在叛镇如此嚣张的情况下，唐宪宗并没有动摇，他坚定地说：“如果罢免裴度的官，就将让奸谋得逞，那么，朝廷还有什么纲纪！我用裴度一人，足以破贼。”他下诏谳卫兵宿卫裴府，派使者不断地探问裴度的伤情。裴度养伤20天，伤愈。六月二十五日，宪宗任命裴度为中书侍郎、同平章事，主持用兵。
对于前线作战不力的将帅，唐宪宗坚决予以撤换。前线统帅严绶懦弱无能，又有宦官作监军，对诸将加以监视，打了胜仗功劳归于自己，打了败仗过错全推到诸将头上，弄得将帅谁也不肯出力，军心涣散，士气低落，出师3年，仍不能奏效。宪宗将他撤掉，以右羽林大将军高霞寓为唐、随、邓节度使，专事攻战。高霞寓战败后，又以表滋为彰义节度使，申、光、蔡、随、邓等州观察使。816年（唐元和十一年十二月），又以名将李愬为唐、随、邓州节度使，替换表滋，继续讨伐吴元济。
到817年（唐元和十二年），朝廷讨伐淮西的战役已有4年之久，由于战争持续时间长久，运输疲敝，很多耕牛倒毙在运输途中。百姓失去耕牛，以至于有用驴耕地的。宰相裴度自请往前线督战。宪宗大喜，任命裴度为门下侍郎、同乎章事兼彰义节度使、淮西宣慰处置使，负责指挥全军。为了使裴度能顺利平定淮西，宪宗对裴度言听计从，凡所奏请，一应准奏。裴度奏请以刑部侍郎马综为宣慰副使，以右庶子韩愈为彰义行军司马，所任命的判官、书记，都是朝廷一流的人选，宪宗都一一答应。裴度临行时对宪宗说：“臣如果能消灭敌人，则还有机会朝见天子。只要敌人在，我永远不回朝廷。”表达了自己与淮西叛镇势不两立的决心。
裴度来淮西前线，进驻郾城。他发现过去宦官临军，干扰主帅的行动，便奏请宪宗取消禁军，得到宪宗的准许。从此，主将得以机动灵活指挥战争，集中精锐参战，很快扭转了被动局面。裴度又任用李愬、李光颜等一批名将，整顿前线军务，改变了以前军令不统一的混乱局面。
817年（元和十二年）冬，在一个风雪弥漫的夜里，唐将李愬率领9000士兵，突袭淮西镇治所蔡州城。由于李愬有勇有谋，出其不意，当唐军兵临蔡州城下的时候，城里还没有人知道，守城的士兵在酣睡中当了俘虏。唐军攻入内城，吴元济还在梦中。匆忙之际，他带着亲兵登上牙城，企图负隅顽抗，但已无济于事，终于束手就擒。淮西自吴少诚以来，朝廷的官兵已经有32年没有到蔡州了。宪宗经过4年的艰苦平叛，终于复将淮西收归中央。
朝廷平定了淮西之后，其他藩镇非常恐惧，纷纷上书朝廷，表示愿意归顺。横海节度使程权，割据沧景三世，共传四任，自己请求离镇去当朝官，于是朝廷收复了沧、景二州。幽州镇刘总也上表归顺。成德镇王承宗原来配合吴元济攻掠河北，这时赶紧向朝廷提出要求，输赋税，请官吏，献德、棣二州，送二子入朝为质，以示臣服。
淄青镇的李师道在朝廷平定淮西时，与吴元济相互勾结，煽风点火，闹得朝野不得安宁。宪宗本来打算同时向淄青用兵，因力量不够，只好暂时忍耐。淮西灭亡后，李师道还在与朝廷对抗。
818年（唐元和十三年七月），唐宪宗下诏书，宣布李师道的罪状，命令宣武、魏博、义成、武宁、横海诸镇兵共同讨伐他。这次出兵与讨淮西的艰难情况大不一样，李师道孤立无援，没有一个藩镇敢帮他的忙，孤军顽抗。参加讨伐的各镇节度使分道出兵，连战连胜。李愬十一战皆捷，田弘正率领魏博兵也大败淄青兵。李师道众叛亲离，部将纷纷投降。在官军齐心协力的攻击下，李师道很快就兵败被杀，淄青十二州皆平。淄青自代宗时李正己割据，历4世54年，至此被中央平灭。这是唐宪宗平灭的最后一个势力强大的藩镇。
自安史之乱以来，历经肃宗、代宗、德宗、顺宗、宪宗五朝代，藩镇跋扈河北、河南30余州，自任官吏，不供贡赋，至此，终于被宪宗一一平定，唐朝又恢复了统一。这个统一的局面，史家称为“元和中兴”。
“元和中兴”不仅体现在宪宗削平藩镇，统一全国，还体现在他进行一系列政治改革，经济改革，使安史之乱以后衰落下去的唐王朝又出现“中兴”的局面。
宪宗即位以后，注重任用贤才，采纳谏言。就在他刚即位的805年（唐永贞元年八月），升平公主献50名女子，被他拒绝。荆南献两只毛龟，唐宪宗说：“我所宝贵的只有贤人，从今以后，一切祥瑞及珍禽奇兽都不许进献。”他所重视的是能够帮助他治国平天下的贤才。
宪宗十分重视选拔和任用有才干的人担任宰相，宪宗一朝，人才济济，名相辈出。著名的宰相有杜黄裳、裴垍、李绛、裴度、崔群等。
杜黄裳最早向宪宗提出削平藩镇的建议，并积极出谋划策。当西川刘辟叛乱时，朝廷公卿很多认为蜀道险远，不宜出兵。杜黄裳力主讨蜀，并推荐高崇文为军事统帅。高崇文有勇有谋，正直无私。讨蜀的战争进展顺利。平蜀后，得刘辟的两个妾，都非常漂亮，监军要崇文把他们献给宪宗，高崇文正言说：“天子命令我来讨平凶顽，应当以安抚百姓为先，怎么能够立即献妇人以求宠幸，我高崇文决不做这种事。”而是将她们配给没有妻室的将吏。由于杜黄裳的出色谋划，宪宗对藩镇首战告捷。平蜀后，宰相入朝道贺，宪宗看着杜黄裳说：“这都是你的功劳。”
李绛刚直不阿，直言敢谏，而且富有谋略，熟悉天下藩镇形势。他在当户部侍郎时，按照惯例，户部侍郎要以赋税盈余的名义向皇帝进献税款，以供私宴，叫做“羡余”。当时官吏争相进献，以讨好皇帝。李绛却一个钱也不献。他对宪宗说：“地方官厚敛百姓来换取皇帝的恩宠，我掌的是陛下的财物，出入都有账簿，怎么会有羡余？我如果从中舞弊，拿出一部分进献给陛下，那无非是把东库的钱财，放到西库，我不能沿袭这种弊政。”
李绛当宰相以后，经常劝谏宪宗，国家艰难，府库空虚，应节衣缩食，不可纵恣声色。宪宗经常听取他的建议，称他为“真宰相”。有一年，江淮发生大灾荒，可是当地的御史却谎报丰收。李绛奏请制裁虚报情况的御史，减免江淮租赋。又奏请在振武、天德两地开置营田。4年间开田4800顷，获谷4000余万斛。由于处理好这些有关国计民生的大事，避免了社会的动荡，受到宪宗的赞赏。李绛为相期间，为宪宗平定藩镇献计献策，整顿吏治，纠正弊政，成为当时的一代贤相。
宪宗一朝能够取得同藩镇斗争的重大胜利，能够取得国家政治、经济状况的好转，成为唐后期最好的局面，这与唐宪宗能够任用李绛、裴度等一代名相关系至大。
除了注意选相，宪宗也重视其他官吏的选用，不拘一格，任人唯贤。刘辟叛乱时，他的女婿苏强以逆党罪被杀。苏强的哥哥苏弘有才能，但谁也不敢推荐他去当官，右庶子卢坦向宪宗推荐，宪宗很痛快地答应说：“假如苏强不死，他真的有才能，我也要任用，更何况是他的哥哥。”
白居易作诗规讽时事，传入皇宫，宪宗十分赏识，将他召为翰林学士。给事中李藩知无不言，皇帝的制敕有错误他也敢指正，宪宗将他提拔为宰相。左拾遗元稹善于指陈朝廷的错误得失，宪宗采纳他的意见，时常召见他。
唐宪宗重视纳谏，知错就改。翰林学士白居易向宪宗进言，公开说“陛下错”，宪宗一时觉得大失体面，要把他赶出翰林。李绛劝谏说：“居易言辞虽欠考虑，但志在尽忠，陛下若治他的罪，恐怕以后忠直的人就不敢进言了。”宪宗听取了李绛的谏言。
宪宗即位之初，对谏官在身边发表议论、指陈得失很不习惯。有-次，他对李绛说：“谏官都毁谤朝政，我想处罚几个来警诫其余的人，你看怎么样？”李绛回答说：“人臣的生死系于皇上的喜怒，敢开口进谏的能有几个？即使有敢进谏的，也都昼夜思考，早晚删减，等送到陛下面前，剩下还不到十分之二三。所以皇上孜孜以求要谏官劝谏，还害怕没有人劝谏，哪有加罪于他们的道理呢？这样一来，堵塞天下人的口不说话，不是国家之福。”宪宗听后，大有感触，以后便经常主动鼓励臣下指陈时政得失，纠正朝政错误。
为了鼓励臣下进谏，宪宗以唐太宗为榜样，对宰相们说：“太宗那么英明神圣，群臣进谏的还要反复多次，才能采纳。今后政事如有不妥，你们不要怕我发怒，要十数次进谏才是。”有时候，李绛等久不进谏，宪宗倒觉得很不自在，询问说：“你不进谏是因为我不能容忍，还是无事可谏？”
由于宪宗广开言路，广采众言，避免了许多过失。807年（唐元和二年），有人向宪宗进谗言说，大臣郑纟因因与昭义节度使卢从史互相勾结，泄露朝廷机密。宪宗很气愤，但没草率行事，而是先让李绛谈谈自己的看法，并详细查明原委，避免了一起冤案。
一些大臣在宪宗的鼓励下也敢于据理力争，匡正皇帝的过失。813年（唐元和八年），僧人鉴虚，从贞元以来，就用钱财结交有权有势又得君王宠爱的人，接受藩镇赠送财物，横行不法。御史中丞薛存诚将他拘禁。宦官权贵们争着为他求情。宪宗因为得过他的好处，想释放他，遭到存诚的拒绝。宪宗又派宦官到御史台宣旨，存诚坚持不放人。他回答说：“陛下如果一定要释放这个和尚，请先杀了我，然后再带他走，不然，我绝对不接受诏命。”宪宗听取了存诚的意见，嘉奖了他刚正不阿的做法。罪恶昭著的鉴虚终被杀死，财产全被没收。
在经济方面，宪宗重视整顿漕运，改革两税，减轻人民负担。
安史之乱以后，唐政府的经费基本上依靠江南八道。因此，扬州和长安之间的漕运，便成为朝廷的生命线。在代宗时期，著名理财家刘晏任转运使后，改进漕运，提高了运输效率，节省了运费。但由于割据的藩镇对漕运的干扰破坏，使漕运时断时续。唐宪宗即位后，首先削平了运河沿岸的藩镇割据势力，并设法改进漕运。809年（唐元和四年），为加强运河险要地段的管理，在原通济渠的要冲，新建立一州——宿州（今安徽宿县）。宿州由原徐州的符离县和泗州的虹县合并而成，它的设置加强了对这一漕运重要地段的管理。宪宗还重视派遣干练、廉洁的官吏出任转运使，如李巽、卢坦、李鄘、柳公绰都曾主持过这一工作，督运江淮物资以供关中。其中李巽的成绩最显著，他任转运使时期，运河的漕运粮数超过刘晏时期两三倍。
由于元和年间整顿漕运，江淮物资得以源源不断送往关中，巩固了唐王朝的经济基础，为唐宪宗全面削藩的胜利提供了物资保证。
唐后期实行两税法，以钱计税，而百姓纳税时，主要是用粮和绢。这里便有一个以绢折钱的标准问题。假如标准定得不合理，纳税者便会吃亏，加重负担。德宗建中元年初定两税时，一匹绢3200文，10年以后，绢价下跌至1600文。以前交一匹，这时要交2匹。针对这些问题，宪宗时由裴垍主持，对两税进行改革，调整纳税物折价标准。由尚书省制定一个低于市场实际价格的折价标准，这个标准称为“省估”，具体实施办法是全国州县征收两税绢粮折价时，一律按“省估”计算，不许以当地市场的实价来折收百姓税物，这样，多少减轻了人民的负担。
宪宗还精简机构，节约开支。唐朝后期，逃户很多，户籍紊乱。有的州县户口虽少，但机构不变，官员很多，人浮于事，浪费国家资财。李吉甫任宰相时，裁减内外官808名，同时还裁汰诸流外官1769名，为国家节省了一笔很大的开支。
和历代的很多封建帝王一样，他们的求贤纳谏、励精图治是很少能贯彻始终的。唐宪宗在平定淮西吴元济，完成了自己的辉煌功业之后，也忘乎所以，逐渐骄奢放纵起来。
818年（唐元和十三年），吴元济刚平定，宪宗命六军修麟德殿。右龙武将军张奉国、大将军李文悦，认为战争刚结束，不宜营缮太多，请宰相裴度劝诫宪宗，裴度代为转奏。宪宗大怒，将二人贬官。又命疏浚龙首池，筑承晖殿，自此，土木工程越建越多，宫中所费也越来越奢侈。
户部侍郎、判度支皇甫镈，盐铁转运使程异，知道宪宗已开始奢侈，便多次向宪宗进贡羡余以供应皇上的开销，得到宠幸。宪宗则提拔二人为宰相，诏令一颁布，朝野的人士大为惊骇。裴度、崔群极力向宪宗说明这两人资性狡诈、盘剥百姓，克扣军饷，天下共愤，要宪宗收回成命。宪宗非但不听，还指责他们为朋党。以后，裴度、崔群先后被排挤出朝。
皇甫镈、程异当宰相后，千方百计巴结奉承宪宗，一班奸佞群小围绕在宪宗周围，政事日坏，朝廷日益黑暗。
宪宗晚年，也喜欢起神仙长生之术，派人采灵草，炼丹药。820年（唐元和十五年），宪宗因服金丹，性情日加躁怒，左右宦官稍有不如意的，就遭责打，甚至被打死。宦官陈弘志发难，杀死宪宗。托言说是服用金丹，毒性发作而死。
中兴之主唐宪宗由于后期骄奢放纵，就这样在自己的家奴手中呜呼哀哉。
