其他事业单位领导职数确定标准是：不设内部机构的事业单位，领导职数为l～2名，其中编制在6名（含6名）以下的为1名；内设机构（含下设机构）2个以上的事业单位，领导职数为2～3名，其中4个以上内设机构（含下设机构）的事业单位，可设领导职数3名；事业单位内设机构领导职数一般为1～2名，普通高校可设2～3名。
（6）确定人员编制。人员编制主要依据国民经济和社会发展情况以及社会需求以及事业单位规模大小、任务轻重、业务特点、服务对象及范围基本确定。坚持合理、最佳、效益、动态和调控的原则，在分列岗位、工作量化的基础上，进行综合平衡。在确定单位的人员编制时，一是参照有关文件规定，再结合深圳市实际。国家各部委和省机构编制部门颁布有编制比例标准的，可参照该标准，结合深圳市实际进行确定。二是确定事业单位人员结构比例标准要求初、中、高级专业技术人员结构一般应形成金字塔形。
（7）确定隶属关系。隶属关系是行政机关对事业单位的一种管理形式。隶属关系具体有直属、归口、代管、挂靠等四种形式，主管部门对事业单位的管理，主要是政策引导，行政监督，管好领导班子（或只管法人代表），监管国有资产。
（8）确定经费形式。按照事业单位所承担的工作任务的性质，相应确定其经费形式，经费形式有四种：财政核拨经费、财政核拨补贴、经费自筹以及企业化管理，除学校、医院外，严格控制前两种经费形式的事业单位的设立。
2.管理特点。
（1）统一领导与分级管理相结合。市和区机构编制管理部门分别受理承办市属与区属事业机构编制的审核工作，并按程序报市（区）委、市（区）政府或市（区）编委决定，实行“一支笔”审批。市机构编制部门按权限对区机构编制部门的工作给予指导。事业单位正是在这一管理体制下，得到更自主灵活、健康迅猛的发展。
（2）改革与发展相结合。根据深圳所处的地位和作用，正确处理发展与改革的关系，以改革促进发展，在发展中进行改革。在机构设立和编制配备上树立超前意识，凡有利于改革开放的，都给予大力支持。如较早地建立了投资促进中心、动产拍卖行、资产评估所、产权交易所、无形资产评估事务所、质量认证中心、技术市场促进中心（技术市场管理办公室）等机构，在全国引起较大反响。
（3）发展与控制相结合。事业单位要有计划地发展，科学合理地发展，统筹兼顾并有重点地发展，而不是放任自流。这是事业单位编制管理工作适应国民经济持续、稳定，协调发展的基本要求。
20年来，事业单位机构编制管理较好地把握了这一点，即使在重点扶持文化、教育、卫生、城市管理事业单位发展的同时，也能实行严格的控制。一个基本原则是，这些事业单位能够由社会办的一律由社会办，政府必须办而社会无法办的才由政府办。
（4）标准化管理与实际情况相结合。建立特区以来，深圳市主要根据国家有关部门制定的教育、科学研究与综合技术服务、文化艺术、新闻出版、广播电视、医疗卫生、体育、城市公用、社会福利、农林水牧、机关附属等门类的机构编制标准，核定全市事业机构编制。但是，又不拘泥于上级颁布的标准，而是根据自身的实际情况，一般从严从紧予以核定，该松的适当放松，并根据深圳实际制定了一些编制标准。如1985年市编委确定了全市中、小学教职工与在校学生的配备比例暂定标准，1986年确定了中学设职业班的教职工与学生的编制比例标准；1992年，经过大量的调查研究，拟定了卫生系统级别待遇的标准，为1994年市卫生系统部分医疗事业单位级别待遇的调整提供了依据。
（5）分类管理与个体管理相结合。深圳市根据事业单位机构编制的基本特点、基本内容和一般规律，将事业单位列为不同类型，按照机构编制管理的原则和要求，分别采用不同的管理方法进行管理。把市属事业单位划分为教育、卫生、体育、文化艺术、新闻出版、广播电视、科研与综合技术服务、农林水牧、城市公用、交通、社会福利、机关附属和其他等12大类，详细分为84个小类。在日常的管理中，首先将事业单位纳入某种类别，再从区域、行业上研究其增设机构、增加编制的必要性。对于有必要增设机构、增加编制的则采用不同类别的机构编制标准或管理办法予以确定。事业单位除了有其共性外还有其个性，因此，又在日常管理中将分类管理与个体管理结合起来，在给予事业单位分类定位的基础上，根据具体单位情况进行具体分析，相应采取不同的管理措施、方法。
（三）编制使用管理
编制使用管理主要采取三种手段进行管理。
1.出入编管理与编制使用通知卡（以下简称“编制卡”）。深圳市机构编制管理从一开始就实行出入编管理。所谓出入编管理，指通过建立机关、事业单位的人员编制台账，对机关、事业单位的实有人数进行管理，以达到编制管理的目的。台账项目包括编制数（含行政编制、事业编制、附属编制）、领导职数、内设机构、职工的姓名、出生年月、文化程度、职称、所学专业等。具体的管理方法是，根据编制部门批复单位机构编制文件，建立各单位基本台账，各单位补充人员，必须符合编制部门批准的编制使用要求，行政机关侧重控制超领导职数以及公务员、工勤人员编制相互挤占等现象，而事业单位则侧重控制人员结构。由于深圳市机关事业单位的住房、社会保险等政策与职工是否人编相关，与职工有极大的切身利益。因此，这项工作得到行政事业单位的支持和配合。
出入编管理毕竟是一种事后管理，即单位先进人，后到编制部门办理手续，有些单位出自各种原因，利用组织、劳动、人事等有工作调动权的部门不熟悉编制管理的漏洞，为不符合人编条件的人员先办理调入手续，然后要求编制部门办理人编，给编制部门造成很大压力。为解决这种“先上车、后买票”的问题，1992年3月起，在市直机关实行“编制使用通知卡”制度。主要做法是：用人单位先到编制部门申请编制卡，编制部门根据各单位编制、实有人数及人员结构情况，决定是否核发编制卡，若用人单位符合有关规定，则编制部门发给编制卡，并在编制卡上写明补充何种人员（干部、工人或专业技术人员），单位凭编制卡到组织、劳动、人事部门办理调动手续，然后凭编制卡及工作调动函办理人编。明确规定未领编制卡的，组织、劳动、人事部门不予办理调动手续；对未入编的，财政部门不予拨款，社会保险部门不予办理社会保险，住宅部门不予分配住房。编制卡这种前置式的管理，与出入编这种后置式的管理紧密结合，形成一个严密的管理体系，为深圳市控制人员编制膨胀、合理安排人员结构起到了很大作用。
2.工资基金管理。1987年，在机构编制管理实践中，深圳市机构编制管理部门觉察到，单靠行政手段管理机构编制难以凑效，开始探索控制机构编制膨胀新方法，10月，会同组织部、计划局（当时称“计划办”）、劳动局、人事局、财政局、审计局、中国人民银行深圳特区分行等八家联合发出《关于加强市直国家机关、事业单位工资基金管理的通知》（深编[1987]188号），确定由市编办负责市直国家机关、事业单位工资基金管理，将工资基金与编制结合起来管理，并从1988年1月实施。工资基金管理的主要做法是：
（1）由市编办提出市直机关、事业单位工资基金计划，经市府计划办综合平衡，报转市政府批准后下达。市编办根据市政府下达的年度工资基金计划。按照各单位的编制执行情况，具体核定月度工资总额。尚未定编的单位，按上年度实有人数控制，未经批准不得突破。
（2）工资总额的组成范围，按照国家统计局劳动工资统计主要指标解释规定范围执行。凡属于工资总额组成范围内的各项开支，不论现金或转账，必须通过开户银行，按照《工资基金管理手册》核定的金额支付。各单位不准在业务收费中坐支；不准从银行套取现金支付；也不准采取其他形式变相支付。一个单位只能在一个银行的基层行、处建立工资基金专户，不得另开账户。
（3）各单位人员调出、调入或自然减员，均应到市编办核定工资基金。调入人员，用人单位须凭工资基金管理卡到组织、人事、劳动等部门办理调动手续。人员或工资基金如无变动，可直接在银行按上个月执行的工资基金总额提取。
（4）组织部、财政局、劳动局、人事局、编制办、人民银行深圳分行等相关单位相互配合，通力合作，对擅自调入人员、变相增加工资基金、超职数提拔干部、挤占基层编制的单位，财政部门不予核拨经费，银行拒付工资，组织、人事、劳动部门不予办理调动，编制部门有权予以纠正。
90年代以来，各专业银行逐步转制为自主经营、自负盈亏的国有商业银行，以追求利润最大化为目的，在配合编制部门工资基金管理方面已不如以前，在单位提取现金的管理上已经松动，工资基金管理出现了漏洞。1998年2月，鉴于从中央到省都把工资基金管理工作交由人事部门负责，深圳市也将工资基金管理工作转由人事部门承担。不可否认，工资基金与编制管理相结合，对于切实执行编制，加强编制部门对杌构编制的监督，发挥工资基金管理的多种调控功能，都起到了一定的作用。
3.人员编制与经费包干。为探索用经济手段管理机构编制，建立部门自我约束机制，减少财政开支，1997年7月，深圳市编办与市财政局合作，起草了《关于市级党政群机关实行人员编制与经费包干方案》，该方案经市委、市政府同意后，以市委办公厅、币人民政府办公厅的名义印发。根据包干方案，市编办与财政局联合印发了包干方案的实施办法，使包干方案更具有可操作性。包干方案体现四个原则：一是可行性原则，既能解决现实问题，又能处理发展中的问题；二是符合改革要求，即精简、高效的原则；三是调动各部门参与的积极性、主动性和创造性；四是节省财政开支的原则，不能因为包干而扩大开支。包干方案及其实施办法的主要内容如下：
一是明确包干范围及包干经费构成。包干范围包括市委、市人大、市政府、市政协机关，检察院、法院、人民团体、各民主党派机关。各区党政群机关参照执行。包干经费包括：人员工资、补助工资、职工福利费等；公务费；职工教育费。这三项分别计算包干数，进入包干经费总额。
二是编制包干基数的确定。编制包干基数由市机构编制委员会按照各包干单位的编制数和实有人数确定。总的原则是按实有人数与空编数的30%之和核定包干基数。包干期为3年。
三是编制包干基数的变更以及变更程序。包干期间，编制包干基数之内增加人数的，编制包干基数不增加；减少人数的，编制包干基数不减少。如果是因为职责任务增加，市政府、市编委决定增加编制的，可以由单位提出增加包干基数，市编办审定后，将结果通知市财政局作出相应调整包干经费；单位编制数减少的，由市编办直接通知市财政局核减包干基数。
四是确定节约包干经费的使用办法，节约的包干经费，按照6：4的比例分配用于奖励职工改善福利和办公条件。
为保证人员编制与经费包干的效果，方案还明确几项规定：
（1）包干期间，非特殊情况，一律不受理各部门增设机构、增加编制事项。各部门在机构、编制总数内，可以因转变职能、理顺关系对内设机构、岗位进行合理调整，报市编制部门审定或备案管理。属于因社会经济管理需要加强或调整某项职能的，由市编委协调决定；因中央或省提出或市委市政府决定改革和调整管理体制的，有关机构编制由市编委根据改革调整的要求重新审定，并相应调整部门编制包干基数；市委市政府部署临时突击性中心任务的，从相关部门抽借人员参加，任务完成后，抽调人员仍回原岗位。
各部门不得从基层或下属单位借用人员（市委市政府部署的突击性中心工作除外），也不得利用其他经费聘用临时人员（市政府决定从增容费中聘用的公安治安户管员等情况除外）。
（2）经市委研究决定增派的领导干部，以及组织人事部门依政策安排的军队副师职以上转业干部，若包干基数用完，可相应调整该部门编制包干基数。
（3）各单位包干经费都要纳入财政审计监督，对无视编制和财务制度，擅自支付超编人员经费者，以违反财经纪律论处。
实施人员编制与经费包干后，产生了明显的效果，一是使各单位树立起编制管理的成本观念，从经济的视角来认识编制问题，转变过去那种“人多好办事”的用人观念，从编制部门管编制、用人部门争编制这种“百家推门一家顶”的局面转变为管编与用编部门共同控编。改变过去那种吃财政“大锅饭”的局面，变一家理财为大家理，大大节约财政开支。二是促使各部门积极主动从自身的工作特点出发，进一步转变职能，简政放权，理顺内部关系，简化办事环节，健全办事制度，落实工作责任制。在用人上，注意精兵简政，对不适应岗位要求的人员，进行培训提高，或分流出去，从而提高了工作人员素质和办事效率，优化整体结构。三是改革了编制管理的传统方式，发挥各部门两方面的积极性，使编制工作从消极控编转化为积极控编，有利于编制部门从繁忙的控编等具体事务中摆脱出来，把主要精力放在编制管理的宏观调控和调查研究上，改变过去那种重视局部而顾及不了全局，忙于应付审批而顾及不了调查研究的状况，从而真正加强机构编制管理工作。
人员编制与经费包干存在的主要问题：一是如何促使各部门严格按照岗位用人。一些部门使用了素质不高的人员，尽管人满为患，但还是显得人手不够；二是如何引导部门进行内部改革，形成改革动力。这些问题都有待于研究解决。
（四）法律手段
深圳市历来重视机构编制的法制建设，注重依法管理机构编制，这方面的主要建树有：
1.制定机构编制管理的规范性文件。1981年10月，市革委会批转市编委《深圳市机构编制管理暂行规定（草案）》，该规定的主要内容有：“国家机关列为行政编制，主要采取控制机构设置和编制总数的办法进行管理。”“事业单位的编制，主要按照国家规定的事业单位各类人员比例，控制机构设置和编制总数的办法进行管理”，“在审批机构编制时，要坚持‘五定’（定性质、定管理、定规格、定人员、定经费）的原则。”同时，对机构编制审批权限作了基本划分。并强调“机构编制从上到下实行一支笔审批。”
