力异质时，企业间的合作弥补了各自能力的缺陷或不足，使企业的能力进一步完整，经营的范围更宽，获利的机会更多。二是增强能力。当企业能力同质时，企业的合作使原来较小的能力得到增强，改变原来只能做较小事情的被动局面，可做更大的事情，如共建营销渠道，各投入较少的资源建立更广泛的营销网络。
由于每家企业拥有的资源数量与结构不同，经营的时间长短不同，企业能力也不同。有的企业潜在能力较大，但核心能力还没有形成，在竞争中优势不够明显；有的企业核心能力突出，竞争优势较大。对于在孵企业，其核心技术与产品的开发能力较强，但市场营销能力、产品销售能力较弱，难以将生产的产品和提供的服务推销出去；管理粗放，制度不健全，制度投入产出效率能力较弱；企业形象塑造能力较弱，没有足够的经济实力塑造企业的形象，信用水平还比较低。
孵化企业大都是小企业，业务范围比较窄，只能在狭缝里求生存。要通过与其他企业合作，联合承接一些较大的业务，以扩大生存空间。当孵化企业能力较小时，承接业务很困难，只有依托一些较大的企业，用较大企业的资质、信誉承接业务。
专业技术企业孵化器在推进在孵企业合作中具有重要作用。由于在孵企业变动较为频繁，相互之间并不了解，除非是隔壁邻居或在同一楼层，很少会自发地进行沟通交流，更谈不上合作。专业技术企业孵化器掌握了大量有关在孵企业的生产经营情况，在促进在孵企业之间的合作方面起着非常重要的桥梁作用。没有专业技术企业孵化器的组织、沟通和协调，在孵企业之间的合作很难展开。为促进在孵企业之间的合作，专业技术企业孵化器需要采取培训、沙龙、座谈会等多种方式加强在孵企业之间的交流，彼此了解需求，有针对性地对彼此间的合作加以促进和引导。
