专业技术企业孵化器需要对在孵企业进行评价。这种评价适合下列情况：第一，新创企业申请入住专业技术企业孵化器；第二，经过一定时间的培育和孵化以后，专业技术企业孵化器需要分析在孵企业的状况；第三，专业技术企业孵化器对在孵企业进行投资；第四，在孵企业准备离开，从专业技术企业孵化器“毕业”；第五，专业技术企业孵化器转让在孵企业的股权。
在不同情况下对在孵企业评价的评价要求和标准是不一样的。例如，当新创企业申请入住时，专业技术企业孵化器进行的评价就比较简单，主要看其创业者情况、商业计划、技术与市场前景等。因为这时的新创企业处于生命周期的初级阶段，很不成熟，很不完善。又如，当专业技术企业孵化器对在孵企业进行投资或者转让在孵企业的股权时，就需要对在孵企业进行全面的评价。
1.在孵企业的评价方法
对在孵企业进行评价时，专业技术企业孵化器可以采用成本法、市场法、收益法、期权定价法等（吴寿仁、李湛，2002）。
（1）成本法。
成本法是把被评估企业（在孵企业）的各项资产按照成本法单独评估后，将各项资产的评估值相加得到。成本法的优点是，评估值反映了在孵企业的有形投入，包括有形资产和无形资产，反映了在孵企业的资源禀赋和资信能力；其缺点是不能反映在孵企业的无形投入，包括人的智力、管理能力和知识，不能反映在孵企业组合资产的价值，也不能反映在孵企业的未来盈利能力和发展机会。所以，成本法无法反映在孵企业的发展潜力和真实价值。国外很少用成本法，但在我国应用较广，主要用于评估国有企业的整体价值。至于科技企业，因其有形资产比重小、无形资产比重较大，一般不适合用成本法。但在特定条件下，即对于专业技术企业孵化器从投资或者孵化的角度，以及孵化失败的清算，可以用成本法评估。因为：其一，在孵企业都是新创办的，经营历史短，各项资产的组合价值比较低，一定程度上可以忽略不计；其二，专业技术企业孵化器对在孵企业有正的外部性，专业技术企业孵化器以股权投资在孵企业，并不能完全反映专业技术企业孵化器对在孵企业的全部价值，而且专业技术企业孵化器投资的目的是从在孵企业的成长中获得利益，与在孵企业形成利益共同体；其三，企业孵化失败，表明在孵企业的创意或成果存在缺陷，用成本法评估在孵企业的价值容易被债权人接受。
（2）市场法。
市场法是将被评企业（在孵企业）与已知企业进行比较，根据已知企业的整体价值得出被评估企业（在孵企业）的整体价值。市场法的优点是评估值能反映在孵企业现时的市场价值，具有市场可比性。其缺点是因难以获得可比较的、公开公平交易的已知企业的整体价值，因而评估结果的可信度低。因此市场法的关键在于找到可比较的已知企业。经过多年的孵育，专业技术企业孵化器对在孵企业的成长规律和价值增长有比较多的了解，积累了比较丰富的经验。虽然在孵企业间的差异很多，如创意不同、创业人员的经历不同、创业团队的结构不同、所从事的领域不同等，但是都具有经营时间短、规模小、无形资产所占比重大、发展潜力大等特征，因而也具有可比性。专业技术企业孵化器的在孵企业都属于同一技术领域，更具有可比性。
用市场法评估在孵企业应当注意以下两点。第一，市场法适用条件是在孵企业相对成熟，即取得销售收入甚至利润，产品满足市场需求。因此，市场法主要用于专业技术企业孵化器转让股权等。第二，可比企业的条件是所从事的行业或领域的成长性、创业人员的创业经历、创业团队的结构、可支配的资金及其来源、创意或科技成果的成熟和难易程度等都具有可比性。因此，专业技术企业孵化器应掌握可比在孵企业的经营情况。
（3）收益法。
收益法是将在孵企业的未来收益折现的评估方法，评估值是在孵企业的潜在价值，不是现实的价值。收益法的优点是评估值反映了在孵企业的未来盈利能力和发展机会，比较容易接受；缺点是未来盈利的预测比较困难，预测值带有一些主观判断的色彩，评估值可能有较大的偏差。由于在孵企业具有高成长性，用收益法评估在孵企业价值也是比较理想的一种方法，即将在孵企业未来收益折现，折现现金之和就得到在孵企业的价值。
采用收益法评估在孵企业应当注意以下问题：第一，估计在孵企业未来收益时应当参考其历史收益。根据在孵企业财务持续性的逻辑，历史收益可映射出在孵企业的发展前景，所以可作为评判在孵企业未来收益的参考。第二，对在孵企业现行收入和支出情况进行分析，需要对意外、异常的收入或者支出进行剔除，得到在孵企业正常的财务结构，以客观地预测在孵企业的未来收益。第三，分析创业人员和员工的工资收入是否异常地高或者异常地低。第四，充分估计项目的成熟程度，项目或在孵企业所需要的投资额以及风险大小。第五，如果专业技术企业孵化器的投入或者风险投资足以改变现有权结构，则必须基于新所有权结构预测在孵企业的未来收益。
（4）期权定价法。
由于在孵企业发展有很大的不确定性，有在未来获得巨大收益的可能性，即存在一个机会价值。成本法、市场法和收益法都不能完整评估一个机会价值，用期权定价法可以评估孵化企业的机会价值。把在孵企业的创意或者科技成果视为买方期权。设I为实现创意或者转化科技成果的所需投资的现值；V是预期现金流的现值，则：
创意或者科技成果的损益=V-I 当V>；I；
0当V≤I。
上式表示当预期现金流的现值大于投资的现值，期权被执行；否则就不执行。因此在孵企业的期权是一种买方期权，即看涨期权。在其他条件不变的情况下，创意或者科技成果价值变动的方差越大，则风险越大，期权价值也越大；反之则越小。期权定价法的优点是可以评估机会价值，使在孵企业的价值更为完整，即在孵企业的整体价值就由在孵企业资产价值加上期权价值；缺点是获得所需要的参数比较困难。一般在专业技术企业孵化器从在孵企业退出而转让股权并处于有利地位的情况下采用。
期权定价法有以下几种，主要有二叉树法和布莱克—舒尔兹期权定价法，每种方法都要已知一些参数。如布莱克—舒尔兹期权定价法需要知道在孵企业总资产值S、期权执行价格P、期权期限T、无风险利率r和标准差σ五个输入参数。这些参数不太容易获得。一般来说，市场价值S可取实现创意或者转化科技成果预期可获得的现金流量的折现值之和V；P可取实现创意或转化科技成果所需要的投资I；T可以创意或者科技成果的生命周期年数估计得出；r可取国库券的利率；σ可以用类似产品的波动率作为待评估在孵企业产品的波动率的估计值，或利用不同市场情况出现的不同概率估算，或用市场平均变化情况作为参考等方法得到。
2.在孵企业的“毕业”评价
经过专业技术企业孵化器的培育和孵化，在孵企业的开发、生产和经营步入正常轨道，逐步具备了自主能力和外部适应能力，可以离开专业技术企业孵化器的相对优越的小环境，就需要从专业技术企业孵化器“毕业”，离开专业技术企业孵化器，在真正的市场环境中去适应、去生存、去竞争、去发展，以便扩大规模，提高效益，真正成长壮大。就像在温室里培养不出参天大树一样，在专业技术企业孵化器里面也不可能直接培养出大型企业或企业集团。专业技术企业孵化器的服务对象是新创企业，或者说是新创小型企业。在孵企业经过一定的发展以后，要想进一步发展壮大，扩大规模，也必须离开专业技术企业孵化器，到一个更加广阔的市场和环境中去进一步发展。目前，国内外企业孵化器还没有统一的在孵企业毕业的标准。
我们认为，专业技术企业孵化器需要根据自身情况和条件，自行确定相应的毕业标准。专业技术企业孵化器在制定在孵企业的毕业标准时，需要综合考虑以下因素：
第一，培育和孵化时间。新创企业的培育和孵化需要一定的时间。这个时间有长有短，可能需要1~2年的时间，也可能需要3~5年的时间，需要根据在孵企业的情况综合确定。
第二，科技成果商品化程度。在孵企业在接受专业技术企业孵化器的培育和孵化过程中，必须完成科技成果的转化工作，将科技成果转化为样机或样品，并且可以生产出产品投放市场。
第三，在一般环境中生存和发展的能力。在孵企业及其产品在一定行业和地区有一定的知名度，有一定的比较固定的销售网络和销售渠道，有一定的市场，可以适应外部竞争激烈的大环境，具有在一般环境而不是在专业技术企业孵化器的小环境中生存和发展的能力。具体可以评价下列指标：（1）财务效益状况，主要反映在孵企业的投资回报和赢利能力，具体指标包括净资产收益率、总资产报酬率、销售（营业）利润率、成本费用利润率等；（2）发展能力状况，主要反映企业的成长性和长远发展能力，具体指标包括销售（营业）增长率、资本积累率、三年利润平均增长率、三年资本平均增长率等；（3）资产营运状况，主要反映企业的资产周转及营运能力，具体指标包括总资产周转率、流动资产周转率、应收账款周转率、存货周转率等。
第四，管理团队。在孵企业建立了素质较高、熟悉企业管理业务、熟悉相关法律法规的管理团队。
第五，企业治理结构。在孵企业建立了现代企业制度，制定了各项规章制度，建立了激励与约束机制，建立并完善了企业治理结构。
第六，融资条件。在孵企业形成了一定数量的有形资产，形成了一定的知名度，形成了一定的资金积累，具备了向银行贷款的条件，或者具备了发行企业债券、股票等条件，可以向一般企业一样进行融资。
在孵企业从专业技术企业孵化器毕业以后，开始了在正常的大环境（而不再是原来局部优化的小环境）中的竞争、生存和发展。专业技术企业孵化器对已经毕业的企业仍然需要进行联系和沟通，并继续进行帮助和指导（特别是在孵企业在离开专业技术企业孵化器的初期），以便帮助刚刚毕业的企业顺利度过适应期。专业技术企业孵化器需要保持与已毕业企业联系和沟通的另一个原因就是专业技术企业孵化器可能还没有完全从毕业企业中退出，二者还存在着股权关系。在这种情况下，专业技术企业孵化器可以以所有者的身份对“毕业”企业进行跟踪管理，保证已毕业企业的健康发展，保证专业技术企业孵化器自身的经济利益。
我们前面已经指出，专业技术企业孵化器可能是非营利性的，也可能是公司制、营利性的。我国大部分专业技术企业孵化器是公司制、营利性的。这两种不同的专业技术企业孵化器在管理上有相同的地方，也有许多不同的地方。本章对其相同的部分在一起研究，而对其不同的地方则分别进行研究。
